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1.
Temporal and sequential transcriptional dynamics define lineage shifts in corticogenesis.
EMBO J
; 41(24): e111132, 2022 12 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36345783
2.
Effective bet-hedging through growth rate dependent stability.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(8): e2211091120, 2023 02 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36780518
3.
An atlas of combinatorial transcriptional regulation in mouse and man.
Cell
; 140(5): 744-52, 2010 Mar 05.
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| MEDLINE | ID: mdl-20211142
4.
Genome-wide gene expression noise in Escherichia coli is condition-dependent and determined by propagation of noise through the regulatory network.
PLoS Biol
; 19(12): e3001491, 2021 12.
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| MEDLINE | ID: mdl-34919538
5.
Subpopulations of sensorless bacteria drive fitness in fluctuating environments.
PLoS Biol
; 18(12): e3000952, 2020 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33270631
6.
Crunch: integrated processing and modeling of ChIP-seq data in terms of regulatory motifs.
Genome Res
; 29(7): 1164-1177, 2019 07.
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| MEDLINE | ID: mdl-31138617
7.
Single-cell mRNA profiling reveals the hierarchical response of miRNA targets to miRNA induction.
Mol Syst Biol
; 14(8): e8266, 2018 08 27.
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| MEDLINE | ID: mdl-30150282
8.
A large-scale, in vivo transcription factor screen defines bivalent chromatin as a key property of regulatory factors mediating Drosophila wing development.
Genome Res
; 25(4): 514-23, 2015 Apr.
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| MEDLINE | ID: mdl-25568052
9.
Automated incorporation of pairwise dependency in transcription factor binding site prediction using dinucleotide weight tensors.
PLoS Comput Biol
; 13(7): e1005176, 2017 Jul.
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| MEDLINE | ID: mdl-28753602
10.
ISMARA: automated modeling of genomic signals as a democracy of regulatory motifs.
Genome Res
; 24(5): 869-84, 2014 May.
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| MEDLINE | ID: mdl-24515121
11.
DNA-binding factors shape the mouse methylome at distal regulatory regions.
Nature
; 480(7378): 490-5, 2011 Dec 14.
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| MEDLINE | ID: mdl-22170606
12.
Tead2 expression levels control the subcellular distribution of Yap and Taz, zyxin expression and epithelial-mesenchymal transition.
J Cell Sci
; 127(Pt 7): 1523-36, 2014 Apr 01.
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| MEDLINE | ID: mdl-24554433
13.
Modeling of epigenome dynamics identifies transcription factors that mediate Polycomb targeting.
Genome Res
; 23(1): 60-73, 2013 Jan.
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| MEDLINE | ID: mdl-22964890
14.
A biophysical miRNA-mRNA interaction model infers canonical and noncanonical targets.
Nat Methods
; 10(3): 253-5, 2013 Mar.
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| MEDLINE | ID: mdl-23334102
15.
ARMADA: Using motif activity dynamics to infer gene regulatory networks from gene expression data.
Methods
; 85: 62-74, 2015 Sep 01.
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| MEDLINE | ID: mdl-26164700
16.
Quantifying the strength of miRNA-target interactions.
Methods
; 85: 90-99, 2015 Sep 01.
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| MEDLINE | ID: mdl-25892562
17.
Computational modeling identifies key gene regulatory interactions underlying phenobarbital-mediated tumor promotion.
Nucleic Acids Res
; 42(7): 4180-95, 2014 Apr.
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| MEDLINE | ID: mdl-24464994
18.
Fifteen years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: life science databases, tools and support.
Nucleic Acids Res
; 42(Web Server issue): W436-41, 2014 Jul.
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| MEDLINE | ID: mdl-24792157
19.
Automated reconstruction of whole-genome phylogenies from short-sequence reads.
Mol Biol Evol
; 31(5): 1077-88, 2014 May.
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| MEDLINE | ID: mdl-24600054
20.
An epigenetic profile of early T-cell development from multipotent progenitors to committed T-cell descendants.
Eur J Immunol
; 44(4): 1181-93, 2014 Apr.
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| MEDLINE | ID: mdl-24374622