Clyomys Thomas, 1916 é um gênero de roedor equimídeo que ocorre do Chaco paraguaio ao Cerrado do Centro-Oeste do Brasil, com registros isolados em Minas Gerais e Bahia. Até recentemente este gênero incluía duas espécies, C. laticeps (Thomas, 1909) e C. bishopi Avila-Pires & Wutke, 1981. Uma recente revisão taxonômica não encontrou caracteres que suportassem a distinção dessas espécies, mas revelou uma estruturação morfométrica discordante em relação aos cariótipos conhecidos para a espécie. Com o objetivo de confrontar novos conjuntos de caracteres com os já disponíveis, 16 espécimes de C. laticeps foram estudados quanto à morfologia do aparato fálico. As glandes foram analisadas antes e depois de diafanizadas e os báculos foram examinados após a dissecção da glande. Os tamanhos e formas das glandes foram semelhantes entre as amostras geográficas analisadas, porém os báculos foram variáveis na forma das extremidades distal e proximal. Com base nesses resultados, são discutidas as possíveis implicações da variabilidade bacular para a taxonomia do gênero.