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Mineração de dados metagenômicos visando a análise da diversidade de serina Beta-Lactamases em diferentes ambientes

Fróes, Adriana Machado.
Tesis en Portugués | ARCA | ID: arc-13627
O uso inadequado de antibióticos tem causado um grande impacto na saúde pública devido à seleção e aumento de bactérias patogênicas multirresistentes e de difícil tratamento. Dentre os antibióticos administrados na área clínica, os \03B2-lactâmicos são os mais usados e atuam no bloqueio da síntese da parede celular bacteriana, levando à sua morte. Bactérias desenvolveram resistência a esses antibióticos, devido, inclusive, à produção de \03B2-lactamases que são capazes de clivar o anel \03B2-lactâmico, permitindo que a síntese da parede celular bacteriana ocorra. Os hospitais são uma grande fonte de seleção de bactérias multirresistentes, passando para os esgotos municipais e ambientes, mas pouco se sabe a respeito da prevalência e diversidade desses genes em esgotos hospitalares. Sendo assim, o presente trabalho teve como objetivo a exploração taxonômica e funcional do metagenoma dos esgotos de dois hospitais do Rio (EHRJ), assim como a análise da diversidade de \03B2-lactamases presentes nesses hospitais e em bases de dados metagenômicos públicas (CAMERA e IMG/M). A análise taxonômica das sequências dos esgotos hospitalares do Rio revelou maior abundância de Firmicutes (~55%) e Bacteroidetes (~30%) em ambas as amostras hospitalares. A mineração de \03B2-lactamases foi realizada através de buscas com perfis HMM para cada classe (A, C e D) em bases de dados metagenômicos, incluindo a de EHRJ Os resultados indicaram a presença de prováveis homólogos de \03B2-lactamases nos diferentes ambientes, tendo sua anotação funcional confirmada por similaridade com bases de domínios conservados e filogenia, mostrando ser um método sensível e eficaz. Em relação às amostras de esgotos hospitalares, a filogenia mostrou que essas sequências foram agrupadas próximas às \03B2-lactamases representativas dos grupos Firmicutes e Bacteroidetes, corroborando com os resultados de análise taxonômica. As sequências das amostras EHRJ formaram um clado entre si, na maioria das vezes, distantes das sequências dos diferentes projetos metagenômicos previamente estudados de outros ambientes que agruparam próximas de sequências representativas do grupo Proteobacteria, em sua maioria. O hospital da Zona Sul do Rio apresentou uma maior abundância de \03B2-lactamases da classe A (50%), enquanto no hospital da Zona Norte a classe D (55%). Em relação às subclasses de \03B2-lactamases, ACC (53%), CfxA (65%), OXA-10 (30%) e LCR-1 (27%) foram as subclasses de \03B2-lactamases mais abundantes detectadas no efluente da Zona Sul, enquanto nas amostras da Zona Norte as mais abundantes foram CfxA (28,4%) e CEPA (20%), ACC e FOX (~20%) e OXA-10 (32%). Essa diferença na distribuição dessas subclasses pode estar relacionada com a quantidade e tipos de antibióticos \03B2-lactâmicos administrados em cada hospital. A análise taxonômica revelou que Firmicutes (~55%) e Bacteroidetes (~30%) foram os grupos mais abundantes presentes nas amostras de esgotos hospitalares do Rio