Diseño y evaluación de primers in silico del gen E1 del virus de chikungunya para real-time PCR (qPCR) / Design and evaluation of primers in silico of the E1 gene of chukungunya virus for real -time PCR (q PCR)
De La Fuente, Ariel; Romero Calle, Danitza Xiomara; Cárdenas Alegría, Oscar; Álvarez Aliaga, María Teresa.
Con-ciencia (La Paz)
; 6(1): 107-124, jun. 2018. ilus., tab.
Artículo
en Español
| LILACS | ID: biblio-1252817
El diseño de primers es una parte sustancial dentro de los ensayos de PCR, el mismo es aplicado en la caracterización de microorganismos, secuenciación, cuantificación, etc. En los últimos años se ha incrementado herramientas para este fin, se realizaron nuevas variantes, crearon nuevos enfoques, muchas de estas herramientas son de licencia comercial y otros de acceso libre y código abierto permiten al usuario mejorar o modificar según requerimiento el diseño de primers. En este trabajo comparamos las características básicas dentro del diseño de primers, empleando 2 tipos de herramientas web de acceso libre y código abierto Primer-BLAST y Primer3Plus, se realizó el diseño in silico, análisis de estructuras secundarias y verificación de la especificidad de los primers obtenidos. Los resultados mostraron que el uso de variables adicionales o uso de penaltis mediante el software Primer3Plus afectan en la especificidad, formación de estructuras secundarias de los primers y de los amplicones. Además, se determinó que los parámetros que tienen muchos software por defecto, no aseveran el diseño de primers convenientes y/o específicos, en este sentido es importante realizar el uso de penaltis. Asimismo, se identificó que el uso de Primer3Plus ha permitido disminuir la formación de estructuras secundarias, sin afectar la especificidad de amplificación del marcador seleccionado.
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BO138.1
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