Monkeypox virus genome sequence from an imported human case in Colombia / Secuencia genómica del virus de la viruela símica de un caso importado en Colombia
Laiton Donato, Katherine; Álvarez Díaz, Diego Alejandro; Franco Muñoz, Carlos Esteban; Ruiz Moreno, Héctor Alejandro; Rojas Estévez, Paola; Prada Cardozo, Diego Andrés; Rosales Munar, Alicia Alejandra; Ospina Martínez, Martha Lucía; Mercado Reyes, Marcela María.
Biomédica (Bogotá)
; 42(3): 541-545, jul.-set. 2022. tab, graf
Artículo
en Inglés
| LILACS | ID: biblio-1403605
Introducción. El virus de la viruela del mono (MPXV) está compuesto por un genoma de ADN bicatenario, aproximadamente, de 197.209 pb. La clasificación actual agrupa el MPXV en tres clados clado I (de la cuenca del Congo en África central), y clados IIa y IIb (de África occidental). Objetivo. Reportar el genoma completo y el análisis filogenético de un caso humano de viruela símica detectado en Colombia. Materiales y métodos. Se obtuvo exudado de lesiones vesiculares de un paciente varón con el antecedente de un viaje reciente a España. Se implementó un enfoque directo, en el cual se purificó el ADN total de la muestra mediante un método basado en columnas, seguido de la secuenciación directa en la plataforma Nanopore GridION. Las lecturas se alinearon con el genoma de referencia del MPXV, utilizando minimap2, v.2.24, y la inferencia filogenética fue realizada mediante la estimación por máxima verosimilitud. Resultados. Un total de 11.951 lecturas se alinearon directamente con el genoma de referencia con una cobertura del 96,8 % (190.898 pb). Conclusión. El análisis filogenético del MPXV circulante en Colombia demostró su estrecha relación con el clado de África occidental (clado IIb) responsable del brote en múltiples países en el 2022.
Biblioteca responsable:
CO42.1
Texto completo
Documentos relacionados