Constata-se na prática clínica diária, situações ligadas ao insucesso da terapia endodôntica tais como, a presença de exudato intra canal associado ou não à dor, fístulas que perduram após endodontia, além de outras situações que certamente conduzem o profissional a uma condição de frustação. Recentes pesquisas têm sugerido a aplicação de técnicas microbiológicas para anaeróbios estritos, no intuito de solucionar estes casos refratários ao tratamento convencional. O propósito deste artigo é rever a literatura a respeito, com a finalidade de aclarar e racionalizar a aplicação da microbiologia voltada à terapia endodôntica. Os casos refratários estão freqüentemente ligados à infecção por microflora anaeróbica, normalmente associação de múltiplas espécies que colonizam o canal radicular e a região periapical. Uma técnica de colheita para anaeróbios pode e deve ser aplicada com a finalidade de sanar estas infecções. A literatura em questão sugere que as infecções endodônticas são específicas, reproduzíveis e transmissíveis