Comparative evaluation of the identification of rapidly growing non-tuberculous mycobacteria by mass spectrometry (MALDI-TOF MS), GenoType Mycobacterium CM/AS assay and partial sequencing of the rpoBeta gene with phylogenetic analysis as a reference method / Evaluación comparativa de la identificación de micobacterias no tuberculosas de crecimiento rápido mediante espectrometría de masas (MALDI-TOF MS), GenoType(R) Mycobacterium CM/AS assay y la secuenciación parcial del gen rpoBeta con análisis filogenético como método de referencia
Costa-Alcalde, José Javier; Barbeito-Castiñeiras, Gema; González-Alba, José María; Aguilera, Antonio; Galán, Juan Carlos; Pérez-del-Molino, María Luisa.
Enferm. infecc. microbiol. clín. (Ed. impr.)
; 37(3): 160-166, mar. 2019. tab, graf
Artículo
en Español
| IBECS (España) | ID: ibc-181299
Introducción:
La American Thoracic Society y la Infectious Diseases Society of America recomiendan que las micobacterias no tuberculosas (MNT) clínicamente relevantes sean identificadas a nivel de especie para determinar su significado clínico. El propósito de este estudio fue a partir de MNT de crecimiento rápido (MCR) aisladas en muestras clínicas, evaluar su identificación mediante MALDI-TOF MS y un método molecular comercial, comparando estos resultados con la identificación obtenida usando un método de referencia.Métodos:
Se incluyeron 46 aislados clínicos de MCR. Estos aislados se identificaron mediante el método molecular comercial GenoType(R) Mycobacterium CM/AS (Hain, Lifescience, Alemania), MALDI-TOF MS (Bruker) y, como método de referencia, la secuenciación parcial del gen rpoBeta seguido de BLAST y análisis filogenético. Para el análisis filogenético se utilizaron 1.093 secuencias disponibles en el GeneBank.Resultados:
Entre GenoType(R) o MALDI-TOF MS, la concordancia respecto al método de referencia, secuenciación parcial de rpoB, fue 27/43 (62,8%) y 38/43 casos (88,3%), respectivamente. En todas las muestras que GenoType(R) clasificó correctamente con MALDI-TOF MS se obtuvo el mismo resultado (27/27). Pero además MALDI-TOF MS identificó bien 68,75% (11/16) de las muestras que GenoType(R) no clasificó correctamente (p = 0,005).Conclusiones:
MALDI-TOF MS clasificó significativamente mejor que GenoType(R). Cuando MALDI-TOF MS alcanzó una puntuación >1,85, MALDI-TOF y la secuenciación parcial del gen rpoβ fueron equivalentes. GenoType(R) no distinguió dentro del M. fortuitum complex. La metodología MALDI-TOF MS es simple, rápida y se asocia a un menor coste de consumibles que GenoType(R). La secuenciación parcial del gen rpoBeta con BLAST y análisis filogenético no lograron identificar de manera inequívoca algunas MCR. Para estas MCR estaría indicado la secuenciación de regiones adicionales
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ES1.1
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