Evolución del microbioma intestinal en un proceso de transferencia de microbiota fecal (TMF) en un paciente con infección por Clostridioides difficile: análisis por NGS con diferentes programas bioinformáticos / Evolution of intestinal microbiome in a process of faecal microbiota transfer (FMT) in a patient with Clostridioides difficile infection: NGS analysis with different software programs
Se analizaron seis muestras fecales, una procedente del donante y cinco del paciente antes y después de la TMF. Se amplificó y secuenció el gen 16Sr mediante secuenciación masiva y se estudió la diversidad y composición taxonómica.
Resultados:
La diversidad aumentó en las muestras post-TMF, y se identificaron dos clústeres, uno formado por las muestras no patológicas (donante y paciente post-TMF), y otro por la muestra patológica. Los resultados obtenidos a través Qiime2 y Bioconductor fueron similares.
Conclusión:
El análisis realizado demostró un incremento en la diversidad taxonómica del paciente tras la TMF, sugiriendo su utilidad. Además, los resultados obtenidos con Qiime2 y Bioconductor reflejaron la importancia de unificar los análisis bioinformáticos.(AU)
A donor faecal sample and patient faecal samples (pre-FMT and post-FMT) were analysed. The r16S gene was amplified and sequenced by NGS, and its diversity and taxonomy composition were examined.
Results:
Microbial richness increased in post-FMT samples, and the β diversity studies grouped the samples into two clusters. One included the non-pathological samples (donor and pre-FMT samples), and the other included the pathological sample. The results obtained by Qiime2 and Bioconductor were similar.
Conclusion:
The analysis showed an increase in taxonomic diversity after the FMT, which suggests its usefulness. Moreover, these results showed that standardisation of bioinformaticsanalysis is key.(AU)