Es un hecho conocido que las infecciones oportunistas por protozoos y hongos han aumentado en los últimos años, debido especialmente al aumento de las infecciones por VIH. Cryptosporidium spp., Giardia lamblia y Encephalitozoon intestinalis son protozoos y hongo, respectivamente, mundialmente reconocidos como agentes oportunistas emergentes, responsables de brotes epidémicos provocados por la ingestión de agua potable contaminada, incluso después de una correcta desinfección. La ingestión de estos protozoos puede provocar diferentes grados de enfermedad, entre aguda o leve (población sana) hasta situaciones más graves y agresivas, hasta a veces mortales (pacientes inmunocomprometidos y/o inmunodeprimidos). A pesar de ser responsables de muchos brotes epidémicos, su diagnóstico de laboratorio permanece arduo y trabajoso, incluso utilizando las nuevas técnicas desarrolladas en los últimos años. En esta revisión se resumen las consideraciones generales de estos oportunistas emergentes, así como los métodos de diagnóstico más usuales, incluso los más recientes y específicos.