ABSTRACT
El objetivo de este estudio fue determinar la diversidad molecular de las proteínas OmpL1, LipL32, LipL41, LigA y LigB y de los genes que las codifican mediante análisis bioinformáticos en diferentes cepas patógenas de Leptospira spp., a partir de la información disponible en las bases de datos. Se utilizaron las secuencias de aminoácidos de las proteínas OmpL1, LipL32, LipL41, LigA y LigB, así como las de los genes que las codifican en las cepas de Leptospira spp. registradas en The National Center for Biotechnology Information (NCBI). Los análisis de las proteínas y los genes se realizaron mediante los recursos Protein, Nucleotide y Gene del NCBI. La alineación de las secuencias consenso se realizó con las herramientas PSI-BLAST y BLASTn. El porcentaje de cobertura de las secuencias seleccionadas de los genes ompL1, lipL32, lipL41, ligA y ligB en cepas patógenas de Leptospira spp. es de 100% para ompL1, lipL32 y lipL41, 75% para ligA y 99% para ligB con porcentajes de identidad de 85, 98, 88, 90 y 80% respectivamente; el porcentaje de cobertura de las secuencias seleccionadas de las proteínas es de 100, 77, 99, 100 y 100% con porcentajes de identidad de 90, 99, 92, 63 y 60% respectivamente, lo cual indica que los genes y las proteínas, excepto las proteínas LigA y LigB, son bastante conservadas en los diferentes serovares patógenos de Leptospira spp. Según dichos resultados, se recomienda realizar análisis complementarios de estas proteínas con el fin de determinar si es viable su uso como candidatos vacunales.
The aim of this study was to determine the molecular diversity of OmpL1, LipL32, LipL41, LigA and LigB proteins and that of the genes that encode them using bioinformatic analysis in different pathogenic strains of Leptospira spp. based on the information available in databases. The amino acid sequences of OmpL1, LipL32, LipL41, LigA and LigB proteins were used, as well as the genes encoding them in strains of Leptospira spp. reported at The National Center for Biotechnology Information (NCBI). The analysis of proteins and genes were performed using the Protein, Nucleotide and Gene resources from the NCBI. The alignment of the consensus sequences was performed using the PSI-BLAST and BLASTn tools. The coverage percentage of the selected sequences ofthe ompL1, lipL32, lipL41, ligA and ligB genes in pathogenic strains of Leptospira spp. is 100% for ompL1, lipL32 and lipL41, 75% for ligA and 99% for ligB with identity percentages of 85, 98, 88, 90 and 80% respectively; the coverage percentage of the selected protein sequences is 100, 77, 99, 100 and 100% with identity percentages of 90, 99, 92, 63 and 60% respectively, indicating that genes and proteins, except LigA and LigB proteins, are highly conserved in various pathogenic serovars of Leptospira spp. According to these results, it is recommended that further analysis of these proteins be made in order to determine the feasibility of its use as vaccine candidates.
El objetivo de este estudo foi determinar a diversidade molecular das proteínas OmpL1, LipL32, LipL41, LigA e LigB e dos genes que as codificam mediante análises bioinformáticas em diferentes cepas patógenas de Leptospira spp. A partir da informação disponível nas bases de dados. Utilizaram-se as sequências de aminoácidos das proteínas OmpL1, LipL32, LipL41, LigA e LigB, assim como as dos genes que as codificam nas cepas de Leptospira spp. Reportadas em The National Center for Biotechnology Information (NCBI). As análises das proteínas e dos genes se realizaram mediante os recursos Protein, Nucleotide e Gene do NCBI. O alinhamento das sequências consenso se realizou com as ferramentas PSI-BLAST e BLASTn. A porcentagem de cobertura das sequências selecionadas dos genes ompL1, lipL32, lipL41, ligA e ligB em cepas patógenas de Leptospira spp. É de 100% para ompL1, lipL32 e lipL41, 75% para ligA e 99% para ligB com porcentagens de identidade de 85, 98, 88, 90 e 80% respectivamente; A porcentagem de cobertura das sequências selecionadas das proteínas é de 100, 77, 99, 100 e 100% com porcentagens de identidade de 90, 99, 92, 63 e 60% respectivamente, o que indica que os genes e as proteínas, exceto as proteínas LigA e LigB, são altamente conservadas nos diferentes serovares patogênicos de Leptospira spp. Segundo esses resultados, se recomenda realizar análises complementares destas proteínas com finalidade de determinar se é viável o seu uso como candidatos para vacina.
ABSTRACT
Objetivo. Analizar los proyectos del sector agropecuario financiados por Colciencias durante el año 2010. Materiales y métodos. Se utilizó la base de datos de registro de proyectos correspondientes al Programa Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación Agropecuarias para identificar las propuestas presentadas, elegibles y financiadas de las convocatorias del año 2010. Los proyectos se clasificaron con base en la nomenclatura Internacional de la UNESCO para los campos de la ciencia y la tecnología. Se identificó la convocatoria, campos, disciplinas, rama productiva, entidades participantes, departamento de ejecución y montos financiados. Resultados. Durante el año 2010 Colciencias recibió un total de 4.725 propuestas para financiación, de éstas, 790 correspondieron al Programa Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación Agropecuaria. Las disciplinas de los proyectos financiados, fueron en su mayoría pertenecientes al subsector agrícola, seguido por el pecuario y el agroindustrial. Las universidades públicas fueron el tipo de entidad ejecutora al que se le financió un mayor número de proyectos. Los departamentos en los cuales se ejecutó la mayoría de las propuestas financiadas fueron Antioquia, Cundinamarca, Boyacá y Tolima. Conclusiones. El Programa Nacional de Ciencia Tecnología e Innovación Agropecuaria recibió el 16.7% del total de proyectos recibidos por Colciencias en sus convocatorias del año 2010. El mayor número de proyectos recibidos, elegibles y financiables fueron del subsector agrícola y estuvieron presentados y ejecutados por universidades públicas. La inversión total de Colciencias en proyectos del sector agropecuario fue de $32.923.594.000 con un aporte de contrapartida de $33.225.740.000.
Objective. Identify and analyze the science, technology and innovation projects of the agriculturaland livestock sector, funded by Colciencias during 2010. Materials and methods. The registrationdatabase of Colciencias was used to identify eligible and funded project proposals by the NationalProgram of Agricultural Science, Technology and Innovation among 2010 calls. The projects wereclassified based on the UNESCO International nomenclature for the fields of science and technology.The variables identified for each project were: number of the call, field, discipline, subdiscipline,productive chain, participating institutions and execution department. Results. In 2010 Colcienciasreceived a total of 4,725 research proposals for funding, of these the National Program of AgriculturalScience, Technology and Innovation received 790 projects. The disciplines of the projects financedwere mostly from the agricultural subsector, followed by livestock and agribusiness. Public universitieswere the type of entity that received most of the funding for research projects. The departments thatreceived most of the funding from Colciencias were Antioquia, Cundinamarca, Boyaca and Tolima.Conclusions. The National Program of Agricultural Science, Technology and Innovation received16.7% of all projects received by Colciencias calls in 2010. Most of the projects submitted, eligible andfunded were from the agricultural subsector. Most of these projects were presented and implementedby public universities. Total investment of Colciencias to fund the agricultural sector was $32,923,594with a matching contribution of $33.225.740, 50.2% of total project value.
