µProteInS-a proteogenomics pipeline for finding novel bacterial microproteins encoded by small ORFs.

SUMMARY: Genome annotation pipelines traditionally exclude open reading frames (ORFs) shorter than 100 codons to avoid false identifications. However, studies have been showing that these may encode functional microproteins with meaningful biological roles. We developed µProteInS, a proteogenomics pipeline that combines genomics, transcriptomics and proteomics to identify novel microproteins in bacteria. Our pipeline employs a model to filter out low confidence spectra, to avoid the need for manually inspecting Mass Spectrometry data. It also overcomes the shortcomings of traditional approaches that usually exclude overlapping genes, leaderless transcripts and non-conserved sequences, characteristics that are common among small ORFs (smORFs) and hamper their identification. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: µProteInS is implemented in Python 3.8 within an Ubuntu 20.04 environment. It is an open-source software distributed under the GNU General Public License v3, available as a command-line tool. It can be downloaded at https://github.com/Eduardo-vsouza/uproteins and either installed from source or executed as a Docker image. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Riociguat para el tratamiento hipertensión pulmonar tromboembólica crónica / Riociguat for the treatment of chronic thromboembolic pulmonary hypertension

Antecedentes. Riociguat es un miembro de una nueva clasede compuestos (estimuladores de la guanilatociclasa solubles), se ha demostrado en estudios clínicos previos el beneficio en el tratamiento dela hipertensión pulmonar tromboembólica crónica. Métodos. En esta fase 3, multicéntrico, aleatorizado, doble-ciego, controlado con placebo,se asignó aleatoriamente a 261 pacientes con inoperable hipertensión pulmonar tromboembólica crónica o la hipertensión pulmonar persistente o recurrente realizada una endarterectomía pulmonar para recibir placebo o riociguat. El punto final primario fueel cambio desde el inicio hasta el final de la semana16 en la distancia caminada en 6 minutos. Los puntos finales secundarios incluyeron cambios des de el inicio de la resistencia vascular pulmonar, Nivel N-terminal pro-péptido natriurético cerebral(NT-proBNP), la organización mundial de la salud(OMS) clase funcional, nos demuestra el tiempo hasta el empeoramiento clínico, en la escala de Borg de la disnea, tomando las variables de calidad de vida y la seguridad...