Correction to: cuRnet: an R package for graph traversing on GPU.

After publication of this supplement article [1], it was brought to our attention that reference 10 and reference 12 in the article are incorrect.

cuRnet: an R package for graph traversing on GPU.

BACKGROUND: R has become the de-facto reference analysis environment in Bioinformatics. Plenty of tools are available as packages that extend the R functionality, and many of them target the analysis of biological networks. Several algorithms for graphs, which are the most adopted mathematical representation of networks, are well-known examples of applications that require high-performance computing, and for which classic sequential implementations are becoming inappropriate. In this context, parallel approaches targeting GPU architectures are becoming pervasive to deal with the execution time constraints. Although R packages for parallel execution on GPUs are already available, none of them provides graph algorithms. RESULTS: This work presents cuRnet, a R package that provides a parallel implementation for GPUs of the breath-first search (BFS), the single-source shortest paths (SSSP), and the strongly connected components (SCC) algorithms. The package allows offloading computing intensive applications to GPU devices for massively parallel computation and to speed up the runtime up to one order of magnitude with respect to the standard sequential computations on CPU. We have tested cuRnet on a benchmark of large protein interaction networks and for the interpretation of high-throughput omics data thought network analysis. CONCLUSIONS: cuRnet is a R package to speed up graph traversal and analysis through parallel computation on GPUs. We show the efficiency of cuRnet applied both to biological network analysis, which requires basic graph algorithms, and to complex existing procedures built upon such algorithms.

El ácido tranexámico en los trastornos menstruales producidos por la inserción de los dispositivos intrauterinos (DIU) / Tranexamic acid in menstrual disorders produced by insertion of intrauterine dispositives (IUD)

Los métodos contraceptivos por medio de dispositivos intrauterinos (D.I.U) tienden a reemplazar cada vez más a los estrogestágenos,pero la aceptación de estos dispositivos dependen de sus efectos secundarios, como los sangramientos intermestruales y las pérdidas abundantes de sangre durante la mestruación. Esto puede llevar a una deficiencia de hierro en la mujer fértil, con resultados peligrosos como la disminución de la vitalidad, morbilidad materno-fetal, nacimientos prematuros, etc. Los D.I.U. producen irritación mecánica de la pared uterina, con aumento de la actividad fibrinolítica. El ácido tranexámico (AMCA) es un inhibidor por competencia del plasminógeno. En varios estudios, se ha demostrado su efecto favorable sobre las sangrías menstruales que acompañan a la inserción del D.I.U. Cuarenta mujeres con menorragia luego de la inserción de dispositivos intrauterinos fueron estudiadas. Veintinueve finalizaron satisfactoriamente la investigación: 14 de ellas, tratadas con tres granos de (AMCA)/día, q.i.d. por vía oral y 15 con placebo, durante el período menstrual. Todas fueron controladas durante tres períodos menstruales consecutivos. Las pacientes tratadas con ácido tranexámico, mejoraron los sangramientos menstruales e intermenstruales desde el primer control, siendo los resultados altamente significativos a partir de la segunda menstruación. Las pacientes con placebo, presentaron alguna mejoría en el primer control, probablente debido a causas sicológicas, pero empeoraron sus síntomas en la segunda menstruación. Por ello, fueron medicadas con (AMCA) en el tercer período, lográndose una notable..

Acción del benfluorex en pacientes con sobrecargas metabólicas: estudio preliminar / Action of benfluorex in patients with metabolic surcharge: preliminary study

Se estudiaron 16 pacientes con polisobrecargas metabólicas (hiperlipidemias, hiperglicemias). Todos fueron estudiados según el siguiente diseño experimental: a) Dos semanas de lavado. b) Ocho semanas de tratamiento con Benfluorex a dosis de 450 mg/día, p.o. c) Ocho semanas con placebo más dieta. d) Cuatro semanas con Benfluorex (450 mg/día, p.o.) más dieta. El colesterol total descendió con Benfluorex y este descenso fue mayor al agregar la dieta. Lo mismo sucedió con los triglicéridos. La HDL-colesterol ascendió, mientras que la LDL-colesterol descendió, por lo que el índice LDL-C/HDL-C disminuyó con el tratamiento, indicando menor riesgo de aterogenesis. La glicemia descendió también significativamente, sin llegar a los límites de hipoglicemia. El ácido úrico no descendió significativamente, pero hay que tener en cuenta que los valores de la uricemia no estaban muy elevados antes de cocmenzar el tratamiento. En conclusión, los resultados preliminares de este trabajo muestran una acción significativa del Benfluorex sobre las hiperlipidemias, las hiperglicemias o hiperuricemias con muy pocos efectos secundarios