A faster and less costly alternative for RNA extraction of SARS-CoV-2 using proteinase k treatment followed by thermal shock.

One of the biggest challenges during the pandemic has been obtaining and maintaining critical material to conduct the increasing demand for molecular tests. Sometimes, the lack of suppliers and the global shortage of these reagents, a consequence of the high demand, make it difficult to detect and diagnose patients with suspected SARS-CoV-2 infection, negatively impacting the control of virus spread. Many alternatives have enabled the continuous processing of samples and have presented a decrease in time and cost. These measures thus allow broad testing of the population and should be ideal for controlling the disease. In this sense, we compared the SARS-CoV-2 molecular detection effectiveness by Real time RT-PCR using two different protocols for RNA extraction. The experiments were conducted in the National Institute of Health (INS) from Peru. We compared Ct values average (experimental triplicate) results from two different targets, a viral and internal control. All samples were extracted in parallel using a commercial kit and our alternative protocol-samples submitted to proteinase K treatment (3 µg/µL, 56°C for 10 minutes) followed by thermal shock (98°C for 5 minutes followed by 4°C for 2 minutes); the agreement between results was 100% in the samples tested. In addition, we compared the COVID-19 positivity between six epidemiological weeks: the initial two in that the Real time RT-PCR reactions were conducted using RNA extracted by commercial kit, followed by two other using RNA obtained by our kit-free method, and the last two using kit once again; they did not differ significantly. We concluded that our in-house method is an easy, fast, and cost-effective alternative method for extracting RNA and conducing molecular diagnosis of COVID-19.

Frecuencia de anticuerpos contra Hantavirus en agricultores de arroz de una región tropical en el noreste del Perú / Hantavirus antibody frequency in rice farmers from a tropical region in northeast Peru

RESUMEN Introducción. Existe limitada evidencia acerca de la exposición al hantavirus en el Perú. Los casos sintomáticos y estudios de seroprevalencia en febriles y población asintomática provienen de la región Loreto; sin embargo, existen grupos ocupacionales expuestos a los reservorios en regiones sin circulación conocida del virus. Objetivo. Determinar la frecuencia de anticuerpos contra el hantavirus en arroceros de un valle ubicado en una zona subtropical del Perú. Métodos. Estudio transversal en una muestra aleatoria de 250 agricultores de arroz obtenida en 2010 en el valle Alto Mayo (región San Martín), que incluyó la obtención de una muestra de sangre en cuyo suero se determinó la presencia de anticuerpos inmunoglobulinas G (IgG) mediante ELISA indirecto, y anticuerpos inmunoglobulinas M (IgM) mediante ELISA de captura. Resultados. Identificamos un caso con anticuerpos IgM (0,40%, IC95%: 0,01 a 2,21), pero no encontramos agricultores con anticuerpos IgG. El caso tenía contacto frecuente con ratas y roedores en la vivienda y campo de cultivo. Conclusión. Mostramos la primera evidencia serológica de infección por hantavirus en la región San Martín.

ABSTRACT Introduction. There is little evidence of hantavirus exposition in Peru. Cases and seroprevalence studies in febrile and asymptomatic persons are from Loreto region; however, there are occupational groups exposure to reservoirs in areas without know virus circulation. Objectives. To determinate the frequency of antibodies against hantavirus in rice farmers of a valley in a subtropical area of Peru. Methods. Cross-sectional study in a random sample of 250 rice farmers enrolled in 2010 in Alto Mayo Valley (San Martin region) that included blood sample obtention, in whose serum the presence of IgG antibodies was determined by indirect ELISA, and IgM antibodies by capture ELISA. Results. We identified a case with IgM antibodies (0,40%, 95% CI: 0,01 to 2,21), we did not find farmers with IgG antibodies. The case had frequent contact with rats and rodents in the home and crop field. Conclusion. We show the first serological evidence of hantavirus infection in the San Martin region.

Neutralización por reducción en placas como método específico para el diagnóstico serológico de fiebre amarilla / Neutralization using slides reduction as an specific method for the serological diagnosis of yellow fever

Objetivo: Estudiar la capacidad neutralizante de muestras séricas humanas para ser empleada como prueba de confirmación frente a otras técnicas y evaluar la relación de neutralización en diferentes poblaciones para cepas de FA: 287-78 (negativa y 17D (referencial). Materiales y métodos: Se empleó la cepa 17D para estandarización de la prueba en células VERO utilizando dos métodos (sólido y semi-líquido), además, se seleccionaron muestras séricas humanas en base al antecedente vacunal (presente o ausente), a la procedencia (endémica y no endémica) y la positividad a virus del dengue, las cuáles fueron evaluadas por ELISA. Las poblaciones seleccionadas se enfrentaron por la prueba estandarizada (PRNT) frente a las cepas de FA: 17D (cepa vacunal derivada del prototipo Asibi) y 287-78 (primer aislamiento de FA del Instituto Nacional de Salud del Perú). Resultados: Se obtuvieron buenos resultados con el método semi-líquido, siendo el séptimo día el óptimo de coloración de las placas. De los cuatro seleccionados, tres fueron positivos por ELISA y los resultados por PRNT fueron para la suspensión 17D. 29 negativos y 67 positivos con títulos entre 1:10 y 1.2560; y para la cepa 28-78, 17 negativos y 79 positivos con títulos entre 1:10 y 1.2560. Conclusiones: La técnica semi-líquida con tiempo de coloración al séptimo día ofrece óptimos resultados en plaqueo y neutralización. Además, el ELISA resultó ser menos específico frente al PRNT y se encontró variación en relación a títulos y capacidad neutralizante en algunos sueros para ambas cepas.