Estructura genética de cepas de Mycobacterium tuberculosis farmacorresistentes en Perú con base en haplotipos obtenidos de un ensayo de sonda lineal / Genetic structure of drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis in Peru based on haplotypes obtained from a linear probe assay

RESUMEN Objetivo. Determinar la estructura genética de las cepas drogorresistentes de Mycobacterium tuberculosis que circularon en todo el Perú durante los años 2011-2015 a través de haplotipos obtenidos de un ensayo con sondas en línea. Materiales y métodos. Se analizaron 6589 muestras que ingresaron al Instituto Nacional de Salud para el diagnóstico rutinario mediante el ensayo GenoType® MTBDRplus v2, durante el periodo de estudio. Se crearon haplotipos resistentes mediante la concatenación de 21 sitios polimórficos de los genes evaluados por el ensayo con sondas en línea, y se realizó el análisis de asociación con fenotipos obtenidos por el método de proporciones agar 7H10. Resultados. Las mutaciones de mayores frecuencias fueron: rpoB S531L (55,4%) y rpoB D516V (18,5%) para la resistencia a rifampicina, y katG S315T (59,5%) e inhA c-15t (25,7%) para la resistencia a isoniacida. Se obtuvieron 13 haplotipos representativos (87,8% de muestras analizadas) de los cuales seis correspondieron al genotipo multidrogorresistente, cuatro al genotipo monorresistente a isoniacida y tres al genotipo monorresistente a rifampicina. Dieciocho departamentos, y la provincia del Callao, presentaron una alta diversidad haplotípica; cuatro presentaron moderada diversidad y dos presentaron baja diversidad. Conclusiones. Existe una alta diversidad haplotípica en la mayoría de los departamentos, además de una concentración de las cepas de Mycobacterium tuberculosis drogorresistentes en las ciudades de Lima y Callao. Asimismo, las cepas de Mycobacterium tuberculosis con perfil drogorresistente que circulan en el Perú contienen principalmente los marcadores genéticos de mayor prevalencia a nivel mundial asociados con la resistencia frente a rifampicina e isoniacida.

ABSTRACT Objective. To determine the genetic structure of drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis that circulated throughout Peru during the years 2011-2015, by using haplotypes obtained from a line probe assay. Materials and methods. A total of 6589 samples that were admitted to the Instituto Nacional de Salud for routine diagnosis using the GenoType® MTBDRplus v2 assay were analyzed during the study period. Resistant haplotypes were created by concatenating 21 polymorphic sites of the evaluated genes using the line probe assay; and the association analysis was carried out with phenotypes obtained by the 7H10 agar ratio method. Results. The most frequent mutations were: rpoB S531L (55.4%) and rpoB D516V (18.5%) for rifampicin resistance, and katG S315T (59.5%) and inhA c-15t (25.7%) for isoniazid resistance. We obtained 13 representative haplotypes (87.8% of analyzed samples), 6 corresponded to the multidrug-resistant genotype, 4 to the isoniazid mono-resistant genotype and 3 to the rifampicin mono-resistant genotype. Eighteen regions and the province of Callao showed high haplotype diversity; four showed moderate diversity and two showed low diversity. Conclusions. Most regions showed high haplotype diversity; in addition, most drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis were concentrated in the cities of Lima and Callao. Likewise, drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains circulating in Peru mainly contain the genetic markers with the highest prevalence worldwide, which are associated with resistance to rifampicin and isoniazid.

Primer reporte de Candida auris en Perú

Candida auris es un hongo emergente, con gran relevancia en corto tiempo, como problema de salud pública mundial. Se reporta por primera vez en el Perú la presencia de Candida auris en 3 pacientes adultos internados en un hospital nacional de alta complejidad en el último trimestre del año 2020, durante la pandemia COVID-19. Los pacientes fueron hospitalizados en UCI; sin embargo, solo en 2 pacientes se aisló dicho germen durante su internamiento en UCI. Los pacientes tuvieron varias comorbilidades y tiempos prolongados de hospitalización desde su admisión hasta tener el primer cultivo positivo a C. auris. Todos los pacientes adquirieron una infección nosocomial bacteriana en algún momento de su hospitalización y recibieron antibióticos de amplio espectro. Todas las cepas aisladas fueron resistentes a fluconazol. El equipo de control de infecciones del hospital reforzó las medidas de contención y el Ministerio de Salud del Perú emitió una alerta epidemiológica.

Candida auris is an emerging fungus that has gained great relevance as a global public health problem in a short time. The presence of Candida auris in 3 adult patients admitted to a national hospital of high complexity in the last quarter of 2020 in the midst of the COVID-19 pandemic is reported for the first time in Peru. The patients were hospitalized in the ICU, however, this germ was isolated in only 2 patients while they were hospitalized in the ICU. The patients had various comorbidities and long hospitalization times from admission to having their first culture positive for C. auris. All patients acquired a bacterial nosocomial infection at some point during their hospitalization and received broad-spectrum antibiotics. All isolates were resistant to fluconazole. The hospital's infection control team reinforced containment measures and the Ministry of Health of Peru issued an epidemiological alert.