ABSTRACT
Carbonic anhydrases (CAs) are a family of ubiquitous enzymes that catalyze the interconversion of CO2 and HCO3-. The "iota" class (ι-CA) was first found in the marine diatom Thalassiosira pseudonana (tpι-CA) and is widespread among photosynthetic microalgae and prokaryotes. The ι-CA has a domain COG4875 (or COG4337) that can be repeated from one to several times and resembles a calcium-calmodulin protein kinase II association domain (CaMKII-AD). The crystal structure of this domain in the ι-CA from a cyanobacterium and a chlorarachniophyte has been recently determined. However, the three-dimensional organization of the four domain-containing tpι-CA is unknown. Using biophysical techniques and 3-D modeling, we show that the homotetrameric tpι-CA in solution has a flat "drone-like" shape with a core formed by the association of the first two domains of each monomer, and four protruding arms formed by domains 3 and 4. We also observe that the short linker between domains 3 and 4 in each monomer confers high flexibility, allowing for different conformations to be adopted. We propose the possible 3-D structure of a truncated tpι-CA containing fewer domain repeats using experimental data and discuss the implications of this atypical shape on the activity and metal coordination of the ι-CA.
Subject(s)
Carbonic Anhydrases/chemistry , Diatoms/enzymology , Crystallography, X-Ray , Diatoms/chemistry , Magnetic Resonance Spectroscopy , Models, Molecular , Photosynthesis , Protein Domains , Spectrometry, Mass, Electrospray Ionization , UltracentrifugationABSTRACT
TITLE: Les bactéries, organismes de choix pour comprendre les mécanismes de réparation des protéines oxydées. ABSTRACT: Dans le cadre de l'unité d'enseignement « Rédiger en sciences ¼ proposée par l'université d'Aix-Marseille, les étudiants du Master 2 de microbiologie se sont confrontés aux exigences de l'écriture scientifique. Quatre thématiques leur ont été proposées : les virus géants, les systèmes de sécrétion, la motilité bactérienne et la réparation des protéines oxydées. Après un travail préparatoire effectué avec l'équipe pédagogique et les auteurs des publications originales, les étudiants, organisés en groupes de trois ou quatre, ont rédigé une Nouvelle soulignant les résultats majeurs et l'originalité des quatre articles étudiés. Complété par un entretien avec les chercheurs auteurs de ces articles, l'ensemble offre un éclairage original sur la compréhension du vivant dans le domaine de la microbiologie.
