TRUFA: A User-Friendly Web Server for de novo RNA-seq Analysis Using Cluster Computing.

Application of next-generation sequencing (NGS) methods for transcriptome analysis (RNA-seq) has become increasingly accessible in recent years and are of great interest to many biological disciplines including, eg, evolutionary biology, ecology, biomedicine, and computational biology. Although virtually any research group can now obtain RNA-seq data, only a few have the bioinformatics knowledge and computation facilities required for transcriptome analysis. Here, we present TRUFA (TRanscriptome User-Friendly Analysis), an open informatics platform offering a web-based interface that generates the outputs commonly used in de novo RNA-seq analysis and comparative transcriptomics. TRUFA provides a comprehensive service that allows performing dynamically raw read cleaning, transcript assembly, annotation, and expression quantification. Due to the computationally intensive nature of such analyses, TRUFA is highly parallelized and benefits from accessing high-performance computing resources. The complete TRUFA pipeline was validated using four previously published transcriptomic data sets. TRUFA's results for the example datasets showed globally similar results when comparing with the original studies, and performed particularly better when analyzing the green tea dataset. The platform permits analyzing RNA-seq data in a fast, robust, and user-friendly manner. Accounts on TRUFA are provided freely upon request at https://trufa.ifca.es.

Resultados de la coledocolitiasis resuelta por cirugía abierta comparada con la cirugía laparoscópica en el Hospital Arzobispo Loayza 2013 / Results of choledocholithiasis resolved by open surgery compared with laparoscopic surgery in the Hospital Arzobispo Loayza 2013

Objetivo: Determinar los resultados de la coledocolitiasis resuelta por cirugía abierta comparada con la cirugía laparoscópica en el Hospital Nacional Arzobispo Loayza 2013. Metodología: Estudio observacional, descriptivo, retrospectivo, de corte transversal. Se incluyeron un total de 60 pacientes con coledocolitiasis resuelta por cirugía abierta comparada con la cirugía laparoscópica atendido en el Hospital Nacional Arzobispo Loayza durante el año 2013. Para las variables cuantitativas se determinó medidas de tendencia central y medidas de dispersión. Para las variables cualitativas se elaboró frecuencias absolutas y relativas. Además se usó para la comparación de variables cualitativas la prueba de Chi-cuadrado y para variables numéricas la prueba t de Student con un nivel de confianza del 95 por ciento. Resultados: La edad promedio de los pacientes sometidos a cirugía abierta fue 52±12 años y los de cirugía laparoscópica 51,4±16,5 años, el sexo femenino fue el más frecuente en pacientes con cirugía abierta (70 por ciento) y laparoscópica (76,7 por ciento). En cuanto a las comorbilidades, la más común en los pacientes con cirugía abierta fue HTA (16,7 por ciento) mientras que en pacientes con cirugía laparoscópica fueron: asma (6,7 por ciento) e hiperplasia benigna de próstata (6,7 por ciento). Además todo el grupo de cirugía abierta tuvo antecedente de litiasis vesicular entretanto en el grupo de laparoscópica fue 83,3 por ciento. El antecedente de pancreatitis aguda biliar fue más frecuente en cirugía abierta (36,7 por ciento) que cirugía laparoscópica (6,7 por ciento) mostrando esta característica diferencias significativas en ambos grupos (p<0,005). Entre las principales características clínicas de los pacientes sometidos a cirugía abierta se observó que el dolor tipo cólico (100 por ciento) y náuseas (90 por ciento) fueron los más frecuentes mientras que en cirugía laparoscópica fue dolor tipo cólico (86,7 por ciento) e ictericia (53,3 por ciento)...

Objective: To determine the results of choledocholithiasis treated by open surgery compared with laparoscopic surgery in National Hospital Arzobispo Loayza 2013. Methodology: Observational, descriptive, retrospective and cross-sectional study. The sample was a total of 60 patients with choledocholithiasis treated by open surgery compared with laparoscopic surgery treated at the Arzobispo Loayza National Hospital in 2013. For quantitative variables, measures of central tendency and dispersion were determined. For qualitative variables were used absolute and relative frequencies. It was also used to compare qualitative variables the chi-square test and for numerical variables, Student t test with a confidence level of 95 per cent. Results: The average age of patients undergoing open surgery was 52±12 years and for laparoscopic surgery 51.4±16.5 years, female sex was more frequent in patients with open surgery (70 per cent) and laparoscopic (76.7 per cent). Regarding comorbidities, the most common in patients with open surgery was hypertension (16.7 per cent) whereas in patients with laparoscopic surgery were: asthma (6.7 per cent) and BPH (6.7 per cent). Plus, all open surgery group had a history of gallstones meantime in the laparoscopic group was 83.3 per cent. The history of acute biliary pancreatitis was more frequent in open surgery (36.7 per cent) than laparoscopic surgery (6.7 per cent) showing this feature significant differences in both groups (p<0.005). Among main clinical characteristics of patients undergoing open surgery was observed that cramping pain (100 per cent) and nausea (90 per cent) were the most frequent while in laparoscopic surgery was cramping pain (86.7 per cent) and jaundice (53.3 per cent). Clinical features that showed significant differences in both study groups were type colic pain, nausea, acolia and dark urine (p<0.005). There was also a higher frequency of leukocytosis and indirect bilirubin greater than 0.5mg/dL in patients...

Características clínicas, patológicas y evolución en pacientes con cáncer de mama hereditario y esporádico en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas / Clinical, pathological characteristics and evolution in patients with hereditary and sporadic breast cancer at the Instituto Nacional de Enfermedades Neoplasicas

Determinar las características clínicas, patológicas y evolución de pacientes con cáncer de mama hereditario y esporádico evaluados en un centro oncológico nacional. Material y métodos: Se realizó un estudio retrospectivo observacional en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (2009-2010) que evaluó las características clínicas, patológicas y sobrevida de 95 pacientes con cáncer de mama esporádico, y 59 casos con patrón hereditario diagnosticados en base a la historia familiar por el servicio de Genética. Resultados: La media de edad fue significativamente menor en los casos hereditarios que los esporádicos (53,5 vs. 44,8 años; p<0.001). Las pacientes con cáncer esporádico fueron diagnosticadas en estadios clínicos más avanzados debido a diferencias significativas en el tamaño tumoral. El fenotipo triple negativo fue más frecuente en los casos con patrón hereditario que los esporádicos (44.1 vs. 28.9%; p=0.036). La indicación de quimioterapia neoadyuvante fue significativamente mayor en el grupo esporádico. Las tasas de sobrevida libre de enfermedad y sobrevida global no alcanzaron significancia estadística. Conclusiones: Los casos de cáncer de mama hereditario presentan con mayor frecuencia fenotipo triple negativo y son diagnosticados a menor edad en promedio que los esporádicos. Las tasas de sobrevida global y sobrevida libre de enfermedad fueron similares entre ambos grupos.

Describe the clinicopathological characteristics and outcome in patients with hereditary and sporadic breast cancer selected from a national cancer center. Material and methods: We conducted a retrospective observational study at the Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (2009-2010), including 95 sporadic and 59 hereditary breast cancer patients. They were diagnosed on basis of their family history by the Department of Genetics. Results: The median age at diagnosis of hereditary cases were significant lower than sporadic (53,5 vs. 44,8 years; p=<0.001). Sporadic cancer patients were diagnosed at more advanced stage mainly because of an increased tumor size. Triple-negative cases were statistically more common in the hereditary than sporadic group (44.1 vs. 28.9%; p=0.036). Indication for neoadjuvant chemotherapy was more frecuent in sporadic cases. Overall survival and disease-free survival did not reach statistical significance. Conclusions: Hereditay breast cancer tumors preferentially show a triple negative phenotype and patients are diagnosed at younger age than sporadic cases. Overall survival and disease-free survival were both similar between the two groups.