Performance of molecular methods for hepatitis C virus diagnosis: usefulness among chronic cases and during the course of infection.

BACKGROUND: Molecular methods are essential to define hepatitis C virus (HCV) infection. This study was conducted to evaluate the performance of molecular qualitative and quantitative methods for HCV RNA among chronic patients and individuals during the course of HCV infection. METHODS: Single serum samples were obtained from 82 HCV infected individuals where six of them donated serial serum samples (n = 52) during the course of HCV infection. Qualitative (in-house RT-nested PCR and COBAS AMPLICOR HCV Test v2.0 and TMA) and quantitative (COBAS AMPLICOR HCV Monitor Test v2.0 and bDNA) techniques were employed. RESULTS: TMA presented the highest rate (87.8%) of HCV detection among qualitative tests and it was the most sensitive for HCV RNA detection during the early and late phases of HCV infection. HCV RNA was quantified among 56 samples and significant correlation was observed between the two assays (r 0.92; p < 0.0001). CONCLUSIONS: It is concluded that both quantitative methods can be used among chronic and acute HCV cases, but TMA was the most efficient for HCV qualitative detection among chronic cases and in the early and late phases of HCV infection.

A comparison of molecular methods for hepatitis B virus (HBV) DNA detection from oral fluid samples.

The objective of the present study was to evaluate four commercial DNA extraction methods and three PCR protocols for hepatitis B virus (HBV) detection in artificially contaminated oral fluid samples. The extraction protocols were selected based on ease of use and cost, and were also compared with respect to sensitivity and cost. Prior PCR optimization was conducted, in which the sample volume for DNA extraction and the concentrations of DNA and Taq DNA polymerase in the PCR were adjusted. One-round PCR, used to amplify the core region of the HBV genome, achieved high levels of sensitivity in comparison with nested and semi-nested PCR experiments that were designed for the amplification of HBV surface protein genes. Of the four extraction protocols evaluated, the RTP DNA/RNA Virus Mini kit and the QIAamp DNA Mini kit gave the highest recovery rates, presenting 20 copies of HBV DNA ml(-1) as the limit of detection. These results suggest that HBV DNA can be detected from oral fluid samples but that the optimization of the PCR assays and the choice of extraction methods must be determined by laboratories before the implementation of this method in routine diagnostics.

Avaliação de metodologias moleculares para detecção e quantificação do vírus da hepatite C / Evaluation of molecular methodologies for detection and quantification of hepatitis C virus

O vírus da Hepatite C (Hepatits C Vírus ou HCV) apresenta genoma constituído de RNA de fita simples, polaridade positiva, e pertence ao gênero Hepacivirus dentro da família Flaviviridade. O diagnóstico da infecção pelo HCV é feito por meio de testes sorológicos e moleculares. O objetivo deste estudo foi avaliar o desempenho de metodologias para detecção e quantificação do RNA do HCV em dois grupos de pacientes: virgens de tratamento antiviral e durante o curso da infecção aguda. Amostras de soro obtidas de 43 indivíduos reativos para anti-HCV e de um grupo de seis indivíduos com amostras seriadas coletadas durante o curso da infecção foram submentidas às técnicas qualitativas (RT-nested PCR, PCR-ELISA e TMA) e quantitativas (PCR-ELISA Quantitativa e DNA ramificado ou bDNA) de detcção do RNA do HCV, e genotipagem por análise do polimorfismo do tamanho dos fragmentos de restrição (Restriction Fragment Length Polymorphism ou RFLP). A técnica TMA apresentou a maior taxa (98por cento) de detecção do RNA do HCV e a técnica bDNA apresentou a menor taxa (88por cento) de detcção do RNA viral. Ao compararmos os resultados obtidos entre as técnicas qualitativas (RT-nested PCR vs PCR-ELISA) e entre os testes quantitativos (PCR-ELISA Quantitativas vs bDNA) observamos boa concordância. Na PCR-ELISA Quantitativa (COBAS AMPLICOR HCV Monitor Test v2.0) a não realização de diluição das amostras de soro com carga viral acima de 700.000 UI/mL pode ter subestimado os valores de carga viral. De acordo com a avaliação de minimização dos custos, os testes qualitativos de menor e maior custo foram RT-nested PCR e TMA, respectivamente, e os testes quantitativos de menor e maior custo forma COBAS AMPLICOR HCV Monitor Test v2.0 e bDNA, respectivamente. O teste TMA foi o mais sensível dentre os três ensaios qualitativos analisados. Em relação ao desempenho dos testes quantitativos nas amostras seriadas, observamos que a carga viral foi melhor determinada pelo...

Avaliação microbiológica de processos para higienização das mãos em ambiente não-hospitalar / Microbiological process evaluation not goes hands hygiene in no-hospitalar enviroment

Amostras das mãos de 150 pessoas, colhidas antes e após a higienização, com swab umedecido em soro fisiológico estéril, foram submetidas a análises microbiológicas para determinação de uniddes formadoras de colônias de mesófilos aeróbios, estafilococos e coliformes/enterococos por centímetro quadrado (ufc/cm²). Cinco processos de higienização foram avaliados: sabão anti-séptico em barra por 30 segundos; 2. sabão anti-séptico líquido por 30 segundos; 3. sabão anti-septico líquido por um minuto, seguido de álcool gel (70 por cento); 4. sabão anti-séptico líquido por três minutos; e 5. álcool gel por três minutos. Os resultados obtidos, em concordância com os conceitos atuais, demonstraram aumento no número de ufc/cm² após a higienização das mãos pelos quatro processos iniciais testados, o que é atribuído à remoção dos microrganismos da microbiota transitória, expondo aqueles que compõem a microbiota residente, em maior número e aderidos aos extratos mais profundos da camada córnea das mãos. Embora tais microrganismos remanescentes nas mãos freqüentemente estejam em equilíbrio com as defesas do organismo, o fato demonstra que o número de bactérias e fungos nas mãos continua alto após a sua higienização, podendo representar riscos de contaminação de outras pessoas, equipamentos, instrumentos e alimentos quando os cuidados de assepsia são negligenciados. O único processo avaliado que resultou em diminuição da contaminação foi o que empregou álcool gel durante 3 minutos

Contaminação microbiana nas mãos de pessoas com diferentes atividades profissionais / Microbial contamination in people's hands with different professional activities

Os autores investigaram a contaminação nas mãos de 210 indivíduos, com diferentes níveis de escolaridade, faixas etárias, sexos e atividades profissionais, através de parâmetros microbiológicos (microrganismos mesófilos aeróbios, enterococos, coliformes e estafilococos). Os resultados mostraram que o número e o tipo de bactérias sofrem influência das atividades profissionais e do nível de escolaridade, mas não dos outros fatores. As maiores contaminações, tanto globais (98,7ufc/cm²)como específicas (59,1ufc/cm²), reveladas respectivamente por mesófilos e estafilococos, foram observadas nas mãos das pessoas que trabalham com dinheiro. A segunda maior contaminação ocorreu nas mãos dos serventos (78ufc/cm²) e, em seguida, nas dos vendedores (74ufc/cm²). Os professores, estudantes e pessoal da área de saúde e de secretaria (45,4 a 62,3ufc/cm²) representaram o grupo com menor contaminação. Porém observou-se uma contaminação, con enterococos (10,4ufc/cm²), maior nas mãos das pessoas com atividade na área de saúde