Prevalence of SARS-CoV-2 among high-risk populations in Lomé (Togo) in 2020

ObjectiveThis survey aims at estimating the prevalence of SARS-CoV-2 in high risk populations in Lome. MethodsFrom April 23rd to May 8th 2020, we recruited a random sample of participants from five sectors: healthcare, air transport, police, road transport and informal. We collected oropharyngeal swab for direct detection through real time reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR), and blood for antibodies detection by serological tests. The overall prevalence (current and past) of infection was defined by positivity for both tests. ResultsA total of 955 participants with a median age of 36 (IQR 32-43) were included and 71.6% (n=684) were men. Around 22.1% (n=212) were from the air transport sector, 20.5% (n=196) in the police, and 38.7% (n=370) in the health sector. Seven participants (0.7%, 95% CI: 0.3-1.6%) had a positive rRT-PCR at the time of recruitment and nine (0.9%, 95% CI: 0.4-1.8%) were seropositive for IgM or IgG against SARS-CoV-2. We found an overall prevalence of 1.6% (n=15), 95% CI: 0.9-2.6%. ConclusionThe prevalence of the SARS-CoV-2 infection among high-risk populations in Lome was relatively low and could be explained by the various measures taken by the Togolese government. Therefore, we recommend targeted screening.

A l'heure de la protéine c-réactive, quelle place pour l'électrophorèse des protéines sériques dans l'exploration du syndrome inflammatoire biologique en milieu pédiatrique au Togo?

Dans les pays aux ressources limitées comme ceux de l'Afrique subsaharienne, l'accès à un bon diagnostic d'orientation en cas de suspicion d'un syndrome inflammatoire biologique (SIB) reste faible surtout en situation d'urgence. Objectif : déterminer la place à réserver à l'électrophorèse des protéines sériques (EPS) dans l'exploration du SIB au moment où l'on dispose du dosage de la protéine C-réactive (CRP). Matériel et méthodes : Nous avons mené une étude transversale analytique du 1er Août au 31 octobre 2012 au Centre Hospitalier Universitaire (CHU) Campus de Lomé. Un dosage de la CRP et une EPS ont été réalisés chez des enfants de moins de 15 ans,fébriles. La CRP a été dosée par méthode semi-quantitative par agglutination de particules de latex sur plaque alors que l'EPS a été réalisée sur plaque d'acétate de cellulose. Nous avons analysé la capacité de ces deux examens à détecter un SIB en fonction de la durée d'évolution de la maladie. Résultats : Cent sept enfants ont été inclus dans cette étude. La sex-ratio était de 1,1 avec 53,3% de garçons contre 46,7% de filles et une moyenne d'âge de 3,7±3,4 ans. Le taux global de positivité pour la détection d'un SIB était de 45,8% pour l'EPS et celui de la CRP était de 48,6%. L'analyse du taux de positivité de ces deux examens en fonction de la durée de la maladie montre une évolution en sens inverse. En effet, pour les prélèvements effectués précocement (moins de 24 heures après le début de la fièvre), la CRP détecte un SIB dans 65,9% des cas alors que l'EPS ne le détecte que dans 46,3% des cas. Pour les échantillons prélevés dans un délai moyen (deux à quatre jours après le début de la fièvre), les taux de positivité des deux examens se rapprochent avec 43,1% pour l'EPS et 41,4% pour la CRP. Enfin, pour les échantillons prélevés tardivement (au-delà du quatrième jour après le début de la fièvre), le taux de positivité de l'EPS devient plus élevé (62,5%) que celui de la CRP (12,5%). Conclusion : Il est préférable d'utiliser la CRP pour la recherche d'un SIB aigu et réserver l'EPS non seulement à l'exploration tardive d'un SIB aigu mais également à l'exploration du SIB chronique

Genetic characterization of HIV-1 strains in Togo reveals a high genetic complexity and genotypic drug-resistance mutations in ARV naive patients.

In this study, the genetic diversity of HIV-1 and the presence of genotypic drug-resistance mutations in ARV naive patients in Lomé, the capital city of Togo, was documented for the first time. Between June 2006 and January 2007, 83 plasma samples were collected in Lomé from HIV-1 positive and antiretroviral (ARV) naive individuals. Pol (protease+RT) and env (V3-V5) regions were amplified and sequenced. Phylogenetic and recombination analyses were done to identify the HIV-1 variants. Pol sequences were then inspected to identify presence of drug-resistance mutations based on the WHO list recommended for epidemiological studies. A total of 75 plasma samples were amplified and sequenced in both genomic regions. The phylogenetic analysis showed that CRF02 (48.7% and 51.2%) and G (12.8% and 16.2%) were predominant, followed by A3 (6.4% and 6.2%) and CRF06 (3.8% and 12.5%) in pol and env, respectively. One strain was identified as CRF05 in pol and env. Two divergent subtype A strains in env were undetermined (U) in pol but clustered with a previously described complex recombinant strain, 99GR303. Overall, at least 23/83 (27.7%) strains were recombinant, 19 had a unique recombinant structure in pol, and 4 had discordant subtype/CRF designations between pol and env. The subtypes/CRFs involved in the recombination events corresponded to those already circulating as non-recombinant strains in the country. A total of 8 patients harbored strains with mutations associated to drug resistance: L90M (n=1), K103N (n=1), T69N (n=1), T215S (n=1), M41L (n=4). In this study we showed the complexity of the HIV-1 strains circulating in Togo and documented a relative high proportion of ARV naive patients with drug-resistance mutations. The high number of resistant strains observed in Togo needs further attention and additional studies are needed to confirm this trend especially because the national ART program experienced major problems to provide drugs on a regular base.