MOLECULAR ANALYSIS OF NSP4 CODING GENE OF PORCINE ROTAVIRUS IN BRAZIL

The non-structural protein 4 (NSP4) has different roles in rotaviral replication, morphogenesis, and enterotoxin-like activity causing secretory diarrhea. A total of 11 partial nucleotide sequences of NSP4 coding gene were defined from group A rotavirus circulating in Brazilian swine herds. On comparing the viral sequences of diarrheagenic peptide area (amino acid 114-135), there was a single point mutation at amino acid 135 presented by two strains with amino acid alanine, and valine in the others. The NSP4 gene phylogeny showed that all strains clustered into E1 genotype, and the nucleotide identity between Brazilian strains ranged from 92.4% and 100%, while the putative amino acid identity, between 95.8% and 100%. Only one site (138aa) was positively selected and at least 119 were negatively selected. As a conclusion, these data demonstrate the occurrence of a common NSP4 genotype described elsewhere in pigs and low diversity between the samples from the surveyed areas.

Molecular analysis of NSP4 coding gene of porcine rotavirus in Brazil / Análise molecular do gene codificador da NSP4 de rotavírus suínos no Brasil

The non-structural protein 4 (NSP4) has different roles in rotaviral replication, morphogenesis, and enterotoxin-like activity causing secretory diarrhea. A total of 11 partial nucleotide sequences of NSP4 coding gene were defined from group A rotavirus circulating in Brazilian swine herds. On comparing the viral sequences of diarrheagenic peptide area (amino acid 114-135), there was a single point mutation at amino acid 135 presented by two strains with amino acid alanine, and valine in the others. The NSP4 gene phylogeny showed that all strains clustered into E1 genotype, and the nucleotide identity between Brazilian strains ranged from 92.4% and 100%, while the putative amino acid identity, between 95.8% and 100%. Only one site (138aa) was positively selected and at least 119 were negatively selected. As a conclusion, these data demonstrate the occurrence of a common NSP4 genotype described elsewhere in pigs and low diversity between the samples from the surveyed areas

A proteína não estrutural 4 (NSP4) desempenha diferentes funções na replicação e na morfogênese dos rotavírus, apresentando, ainda, uma atividade de enterotoxina, causando diarreia do tipo secretória. Um total de 11 sequências parciais de nucleotídeos do gene codificador da NSP4 de rotavírus suínos de criações brasileiras foram definidas como pertencentes ao grupo A. Comparando-se as sequências virais da área do peptídeo toxigênico, que compreende a porção entre os aminoácidos de 114 a 135, constatou-se uma única mutação pontual no aminoácido 135, sendo que duas amostras apresentaram alanina, e as demais, valina. A análise filogenética do gene demonstrou que todas as amostras pertencem ao genotipo E1, e que a identidade nucleotídica das amostras brasileiras variou de 92,4% a 100%, enquanto que a identidade de aminoácidos, de 95,8% a 100%. Apenas um resíduo (aa 138) sofreu seleção positiva enquanto que pelo menos outros 119 apresentam seleção negativa. Assim, esses dados mostram a ocorrência de um genotipo comum da NSP4 já descrito anteriormente em suínos, com uma baixa diversidade entre as amostras encontradas

Molecular analysis of nsp4 coding gene of porcine rotavirus in brazil

The non-structural protein 4 (NSP4) has different roles in rotaviral replication, morphogenesis, and enterotoxin-like activity causing secretory diarrhea. A total of 11 partial nucleotide sequences of NSP4 coding gene were defined from group A rotavirus circulating in Brazilian swine herds. On comparing the viral sequences of diarrheagenic peptide area (amino acid 114-135), there was a single point mutation at amino acid 135 presented by two strains with amino acid alanine, and valine in the others. The NSP4 gene phylogeny showed that all strains clustered into E1 genotype, and the nucleotide identity between Brazilian strains ranged from 92.4% and 100%, while the putative amino acid identity, between 95.8% and 100%. Only one site (138aa) was positively selected and at least 119 were negatively selected. As a conclusion, these data demonstrate the occurrence of a common NSP4 genotype described elsewhere in pigs and low diversity between the samples from the surveyed areas.

Molecular analysis of NSP4 coding gene of porcine rotavirus in Brazil / Análise molecular do gene codificador da NSP4 de rotavírus suínos no Brasil

The non-structural protein 4 (NSP4) has different roles in rotaviral replication, morphogenesis, and enterotoxin-like activity causing secretory diarrhea. A total of 11 partial nucleotide sequences of NSP4 coding gene were defined from group A rotavirus circulating in Brazilian swine herds. On comparing the viral sequences of diarrheagenic peptide area (amino acid 114-135), there was a single point mutation at amino acid 135 presented by two strains with amino acid alanine, and valine in the others. The NSP4 gene phylogeny showed that all strains clustered into E1 genotype, and the nucleotide identity between Brazilian strains ranged from 92.4% and 100%, while the putative amino acid identity, between 95.8% and 100%. Only one site (138aa) was positively selected and at least 119 were negatively selected. As a conclusion, these data demonstrate the occurrence of a common NSP4 genotype described elsewhere in pigs and low diversity between the samples from the surveyed areas(AU)

A proteína não estrutural 4 (NSP4) desempenha diferentes funções na replicação e na morfogênese dos rotavírus, apresentando, ainda, uma atividade de enterotoxina, causando diarreia do tipo secretória. Um total de 11 sequências parciais de nucleotídeos do gene codificador da NSP4 de rotavírus suínos de criações brasileiras foram definidas como pertencentes ao grupo A. Comparando-se as sequências virais da área do peptídeo toxigênico, que compreende a porção entre os aminoácidos de 114 a 135, constatou-se uma única mutação pontual no aminoácido 135, sendo que duas amostras apresentaram alanina, e as demais, valina. A análise filogenética do gene demonstrou que todas as amostras pertencem ao genotipo E1, e que a identidade nucleotídica das amostras brasileiras variou de 92,4% a 100%, enquanto que a identidade de aminoácidos, de 95,8% a 100%. Apenas um resíduo (aa 138) sofreu seleção positiva enquanto que pelo menos outros 119 apresentam seleção negativa. Assim, esses dados mostram a ocorrência de um genotipo comum da NSP4 já descrito anteriormente em suínos, com uma baixa diversidade entre as amostras encontradas(AU)

DETECÇÃO DE ROTAVÍRUS EM EFLUENTES DE CRIAÇÕES DE SUÍNOS NO ESTADO DE SÃO PAULO, BRASIL.

Os rotavírus são um dos principais agentes virais envolvidos na ocorrência de gastroenterites em crianças e em animais de diferentes espécies. Sua elevada resistência ambiental aliada à via de transmissão fecal-oral, torna-o um agente propício de se propagar pela água, principalmente nos efluentes. O objetivo deste estudo foi o de se detectar a circulação e eliminação de rotavírus em criações de suínos de baixa tecnificação do Estado de São Paulo, Brasil. Um total de 25 amostras, incluindo fezes de leitões com diarréia e efluentes não tratados, de 7 diferentes propriedades, foram testadas em paralelo para detecção do rotavírus através da eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) e ELISA, sendo as positivas confirmadas por RT-PCR (transcrição reversa - reação em cadeia pela polimerase). A PAGE evidenciou apenas uma amostra positiva (1/25 ou 4%) proveniente de material fecal, enquanto que pela ELISA, 6 (6/25 ou 24%) amostras positivas, das quais 4 de material fecal e 2 de efluentes. A RT-PCR confirmou todos os resultados positivos de PAGE e ELISA. Portanto, os rotavírus foram encontrados em 3 de 7 (42,86%) das criações pesquisadas, das quais em duas destas, o vírus foi detectado tanto no efluente quanto nos animais. Face a estes resultados, houve a detecção de rotavírus nos efluentes não tratados de criações de suínos, constituindo um risco para a disseminação do agente para h

Detection of rotavirus from pig livestock wastewater of São Paulo State, Brazil / Detecção de rotavírus em efluentes de criações de suínos no estado de São Paulo, Brasil

Rotavirus is one of the most important viral agents of gastroenteritis among child and animals from different species. It's high environmental resistance and the fecal-oral way of transmission makes this virus likely to be transmitted by wastewater. This study seeks to detect the wastewater elimination and circulation of group A rotavirus in low technified pig farms from São Paulo State, Brazil. A total of 25 samples, including piglet feces with diarrhea and untreated wastewater samples, from 7 different farms, were submitted in a parallel screening scheme of rotavirus infection through polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) and ELISA, which the positive samples were further confirmed by RT-PCR (reverse-transcription polimerase chain reaction). The PAGE revealed only one positive sample (1/25 or 4%) from feces, while by ELISA, 6 (6/25 or 24%) samples were positive, which 4 were from feces and 2 from wastewater. The RT-PCR confirmed all positive PAGE and ELISA results. Therefore, the rotavirus was found in 3 of 7 (42.86%) researched farms, which in 2 of these were detected both in animals and wastewater and one were found virus only in fecal samples. In view of these results, there was rotavirus detection from untreated pig farm wastewater, posing as a risk of spreading for humans and animals, implying the need of assuring microbiological and environmental safety measures with this material.

Os rotavírus são um dos principais agentes virais envolvidos na ocorrência de gastroenterites em crianças e em animais de diferentes espécies. Sua elevada resistência ambiental aliada à via de transmissão fecal-oral torna-o um agente propício de se propagar pela água, principalmente nos efluentes. O objetivo deste estudo foi o de se detectar a circulação e eliminação de rotavírus em criações de suínos de baixa tecnificação do Estado de São Paulo, Brasil. Um total de 25 amostras, incluindo fezes de leitões com diarréia e efluentes não tratados, de 7 diferentes propriedades, foram testadas em paralelo para detecção do rotavírus através da eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) e ELISA, sendo as positivas confirmadas por RT-PCR (transcrição reversa - reação em cadeia pela polimerase). A PAGE evidenciou apenas uma amostra positiva (1/25 ou 4%) proveniente de material fecal, enquanto que pela ELISA, 6 (6/25 ou 24%) amostras positivas, das quais 4 de material fecal e 2 de efluentes. A RT-PCR confirmou todos os resultados positivos de PAGE e ELISA. Portanto, os rotavírus foram encontrados em 3 de 7 (42.86%) das criações pesquisadas, das quais em duas destas, o vírus foi detectado tanto no efluente quanto nos animais. Em face destes resultados, houve a detecção de rotavírus nos efluentes não tratados de criações de suínos, constituindo um risco para a disseminação do agente para humanos e animais, implicando na necessidade de assegurarem-se medidas de segurança ambiental e microbiológica deste material.