Validation of novel reference genes for reverse transcription quantitative real-time PCR in drought-stressed sugarcane.

One of the most challenging aspects of RT-qPCR data analysis is the identification of reliable reference genes. Ideally, they should be neither induced nor repressed under different experimental conditions. To date, few reference genes have been adequately studied for sugarcane (Saccharum spp.) using statistical approaches. In this work, six candidate genes ( αTUB, GAPDH, H1, SAMDC, UBQ, and 25S rRNA) were tested for gene expression normalization of sugarcane root tissues from drought-tolerant and -sensitive accessions after continuous dehydration (24 h). By undergoing different approaches (GeNorm, NormFinder, and BestKeeper), it was shown that most of them could be used in combinations for normalization purposes, with the exception of SAMDC. Nevertheless three of them (H1, αTUB, and GAPDH) were considered the most reliable reference genes. Their suitability as reference genes validated the expression profiles of two targets (AS and PFP α1), related to SuperSAGE unitags, in agreement with results revealed by previous in silico analysis. The other two sugarcane unitags (ACC oxidase and PIP1-1), after salt stress (100 mM NaCl), presented their expressions validated in the same way. In conclusion, these reference genes will be useful for dissecting gene expression in sugarcane roots under abiotic stress, especially in transcriptomic studies using SuperSAGE or RNAseq approaches.

Vernalização afeta a mobilização de reservas de açúcares e nitrogênio e a emergência de plantas de lírio (Lilium longiflorum thunb.) snow queen / Vernalization affects nitrogen and sugar mobilization and plant emergence in snow queen lily (Lilium longiflorum thunb.)

Com o objetivo de avaliar a resposta dos dias efetivos de vernalização do lírio sobre o conteúdo de açúcares solúveis e nitrogênio total e a emergência de plantas, bulbos de Lilium longiflorum, cv æSnow QueenÆ foram submetidos a diferentes temperaturas de vernalização e períodos de exposição à temperaturas vernalizantes e cultivados em estufa plástica. O experimento foi conduzido na Universidade Federal de Santa Maria, Santa Maria (RS), em duas épocas de plantio dos bulbos: de 20/03/02 a 05/11/02 e 05/12/02 a 15/05/03. Os tratamentos foram 0, 9, 11, 14, 19, 23, 28, 29, 34, 38, 42, 45 e 56 dias efetivos de vernalização (DV), calculados a partir de uma função beta de resposta da vernalização à temperatura. Determinaram-se o conteúdo de açúcares solúveis e nitrogênio total e a duração do subperíodo de plantio dos bulbos-emergência das plantas (P-E). A vernalização promoveu a mobilização de reservas de açúcares e nitrogênio, o que é importante para nutrição da planta em emergência. O aumento do número de dias efetivos de vernalização reduziu a duração do subperíodo P-E. Bulbos tratados em temperaturas de 10ºC por 6 e 8 semanas de armazenamento (34 e 45DV), apresentaram uma menor duração do subperíodo P-E.