Antibiotic Guidelines for Critically Ill Patients in Nigeria.

BACKGROUND: It is well documented that inappropriate use of antimicrobials is the major driver of antimicrobial resistance. To combat this, antibiotic stewardship has been demonstrated to reduce antibiotic usage, decrease the prevalence of resistance, lead to significant economic gains and better patients' outcomes. In Nigeria, antimicrobial guidelines for critically ill patients in intensive care units (ICUs), with infections are scarce. We set out to develop antimicrobial guidelines for this category of patients. METHODS: A committee of 12 experts, consisting of Clinical Microbiologists, Intensivists, Infectious Disease Physicians, Surgeons, and Anesthesiologists, collaborated to develop guidelines for managing infections in critically ill patients in Nigerian ICUs. The guidelines were based on evidence from published data and local prospective antibiograms from three ICUs in Lagos, Nigeria. The committee considered the availability of appropriate antimicrobial drugs in hospital formularies. Proposed recommendations were approved by consensus agreement among committee members. RESULTS: Candida albicans and Pseudomonas aeruginosa were the most common microorganisms isolated from the 3 ICUs, followed by Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, and Escherichia coli. Targeted therapy is recognized as the best approach in patient management. Based on various antibiograms and publications from different hospitals across the country, amikacin is recommended as the most effective empiric antibiotic against Enterobacterales and A. baumannii, while colistin and polymixin B showed high efficacy against all bacteria. Amoxicillin-clavulanate or ceftriaxone was recommended as the first-choice drug for community-acquired (CA) CA-pneumonia while piperacillin-tazobactam + amikacin was recommended as first choice for the treatment of healthcare-associated (HA) HA-pneumonia. For ventilatorassociated pneumonia (VAP), the consensus for the drug of first choice was agreed as meropenem. Amoxycillin-clavulanate +clindamycin was the consensus choice for CAskin and soft tissue infection (SSIS) and piperacillin-tazobactam + metronidazole ±vancomycin for HA-SSIS. Ceftriaxone-tazobactam or piperacillin-tazobactam + gentamicin was consensus for CA-blood stream infections (BSI) with first choice+regimen for HA-BSI being meropenem/piperacillin-tazobactam +amikacin +fluconazole. For community-acquired urinary tract infection (UTI), first choice antibiotic was ciprofloxacin or ceftriaxone with a catheter-associated UTI (CAUTI) regimen of first choice being meropenem + fluconazole. CONCLUSION: Data from a multicenter three ICU surveillance and antibiograms and publications from different hospitals in the country was used to produce this evidence-based Nigerian-specific antimicrobial treatment guidelines of critically ill patients in ICUs by a group of experts from different specialties in Nigeria. The implementation of this guideline will facilitate learning, continuous improvement of stewardship activities and provide a baseline for updating of guidelines to reflect evolving antibiotic needs.

CONTEXTE: Il est bien établi que l'utilisation inappropriée des antimicrobiens est le principal moteur de la résistance aux antimicrobiens. Pour lutter contre ce phénomène, il a été démontré que la bonne gestion des antibiotiques permettait de réduire l'utilisation des antibiotiques, de diminuer la prévalence de la résistance, de réaliser des gains économiques significatifs et d'améliorer les résultats pour les patients. Au Nigéria, les directives antimicrobiennes pour les patients gravement malades dans les unités de soins intensifs (USI), souffrant d'infections, sont rares. Nous avons entrepris d'élaborer des lignes directrices sur les antimicrobiens pour cette catégorie de patients. MÉTHODES UTILISÉES: Un comité de 12 experts, composé de microbiologistes cliniques, d'intensivistes, de médecins spécialistes des maladies infectieuses, de chirurgiens et d'anesthésistes, a collaboré à l'élaboration de lignes directrices pour la prise en charge des infections chez les patients gravement malades dans les unités de soins intensifs nigérianes. Les lignes directrices sont basées sur des données publiées et des antibiogrammes prospectifs locaux provenant de trois unités de soins intensifs de Lagos, au Nigeria. Le comité a pris en compte la disponibilité des médicaments antimicrobiens appropriés dans les formulaires des hôpitaux. Les recommandations proposées ont été approuvées par consensus entre les membres du comité. RÉSULTATS: Candida albicans et Pseudomonas aeruginosa étaient les microorganismes les plus fréquemment isolés dans les trois unités de soins intensifs, suivis par Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii et Escherichia coli. La thérapie ciblée est reconnue comme la meilleure approche pour la prise en charge des patients. Sur la base de divers antibiogrammes et publications provenant de différents hôpitaux du pays, l'amikacine est recommandée comme l'antibiotique empirique le plus efficace contre les entérobactéries et A. baumannii, tandis que la colistine et la polymixine B se sont révélées très efficaces contre toutes les bactéries. L'amoxicilline-clavulanate ou la ceftriaxone ont été recommandées comme médicaments de premier choix pour les pneumonies communautaires, tandis que la pipéracilline-tazobactam + amikacine ont été recommandées comme médicaments de premier choix pour le traitement des pneumonies associées aux soins. Pour les pneumonies acquises sous ventilation mécanique (PAV), le consensus sur le médicament de premier choix est le méropénem. L'amoxycilline-clavulanate +clindamycine était le choix consensuel pour les infections de la peau et des tissus mous et la pipéracilline-tazobactam + métronidazole ±vancomycine pour les infections de la peau et des tissus mous. HA-SSIS. Ceftriaxone-tazobactam ou pipéracilline-tazobactam + gentamicine a fait l'objet d'un consensus pour les infections de la circulation sanguine de l'AC (BSI), le premier choix de régime pour les HA-BSI étant le méropénem/pipéracilline-tazobactam +amikacine +fluconazole. Pour les infections urinaires communautaires, l'antibiotique de premier choix était la ciprofloxacine ou la ceftriaxone, le régime de premier choix pour les infections urinaires associées à un cathéter étant le meropenem +fluconazole. CONCLUSION: Les données issues d'une surveillance multicentrique de trois unités de soins intensifs, d'antibiogrammes et de publications de différents hôpitaux du pays ont été utilisées par un groupe d'experts de différentes spécialités nigérianes pour élaborer ces lignes directrices sur le traitement antimicrobien des patients gravement malades dans les unités de soins intensifs, fondées sur des données probantes et spécifiques au Nigeria. La mise en œuvre de ces lignes directrices facilitera l'apprentissage, l'amélioration continue des activités de gestion et fournira une base de référence pour la mise à jour des lignes directrices afin de refléter l'évolution des besoins en antibiotiques. Mots clés: Antimicrobiens, Résistance aux antimicrobiens, Gestion des antibiotiques, Lignes directrices, Soins intensifs, Unité de soins intensifs, Infections associées aux soins de santé.

Fungal Nail Infections amongst Cassava Farmers and Processors in Southwest Nigeria.

INTRODUCTION: Onychomycosis has been documented as an occupational dermatosis and dermatophyte infection of the nail is the most common infection amongst farmers. This study aims to determine the prevalence of fungal nail infections amongst cassava farmers and processors and identify causative organisms. METHODS: Consenting individuals engaged in the processing of raw cassava into 'garri' meal in Odogbolu local government area of Ogun State were included. Questionnaires contained demographic details, clinical descriptions, classification, and the presence of fungal infections in other parts of the body. Nail clippings were collected for direct microscopy using 40% Potassium hydroxide solution to break down nail keratin. Specimens were inoculated onto Sabouraud's dextrose agar with chloramphenicol and gentamicin incorporated, and incubated at 26°C and 35°C. RESULTS: Clinical features of onychomycosis were found in 119 (68.4%) participants. Distal subungual onychomycosis (68-57.1%) was the most common clinical type, followed by total dystrophic onychomycosis (49-41.2%), candida onychomycosis (34-28.6%), proximal subungual onychomycosis (14-11.8%) and superficial white onychomycosis (9-7.6%). One hundred and one (84.9%) respondents with clinically described onychomycosis had positive results in mycology studies. The non-dermatophyte molds (Aspergillus and Penicillium spp.) were found in 130 samples (78.8%); dermatophytes in 31 (18.8%) and yeast in 7 (4.2%). CONCLUSION: Non-dermatophyte molds, traditionally thought to be contaminants of nail cultures, were the main causative agents of primary fungal nail infections. Garri processors will benefit from public health intervention geared towards automation of some of these processes to minimize contact with soil and water, and health education on the use of protective materials.

INTRODUCTION: L'onychomycose a été documentée comme une dermatose professionnelle, et l'infection dermatophyte de l'ongle était l'infection la plus courante chez les agriculteurs. Cette étude vise à déterminer la prévalence des infections fongiques des ongles chez les cultivateurs et les transformateurs de manioc et à identifier les organismes responsables. MÉTHODES: Des individus consentants engagés dans la transformation du manioc brut en farine de 'garri' dans la zone de gouvernement local d'Odogbolu de l'Etat d'Ogun ont été inclus. Les questionnaires contenaient des détails démographiques, des descriptions cliniques, une classification et la présence d'infections fongiques dans d'autres parties du corps. Des coupures d'ongles ont été prélevées pour une microscopie directe en utilisant une solution d'hydroxyde de potassium à 40% pour décomposer la kératine de l'ongle. Les spécimens ont été inoculés sur de la gélose dextrose de Sabouraud avec du chloramphénicol et de la gentamicine incorporés, et incubés à 26°C et 35°C. RÉSULTATS: Des caractéristiques cliniques d'onychomycose ont été trouvées chez 119 (68,4%) participants. L'onychomycose sousunguéale distale (68­57,1 %) était le type clinique le plus fréquent, suivie par l'onychomycose dystrophique totale (49 à 41,2 %), l'onychomycose à candida (34 à 28,6 %), l'onychomycose sousunguéale proximale (14 à 11,8 %) et l'onychomycose blanche superficielle (9 à 7,6 %). Cent un (84,9 %) répondants présentant une onychomycose décrite cliniquement ont eu des résultats positifs dans les études mycologiques. Les moisissures non dermatophytes (Aspergillus et Penicillium spp.) ont été trouvées dans 130 échantillons (78,8%) ; les dermatophytes dans 31 (18,8%) et les levures dans 7 (4,2%). CONCLUSION: Les moisissures non dermatophytes, traditionnellement considérées comme des contaminants des cultures d'ongles, étaient les principaux agents causaux des infections fongiques primaires des ongles. Les transformateurs de garri bénéficieront d'une intervention de santé publique axée sur l'automatisation de certains de ces processus afin de minimiser le contact avec le sol et l'eau, et d'une éducation sanitaire sur l'utilisation de matériaux de protection. Mots clés: Onychomycose, 'garri', transformateurs de manioc, moisissures non dermatophytes, dermatophytes, levures.

Laboratory Diagnostic Capacity for Fungal Infections in Nigerian Tertiary Hospitals: A Gap Analysis Survey.

BACKGROUND: An estimated 11.8% of Nigerians suffer from invasive fungal infections (IFIs) yearly. Laboratory capacity to diagnose IFIs in Nigeria has not been objectively assessed. OBJECTIVE: To identify the gaps in laboratory capacity for diagnosis of IFIs in Nigerian tertiary hospitals. METHODS: Clinical microbiologists in Nigerian tertiary hospitals were invited to partake in a 21-item online survey via a professional chat group and email. A descriptive crosssectional study of survey responses was conducted. Frequencies were computed for microscopy, culture, antifungal sensitivity, and non-culture based diagnostic modalities. FINDINGS: Respondents were from 22 tertiary hospitals spread across the six geo-political zones of Nigeria. Gaps identified include absence of mycology laboratory/bench in 5/22 (22.7%), no access to a biosafety cabinet in 5/22 (22.7%), lack of laboratory scientists formally trained in mycology in 9/22 (40.9%), lack of participation in external quality assurance in all (100%), lack of automated blood culture facilities in 9/22 (40.9%), no yeast identification beyond germ tube test in12/22 (54.5%), and no anti-fungal sensitivity testing in 17/22 (77.3%). Galactomannan, cryptococcal antigen lateral flow assay and latex agglutination tests are used in 1(4.5%), 3 (13.6%) and 5 (22.7%) centres respectively; antigen/antibody based non-culture diagnostics were totally absent in 12/22 (54.5%) hospitals. CONCLUSION: Nigerian tertiary hospitals have gaps in the laboratory capacity to diagnose invasive fungal infections despite the significant size of the population at risk of these life-threatening infections in the country. Economically feasible diagnostic solutions and models as well as capacity building are urgently required.

CONTEXTE: On estime que 11,8% des Nigérians souffrent d'infections fongiques invasives (IFI) chaque année. La capacité des laboratoires à diagnostiquer les IFI au Nigéria n'a pas été objectivement évaluée. OBJECTIF: Identifier les lacunes dans la capacité des laboratoires pour le diagnostic des IFI dans les hôpitaux tertiaires Nigéria. METHODES: Les microbiologistes cliniques des hôpitaux tertiaires nigérians ont été invités à participer à une enquête en ligne de 21 éléments via un groupe de discussion professionnel et par courrier électronique. Une étude transversale descriptive des réponses à l'enquête a été menée. Les fréquences ont été calculées pour la microscopie, la culture, la sensibilité antifongique et les modalités de diagnostic non basées sur la culture. RESULTATS: Les répondants provenaient de 22 hôpitaux tertiaires répartis dans les six zones géopolitiques du Nigéria. Les lacunes identifiées incluent l'absence de laboratoire / banc de mycologie dans 5/22 (22,7%), pas d'accès à une armoire de biosécurité dans 5/22 (22,7%), le manque de scientifiques de laboratoire formellement formés en mycologie dans 9/22 (40,9%), manque de participation à l'assurance qualité externe dans tous (100%), manque d'installations d'hémoculture automatisées dans 9/22 (40,9%), pas d'identification de levure au-delà du test sur tube germinatif dans 12/22 (54,5%), et pas d'antifongique test de sensibilité en 17/22 (77,3%). Le galactomannane, le dosage à flux latéral de l'antigène cryptococcique et les tests d'agglutination au latex sont utilisés respectivement dans 1 (4,5%), 3 (13,6%) et 5 (22,7%) centres; les diagnostics sans culture basés sur l'antigène / anticorps étaient totalement absents dans 12/22 (54,5%) hôpitaux. CONCLUSION: Les hôpitaux tertiaires Nigéria ont des lacunes dans la capacité des laboratoires à diagnostiquer les infections fongiques invasives malgré la taille importante de la population à risque de ces infections potentiellement mortelles dans le pays. Des solutions et des modèles de diagnostic économiquement réalisables ainsi que le renforcement des capacités sont nécessaires de toute urgence. MOTS CLÉS: Infections fongiques, Laboratoires, Nigéria, Hôpital tertiaire.

Chronic pulmonary aspergillosis as a cause of smear-negative TB and/or TB treatment failure in Nigerians.

OBJECTIVE: To evaluate chronic pulmonary aspergillosis (CPA) as an alternative diagnosis of smear-negative tuberculosis (TB) and treatment failure in TB patients in Nigeria. METHODS: We conducted a cross-sectional multicentre survey in human immunodeficiency virus (HIV) positive and negative adult patients at the end of their TB treatment in clinics in Lagos and Ilorin states. All were assessed using clinical examination, chest X-ray (CXR) and aspergillus immunoglobulin G (IgG) serology, and some for sputum fungal culture. CPA was defined as a positive Aspergillus fumigatus IgG titre with compatible CXR or a positive sputum culture of Aspergillus with a visible fungal ball on CXR with symptoms of underlying lung disease. RESULTS: Of 208 patients recruited between June 2014 and May 2015, 153 (73.6%) were HIV-positive. The mean age was 39.8 years, 124 (59.6%) were female and 39 (18.8%) were unable to work. The median CD4 count was 169.5 cells/ml (range 4-593) in HIV-infected patients with positive Aspergillus IgG. Overall, 109 (52.4%) had documented TB, 140 (67.3%) had a productive cough and 50 had haemoptysis. CPA prevalence was 8.7%; 10 (6.5%) had HIV infection and 8 (14.5%) were HIV-negative (Fisher's exact P = 0.092). CONCLUSION: CPA is a neglected disease in Nigeria, and most cases match the World Health Organization diagnostic criteria for smear-negative TB.

Burden of serious fungal infection in Nigeria.

BACKGROUND: Nigeria is the most populous country in Africa with a high rate of tuberculosis and a moderate HIV infection burden. Cutaneous and mucosal fungal infections are reported from Nigeria but there are few reports of serious fungal infections. METHODS: A literature search was done to identify all epidemiology papers reporting fungal infection rates from Nigeria. We used specific populations at risk derived from the WHO and literature and the fungal infection frequencies were used to estimate national incidence or prevalence. RESULTS: 1.5M Nigerian women get recurrent vaginal thrush. Tinea capitis occurs in >20% of school age children, translating to over 15.5M children affected. Based on the 3,459,363 cases of HIV infection; an estimated 1,449,166 (55% children) of whom are on ARV therapy; there are 281,180 new AIDS cases, and an estimated 57,866 cases of cryptococcal meningitis. 75,000 patients with AIDS cases are expected to develop Pneumocystis pneumonia (40% rate in children), 253,000 oral candidiasis and 144,000 oesophageal candidiasis. There were 78,032 cases of pulmonary TB in 2010, and we anticipate 19,000 new cases of chronic pulmonary aspergillosis with a 5 year period prevalence of 60,377 cases. Prevalence of asthma in adults is 15.2%, estimated at 3.7M adult asthmatics of which 94,000 (2.5%) will have ABPA and 124,000 severe asthma with fungal sensitisation (SAFS). Rates of candidaemia, Candida peritonitis, invasive aspergillosis and mucormycosis were estimated on a population basis, without supporting data and are probably uncommon or rare. CONCLUSION: Our estimates indicate that over 11.8% of the Nigerian population is estimated to suffer from a serious fungal infection each year. If tinea capitis and recurrent vaginal thrush are excluded, over 960,000 are estimated to be affected, with substantial mortality. Epidemiological studies are urgently required to validate or modify these estimates.

Onychomycosis: updates and management challenges. A review.

Onychomycosis is a fungal infection which affects the nail unit. It was previously thought to be just a cosmetic problem, but presently, it is regarded as a major public health issue because of the impact on the quality of life of the patients.A etiologic factors identified in onychomycosis include increasing age,immunosuppression, occupation and genetics. Management of onychomycosisis both pharmacological and non pharmacological. Pretreatment counseling is important in patients with fungal nail infections and this should include probable length of therapy, possible side effects of treatment and the expenses involved.Patients should be educated on proper nail care and the fact that no treatment isI 00% effective. Presently, combination therapy is advocated for the management of onychomycosis. This is a review of the epidemiology, clinical types,investigations and current considerations in the management of onychomycosis.