The Experience of Testing for Coronavirus Disease (COVID-19) at a Single Diagnostic Center in Paraguay before the Introduction of Vaccination.

Soon after the declaration of the COVID-19 pandemic, the Institute for Health Sciences Research (IICS) of the National University of Asunción, Paraguay became a testing laboratory (COVID-Lab) for SARS-CoV-2. The COVID-Lab testing performance was assessed from 1 April 2020 to 12 May 2021. The effect of the pandemic on the IICS and how the COVID-Lab contributed to the academic and research activities of the institute were also assessed. IICS researchers and staff adjusted their work schedules to support the COVID-Lab. Of the 13,082 nasopharyngeal/oropharyngeal swabs processed, 2704 (20.7%) tested positive for SARS-CoV-2 by RT-PCR. Of the individuals testing positive, 55.4% were female and 48.3% were aged 21-40 years. Challenges faced by the COVID-Lab were unstable reagent access and insufficient staff; shifting obligations regarding research, academic instruction, and grantsmanship; and the continuous demands from the public for information on COVID-19. The IICS provided essential testing and reported on the progress of the pandemic. IICS researchers gained better laboratory equipment and expertise in molecular SARS-CoV-2 testing but struggled to manage their conflicting educational and additional research obligations during the pandemic, which affected their productivity. Therefore, policies protecting the time and resources of the faculty and staff engaged in pandemic-related work or research are necessary components of healthcare emergency preparedness.

Microorganismos productores de carbapenemasa en muestras clínicas de pacientes internados en el hospital de clínicas durante los años 2020-2021

La Organización Mundial de la Salud ha declarado que la resistencia a los antimicrobianos es una de las 10 principales amenazas de salud pública a las que se enfrenta la humanidad. Actualmente, enzimas de las familias Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), Oxacillinase (OXA), New Delhi Metallo-beta-lactamase (NDM), Verona Integron En coded Metallo-beta-lactamase (VIM) e Imipenemase (IMP) son las que se detectan con mayor frecuencia a nivel mundial. El objetivo es describir los hallazgos de los aislamientos de microorganismos productores de carbapenemasas de pacientes internados en el Hospital de Clínicas durante los años 2020 y 2021. Se realizó un estudio descriptivo retrospectivo de corte transversal de datos obtenidos del laboratorio de microbiología del Hospital entre enero 2020 y diciembre 2021. Se estudiaron 216 muestras clínicas de las cuales 196(91%) fueron en pacientes adultos, 172 (80%) fueron positivos para enzimas metalo-ß-lactamasa (MBL), Klebsiella pneumoniae fue la especie más frecuente. En pacientes internados en la Unidad de Cuidados Intensivos predominaron estos aislamientos y en muestras de orina 91 (42%). Según sexo, 108(50%) para ambos sexos y una mediana de edad de 52 años, con un rango de 6 días de vida a 92 años. En cuanto a número de aislamientos hallados, fue mayor en el año 2020 con 121 (56%).La vigilancia activa junto a medidas de control de infecciones son necesarias para limitar la diseminación de microorganismos productores de carbapenemasas, además se hallan datos necesarios para justificar la introducción al país de antibióticos de elección para estos microorganismos.

The World Health Organization has declared antimicrobial resistance one of the top 10 public health threats facing humanity. Currently, enzymes from the families Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), Oxacillinase (OXA), New Delhi Metallo-beta-lactamase (NDM), Verona Integron En coded Metallo-beta-lactamase (VIM) and Imipenemase (IMP) are those that are more frequently detected worldwide. The objective is to describe the findings of the isolates of carbapenemase-producing microorganisms from patients hospitalized at the Hospital de Clínicas during the years 2020 and 2021. A retrospective descriptive cross-sectional study of data obtained from the Hospital's microbiology laboratory was carried out between January 2020and December 2021. 216 clinical samples were studied, of which 196 (91%) were in adult patients, 172 (80%) were positive for metallo-ß-lactamase (MBL) enzymes, Klebsiella pneumoniae was the most frequent species. In patients hospitalized in the Intensive Care Unit these isolates predominated and in urine samples 91 (42%). According to sex, 108 (50%) for both sexes and a median age of 52 years, with a range of 6 days to 92 years. Regarding the number of isolates found, it was higher in 2020 with 121 (56%). Active surveillance together with infection control measures are necessary to limit the spread of carbapenemase-producing microorganisms, in addition, there are necessary data to justify the introduction of antibiotics of choice for these microorganisms into the country.

Infección por el Virus del Mono: Primer caso reportado en Paraguay

Desde hace varios años es conocida la infección transmitida por el virus de la viruela símica, caracterizada por afecciones que transitan desde leves lesiones cutáneas hasta afecciones más complejas; sin embargo, desde el mes de mayo, ha habido un rebrote de casos con notificación de alerta epidemiológica a nivel mundial, declarándose luego una emergencia de salud pública por la OMS en el mes de julio. La mayoría de los casos fueron observados en hombres que tienen sexo con hombres lo que sugiere la mayor exposición las relaciones sexuales y eventualmente ha propuesto la interrogante de nuevas mutaciones genéticas. Se presenta el primer caso de Viruela del Mono en Paraguay, en paciente adulto joven, masculino, de compromiso leve, sin repercusión sistémica, y con evolución favorable. Las medidas sanitarias son nuevamente el pilar fundamental para la toma de directrices y manejos protocolizados a fin de alcanzar una correcta vigilancia en salud pública.

The infection transmitted by the monkeypox virus has been known for a few years, characterized by conditions from mild skin lesions to another more complex; however, since the month of May, there has been a resurgence of cases with notification of epidemiological alert worldwide, later declaring a public health emergency by the WHO in July. Most of the cases were observed in men who have sex with men, suggesting the greatest exposure to sexual intercourse and eventually raising the question of new genetic mutations. The first case of Monkeypox in Paraguay is presented, in a young adult male patient, with mild involvement, without systemic repercussions, and with a favorable evolution. Sanitary measures are once again the fundamental pillar for the adoption of protocolized guidelines and procedures in order to achieve proper public health surveillance.

Identificación de los mecanismos resistencia enzimáticos en uropatógenos de pacientes ambulatorios de un hospital público de San Lorenzo, Paraguay; 2015-2019 / Identification of enzyme resistance mechanisms in pathogens from an outpatient clinic in a public hospital in San Lorenzo, Paraguay; 2015-2019

Introducción: El propósito del estudio es determinar en los urocultivos, la prevalencia de los mecanismos enzimáticos de resistencia encontrados in vitro. Materiales y métodos: Se realizó un estudio retrospectivo, de ambos sexos, mayores de 18 años, que acudieron al Consultorio Externo de Clínica Médica y Urgencias por síntomas de infección urinaria. Se incluyeron todos los urocultivos en los que se aislaron uropatógenos con recuento ≥ 105 UFC/mL. Se excluyeron los urocultivos polimicrobianos, los que no contaban con antibiograma o aquellos con datos clínicos incompletos. Resultados: Se identificaron 1031 urocultivos que cumplieron con los criterios establecidos para la realización del estudio. El 56% correspondió al sexo femenino y el 43% al masculino. La edad media de las mujeres fue de 52± 20 años y el de los hombres fue de 62±16 años. Los uropatógenos más frecuentes fueron Escherichia coli 553 (52% en promedio) seguida de Klebsiella pneumoniae con 148 (14% en promedio). Urocultivos de varones: El principal mecanismo de resistencia de Escherichia coli fueron las BLEE, 55 aislamientos (91%); seguida de las MBL, 3 aislamientos (5%) y KPC, 2 aislamientos (3%). En Klebsiella pneumoniae en 53 aislamientos se puedo observar: BLEE, 31 aislamientos (58%); seguida de las KPC 13 aislamientos (25%) y MBL, 9 aislamientos en (16%). Urocultivos en mujeres: Las enzimas de Escherichia coli fueron 81 aislamientos, de los cuales fueron BLEE, 79 aislamientos (97%); seguido de las KPC, 1 aislamiento (1%) y las MBL, 1 aislamiento (1%). En Klebsiella pneumoniae se pudo observar los siguientes mecanismos enzimáticos en base a 35 aislamientos; BLEE, 19 aislamientos (54%), seguida de las KPC, 12 aislamientos (34%) y por último, MBL, 4 aislamientos (13%). Conclusión: En las IVU de nuestro estudio, Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae fueron las principales bacterias que originan resistencia a los antibióticos y la BLEE fue la enzima más frecuentemente identificada en ambos sexos.

Introduction: The objective of this study was to assess frequency of enzymatic resistance mechanisms isolated from community urinary tract infections (UTI) determined in vitro in urine cultures. Objectives: This is a retrospective study, a total of 1031 urine samples were included from patients with urinary tract infection who had consulted at the Outpatient Clinic and Emergencies Services. The following information was recorded, age, sex, urine sample. All urine cultures in which pathogens with a count of ≥ 105 CFU / mL were included. Were excluded polymicrobial urine cultures, those without an antibiogram or those with incomplete clinical data. Results: A total of 1031 urine samples met inclusion criteria, 56% of patients were female and 43% male. The mean age of the women was 52 ± 20 years and in men was 62 ± 16 years. 553 (52%) E. coli and 148 (14%) Klebsiella strains were isolated from community samples. Male urine cultures: The main resistance mechanism of Escherichia coli was ESBLs, 55 isolates (91%); followed by MBL, 3 isolates (5%) and KPC, 2 isolates (3%). In Klebsiella pneumoniae (53 isolates); ESBL, 31 isolates (58%); followed by KPC 13 isolates (25%) and MBL, 9 isolates in (16%). Female urine culture: Escherichia coli enzymes 81 isolates, of which ESBLs were 79 isolates (97%); followed by KPC, 1 isolate (1%) and MBL, 1 isolate (1%). In Klebsiella pneumoniae the following enzymatic mechanisms could be observed based on 35 isolates; ESBL, 19 isolates (54%), followed by KPCs, 12 isolates (34%) and finally, MBL, 4 isolates (13%). Conclusion: The result of our study showed high prevalence of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae causing resistance to antibiotics in culture bacteria from urine samples of patients with UTI, and ESBL was the main ß-lactamase resistance mechanism in Klebsiella and E. coli isolates in both male and female.

El Impacto de las infecciones de las vías urinarias en la Salud Pública del Paraguay / The Impact of urinary tract infections in Public Health of Paraguay

Las infecciones de las vías urinarias son a veces consideradas de poco interés médico, fácil de diagnosticar y tratar. Sin embargo, las mismas representan ingentes gastos para la Salud Pública, debido a su alta frecuencia, por los estudios de laboratorio necesarios para el adecuado manejo y de imágenes que son solicitados. Por otra parte los antibióticos utilizados en general, y en particular para los gérmenes que presentan resistencia a los mismos. En el presente artículo de revisión se exponen informaciones respecto a datos estadísticos de la frecuencia de las principales infecciones de vías urinarias en ambos sexos, el costo que representan los mismos, tasas de mortalidad, tasas de recurrencia y algunas perspectivas desde el punto de vista de la Salud Pública general y el de nuestro país en particular.

Urinary tract infections are sometimes considered of little medical interest, easy to diagnose and treat. However, they represent huge expenses for public health, due to their frequency, laboratory studies and images that are also requested by the antibiotics used in general and in particular for the germs that are resistant to them. In this review article we present information regarding statistical data on the frequency of the main urinary tract infections in both sexes, their cost, mortality rates, recurrence rates and some perspectives from the point of view of general Public Health and that of our country in particular.

Empleo de los antibióticos de segunda línea para el tratamiento de la cistitis aguda no complicada de la mujer: enfoque actual

RESUMEN Fundamento y objetivo: con este estudio pretendemos identificar los antibióticos considerados de segunda línea para el uso en las infecciones de vías urinarias (IVU), específicamente en las cistitis no complicadas de la mujer. Posteriormente nos proponemos presentar la prevalencia de resistencia a los antibióticos de segunda línea de los gérmenes más frecuentemente encontrados en las IVU en el Laboratorio de Microbiología de la Facultad de Ciencias Médicas, de la Universidad Nacional de Asunción. Material y método: se realizó un trabajo observacional, descriptivo, de corte transverso. Resultados: Escherichia coli presenta un resistencia inferior al 20% en promedio para la cefuroxima, que se mantiene en el lapso observado (2010 - 2017). La resistencia a la ampicilina-sulbactam de dicho germen está variando, de una resistencia elevada en los primeros años de la observación, hasta un acercamiento progresivo en los años precedentes al 30% (en promedio 34%). La resistencia a la ciprofloxacina presenta una tasa superior al 25% en los años de estudiados. En cuanto a la resistencia de Klebsiella pneumoniae a los antibióticos de segunda línea, en los últimos dos años de observación, tanto al grupo de las cefalosporinas, de la ampicilina sulbactam y la ciprofloxacina, se encontró una resistencia mayor al 30%. Conclusiones: los datos muestran una importante resistencia de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae aislados en los urocultivos a los antibióticos identificados como de segunda línea para el tratamiento de las cistitis no complicadas de la mujer, por lo que debe otorgársele un gran peso a los resultados de los urocultivos para la utilización apropiada de estos antibióticos.

ABSTRACT Background and objective: With this study we intended to identify the second-line antibiotics to be used in urinary tract infections (UTI), specifically in uncomplicated cystitis of women. Later, we proposed to present the prevalence of resistance to the second-line antibiotics of the germs most frequently found in the UTI in the Microbiology Laboratory of the Faculty of Medical Sciences of the National University of Asunción. Material and method: An observational, descriptive, cross-sectional study was carried out. Results: Escherichia coli has a resistance to cefuroxine lower than 20% on average, which was maintained in the observed period (2010-2017). The resistance to ampicillin-sulbactam of this germ is varying, from a high resistance in the first years of the observation to a progressive approach to 30% in the preceding years (on average 34%). Resistance to ciprofloxacin presents a rate higher than 25% in the studied years. Regarding the resistance of Klebsiella pneumoniae to the second-line antibiotics, a resistance greater than 30% was found for the group of cephalosporins, ampicillin sulbactam and ciprofloxacin in the last two years of observation. Conclusions: The data show an important resistance of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolated in urine cultures to the second-line antibiotics for the treatment of uncomplicated cystitis in women. Therefore, a great weight should be given to the results of the urine cultures for the proper use of these antibiotics.

El tratamiento de la cistitis aguda no complicada de la mujer en la comunidad ¿es un problema resuelto en el país?

RESUMEN Introducción: la práctica de la Medicina enfrenta frecuentemente al manejo de pacientes del sexo femenino con infección de vías urinarias no complicada, en las que se necesita iniciar un tratamiento empírico para Escherichia coli, basado en la identificación de los llamados antibióticos de primera línea para dicho germen y en el conocimiento de la resistencia local a los mismos. Objetivos: analizar los textos de Medicina Interna, Nefrología, Microbiología, guías internacionales y otras publicaciones recientes para identificar los antibióticos como los de primera línea para el tratamiento de la cistitis aguda no complicada en la mujer: nitrofurantoína, fosfomicina, cotrimoxazol (trimetoprim-sulfametoxazol) y pivmecillinam. Resultados: de los antibióticos mencionados sólo están disponibles en el país la nitrofurantoína y el cotrimoxazol. En un estudio que hemos publicado recientemente se encontró que la resistencia de Escherichia coli a la nitrofurantoína fue 4% y al cotrimoxazol fue del 35%. Conclusión: de los antibióticos considerados de primera línea para el tratamiento empírico de la cistitis aguda no complicada en la mujer, solo tenemos disponible en el país la nitrofurantoína y el cotrimoxazol, siendo baja (4%) la resistencia local de Escherichia coli a la nitrofurantoina y elevada (35%) al cotrimoxazol.

ABSTRACT Introduction: The practice of medicine frequently faces the management of female patients with uncomplicated urinary tract infection, in which an empirical treatment for Escherichia coli is needed, based on the identification of the so-called first-line antibiotics for this germ and in the knowledge of local resistance to them. Objectives: To analyze the texts of Internal Medicine, Nephrology, Microbiology, international guidelines and other recent publications to identify the following antibiotics as those of first line for the treatment of uncomplicated acute cystitis in women: nitrofurantoin, fosfomycin, cotrimoxazole (trimethoprim -sulfamethoxazole) and pivmecillinam. Results: Of the above mentioned antibiotics, only nitrofurantoin and cotrimoxazole are available in Paraguay. In a study we recently published it was found that the resistance of E. coli to nitrofurantoin was 4% and to cotrimoxazole 35%. Conclusion: Of the antibiotics considered as of first line for the empirical treatment of uncomplicated acute cystitis in women, only nitrofurantoin and cotrimoxazole are available in the country, being low (4%) the local resistance of E. coli to nitrofurantoin and high (35%) to cotrimoxazole.

Susceptibilidad in vitro a los antibióticos de bacterias productoras de infecciones urinarias en la mujer: evaluación retrospectiva de 5 años / In vitro susceptibility testing to antimicrobial agents of urinary tract infection bacteria in women: a 5-year retrospective study

INTRODUCCIÓN: Las crecientes tasas de resistencia que muestran los patógenos urinarios representan un grave problema. El objetivo de este estudio ha sido realizar un seguimiento de la etiología de las infecciones urinarias, de adquisición comunitaria, de la resistencia a los antimicrobianos de primera línea y la presencia de Betalactamasas de Espectro Extendido en bacilos gram negativos (BLEE). MATERIAL Y MÉTODOS: El estudio fue realizado entre enero de 2011 y diciembre de 2015 con datos del Laboratorio Microbiología del Hospital de Clínicas de la Universidad Nacional de Asunción. RESULTADOS: Se obtuvieron 1957 uropatógenos en mujeres. Escherichia coli fue el gérmen más frecuentemente aislado (57%), seguido de Klebsiella pneumoniae (11%) y Streptococcus agalactiae, Staphylococcus saprophyticus y Proteus mirabilis (2%). El promedio de resistencia de Escherichia coli fue para trimetoprim-sulfametoxazol 43 %, ciprofloxacina 32%, ampicilina-sulbactam 32%, cefotaxima 13%, piperacilina tazobactam 8%, nitrofurantoína 2% y meropenem no presentaba resistencia alguna en este lapso. El 11% de las cepas de Escherichia coli y el 30 % de Klebsiella pneumoniae produjo betalactamasas de espectro extendido. CONCLUSIONES: Las tasas de resistencia y de resistencias cruzadas que se evidencian en este estudio representan un grave problema que obliga a evaluar permanentemente el tratamiento empírico de las infecciones urinarias en nuestro hospital

INTRODUCTION: The growing resistance rates of urinary pathogens represent a serious problem. The aim of this study was to analyze the etiology of community-acquired urinary tract infections, their first-line antimicrobial resistance and the presence of extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) in gram negative bacilli. METHODS: The study was conducted between January 2011 and December 2015 using data from the Microbiology Laboratory at the teaching hospital Hospital de Clínicas, which belongs to the National University of Asunción. RESULTS: A total of 1957 urinary pathogens were found in women. Escherichia coli was the most commonly isolated bacterium (57%), followed by Klebsiella pneumoniae (11%) and Streptococcus agalactiae (2%), Staphylococcus saprophyticus (2%) and Proteus mirabilis (2%). The resistance rates of Escherichia coliwere the following: to trimetoprim-sulfametoxazol, 43%; to ciprofloxacin, 32%; to ampicilin/sulbactam, 32%; to cefotaxime, 13 %; to piperacillin/tazobactam, 8%; nitrofurantoin, 2%, whereas it did not show resistance to meropenem during this period. Extended-spectrum beta-lactamases were produced by 11% of the E. coliisolates and 30% of the Klebsiella pneumoniae isolates. CONCLUSIONS: The resistance and cross-resistance rates found in this study pose a serious problem which compels the continuous assessment of the empirical therapy for urinary tract infections at this hospital

Absceso vertebral subdural a Staphylococcus aureus

Los abscesos vertebrales y paravertebrales constituyen una urgencia médica neuroquirúrgica, siendo el absceso espinal subdural una forma rara de presentación. La etiología más frecuente es Staphylococcus aureus. La manifestación clínica habitual es un compromiso medular y fiebre. El diagnóstico se confirma con la resonancia magnética nuclear con gadolinio. Presentamos un paciente previamente sano que consulta con un cuadro agudo de compromiso medular y fiebre en quien la resonancia magnética nuclear evidenció un absceso subdural vertebral y compromiso paravertebral. Se realizó una intervención quirúrgica rápida y recibió terapia dirigida al germen aislado con evolución favorable.

Spinal and paraspinal abscesses are a neurosurgical medical emergency, being the spinal subdural abscess a rare form of presentation. The most common ethiologic agent is Staphylococcus aureus. The usual clinical manifestations are medullary involvement and fever. The diagnosis is confirmed by magnetic resonance imaging with gadolinium. We report a previously healthy patient that consulted for an acute case of medullary involvement and fever in whom MRI showed a spinal subdural abscess and paraspinal commitment. A quick surgical intervention was performed and the patient received therapy targeted at the isolated germ with favorable evolution