Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2 / Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. OBJETIVO: Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. RESULTADOS: La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). CONCLUSIONES: Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2 / Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Introduction: Since the first report in Wuhan (China) in 2019, the SARS-CoV-2 virus has spread throughout the world, with a significant impact in public health. To contain its transmission, the WHO has encouraged the development of rapid, simple, sensitive and specific tests that complement qRT-PCR, as the gold standard. RT-LAMP has shown to be a good alternative to detect SARS-CoV-2 in different fluid samples. Objective: To validate the colorimetric RT-LAMP technique using two sets of primers targeting N gene of SARS-CoV-2 in 117 nasopharyngeal swab samples previously confirmed by RT-qPCR, using the Charité/Berlin protocol. Material and methods: A total of 153 nasopharyngeal swab samples from individuals with suspected COVID-19 were subjected to qRT-PCR and RT-LAMP using a commercial colorimetric kit (NEB, Germany). RT-LAMP was performed using both extracted RNA samples and raw samples without prior RNA extraction, and the result was assessed by a simple color change in the reaction. Results: Sensitivity and specificity for the previously reported RT-LAMP primers (Broughton set) targeting N gene of SARS-CoV-2 were 0.97 (0.85-1.00) and 0.81 (0.65-0.92) respectively, with CI95%. The Lalli primers targeting another region of the N gene used showed a sensitivity value of 0.96 (0.78-1.00) and a specificity of 0.77 (0.55-0.92). Without RNA extraction we found a sensitivity value of 0.95 (0.74, 1.00) and a specificity of 0.88 (0.64, 0.99). A sensitivity value of 0.95 (0.74-1.00) and a specificity 0.88 (0.64-0.99) were found without prior RNA extraction. Conclusion: Taking together, the results showed that RT-LAMP technique could be considered as a rapid diagnostic test, easy to perform, free of sophisticated equipment, sensitive and specific to diagnose SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swabs with and without prior RNA extraction, allowing its implementation in places with scarce resources.

[Seroprevalence of Chagas disease and associated risk factors in a population of Morroa, Sucre]. / Seroprevalencia de la enfermedad de Chagas y factores de riesgo asociados en una población de Morroa, Sucre.

INTRODUCTION: Chagas disease is a major public health problem in Latin America. In Colombia, a large area has the ecoepidemiological conditions which favor the active transmition of this infection. OBJECTIVE: This study was undertaken in a population from the municipality of Morroa, Sucre Province, to evaluate risk factors and to determine the seroprevalence to Chagas disease. MATERIALS AND METHODS: A questionnaire was given to a sample population of 122 people classed as rural (n=76) or urban area (n=46). A serological screening was undertaken by Elisa test, with confirmation of seropositives with IHA (Chagatest) and parasitological confirmation by polymerase chain reaction (PCR). RESULTS: Four people were positive by Elisa test (3.3%); however, they were negative by IHA and PCR. One of the four positives by Elisa was positive by indirect immuno flourescence (IFAT) as well. The sample showed a low presence of seropositives against Trypanosoma cruzi. However, the presence of parasite could not be confirmed by the PCR test. The main risk factors were houses thatched with palm roofs, clay floors, wood walls, and presence of domestic animal reservoirs. CONCLUSIONS: The study population presented risk factors for the establishment of active transmission. The presence of triatomines must be verified in this area and establishment of control measures are necessary for preventiving the resurgence of the Chagas disease in Morroa.

Seroprevalencia de la enfermedad de Chagas y factores de riesgo asociados en una población de Morroa, Sucre / Seroprevalence of Chagas disease and associated risk factors in a population of Morroa, Sucre

Introducción. La enfermedad de Chagas constituye un grave problema de salud pública en Latinoamérica; en Colombia existen en gran parte de su geografía las condiciones ecoepidemiológicas propicias para la transmisión activa de esta enfermedad. Objetivo. En este estudio fue evaluada una población del municipio de Morroa, departamento de Sucre, para identificar factores de riesgo y determinar la seroprevalencia a la enfermedad de Chagas. Materiales y métodos. A una muestra de 122 personas pertenecientes al área rural (n=76) y urbana (n=46), se les aplicó una encuesta epidemiológica y se les realizó un tamizaje serológico con la prueba Elisa, confirmación de seropositivos con hemoaglutinación indirecta (HAI) (Chagatest®) y reacción en cadena de la polimerasa (PCR) como prueba parasitológica confirmatoria. Resultados. Cuatro de las personas resultaron positivas para Elisa (3,28 por ciento); sin embargo, fueron negativas a HAI y PCR. La serología discordante fue definida con prueba de inmunofluorescencia indirecta (IFI), encontrándose una de las cuatro personas positivas. La población analizada mostró una baja presencia de anticuerpos anti–Trypanosoma cruzi. No fue posible determinar la presencia del parásito en sangre usando la prueba PCR. Los principales factores de riesgo presentes fueron casas con techos de palmas, piso de tierra, paredes de bahareque y madera, y la presencia de reservorios (animales domésticos). Conclusiones. Nuestros resultados indican que la zona estudiada presenta elementos de riesgo para el establecimiento de un ciclo de transmisión activa, se hace necesario verificar la presencia de triatominos en la zona de estudio y establecer medidas para prevenir la presencia de la enfermedad de Chagas en el área de Morroa, Sucre.

Introduction. Chagas disease is a major public health problem in Latin America. In Colombia, a large area has the ecoepidemiological conditions which favor the active transmition of this infection. Objective. This study was undertaken in a population from the municipality of Morroa, Sucre Province, to evaluate risk factors and to determine the seroprevalence to Chagas disease. Materials and methods. A questionnaire was given to a sample population of 122 people classed as rural (n=76) or urban area (n = 46). A serological screening was undertaken by Elisa test, with confirmation of seropositives with IHA (Chagatest®) and parasitological confirmation by polymerase chain reaction (PCR). Results. Four people were positive by Elisa test (3.3%); however, they were negative by IHA and PCR. One of the four positives by Elisa was positive by indirect immuno flourescence (IFAT) as well. The sample showed a low presence of seropositives against Trypanosoma cruzi. However, the presence of parasite could not be confirmed by the PCR test.The main risk factors were houses thatched with palm roofs, clay floors, wood walls, and presence of domestic animal reservoirs. Conclusions. The study population presented risk factors for the establishment of active transmission. The presence of triatomines must be verified in this area and establishment of control measures are necessary for preventiving the resurgence of the Chagas disease in Morroa.