Identification of alpha-helices from low resolution protein density maps.

This paper presents a novel methodology to analyze low resolution (e.g., 6A to 10A) protein density map, that can be obtained through electron cryomicroscopy. At such resolutions, it is often not possible to recognize the backbone chain of the protein, but it is possible to identify individual structural elements (e.g., alpha-helices and beta-sheets). The methodology proposed in this paper performs gradients analysis to recognize volumes in the density map and to classify them. In particular, the focus is on the reliable identification of alpha-helices. The methodology has been implemented in a tool, called Helix Tracer, and successfully tested with simulated structures, modeled from the Protein Data Bank at 10A resolution. The results of the study have been compared with the only other known tool with similar capabilities (Helixhunter), denoting significant improvements in recognition and precision.

Phi-LOG: a domain specific language for solving phylogenetic inference problems.

Domain experts think and reason at a high level of abstraction when they solve problems in their domain of expertise. We present the design and motivation behind a domain specific language called Phi-LOG to enable biologists (domain experts) to program solutions to phylogenetic inference problems at a very high level of abstraction. The implementation infrastructure (interpreter, compiler, debugger) for the DSL is automatically obtained through a software engineering framework based on Denotational Semantics and Logic Programming.

Transferência de embriöes em vacas da raça Simental na regiäo noroeste do Paraná e Sul do Mato Grosso do Sul / Embryotransfer in Simmental cows in northwest Paraná and South of Mato Grosso do Sul

No experimento foram utilizadas vacas da raça Simental procedentes de fazendas das Regiöes Noroeste do Estado do Paraná e Sul do Mato Grosso do Sul, administrando-se o homônio folículo estimulante (FSH) para a superovulaçäo e utilizando-se o método cirúrgico para a inovulaçäo dos embriöes nas receptoras. No total foram efetuadas 103 colheitas e utilizadas 749 vacas receptoras. Foram colhidos 1.014 embriöes sendo 81,8 por cento destes transplantados e os restantes congelados ou rejeitados. Colheram-se em média 9,8 embriöes por doadora sendo 8,0 transplantados, proporcionando 3,8 animais prenhes por colheita. Ocorreram 4,8 por cento de colheitas sem embriäo e 1,9 por cento de óvulos näo-fertilizados. Relativamente ao tamanho do corpo lúteo (CL) palpado nas vacas receptoras, os dados demonstraram que os Corpora lutea de médio e maior tamanho tiveram significativa influência sobre a taxa de prenhez em relaçäo aos de menor tamanho (p<0,05) e 64,0 por cento das receptoras ovularam no ovário do lado direito. A taxa de prenhez em relaçäo à sincronia de estro entre doadoras e receptoras foi mais elevada entre os dias mais 2 e menos 2 (p>0,05) (o mais significa que o estro nas receptoras ocorreu após o da doadora e vice-versa), sendo muito baixa além destes limites. Os embriöes classificados como ótimos e bons e inovulados influíram significativamente sobre o percentual de prenhez, e o total geral da taxa de gestaçäo foi de 47,0 por cento