A Set of miRNAs, Their Gene and Protein Targets and Stromal Genes Distinguish Early from Late Onset ER Positive Breast Cancer.

UNLABELLED: Breast cancer (BC) in young adult patients (YA) has a more aggressive biological behavior and is associated with a worse prognosis than BC arising in middle aged patients (MA). We proposed that differentially expressed miRNAs could regulate genes and proteins underlying aggressive phenotypes of breast tumors in YA patients when compared to those arising in MA patients. OBJECTIVE: Using integrated expression analyses of miRs, their mRNA and protein targets and stromal gene expression, we aimed to identify differentially expressed profiles between tumors from YA-BC and MA-BC. METHODOLOGY AND RESULTS: Samples of ER+ invasive ductal breast carcinomas, divided into two groups: YA-BC (35 years or less) or MA-BC (50-65 years) were evaluated. Screening for BRCA1/2 status according to the BOADICEA program indicated low risk of patients being carriers of these mutations. Aggressive characteristics were more evident in YA-BC versus MA-BC. Performing qPCR, we identified eight miRs differentially expressed (miR-9, 18b, 33b, 106a, 106b, 210, 518a-3p and miR-372) between YA-BC and MA-BC tumors with high confidence statement, which were associated with aggressive clinicopathological characteristics. The expression profiles by microarray identified 602 predicted target genes associated to proliferation, cell cycle and development biological functions. Performing RPPA, 24 target proteins differed between both groups and 21 were interconnected within a network protein-protein interactions associated with proliferation, development and metabolism pathways over represented in YA-BC. Combination of eight mRNA targets or the combination of eight target proteins defined indicators able to classify individual samples into YA-BC or MA-BC groups. Fibroblast-enriched stroma expression profile analysis resulted in 308 stromal genes differentially expressed between YA-BC and MA-BC. CONCLUSION: We defined a set of differentially expressed miRNAs, their mRNAs and protein targets and stromal genes that distinguish early onset from late onset ER positive breast cancers which may be involved with tumor aggressiveness of YA-BC.

Biosynthesis of secondary metabolites in sugarcane

Este trabalho foi realizado com os objetivos de gerar uma coleçäo de genes relacionados ao metabolismo secundário da cana de açúcar e investigar o padräo de expressäo gênica de enzimas chaves reguladoras das principais vias biossintéticas ativas nos diferentes tipos de tecidos e situações de estresse físico-químico e biológico a que estäo submetidas plantas cultivadas em casas de vegetaçäo, campo ou in vitro. A estratégia de mineraçäo dos dados da database de sequências expressas de cana de açúcar, SUCEST, usando ferramentas de bioinformática, focalizou classes de compostos como isoprenóides e fenilpropanóides que comprovadamente desempenham um papel na resposta de plantas a variações ambientais. Foram identificados e caracterizados genes que codificam enzimas chaves para a síntese de terpenóides, como a sesquiterpeno ciclase (SC); (CHS) para síntese de flavonóides; isoflavona sintase (IFS) envolvida na biossíntese de isoflavonóides que desempenham importante papel na defesa de plantas e nodulaçäo de raízes; isoflavona redutases (IFR) enzimas chaves para a síntese de fenilpropanóide fitoalexinas, bem como enzimas relacionadas à síntese de precursores de lignina, como a enzima ácido caféico-O-metiltransferase. O efeito do estresse causado por bactérias como Herbaspirillum rubri e Gluconacetobacter diazotroficans também foi avaliado tendo sido constatada a induçäo da expressäo de chalcona sintase (CHS) em plântulas infectadas com esses agentes, sugerindo a ativaçäo da via de flavonóides em resposta a este estresse biológico. Esses resultados apontam para o fato de que as vias do metabolismo de isopropanóides e de fenilpropanóides em cana de açúcar säo ativadas de acordo com o estágio de desenvolvimento, especificidade de tecidos e em resposta a situações de estresse. Essas observações deveräo ser confirmadas por meio de experimentaçäo genética e bioquímica.