ABSTRACT
Next-generation sequencing (NGS) has been implemented in clinical oncology for diagnosis, prognosis, and therapeutic guidance. Among the various NGS applications in molecular oncology, we focused on the following topics: laboratory standards for targeted gene panels (somatic mutations) and therapeutic guidance based on NGS of lung cancer and rare cancers, namely sarcomas and cancers of unknown primary. Multiple quality control checkpoints should be addressed in the pre-analytical phase for good quality and interpretation of the NGS results. It includes tumor size and cellularity, tissue processing and decalcification, tumor fraction, tumor viability, fixatives, and staining. Communication between clinicians and laboratory support is also essential. In lung cancer, all patients with non-squamous non-small cell lung cancer should be tested with a NGS panel, and it should include not only genes with approved targeted therapies (ALK, BRAF, EGFR, MET, NTRK, RET, and ROS1) but also genes with potentially actionable genomic alterations (HER2 and KRAS). Since there is a lack of extensive knowledge regarding the use of NGS in rare tumors performing comprehensive genomic profiling, NGS panels to better manage the disease are recommended. Moreover, other patients with other incurable solid tumors may benefit from being included in biomarker-driven clinical trials. Multidisciplinary tumor boards with the participation of experts with the ability to integrate genomic profiling data are essential to tailor the best strategy for each patient. Considering that there are no national guidelines, this article aims to guide laboratory and clinical practice for the use of NGS in the context of lung cancer, rare tumors, and cancer of unknown primary in Portugal.
Na área da oncologia clínica, a sequenciação de nova geração (NGS) foi implementada com o objetivo de contribuir para o diagnóstico, prognóstico e orientação terapêutica. A utilização de NGS em oncologia molecular é vasta, focalizando-se estas recomendações nas: normas laboratoriais para painéis genéticos direcionados (mutações somáticas) e na orientação terapêutica baseada em NGS de cancro do pulmão e cancros raros, nomeadamente sarcomas e cancros de origem desconhecida. Para que sejam obtidos resultados de NGS com a qualidade que permita a sua correta interpretação, devem ser abordados múltiplos controlos de qualidade na fase pré-analítica que disponibilizem informação sobre o tamanho e celularidade do tumor, processamento e descalcificação de tecidos, fração tumoral, viabilidade do tumor, fixadores e coloração utilizados. A comunicação entre os diferentes intervenientes no processo, em particular entre os clínicos e o laboratório também contribui, de forma inequívoca, para a interpretação dos resultados de NGS. Todos os doentes com cancro do pulmão de não pequenas células não escamoso devem ser testados com um painel de NGS, que deve incluir não só genes com terapias dirigidas aprovadas (ALK, BRAF, EGFR, MET, NTRK, RET e ROS1), mas também genes com alterações genómicas identificadas como potenciais alvos terapêuticos (HER2 e KRAS). Dada a escassez de evidência científica sobre a utilização de NGS em tumores raros, recomenda-se a realização de painéis genómicos abrangentes que poderão contribuir para uma melhor gestão da doença. Adicionalmente, outros doentes, com outros tumores sólidos incuráveis, podem beneficiar da inclusão em ensaios clínicos orientados por biomarcadores. A realização de reuniões multidisciplinares com a participação de diferentes especialistas capazes de integrar dados dos perfis genómicos são fundamentais para a escolha da melhor estratégia para cada doente. Considerando que não existem recomendações nacionais, este artigo visa orientar a prática laboratorial e clínica para a utilização de NGS em tumores do pulmão, raros e cancros de origem primária desconhecida em Portugal.
