Evaluation of phenotypic and genotypic markers for clinical strains of Acinetobacter baumannii.

Acinetobacter baumannii is an important opportunistic pathogen that is rapidly evolving toward multidrug resistance and is involved in various nosocomial infections that are often severe. It strongly prompts the epidemiological study of A. baumannii infections. However, there is no a generally accepted typing scheme. Different genotypic and phenotypic procedures were evaluated for the characterization of clinical isolates of A. baumannii isolated from a community hospital of Rosario, Argentina (Hospital de Emergencias Clemente Alvarez, HECA), during a period of four years. These included PCR with degenerate oligonucleotide primers (DO-PCR), repetitive extragenic palindromic-PCR (REP-PCR), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and antibiotyping. Amongst individual methods, DO-PCR and PFGE were found the most suitable methods to discriminate A. baumannii clinical isolates [discriminatory indexes (D) of 0.98 and 0.96, respectively]. On the other hand, both antibiotyping and REP-PCR were much less discriminatory (D: 0.86 and 0.77, respectively). The combination of antibiotyping with any of the above genotypic procedures was found to largely increase D. In particular, the combination of DO-PCR and antibiotyping provided the best discriminatory method for epidemiological studies of A. baumannii. Combination of the different genotypic and phenotypic procedures allowed the inference of genetic relationships and dissemination of multidrug-resistant A. baumannii clones in HECA in the period 1994-1999. One particular strain, which showed sensibility to carbapenems, was found widely distributed in this hospital during 1994-1996. A different strain, showing additional resistance to carbapenems, rapidly disseminated in HECA in coincidence with the introduction of imipenem therapy in 1997.

Evaluation of phenotypic and genotypic markers for clinical strains of acinetobacter baumannii

Acinetobacter baumannii es un importante patógeno oportunista. Este microorganismo adquiere con facilidad resistencia a antimicrobianos, involucrándose en infecciones nosocomiales generalmente graves. Estas características promueven el análisis epidemiológico de las infecciones provocadas por el mismo. Sin embargo, no hay aún un esquema de tipificación generalmente aceptado para este patógeno. Hemos evaluado en este trabajo diferentes procedimientos fenotípicos y genotípicos para la caracterización de aislamientos clínicos de A. baumannil aislados en un Hospital Público de Rosario (Hospital de Emergencias Clemente Alvarez, HECA), durante un período de cuatro años. Estos incluyeron PCR con oligonucleótidos degenerados (OD-PCR), PCR empleando cebadores homólogos a secuenciais palindrómicas extragénicas repetitivas (REP-PCR), electroforesis en geles de agarosa con campo pulsado (PFGE) y ensayo de susceptibilidad a antimicrobianos. OD-OCR y PFGE, entre los métodos individuales, fueron los métodos de mayor poder discriminatorio (índice discriminatorio, D, de 0.98 y 0.96; respectivamente). Por otra parte, el antibiotipo y REP-PCR presentaron menor discriminacíon (D: 0.86 y 0.77; respectivamente). La combinación de antibiotipo con cada uno de los procedimientos genotípicos mencionados originó un aumento importante en los índices discriminatorios de cada método. En particular, la combinación de OD-PCR y antibiotipo constituvó la mejor metodología para el estudio epidemiológico de A.baumannii. Así, la combinación de los procedimientos feno- y genotípicos mencionados permitó inferir las relaciones genéticas y la diseminación de clones de A.baumannii multirresistentes en el HECA en el período 1994-99. Una cepa particular, sensible a imipenem, estuvo ampliamente diseminada en el hospital durante 1994-1996. Por otra parte, un clon diferente, con resistencia adicional a carbapenemes, se diseminó rapidamente en el hospital en 1997, en coincidencia con la introducción de imipenem como terapia antibiótica.

Evaluation of phenotypic and genotypic markers for clinical strains of acinetobacter baumannii

Acinetobacter baumannii es un importante patógeno oportunista. Este microorganismo adquiere con facilidad resistencia a antimicrobianos, involucrándose en infecciones nosocomiales generalmente graves. Estas características promueven el análisis epidemiológico de las infecciones provocadas por el mismo. Sin embargo, no hay aún un esquema de tipificación generalmente aceptado para este patógeno. Hemos evaluado en este trabajo diferentes procedimientos fenotípicos y genotípicos para la caracterización de aislamientos clínicos de A. baumannil aislados en un Hospital Público de Rosario (Hospital de Emergencias Clemente Alvarez, HECA), durante un período de cuatro años. Estos incluyeron PCR con oligonucleótidos degenerados (OD-PCR), PCR empleando cebadores homólogos a secuenciais palindrómicas extragénicas repetitivas (REP-PCR), electroforesis en geles de agarosa con campo pulsado (PFGE) y ensayo de susceptibilidad a antimicrobianos. OD-OCR y PFGE, entre los métodos individuales, fueron los métodos de mayor poder discriminatorio (índice discriminatorio, D, de 0.98 y 0.96; respectivamente). Por otra parte, el antibiotipo y REP-PCR presentaron menor discriminacíon (D: 0.86 y 0.77; respectivamente). La combinación de antibiotipo con cada uno de los procedimientos genotípicos mencionados originó un aumento importante en los índices discriminatorios de cada método. En particular, la combinación de OD-PCR y antibiotipo constituvó la mejor metodología para el estudio epidemiológico de A.baumannii. Así, la combinación de los procedimientos feno- y genotípicos mencionados permitó inferir las relaciones genéticas y la diseminación de clones de A.baumannii multirresistentes en el HECA en el período 1994-99. Una cepa particular, sensible a imipenem, estuvo ampliamente diseminada en el hospital durante 1994-1996. Por otra parte, un clon diferente, con resistencia adicional a carbapenemes, se diseminó rapidamente en el hospital en 1997, en coincidencia con la introducción de imipenem como terapia antibiótica. (AU)

Evaluation of phenotypic and genotypic markers for clinical strains of Acinetobacter baumannii.

Acinetobacter baumannii is an important opportunistic pathogen that is rapidly evolving toward multidrug resistance and is involved in various nosocomial infections that are often severe. It strongly prompts the epidemiological study of A. baumannii infections. However, there is no a generally accepted typing scheme. Different genotypic and phenotypic procedures were evaluated for the characterization of clinical isolates of A. baumannii isolated from a community hospital of Rosario, Argentina (Hospital de Emergencias Clemente Alvarez, HECA), during a period of four years. These included PCR with degenerate oligonucleotide primers (DO-PCR), repetitive extragenic palindromic-PCR (REP-PCR), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and antibiotyping. Amongst individual methods, DO-PCR and PFGE were found the most suitable methods to discriminate A. baumannii clinical isolates [discriminatory indexes (D) of 0.98 and 0.96, respectively]. On the other hand, both antibiotyping and REP-PCR were much less discriminatory (D: 0.86 and 0.77, respectively). The combination of antibiotyping with any of the above genotypic procedures was found to largely increase D. In particular, the combination of DO-PCR and antibiotyping provided the best discriminatory method for epidemiological studies of A. baumannii. Combination of the different genotypic and phenotypic procedures allowed the inference of genetic relationships and dissemination of multidrug-resistant A. baumannii clones in HECA in the period 1994-1999. One particular strain, which showed sensibility to carbapenems, was found widely distributed in this hospital during 1994-1996. A different strain, showing additional resistance to carbapenems, rapidly disseminated in HECA in coincidence with the introduction of imipenem therapy in 1997.