Wastewater-based epidemiological investigation of SARS-CoV-2 in Porto Alegre, Southern Brazil.

Wastewater-based epidemiology (WBE) may be successfully used to comprehensively monitor and determine the scale and dynamics of some infections in the community. We monitored severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA in raw wastewater samples from Porto Alegre, Southern Brazil. The samples were collected and analyzed every week between May 2020 to May 2021. Meanwhile, different social restrictions were applied according to the number of hospitalized patients in the region. Weekly samples were obtained from two wastewater treatment plants (WWTP), named Navegantes and Serraria. To determine the SARS-CoV-2 RNA titers in wastewater, we performed RT-qPCR analysis targeting the N gene (N1). The highest titer of SARS-CoV-2 RNA was observed between epidemiological weeks (EWs) 33-37 (August), 42-43 (October), 45-46 (November), 49-51 (December) in 2020, and 1-3 (January), 7-13 (February to March) in 2021, with viral loads ranging from 1 × 106-3 × 106 genomic copies/Liter. An increase in positive confirmed cases followed such high viral loads. Depending on the sampling method used, positive cases increased in 6-7 days and 15 days after the rise of viral RNA titers in wastewater, with composite sampling methods showing a lower time lag and a higher resolution on the analyses. The results showed a direct relation between strict social restrictions and the loads of detected RNA reduction in wastewater, corroborating the number of confirmed cases. Differences in viral loads between different sampling points and methods were observed, as composite samples showed more stable results during the analyzed period. Besides, viral loads obtained from samples collected at Serraria WWTP were consistently higher than the ones obtained at Navegantes WWTP, indicating differences in local dynamics of SARS-CoV-2 spread in different regions of Porto Alegre. In conclusion, wastewater sampling to monitor SARS-CoV-2 is a robust tool to evaluate the viral loads contributing to hospitalized patients' data and confirmed cases. In addition, SARS-CoV-2 detection in sewage may inform and alert the government when there are asymptomatic or non-tested patients.

Ocorrência de brucelose e tuberculose bovinas no Rio Grande do Sul com base em dados secundários / Occurrence of bovine brucellosis and tuberculosis in Rio Grande do Sul, Brazil, based on secondary data

Avaliaram-se os resultados de testes para diagnóstico da brucelose e tuberculose bovinas objetivando analisar a distribuição de positividade e características de performance do programa de controle. A análise utilizou como dados secundários todos os resultados de testes para diagnóstico realizados em bovinos no ano de 2008 no estado do Rio Grande do Sul (RS) por médicos veterinários habilitados para atuação no âmbito do Programa Nacional de Controle e Erradicação de Brucelose e Tuberculose Animal. Os dados foram estatisticamente ajustados para minimizar os efeitos de valores extremos e de dados faltantes. Os testes alcançaram 66,80% dos 497 municípios do RS e incluíram a participação de 165 médicos veterinários habilitados. 40,21% dos testes foram realizados nos meses de abril, setembro e outubro, sendo que em 73,90% dos estabelecimentos foram realizados testes para ambas as enfermidades. No caso da brucelose verificou-se que foram testados 35.289 animais, com uma frequência de positivos de 0,25%, enquanto a frequência de estabelecimentos positivos entre os 3.406 testados foi 0,94%. Fêmeas apresentaram frequência de positividade mais elevada (0,29%, de 26.724 testadas) do que machos (0,13%, de 5.235 testados). Animais entre 48-60 meses de idade apresentaram chance de positividade superior às demais faixas etárias (Razão de Chances (RC) =2,63; IC 95%=1,63-4,26). Animais de aptidão leiteira representaram 62,66% dos animais testados, e apresentaram maior chance de positividade do que animais de corte (RC=2,32; IC 95%=1,38-3,90). Adicionalmente, 73,74% dos estabelecimentos testados eram dedicados à produção de leite. Já no caso da tuberculose foram testados 62.149 animais distribuídos em 5.151 propriedades, com frequência de positivos de 0,87% e 3,13%, respectivamente. A chance de positividade aumentou com a idade, sendo que animais com idade acima de 48 meses de idades apresentaram valores superiores aqueles verificados em animais mais jovens (RC=2,07; IC...(AU)

Results of tests for the diagnosis of bovine brucellosis and tuberculosis were evaluated aiming to analyze the distribution of positivity and characteristics of performance of the control program. The analysis used as secondary data the results of all diagnostic tests of bovines executed in 2008 in the state of Rio Grande do Sul (RS) by veterinarians authorized to operate under the National Program for Control and Eradication of Animal Brucellosis and Tuberculosis. The data were statistically adjusted to minimize the effect of outliers and missing data. The tests achieved 66.80% of the 497 municipalities in the RS and included the participation of 165 authorized veterinarians. 40.21% of tests were carried out in the months of April, September and October, and in 73.90% of establishments had tests performed for both diseases. In the case of brucellosis it appeared that 35,289 animals were tested, with positivity of 0.25%, while the frequency of positive holdings among the 3,406 tested was 0.94%. Females had higher positivity rate (0.29% of 26,724 tested) than males (0.13% of 5,235 tested). Animals between 48-60 months of age presented higher chance of positivity compared to other age groups (Odds Ratio (OR) = 2.63; CI 95% = 1.63 - 4.26). Dairy cattle represented 62.66% of tested animals, which were more likely to appear as positive than beef animals (OR = 2.32; CI 95% = 1.38 - 3.90). In addition, 73.74% of the tested holdings were dairy ones. In the case of tuberculosis, 62,149 animals were tested, distributed in 5,151 holdings, with positivity of 0.87% and 3.13%, respectively. The chance of positivity increased with age, being that animals older than 48 months presented higher values compared to ​​those found in younger animals (OR = 2.07; CI 95% = 1.73 - 2.48). Dairy cattle represented 59.74% of tested animals, which were more likely to be positive than beef ones (OR = 5.03; CI 95% = 4.09 - 6.94). Dairy holdings were 78.50% of all the...(AU)

Ocorrência de brucelose e tuberculose bovinas no Rio Grande do Sul com base em dados secundários / Occurrence of bovine brucellosis and tuberculosis in Rio Grande do Sul, Brazil, based on secondary data

Avaliaram-se os resultados de testes para diagnóstico da brucelose e tuberculose bovinas objetivando analisar a distribuição de positividade e características de performance do programa de controle. A análise utilizou como dados secundários todos os resultados de testes para diagnóstico realizados em bovinos no ano de 2008 no estado do Rio Grande do Sul (RS) por médicos veterinários habilitados para atuação no âmbito do Programa Nacional de Controle e Erradicação de Brucelose e Tuberculose Animal. Os dados foram estatisticamente ajustados para minimizar os efeitos de valores extremos e de dados faltantes. Os testes alcançaram 66,80% dos 497 municípios do RS e incluíram a participação de 165 médicos veterinários habilitados. 40,21% dos testes foram realizados nos meses de abril, setembro e outubro, sendo que em 73,90% dos estabelecimentos foram realizados testes para ambas as enfermidades. No caso da brucelose verificou-se que foram testados 35.289 animais, com uma frequência de positivos de 0,25%, enquanto a frequência de estabelecimentos positivos entre os 3.406 testados foi 0,94%. Fêmeas apresentaram frequência de positividade mais elevada (0,29%, de 26.724 testadas) do que machos (0,13%, de 5.235 testados). Animais entre 48-60 meses de idade apresentaram chance de positividade superior às demais faixas etárias (Razão de Chances (RC) =2,63; IC 95%=1,63-4,26). Animais de aptidão leiteira representaram 62,66% dos animais testados, e apresentaram maior chance de positividade do que animais de corte (RC=2,32; IC 95%=1,38-3,90). Adicionalmente, 73,74% dos estabelecimentos testados eram dedicados à produção de leite. Já no caso da tuberculose foram testados 62.149 animais distribuídos em 5.151 propriedades, com frequência de positivos de 0,87% e 3,13%, respectivamente. A chance de positividade aumentou com a idade, sendo que animais com idade acima de 48 meses de idades apresentaram valores superiores aqueles verificados em animais mais jovens (RC=2,07; IC 95%=1,73-2,48). 59,74% dos animais testados eram de aptidão leiteira, os quais apresentaram mais chance de serem positivos do que aqueles de corte (RC=5,03; IC 95%=4,09-6,94). Propriedades leiteiras representaram 78,50% da totalidade dos testes para tuberculose. A análise comparativa do presente trabalho com estudos precedentes de prevalência da brucelose sugere que as ações de controle em curso têm sido efetivas na redução da prevalência da enfermidade no RS. Por outro lado, as informações obtidas no âmbito da tuberculose podem ser indicadoras da condição desta enfermidade, especialmente pela inexistência de estudos de prevalência realizados há menos de 30 anos. Adicionalmente, conclui-se que a utilização de dados secundários, desde que devidamente ajustados, pode ser uma ferramenta eficaz na gestão de programas de saúde animal e em sistemas de monitoramento e vigilância.(AU)

Results of tests for the diagnosis of bovine brucellosis and tuberculosis were evaluated aiming to analyze the distribution of positivity and characteristics of performance of the control program. The analysis used as secondary data the results of all diagnostic tests of bovines executed in 2008 in the state of Rio Grande do Sul (RS) by veterinarians authorized to operate under the National Program for Control and Eradication of Animal Brucellosis and Tuberculosis. The data were statistically adjusted to minimize the effect of outliers and missing data. The tests achieved 66.80% of the 497 municipalities in the RS and included the participation of 165 authorized veterinarians. 40.21% of tests were carried out in the months of April, September and October, and in 73.90% of establishments had tests performed for both diseases. In the case of brucellosis it appeared that 35,289 animals were tested, with positivity of 0.25%, while the frequency of positive holdings among the 3,406 tested was 0.94%. Females had higher positivity rate (0.29% of 26,724 tested) than males (0.13% of 5,235 tested). Animals between 48-60 months of age presented higher chance of positivity compared to other age groups (Odds Ratio (OR) = 2.63; CI 95% = 1.63 - 4.26). Dairy cattle represented 62.66% of tested animals, which were more likely to appear as positive than beef animals (OR = 2.32; CI 95% = 1.38 - 3.90). In addition, 73.74% of the tested holdings were dairy ones. In the case of tuberculosis, 62,149 animals were tested, distributed in 5,151 holdings, with positivity of 0.87% and 3.13%, respectively. The chance of positivity increased with age, being that animals older than 48 months presented higher values compared to ​​those found in younger animals (OR = 2.07; CI 95% = 1.73 - 2.48). Dairy cattle represented 59.74% of tested animals, which were more likely to be positive than beef ones (OR = 5.03; CI 95% = 4.09 - 6.94). Dairy holdings were 78.50% of all the tests for tuberculosis. The comparative analysis of this study with previous studies on brucellosis prevalence suggested that current control measures have been effective in reducing the prevalence of this disease in RS. On the other hand, information obtained on tuberculosis can be indicators of the condition of this disease, especially in the lack of prevalence studies carried out in the last 30 years. Finally, it is concluded that the use of secondary data, if properly adjusted, can be an effective tool in the management of animal health programs and monitoring and surveillance systems.(AU)

Ocorrência de brucelose e tuberculose bovinas no Rio Grande do Sul com base em dados secundários

ABSTRACT: Results of tests for the diagnosis of bovine brucellosis and tuberculosis were evaluated aiming to analyze the distribution of positivity and characteristics of performance of the control program. The analysis used as secondary data the results of all diagnostic tests of bovines executed in 2008 in the state of Rio Grande do Sul (RS) by veterinarians authorized to operate under the National Program for Control and Eradication of Animal Brucellosis and Tuberculosis. The data were statistically adjusted to minimize the effect of outliers and missing data. The tests achieved 66.80% of the 497 municipalities in the RS and included the participation of 165 authorized veterinarians. 40.21% of tests were carried out in the months of April, September and October, and in 73.90% of establishments had tests performed for both diseases. In the case of brucellosis it appeared that 35,289 animals were tested, with positivity of 0.25%, while the frequency of positive holdings among the 3,406 tested was 0.94%. Females had higher positivity rate (0.29% of 26,724 tested) than males (0.13% of 5,235 tested). Animals between 48-60 months of age presented higher chance of positivity compared to other age groups (Odds Ratio (OR) = 2.63; CI 95% = 1.63 - 4.26). Dairy cattle represented 62.66% of tested animals, which were more likely to appear as positive than beef animals (OR = 2.32; CI 95% = 1.38 - 3.90). In addition, 73.74% of the tested holdings were dairy ones. In the case of tuberculosis, 62,149 animals were tested, distributed in 5,151 holdings, with positivity of 0.87% and 3.13%, respectively. The chance of positivity increased with age, being that animals older than 48 months presented higher values compared to those found in younger animals (OR = 2.07; CI 95% = 1.73 - 2.48). Dairy cattle represented 59.74% of tested animals, which were more likely to be positive than beef ones (OR = 5.03; CI 95% = 4.09 - 6.94). Dairy holdings were 78.50% of all the tests for tuberculosis. The comparative analysis of this study with previous studies on brucellosis prevalence suggested that current control measures have been effective in reducing the prevalence of this disease in RS. On the other hand, information obtained on tuberculosis can be indicators of the condition of this disease, especially in the lack of prevalence studies carried out in the last 30 years. Finally, it is concluded that the use of secondary data, if properly adjusted, can be an effective tool in the management of animal health programs and monitoring and surveillance systems.

RESUMO: Avaliaram-se os resultados de testes para diagnóstico da brucelose e tuberculose bovinas objetivando analisar a distribuição de positividade e características de performance do programa de controle. A análise utilizou como dados secundários todos os resultados de testes para diagnóstico realizados em bovinos no ano de 2008 no estado do Rio Grande do Sul (RS) por médicos veterinários habilitados para atuação no âmbito do Programa Nacional de Controle e Erradicação de Brucelose e Tuberculose Animal. Os dados foram estatisticamente ajustados para minimizar os efeitos de valores extremos e de dados faltantes. Os testes alcançaram 66,80% dos 497 municípios do RS e incluíram a participação de 165 médicos veterinários habilitados. 40,21% dos testes foram realizados nos meses de abril, setembro e outubro, sendo que em 73,90% dos estabelecimentos foram realizados testes para ambas as enfermidades. No caso da brucelose verificou-se que foram testados 35.289 animais, com uma frequência de positivos de 0,25%, enquanto a frequência de estabelecimentos positivos entre os 3.406 testados foi 0,94%. Fêmeas apresentaram frequência de positividade mais elevada (0,29%, de 26.724 testadas) do que machos (0,13%, de 5.235 testados). Animais entre 48-60 meses de idade apresentaram chance de positividade superior às demais faixas etárias (Razão de Chances (RC) =2,63; IC 95%=1,63-4,26). Animais de aptidão leiteira representaram 62,66% dos animais testados, e apresentaram maior chance de positividade do que animais de corte (RC=2,32; IC 95%=1,38-3,90). Adicionalmente, 73,74% dos estabelecimentos testados eram dedicados à produção de leite. Já no caso da tuberculose foram testados 62.149 animais distribuídos em 5.151 propriedades, com frequência de positivos de 0,87% e 3,13%, respectivamente. A chance de positividade aumentou com a idade, sendo que animais com idade acima de 48 meses de idades apresentaram valores superiores aqueles verificados em animais mais jovens (RC=2,07; IC 95%=1,73-2,48). 59,74% dos animais testados eram de aptidão leiteira, os quais apresentaram mais chance de serem positivos do que aqueles de corte (RC=5,03; IC 95%=4,09-6,94). Propriedades leiteiras representaram 78,50% da totalidade dos testes para tuberculose. A análise comparativa do presente trabalho com estudos precedentes de prevalência da brucelose sugere que as ações de controle em curso têm sido efetivas na redução da prevalência da enfermidade no RS. Por outro lado, as informações obtidas no âmbito da tuberculose podem ser indicadoras da condição desta enfermidade, especialmente pela inexistência de estudos de prevalência realizados há menos de 30 anos. Adicionalmente, conclui-se que a utilização de dados secundários, desde que devidamente ajustados, pode ser uma ferramenta eficaz na gestão de programas de saúde animal e em sistemas de monitoramento e vigilância.

Relação da idade na presença de bactérias resistentes a antimicrobianos em rebanhos leiteiros no Rio Grande do Sul / Age related to the presence of antimicrobial resistant bacteria in twenty one dairy herds in Rio Grande do Sul, Brazil

[...] As bactérias foram isoladas de amostras de leite compostas de todos os quartos mamários de cada vaca após descartar os primeiros três ou quatro jatos de leite. Para acessar os potenciais fatores de risco, características dos animais foram obtidas através de uma entrevista com os produtores. Os exames laboratoriais foram realizados de acordo com as recomendações do National Mastitis Council. Um total de 242 isolados foi obtido de 195 vacas a partir da amostra do rebanho total (251 vacas). A prevalência de infecções foi descrita em grupos de acordo com o perfil epidemiológico: bactérias ambientais, contagiosas e outras. Estas perfizeram 57,3 por cento, 26,3 por cento e 11,2 por cento, respectivamente, dos animais amostrados. Testes de suscetibilidade antimicrobiana contra 12 diferentes antimicrobianos foram realizados em 159 isolados. No total, 30 por cento dos isolados testados mostraram resistência a pelo menos três grupos diferentes de antimicrobianos e foram classificados como multirresistentes. Foram observadas as freqüências mais elevadas de resistência contra a ampicilina para os estafilococos coagulase-negativo, seguida de eritromicina para estafilococos coagulase-positivo e tetraciclina para estreptococos. A análise de regressão logística mostrou uma relação significativa entre a idade das vacas e a presença de estafilococos coagulase-positivo multirresistentes e distribuição de classes diferentes de bactérias nos diferentes estratos etários, o que sugere uma concorrência dinâmica ao longo do tempo (p < 0,05). Animais com três a quatro anos tiveram 13,7 vezes mais chances (IC95 por cento 1,4 - 130,2, p = 0,02) de ter estafilococos coagulase-positivo multirresistentes em comparação com aqueles com dois ou três anos. O tempo de exposição a agentes infecciosos e consequentes terapias sugere uma maior chance de colonização do úbere por patógenos resistentes devido à pressão de seleção repetida durante a vida.(AU)

[...] Bacteria were isolated from composite milk samples obtained from all quarters of each cow after discarding the initial three or four streams of milk. To access potential risk factors, animal characteristics were obtained through an interview with the producers. Laboratory tests were done according to National Mastitis Council recommendations. A total of 242 isolates was obtained from 195 cows out of 251 cows sampled. The prevalence of animal infections was described in groups according to the epidemiological profile: environmental, contagious and other bacteria. These were 57.3 percent, 26.3 percent and 11.2 percent, respectively of the sampled animals. Antimicrobial susceptibility tests against 12 different antimicrobials were performed in 159 isolates. Altogether, 30 percent of the isolates tested showed resistance to at least three different antimicrobial groups and were classified as multidrug-resistant. Higher frequencies of resistance were observed against ampicillin to coagulase-negative staphylococci, followed by erythromycin to coagulase-positive staphylococci and tetracycline to streptococci. The logistic regression analysis showed a significant relationship between age of the cows and presence of multidrug-resistant coagulase-positive staphylococci and distribution of different class of bacteria, suggesting a competition dynamic throughout the ages (p < 0.05). Animals with three to four years old had 13.7 times more chances (IC95 percent 1.4 - 130.2; p = 0,02) to have multidrug-resistant coagulase-positive staphylococci compared to those with two to three years. Time of exposure to infectious agents and consequent therapies suggests a greater chance of udder's colonization by resistant pathogens due to repeatedly selection pressure during lifetime.(AU)

Relação da idade na presença de bactérias resistentes a antimicrobianos em rebanhos leiteiros no Rio Grande do Sul / Age related to the presence of antimicrobial resistant bacteria in twenty one dairy herds in Rio Grande do Sul, Brazil

[...] As bactérias foram isoladas de amostras de leite compostas de todos os quartos mamários de cada vaca após descartar os primeiros três ou quatro jatos de leite. Para acessar os potenciais fatores de risco, características dos animais foram obtidas através de uma entrevista com os produtores. Os exames laboratoriais foram realizados de acordo com as recomendações do National Mastitis Council. Um total de 242 isolados foi obtido de 195 vacas a partir da amostra do rebanho total (251 vacas). A prevalência de infecções foi descrita em grupos de acordo com o perfil epidemiológico: bactérias ambientais, contagiosas e outras. Estas perfizeram 57,3 por cento, 26,3 por cento e 11,2 por cento, respectivamente, dos animais amostrados. Testes de suscetibilidade antimicrobiana contra 12 diferentes antimicrobianos foram realizados em 159 isolados. No total, 30 por cento dos isolados testados mostraram resistência a pelo menos três grupos diferentes de antimicrobianos e foram classificados como multirresistentes. Foram observadas as freqüências mais elevadas de resistência contra a ampicilina para os estafilococos coagulase-negativo, seguida de eritromicina para estafilococos coagulase-positivo e tetraciclina para estreptococos. A análise de regressão logística mostrou uma relação significativa entre a idade das vacas e a presença de estafilococos coagulase-positivo multirresistentes e distribuição de classes diferentes de bactérias nos diferentes estratos etários, o que sugere uma concorrência dinâmica ao longo do tempo (p < 0,05). Animais com três a quatro anos tiveram 13,7 vezes mais chances (IC95 por cento 1,4 - 130,2, p = 0,02) de ter estafilococos coagulase-positivo multirresistentes em comparação com aqueles com dois ou três anos. O tempo de exposição a agentes infecciosos e consequentes terapias sugere uma maior chance de colonização do úbere por patógenos resistentes devido à pressão de seleção repetida durante a vida.

[...] Bacteria were isolated from composite milk samples obtained from all quarters of each cow after discarding the initial three or four streams of milk. To access potential risk factors, animal characteristics were obtained through an interview with the producers. Laboratory tests were done according to National Mastitis Council recommendations. A total of 242 isolates was obtained from 195 cows out of 251 cows sampled. The prevalence of animal infections was described in groups according to the epidemiological profile: environmental, contagious and other bacteria. These were 57.3 percent, 26.3 percent and 11.2 percent, respectively of the sampled animals. Antimicrobial susceptibility tests against 12 different antimicrobials were performed in 159 isolates. Altogether, 30 percent of the isolates tested showed resistance to at least three different antimicrobial groups and were classified as multidrug-resistant. Higher frequencies of resistance were observed against ampicillin to coagulase-negative staphylococci, followed by erythromycin to coagulase-positive staphylococci and tetracycline to streptococci. The logistic regression analysis showed a significant relationship between age of the cows and presence of multidrug-resistant coagulase-positive staphylococci and distribution of different class of bacteria, suggesting a competition dynamic throughout the ages (p < 0.05). Animals with three to four years old had 13.7 times more chances (IC95 percent 1.4 - 130.2; p = 0,02) to have multidrug-resistant coagulase-positive staphylococci compared to those with two to three years. Time of exposure to infectious agents and consequent therapies suggests a greater chance of udder's colonization by resistant pathogens due to repeatedly selection pressure during lifetime.