Desempenho da cultura líquida MGIT após implementação em uma rede de laboratórios públicos do estado de São Paulo / Performance of liquid culture MGIT after implementation in a network of public laboratories of Sao Paulo state

A OMS, em 2007, recomendou a implementação da cultura líquida para o diagnóstico da tuberculose (TB) e teste de sensibilidade para países de baixa e média renda. Neste estudo foi avaliado o desempenho da cultura líquida MGIT em condição de rotina após dois anosde implantação em uma rede de laboratórios públicos. Foi efetuada análise retrospectiva de dados da cultura líquida, realizadas em dez laboratórios regionais do Instituto Adolfo Lutz, de janeiro a março de 2010. Foram incluídas amostras submetidas a baciloscopia, cultura líquida MGIT automatizada ou manual e identificação presuntiva do complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB). Foram detectadas 1.159 culturas positivas. Destas, 113 (9,7%) contaminaram, e 1.046 foram analisadas, sendo 850 (81,3%) CMTB, 116 (11,1%) micobactérias não tuberculosas e 6 (0,6%) Nocardia sp A taxa de contaminação foi de 2,2% e o acréscimo da cultura para o diagnóstico da TB foi de 29,9%. A média do tempo de detecção da cultura foi de 14,7 dias (DP+/- 11,7 dias). A acurácia da identificação presuntiva foi de 91,3%. A cultura líquida MGIT demonstrou ser excelente alternativa para efetuar diagnóstico da TB e das micobacterioses, em razão da rapidez possibilitando uma intervenção rápida e eficaz no tratamento.

In 2007, WHO recommended the implementation of liquid culture for tuberculosis (TB) diagnosis and drug-susceptibility test in low and middle-income countries. This study evaluated the performance of MGIT culture in routine condition after two years of its implementation in a public laboratories network.This is a retrospective study, which analyzed the data on the liquid culture performed in ten regional laboratories of the Institute Adolfo Lutz, from January to March 2010. The data included clinical samples submitted to microscopy, automated or manual MGIT culture and presumptive M. tuberculosis complex (MTBC) identification by analyzing the cord formation. Culture was positive in 1,159 samples. Of these, 113 (9.7%) contaminated, and 1,046 were analyzed, of which 850 (81.3%) were identified as MTBC, 116 (11.1%) as non-tuberculous mycobacteria and 6 (0.6%) as Nocardia sp. Contamination rate was 2.2% and the contribution of culture to the TB diagnosis was 29.9%. The detection mean time was 14.7 days (SD+/-11.7 days). The accuracy of the presumptive identification of MTBC was 91.3%. MGIT liquid culture demonstrated to be an excellent alternative for diagnosing TB and mycobacterioses, because of the rapidity of diagnosis, thus allowing an immediate and effective treatment.

Desempenho da cultura líquida MGIT após implementação em uma rede de laboratórios públicos do estado de São Paulo / Performance of liquid culture MGIT after implementation in a network of public laboratories of Sao Paulo state

A OMS, em 2007, recomendou a implementação da cultura líquida para o diagnóstico da tuberculose (TB) e teste de sensibilidade para países de baixa e média renda. Neste estudo foi avaliado odesempenho da cultura líquida MGIT em condição de rotina após dois anos de implantação em uma rede de laboratórios públicos. Foi efetuada análise retrospectiva de dados da cultura líquida,realizadas em dez laboratórios regionais do Instituto Adolfo Lutz, de janeiro a março de 2010. Foram incluídas amostras submetidas a baciloscopia, cultura líquida MGIT automatizada ou manual eidentificação presuntiva do complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB). Foram detectadas 1.159 culturas positivas. Destas, 113 (9,7%) contaminaram, e 1.046 foram analisadas, sendo 850 (81,3%) CMTB, 116 (11,1%) micobactérias não tuberculosas e 6 (0,6%) Nocardia sp. A taxa de contaminação foi de 2,2% e o acréscimo da cultura para o diagnóstico da TB foi de 29,9%. A média do tempo de detecção da cultura foi de 14,7 dias (DP+/- 11,7 dias). A acurácia da identificação presuntiva foide 91,3%. A cultura líquida MGIT demonstrou ser excelente alternativa para efetuar diagnóstico da TB e das micobacterioses, em razão da rapidez possibilitando uma intervenção rápida e eficaz no tratamento.

In 2007, WHO recommended the implementation of liquid culture for tuberculosis (TB) diagnosis anddrug-susceptibility test in low and middle-income countries. This study evaluated the performanceof MGIT culture in routine condition after two years of its implementation in a public laboratoriesnetwork. This is a retrospective study, which analyzed the data on the liquid culture performed in ten regional laboratories of the Institute Adolfo Lutz, from January to March 2010. The data included clinical samples submitted to microscopy, automated or manual MGIT culture and presumptive M. tuberculosis complex (MTBC) identification by analyzing the cord formation. Culture waspositive in 1,159 samples. Of these, 113 (9.7%) contaminated, and 1,046 were analyzed, of which 850 (81.3%) were identified as MTBC, 116 (11.1%) as non-tuberculous mycobacteria and 6 (0.6%)as Nocardia sp. Contamination rate was 2.2% and the contribution of culture to the TB diagnosis was 29.9%. The detection mean time was 14.7 days (SD+/-11.7 days). The accuracy of the presumptive identification of MTBC was 91.3%. MGIT liquid culture demonstrated to be an excellent alternative for diagnosing TB and mycobacterioses, because of the rapidity of diagnosis, thus allowing an immediate and effective treatment.

Controle de qualidade externo nos laboratórios de tuberculose do estado de São Paulo, Brasil / External quality control of the tuberculosis laboratory network of São Paulo state, Brazil

Os objetivos deste estudo foram de avaliar a qualidade técnica de laboratórios públicos e conveniados ao Sistema Único de Saúde(SUS) que fazem baciloscopia da tuberculose (TB) e de apresentar os dados do Controle de Qualidade Externo (CQE) realizado na rede de laboratórios de TB do estado de São Paulo, Brasil. Neste contexto, foi realizado o estudo descritivo retrospectivo do CQE de 198 laboratórios supervisionados no biênio 2009-2010. A concordância entre os resultados das baciloscopias executadas nos laboratórios supervisionados e de supervisores foi de 99,4 %; e as porcentagens relativas de resultados falso-positivos e falsonegativos foram, respectivamente, de 1,9 % e 0,4 %. A comparação entre a qualidade dos esfregaços realizados por laboratórios públicos e conveniados mostrou que os públicos apresentaram qualidade superior (valor-p<0,05). Este estudo mostrou que 74,2 % dos laboratórios foram aprovados no CQE; e o desempenho dos laboratórios conveniados foi inferior ao dos públicos. Estes dados reforçam a importância de manter programa de CQE de baciloscopia e de capacitação dos profissionais, considerando-se ser este um exame diagnóstico muito utilizado e relevante no país...

Baciloscopia para tuberculose pulmonar: estudo multicêntrico do esfregaço para baciloscopia de escarro no diagnóstico da tuberculose pulmonar segundo a Organização Mundial da Saúde e o Ministério da Saúde / Bacilloscopy for pulmonary tuberculosis: multicenter study of bacilloscopy sputum smears in the diagnosis of pulmonary tuberculosis according to the World Health Organization and Brazilian Ministry of Health

A baciloscopia de escarro no diagnóstico da tuberculose pulmonar foi padronizada pela OMS quanto à preparação, coloração e leitura do esfregaço. O Ministério da Saúde (MS) adota esta padronização na coloração e leitura, mas o esfregaço é realizado na forma estendida em 2/3 da lâmina, diferentemente do formato elíptico da OMS. O objetivo deste trabalho foi comparar os dois tipos de esfregaços, avaliando sensibilidade/especificidade, tempo gasto na preparação e leitura e questões de biossegurança. Participaram do estudo oito laboratórios regionais do Instituto Adolfo Lutz. Durante três meses, foram preparadas duas lâminas com 356 amostras de escarro, uma segundo a OMS e outra de acordo com o MS. A leitura foi realizada pela contagem semi quantitativa em cruzes, conforme o índice baciloscópico recomendado pelo MS/OMS. A sensibilidade no esfregaço elíptico foi de 97,0por cento, especificidade 97,5por cento, acurácia 97,2por cento e erro 2,8por cento. A concordância dos resultados de leitura em cruzes foi de: 80,7por cento nos raros BAAR; 83,7por cento nos 1positivo; 89,8por cento nos 2positivo;90,9por cento nos 3positivo e 97,5por cento nos negativos (Kappa igual 0,87 valor p menor que 0,001). A confecção (valor p igual 0,03) e a leitura do esfregaço (valor p igual 0,01) mostraram-se mais rápidas pelo método da OMS e também mais apropriadas em relação à biossegurança. Este estudo demonstrou a viabilidade de se adotar no Brasil o esfregaço padronizado mundialmente pela OMS.

Rapid detection of resistant tuberculosis by nitrate reductase assay performed in three settings in Brazil.

OBJECTIVES: To evaluate nitrate reductase assay (NRA) efficacy for streptomycin, isoniazid, rifampicin and ethambutol susceptibility testing of Mycobacterium tuberculosis strains. METHODS: Results were generated by three laboratories: the Instituto Adolfo Lutz (IAL) Mycobacteria Reference Laboratory and two IAL Regional Laboratories in Santo André and Sorocaba, São Paulo State, Brazil. One hundred and twenty M. tuberculosis strains were simultaneously tested using NRA and the proportion method (PM), while 117 strains were tested using both NRA and BACTEC MGIT 960 (M960). RESULTS: Repeatability analysis of NRA results showed rates of 100% for isoniazid and ethambutol and 97% for streptomycin and rifampicin susceptibility detection, representing substantial agreement. McNemar testing of the data also indicates that NRA and PM, as well as NRA and M960, do not differ significantly. On average, NRA results were available after 10 days. CONCLUSIONS: The data demonstrate that NRA is reliable for susceptibility testing of isoniazid and rifampicin, the two most important drugs for the treatment of tuberculosis. In addition, the reduction in the time necessary to obtain susceptibility results is of fundamental importance.

Comparação entre a técnica de cultivo em camada delgada de ágar Middlebrook 7H11 e meio de Stonebrink para isolamento de Mycobacterium Bovis em amostras de campo / Microcolony detection of Mycobacterium Bovis in Middlebrook 7H11 thin layer culture

O presente trabalho teve por objetivo avaliar a eficiência da técnica de cultivo em camada delgada de ágar Middlebrook 7H11 (TL7H11) no isolamento de Mycobacterium bovis de lesões sugestivas de tuberculose em bovinos, comparando seus resultados com os métodos tradicionais de cultivo. Numa primeira fase foram utilizadas estirpes padrão de M. bovis AN5 e M. tuberculosis H37Rv mantidas em laboratório, para comparação de desempenho entre o cultivo em TL7H11 e nos meios de Stonebrik e Petragnani. Ambas estirpes apresentaram crescimento visível em TL7H11 no terceiro dia de cultivo enquanto que nos meios de Stonebrink e Petragnani só houve crescimento a partir do 14° dia. Aos 13 dias de cultivo em TL7H11 foi possível diferenciar as duas estirpes pelas características morfológicas das colônias. Numa segunda fase, 62 amostras de campo foram cultivadas em TL7H11 e Stonebrink para isolamento de M. bovis. As amostras isoladas foram detectadas pelo TL7H11 até os 21 dias de cultivo contra nenhum crescimento dos tubos de Stonebrink. O tempo médio de crescimento no TL7H11 foi de 19,0 dias contra 49,0 dias do meio de Stonebrink (p = 0,014).

The aim of this article is to evaluate the efficiency of the cultivation technique in thin layer of Middlebrook 7H11 (TL7H11) for isolating Mycobactererium bovis from suggestive lesions of tuberculosis in cattle and to compare the results with traditional methods of cultivation. At the first step it was used M. bovis AN5 and M. tubercuolosis H37Rv standard strain. The both performance were compared between the cultivation in TL7H11 and in the Stonebrink and Petragnani media. The strains presented visible growing in TL7H11 at the third day of cultivation, while the Stonebrink and Petragnani there were growing just at the14° day. At the 13 day of cultivation it was possible to differentiate both strains by their colony morphological characteristics. The second step was to cultivate 62 clinicals samples in TL7H11 and Stonebrink for tentative isolation of M. bovis. The isolated samples were detected in TL7H11 until 21 days of cultivation where as none samples were grown in Stonebrink tubes. The median time of growing in TL7H11 was 19,0 days against 49,0 days of Stonebrink (p=0,014).

Screening and characterization of mutations in isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates obtained in Brazil.

We investigated mutations in the genes katG, inhA (regulatory and structural regions), and kasA and the oxyR-ahpC intergenic region of 97 isoniazid (INH)-resistant and 60 INH-susceptible Mycobacterium tuberculosis isolates obtained in two states in Brazil: São Paulo and Paraná. PCR-single-strand conformational polymorphism (PCR-SSCP) was evaluated for screening mutations in regions of prevalence, including codons 315 and 463 of katG, the regulatory region and codons 16 and 94 of inhA, kasA, and the oxyR-ahpC intergenic region. DNA sequencing of PCR amplicons was performed for all isolates with altered PCR-SSCP profiles. Mutations in katG were found in 83 (85.6%) of the 97 INH-resistant isolates, including mutations in codon 315 that occurred in 60 (61.9%) of the INH-resistant isolates and 23 previously unreported katG mutations. Mutations in the inhA promoter region occurred in 25 (25.8%) of the INH-resistant isolates; 6.2% of the isolates had inhA structural gene mutations, and 10.3% had mutations in the oxyR-ahpC intergenic region (one, nucleotide -48, previously unreported). Polymorphisms in the kasA gene occurred in both INH-resistant and INH-susceptible isolates. The most frequent polymorphism encoded a G(269)A substitution. Although KatG(315) substitutions are predominant, novel mutations also appear to be responsible for INH resistance in the two states in Brazil. Since ca. 90.7% of the INH-resistant isolates had mutations identified by SSCP electrophoresis, this method may be a useful genotypic screen for INH resistance.

Perfil bacteriológico da tuberculose pulmonar na regiäo de Campinas e das Diretorias Regionais de Saúde XII, XV e XX - 1999/2000 / Bacteriologic profile of lung tuberculosis in the Campinas Region and XII, XV and XX Health Regional Department,-1999/2000

Com o objetivo de avaliar o diagnóstico bacteriológico e controle de tratamento da tuberculose, os autores analisaram, nos anos de 1999 e 2000, os exames processados pelo Instituto Adolfo Lutz de Campinas e laboratórios de sua abrangência das Diretorias Regionais de Saúde (DIR)-XII, XV e XX, que atendem 93 municípios. Neste período foram realizados 53.341 baciloscopias, em 3.781 (7,1 por cento) foram detectados a presença de BAAR com positividade 4,9 por cento para diagnóstico, 1,2 por cento para controle de tratamento e 1 por cento para o sem informação quanto ao quesito diagnóstico e ou controle de tratamento. Foram realizadas 7.603 (14,3 por cento) culturas, havendo isolamento de microbactérias em 1.134 (14,9 por cento) amostras, 13,2 por cento para diagnóstico, 1,4 por cento para controle de tratamento e 0,3 por cento para o sem informação. Foram identificadas 936 cepas pertencentes ao complexo Mycobacterium tuberculosis e 48 ao complexo M.avium. O perfil de sensibilidade de 381 cepas de M.tuberculosis demonstrou que 78,0 por cento foram sensíveis às drogas testadas e 22,0 por cento resistentes a pelo menos uma droga. As análises destes dados contribuem para as ações do Programa de Controle da Tuberculose, auxiliando na determinação do perfil epidemiológico da doença na regiäo de Campinas e nas DIRs envolvidas. (AU)

With the purpose of evaluating the bacteriological diagnosis and the tuberculosis treatmentcontrol, the authors analyzed, in the years of 1999/2000, the tests processed by the Adolfo Lutz Institutein Campinas (SP), Health Regional Department (DIRS) and laboratories related to it from XII, XV and XX,witch serve 93 towns. During that period 53.341 samples were undertaken, 3.781 (7,1%) detected thepresence of BAAR with positiveness of 4,9% for diagnosis, 1,2% for treatment control and 1,0% for theones without information regarding the diagnosis item or treatment control. 7.603(14,3%) cultures weregrown, with isolation of micobacteria taking place in 1.134 (14,9%); 13,2% for diagnosis, 1,4% for treatmentcontrol and 0,3% for the ones lacking information. 936 heathers belonging to Mycobacterium tuberculosiscomplex and 48 belonging do M. avium complex were identified. The profile of sensitiveness of 381heathers of M. tuberculosis showed that 78% were sensitive to tested drugs used and 22% resisted atleast one drug. That data analyses have contributed to the realizations of the Tuberculosis ControlProgram, helping to determining the epidemiological profile of the illness in the Campinas region andinvolved DIRs. (AU)