Modeling the MHC class I pathway by combining predictions of proteasomal cleavage, TAP transport and MHC class I binding.

Epitopes presented by major histocompatibility complex (MHC) class I molecules are selected by a multi-step process. Here we present the first computational prediction of this process based on in vitro experiments characterizing proteasomal cleavage, transport by the transporter associated with antigen processing (TAP) and MHC class I binding. Our novel prediction method for proteasomal cleavages outperforms existing methods when tested on in vitro cleavage data. The analysis of our predictions for a new dataset consisting of 390 endogenously processed MHC class I ligands from cells with known proteasome composition shows that the immunological advantage of switching from constitutive to immunoproteasomes is mainly to suppress the creation of peptides in the cytosol that TAP cannot transport. Furthermore, we show that proteasomes are unlikely to generate MHC class I ligands with a C-terminal lysine residue, suggesting processing of these ligands by a different protease that may be tripeptidyl-peptidase II (TPPII).

Evaluación in vivo del efecto de los antiácidos y bloqueadores H2 sobre el pH intragástrico en la úlcera gástrica y duodenal / In vivo evaluation of the effect of antacids and H2 receptor blockaders on the intragastric pH in gastric and duodenal ulcer

El objetivo del presente estudio, fue evaluar "in vivo" la acción de los antiácidos y de los antagonistas de los receptores H2, sobre el pH gástrico, en pacientes portadores de ulceras gástricas y duodenales, con el fin de establecer cual es la medicación más efectiva. Se estudiaron 16 pacientes ulcerosos: nueve eran portadores de Ulcera Duodenal, dos tenían Ulcera Gástrica y cinco presentaban Ulcera Gástrica y Duodenal. En cada paciente se obtuvo el contenido gástrico por aspiración mediante una sonda nasogástrica, en forma horaria desde la hora 8 a la hora 20; midiéndose la secreción nocturna por aspiración a la hora 8 del día siguiente, estando el paciente en ayunas y sin medicación. El mismo procedimiento se repitó en cada paciente administrando Cimetidina (a la dosis de 1 g. por día), Ranitidina (a la dosis de 300 mg. por día), Hidróxido de Aluminio y Magnesio (a la dosis de 150 ml por día) y finalmente se repitió el procedimiento asociando la Ranitidina con el Hidróxido de Aluminio y Magnesio en las dosis anteriormente mencionadas. Se realizó un análisis estadístico de los resultados, calculándose la ordenada media de pH. El efecto medio del tratamiento se obtuvo promediando las diferencias individuales (pH tratamiento - pH sin tratamiento). El mismo procedimiento se empleó para la comparación de los diferentes fármacos entre sí. Se realizaron pruebas de Student para muestras dependientes con un nivel de significación de alfa = 5%. La capacidad de neutralización se midió por la proporción del total de muestras con un pH igual o mayor a 4, obtenidos en cada tratamiento y en el total de pacientes, comparándose con los resultados hallados sin medicación. Se utilizó el x2 con corrección de Yates. Todas las medicaciones fueron eficaces (aunque en diferente grado) para neutralizar la acidez gástrica. La combinación del antiácido con la Ranitidina apareció como lo más eficaz, mostrando diferencias estadísticamente significativas con la Cimetidina y el Hidróxido de Aluminio, y Magnesio, no así con la Ranitidina sola (AU)

Evaluación in vivo del efecto de los antiácidos y bloqueadores H2 sobre el pH intragástrico en la úlcera gástrica y duodenal / In vivo evaluation of the effect of antacids and H2 receptor blockaders on the intragastric pH in gastric and duodenal ulcer

El objetivo del presente estudio, fue evaluar "in vivo" la acción de los antiácidos y de los antagonistas de los receptores H2, sobre el pH gástrico, en pacientes portadores de ulceras gástricas y duodenales, con el fin de establecer cual es la medicación más efectiva. Se estudiaron 16 pacientes ulcerosos: nueve eran portadores de Ulcera Duodenal, dos tenían Ulcera Gástrica y cinco presentaban Ulcera Gástrica y Duodenal. En cada paciente se obtuvo el contenido gástrico por aspiración mediante una sonda nasogástrica, en forma horaria desde la hora 8 a la hora 20; midiéndose la secreción nocturna por aspiración a la hora 8 del día siguiente, estando el paciente en ayunas y sin medicación. El mismo procedimiento se repitó en cada paciente administrando Cimetidina (a la dosis de 1 g. por día), Ranitidina (a la dosis de 300 mg. por día), Hidróxido de Aluminio y Magnesio (a la dosis de 150 ml por día) y finalmente se repitió el procedimiento asociando la Ranitidina con el Hidróxido de Aluminio y Magnesio en las dosis anteriormente mencionadas. Se realizó un análisis estadístico de los resultados, calculándose la ordenada media de pH. El efecto medio del tratamiento se obtuvo promediando las diferencias individuales (pH tratamiento - pH sin tratamiento). El mismo procedimiento se empleó para la comparación de los diferentes fármacos entre sí. Se realizaron pruebas de Student para muestras dependientes con un nivel de significación de alfa = 5%. La capacidad de neutralización se midió por la proporción del total de muestras con un pH igual o mayor a 4, obtenidos en cada tratamiento y en el total de pacientes, comparándose con los resultados hallados sin medicación. Se utilizó el x2 con corrección de Yates. Todas las medicaciones fueron eficaces (aunque en diferente grado) para neutralizar la acidez gástrica. La combinación del antiácido con la Ranitidina apareció como lo más eficaz, mostrando diferencias estadísticamente significativas con la Cimetidina y el Hidróxido de Aluminio, y Magnesio, no así con la Ranitidina sola

[In vivo evaluation of the effect of antacids and H2 receptor blockaders on the intragastric pH in gastric and duodenal ulcer]. / Evaluación in vivo del efecto de los antiácidos y bloqueadores H2 sobre el pH intragástrico en la ulcera gástrica y duodenal.

The aim of this work is to establish the best treatment for patients with gastric and duodenal ulcer, by measuring the effects of antiacids and H2-receptor antagonists on gastric pH. 16 patients were studied: 9 of them had a duodenal ulcer, 2 a gastric ulcer and 5 had both. All the patients remained fasting and receiving no drug for 24 hrs. During this 24 hrs., a nasogastric tube was inserted into the stomach and the gastric content was obtained by aspiration each hour from 8 A.M. to 8 P.M. Three days after, each patient received a daily dose of 1 g of Cimetidine, and the whole procedure was repeated. The same was done with 300 mg of Ranitidine daily, 150 ml of Al-Mg antiacids daily, and at last, the same procedure was performed with the association of Ranitidine and Al-Mg antiacids at the mentioned dosage. For the statistical analysis of the data, the mean ordinate of the pH was used as a representative value of each individual's pH. Individual differences (pH with treatment minus pH without treatment) were obtained. The mean effect of each treatment was obtained averaging that differences. For comparison among different drugs, the same procedure was used. Student's paired t tests were performed in a signification level. The buffering capacity was measured in the following way: The percentage of the gastric secretion samples with pH equal or higher than 4 in each treatment and in the total number of patients was confronted with the results obtained in the same patients with no treatment. All the drugs were useful for buffering the gastric acidity, but in different intensity. The association of Ranitidine and Al-Mg antiacids showed to be the most efficient statistically when compared with Cimetidine and Al-Mg antiacids; no statistical difference appeared in the comparison with Ranitidine.

Evaluación in vivo del efecto de los antiácidos y bloqueadores H2 sobre el pH intragástrico en la ulcera gástrica y duodenal. / [In vivo evaluation of the effect of antacids and H2 receptor blockaders on the intragastric pH in gastric and duodenal ulcer]

The aim of this work is to establish the best treatment for patients with gastric and duodenal ulcer, by measuring the effects of antiacids and H2-receptor antagonists on gastric pH. 16 patients were studied: 9 of them had a duodenal ulcer, 2 a gastric ulcer and 5 had both. All the patients remained fasting and receiving no drug for 24 hrs. During this 24 hrs., a nasogastric tube was inserted into the stomach and the gastric content was obtained by aspiration each hour from 8 A.M. to 8 P.M. Three days after, each patient received a daily dose of 1 g of Cimetidine, and the whole procedure was repeated. The same was done with 300 mg of Ranitidine daily, 150 ml of Al-Mg antiacids daily, and at last, the same procedure was performed with the association of Ranitidine and Al-Mg antiacids at the mentioned dosage. For the statistical analysis of the data, the mean ordinate of the pH was used as a representative value of each individuals pH. Individual differences (pH with treatment minus pH without treatment) were obtained. The mean effect of each treatment was obtained averaging that differences. For comparison among different drugs, the same procedure was used. Students paired t tests were performed in a signification level. The buffering capacity was measured in the following way: The percentage of the gastric secretion samples with pH equal or higher than 4 in each treatment and in the total number of patients was confronted with the results obtained in the same patients with no treatment. All the drugs were useful for buffering the gastric acidity, but in different intensity. The association of Ranitidine and Al-Mg antiacids showed to be the most efficient statistically when compared with Cimetidine and Al-Mg antiacids; no statistical difference appeared in the comparison with Ranitidine.