Use of environmental DNA in assessment of fish functional and phylogenetic diversity.

Assessing the impact of global changes and protection effectiveness is a key step in monitoring marine fishes. Most traditional census methods are demanding or destructive. Nondisturbing and nonlethal approaches based on video and environmental DNA are alternatives to underwater visual census or fishing. However, their ability to detect multiple biodiversity factors beyond traditional taxonomic diversity is still unknown. For bony fishes and elasmobranchs, we compared the performance of eDNA metabarcoding and long-term remote video to assess species' phylogenetic and functional diversity. We used 10 eDNA samples from 30 L of water each and 25 hr of underwater videos over 4 days on Malpelo Island (pacific coast of Colombia), a remote marine protected area. Metabarcoding of eDNA detected 66% more molecular operational taxonomic units (MOTUs) than species on video. We found 66 and 43 functional entities with a single eDNA marker and videos, respectively, and higher functional richness for eDNA than videos. Despite gaps in genetic reference databases, eDNA also detected a higher fish phylogenetic diversity than videos; accumulation curves showed how 1 eDNA transect detected as much phylogenetic diversity as 25 hr of video. Environmental DNA metabarcoding can be used to affordably, efficiently, and accurately census biodiversity factors in marine systems. Although taxonomic assignments are still limited by species coverage in genetic reference databases, use of MOTUs highlights the potential of eDNA metabarcoding once reference databases have expanded.

Uso de ADN Ambiental en la Evaluación de la Diversidad Funcional y Filogenética de los Peces Resumen La evaluación del impacto de los cambios globales y la efectividad de la protección es un paso fundamental para el monitoreo de peces marinos. La mayoría de los métodos tradicionales de censos son demandantes o destructivos, por lo que las estrategias no letales y no intrusivas basadas en videograbaciones y en el ADN ambiental (ADNa) son alternativas a los censos visuales submarinos y a la pesca. Sin embargo, todavía no se conoce la habilidad que tienen estos métodos para detectar diferentes factores de la biodiversidad más allá de la diversidad taxonómica. Para los peces óseos y los elasmobranquios, comparamos el desempeño de la caracterización genética con ADNa y del video remoto de larga duración para evaluar la diversidad funcional y filogenética de las especies. Usamos diez muestras de ADNa tomadas de 30 litros de agua cada una y 25 horas de vídeos submarinos grabados durante cuatro días en la Isla Malpelo (costa del Pacífico de Colombia), un área marina protegida remota. La caracterización genética con el ADNa detectó 66% más unidades taxonómicas moleculares operacionales (UTMOs) que el video. Encontramos 66 y 43 entidades funcionales con un solo marcador de ADNa y con el video, respectivamente, y una riqueza funcional más alta para el ADNa que el video. A pesar de los vacíos en las bases de datos genéticos usadas como referencia, el ADNa también detectó una diversidad filogenética más alta que aquella en los videos; las curvas de acumulación mostraron cómo un solo transecto de ADNa detectó tanta diversidad filogenética como 25 horas de video. La caracterización genética con ADN ambiental puede usarse para censar los factores de biodiversidad de manera asequible, eficiente y certera en los sistemas marinos. Aunque las atribuciones taxonómicas todavía están limitadas por la cobertura de especies en las bases de datos genéticos de referencia, el uso de los UTMOs resalta el potencial que tiene la caracterización genética con ADNa una vez que las bases de datos de referencia sean expandidas.

Eco-epidemiología de las Chlamydia psittaci, Chlamydia pneumoniae y Chlamydia pecorum: impacto en la salud pública / Eco Epidemiology of Chlamydia psittaci, Chlamydia pneumoniae and Chlamydia pecorum: impact on public healthpneumoniae by in vitro neutralization and microimmunofluorescence assays. Zentralbl Bakteriol 1996; 284(1):52-57.20. Phoon MC, Yee GW, Koh WP, Chow VT. Comparative Seroepidemiologic Analysis of Chlamydophila pneumoniae Infection using Microimmunofluorescence, Enzyme Immunoassay and Neutr

ntroducción: Las infecciones zoonóticas son una creciente amenaza para la salud mundial. Varias especies de Chlamydia y sus implicancias son poco conocidas. Objetivo: Profundizar el conocimiento eco-epidemiológico de Chla-mydia en Córdoba.Materiales y métodos: Se implementaron técnicas serológicas y mo-leculares para la detección de Chlamydia en 314 individuos sanos, 44 con nexo epidemiológico asociado a Psitacosis, 505 aves silvestres, 288 aves cautivas, 30 reptiles y 30 equinos. Resultados: En humanos se detectó C. pneumoniae, C. pecorum, C. psittaci, y co-infecciones asociadas a mayor cuantificación bac-teriana. La prevalencia de anticuerpos en indivi-duos sanos fue de 14,3 % y en pacientes 68,2 %. Se evidenció una respuesta inmune exacerbada en trabajadores en contacto con reptiles infectados con C. pneumoniae. En aves cautivas se identificó C. pneumoniae, C. psittaci, C. pecorum, C. galliná-cea y co-infecciones con mayor concentración de ADN. Las aves silvestres no excretaban Chlamydia. En equinos se halló C. pneumoniae, también en Su-ricata suricatta y Atelerix albiventris. El genotipo A se halló en humanos, reptiles, aves, mamíferos no humanos y B en equinos. Conclusiones: C. psittaci genotipo WC se detectó en aves y humanos; en menor frecuencia los genotipos E/B y A. Este hallazgo sugiere que los animales pueden representar una fuente subestimada de C. psittaci. El hallazgo de C. pneumoniae y C. pecorum en pacientes y en animales, plantea posibles ciclos zoonóticos y la necesidad de diagnóstico diferencial. Estos resultados avalaron el decreto de ley provincial de tenencia y comercialización de animales, promovido por la Secretaría de Am-biente de Córdoba

Introduction: Zoonotic infections are a growing threat to global health. Chlamydia and its implications are not well known.The aim of this study was to further the eco-epidemiological knowledge of Chlamydia in Cordoba.Materials and methods: Serological and molecular techniques was implemented for detection of Chlamydia in 314 healthy individuals, 44 individuals associated with Psittacosis, 505 wild birds, 288 captive birds, 30 reptiles and 30 equine.Results: In humans were detected C. pneumoniae, C. pecorum, C. psittaci and co-infections associated with increased bacterial quantification.The prevalence of antibodies in healthy individuals was 14.3% and 68.2% patients. Exacerbated immune response was detected in workers with contact infected with C. pneumoniae evidenced reptiles.In captive birds we detected C. pneumoniae, C. psittaci, C. pecorum, C. gallinácea and co-infections with the highest concentration of DNA. Wild birds did not excrete Chlamydia.In horses we found C. pneumoniae, also in Suricata suricatta and Atelerix albiventris. The genotype was found in humans, reptiles, birds, mammals and non-human equine B.Conclusions: C. psittaci WC genotype was detected in birds and humans; less frequently genotypes E/B and A. This finding suggests that animals can be a source of C. psittaci underestimated.The discovery of C. pneumoniae and C. pecorum in patients and animals raises potential zoonotic cycles and the need for differential diagnosis.These results endorsed the decree of provincial law to possess and marketing of animals, promoted by Secretaría de Ambiente de Córdoba

Análisis genotípico de aislamientos de Mycobacterium tuberculosis en La Habana en 2009 / Genotyping of mycobacterium tuberculosis isolates in Havana, 2009

INTRODUCCIÓN: la búsqueda de alternativas al polimorfismo de la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP, siglas en inglés) con la sonda IS 6110 en la genotipificación de Mycobacterium tuberculosis ha propiciado el desarrollo de la tipificación con número variable de repeticiones en tándem de unidades repetitivas interespaciadas de micobacterias (MIRU-VNTR, siglas en inglés). OBJETIVO: evaluar la diseminación de genotipos de M. tuberculosis en La Habana en 2009. MÉTODOS: se estudiaron 80 aislamientos procedentes de unidades de salud durante 2009 y se caracterizaron por tipificación MIRU-VNTR-15. Los genotipos se expresaron como códigos numéricos según el número de copias de cada MIRU-VNTR amplificado, y se analizaron con la herramienta bioinformática en línea MIRU-VNTR plus. Se utilizó MIRU-VNTR-24 como tipificación secundaria en los aislamientos agrupados por MIRU-VNTR-15. RESULTADOS: con MIRU-VNTR-15 se definieron 41 genotipos diferentes; entre ellos, 33 únicos (41,25 por ciento), y ocho que agruparon a 47 aislamientos (58,75 por ciento). La tipificación MIRU-VNTR-24 logró diferenciar sólo el 5 por ciento de éstos, disminuyendo el porcentaje de agrupamiento a 53,75 por ciento. CONCLUSIONES: el elevado agrupamiento encontrado sugirió transmisión reciente, lo que pudo tener influencia en la incidencia de tuberculosis en La Habana en 2009(AU)

INTRODUCTION: the search for alternatives to restriction fragment length polymorphism (RFLP) with the IS6110probe for the genotyping of Mycobacterium tuberculosis has paved the way for the development of mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat typing (MIRU-VNTR). OBJECTIVE: evaluate the spread of M. tuberculosis genotypes in Havana in 2009. METHODS: eighty isolates obtained from healthcare centers during 2009 were examined and characterized by 15-loci MIRU-VNTR typing. The genotypes were expressed as numerical codes according to the copy number of each amplified MIRU-VNTR, and they were analyzed with the online bioinformatic tool MIRU-VNTR plus. 24-loci MIRU-VNTR was used for secondary typing of isolates grouped by 15-loci MIRU-VNTR. RESULTS: forty-one different genotypes were defined with 15-loci MIRU-VNTR. Of these, 33 were single (41.25 percent), whereas 8 clustered 47 isolates (58.75 percent). Only 5 percent of the latter could be differentiated by 24-loci MIRU-VNTR, lowering the percentage of clustering to 53.75 percent. CONCLUSIONS: the high clustering values revealed by the study suggest that transmission was recent. This may have had an influence on the incidence of tuberculosis in Havana in 2009(AU)

Análisis genotípico de aislamientos de Mycobacterium tuberculosis en La Habana en 2009 / Genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in Havana, 2009

Introducción: la búsqueda de alternativas al polimorfismo de la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP, siglas en inglés) con la sonda IS 6110 en la genotipificación de Mycobacterium tuberculosis ha propiciado el desarrollo de la tipificación con número variable de repeticiones en tándem de unidades repetitivas interespaciadas de micobacterias (MIRU-VNTR, siglas en inglés). Objetivo: evaluar la diseminación de genotipos de M. tuberculosis en La Habana en 2009. Métodos: se estudiaron 80 aislamientos procedentes de unidades de salud durante 2009 y se caracterizaron por tipificación MIRU-VNTR-15. Los genotipos se expresaron como códigos numéricos según el número de copias de cada MIRU-VNTR amplificado, y se analizaron con la herramienta bioinformática en lÝnea MIRU-VNTR plus. Se utilizó MIRU-VNTR-24 como tipificación secundaria en los aislamientos agrupados por MIRU-VNTR-15. Resultados: con MIRU-VNTR-15 se definieron 41 genotipos diferentes; entre ellos, 33 únicos (41,25 por ciento), y ocho que agruparon a 47 aislamientos (58,75 por ciento). La tipificación MIRU-VNTR-24 logró diferenciar sólo el 5 por ciento de éstos, disminuyendo el porcentaje de agrupamiento a 53,75 por ciento. Conclusiones: el elevado agrupamiento encontrado sugirió transmisión reciente, lo que pudo tener influencia en la incidencia de tuberculosis en La Habana en 2009

Introduction: the search for alternatives to restriction fragment length polymorphism (RFLP) with the IS6110 probe for the genotyping of Mycobacterium tuberculosis has paved the way for the development of mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat typing (MIRU-VNTR). Objective: evaluate the spread of M. tuberculosis genotypes in Havana in 2009. Methods: eighty isolates obtained from healthcare centers during 2009 were examined and characterized by 15-loci MIRU-VNTR typing. The genotypes were expressed as numerical codes according to the copy number of each amplified MIRU-VNTR, and they were analyzed with the online bioinformatic tool MIRU-VNTR plus. 24-loci MIRU-VNTR was used for secondary typing of isolates grouped by 15-loci MIRU-VNTR. Results: forty-one different genotypes were defined with 15-loci MIRU-VNTR. Of these, 33 were single (41.25 percent), whereas 8 clustered 47 isolates (58.75 percent). Only 5 percent of the latter could be differentiated by 24-loci MIRU-VNTR, lowering the percentage of clustering to 53.75 percent. Conclusions: the high clustering values revealed by the study suggest that transmission was recent. This may have had an influence on the incidence of tuberculosis in Havana in 2009(AU)

Genetic typing of Trypanosoma cruzi isolates from different hosts and geographical areas of western Venezuela / Tipaje genético de aislados de Trypanosoma cruzi de diferentes hospedadores y áreas geográficas del occidente de Venezuela

A total of 72 Trypanosoma cruzi isolates from different hosts and geographical regions of western Venezuela, where Chagas disease is endemic, were typed using ribosomal and mini-exon gene markers. The isolates were obtained from wild, peridomestic and domestic sources including triatomine-bugs, human acute chagasic patients and other mammals. Results showed that T. cruzi two major phylogenetic lineages, T. cruzi I and T. cruzi II were present. However, a remarkable predominance of T. cruzi I (96%) over T. cruzi II (4%) was observed. The present results suggest that in western Venezuela circulation of both T. cruzi I and T. cruzi II isolates is independent from the source of isolation and the geographical area where they occur, with predominance of T. cruzi I. The epidemiological significance of the present results is discussed

Un total de 72 aislados de Trypanosoma cruzi obtenidos de diferentes hospedadores y regiones geográficas del occidente de Venezuela, donde la enfermedad de Chagas es endémica, fueron caracterizados genéticamente utilizando marcadores moleculares de los genes ribosomales y del mini-exón. Los aislados fueron obtenidos de fuentes silvestres y domésticas, incluyendo triatominos-vectores, pacientes chagásicos agudos y otros mamiferos. Los resultados mostraron la presencia de los dos linajes reconocidos para T. cruzi (TcI y TcII) en la mayoría de los aislados provenientes de los diferentes hospedadores estudiados. Sin embargo, fue observada una marcada predominancia de T. cruzi I (96%) sobre T. cruzi II (4%). Los presentes resultados sugieren que en el occidente de Venezuela la circulación de aislados de los linajes TcI y TcII es independiente de la fuente biológica de aislamiento y del área geográfica de procedencia, siendo predominante los aislados TcI. Se discute la significación epidemiológica de los presentes resultados