National production of certified reference fungal cultures / Producción nacional de cultivos fúngicos de referencia certificados

Reference fungal cultures (RFCs) are essential for the internal quality control of laboratories. The production of these cultures requires standardized procedures (IRAM 14950:2016 and ISO 17034:2016 standards) carried out by a recognized and accredited laboratory. The aim of this work was to produce RFC in paper disks of autochthonous strains, characterized by two, homogeneous and stable reference methods traceable at species level. RFC were produced using 14 regional species (7 yeasts and 7 filamentous fungi) from the fungal culture collection (DMic). Paper disks were impregnated with a culture suspension, dried and packed. Homogeneity, viability, identity and purity were verified. Short-and long-term stability at different temperatures and storage times were studied. Characterization of each strain allowed to confirm its identity and to ensure its traceability at international level. Produced batches were homogeneous and stable at -20 ±5 °C for 30 months. This method of production was adequate to produce homogeneous and stable RFC with phenotypic and genotypic characteristics correctly defined and internationally traceable. Standardized procedures were developed for the production of certified RFC that could be transferred to other microorganisms. Providing RFC that represent regional strains allows laboratories to produce more reliable results with a favorable impact on medical diagnosis, the environment or the food industry.

Los cultivos microbianos de referencia (CR) son imprescindibles para el control de calidad interno de los laboratorios. Asegurar su producción requiere de procedimientos estandarizados (IRAM 14950:2016 e ISO 17034:2016) realizados en un laboratorio reconocido y acreditado. El objetivo de este estudio fue producir cultivos fúngicos de referencia en discos de papel, a partir de un panel de cultivos autóctonos caracterizados por dos métodos de referencia, trazables a nivel taxonómico de especie, homogéneos y estables. Se produjeron CR de 14 especies circulantes en Argentina (7 de levaduras y 7 de hongos miceliales), depositadas en la colección de hongos de interés médico (DMic). Los discos de papel fueron embebidos con una suspensión del cultivo por producir, secados y envasados. Se verificó la homogeneidad, viabilidad, identidad y pureza de cada lote. Se evaluó la estabilidad a corto y largo plazo a distintas temperaturas y tiempos de almacenamiento. La caracterización de cada CR nos permitió confirmar su identidad y asegurar su trazabilidad a nivel internacional. Los lotes producidos fueron homogéneos y estables durante 30 meses conservados a -20 ±5 °C. Este método resultó adecuado para producir CR homogéneos y estables, con características fenotípicas y genotípicas correctamente definidas y trazables a nivel internacional. Los procedimientos estandarizados desarrollados en este trabajo pueden ser transferidos para producir CR certificados de otros microorganismos. La provisión de CR que represente cepas regionales permite a los laboratorios producir resultados más confiables con un impacto favorable en el diagnóstico médico, los estudios ambientales y la industria alimenticia.

National production of certified reference fungal cultures.

Reference fungal cultures (RFCs) are essential for the internal quality control of laboratories. The production of these cultures requires standardized procedures (IRAM 14950:2016 and ISO 17034:2016 standards) carried out by a recognized and accredited laboratory. The aim of this work was to produce RFC in paper disks of autochthonous strains, characterized by two, homogeneous and stable reference methods traceable at species level. RFC were produced using 14 regional species (7 yeasts and 7 filamentous fungi) from the fungal culture collection (DMic). Paper disks were impregnated with a culture suspension, dried and packed. Homogeneity, viability, identity and purity were verified. Short- and long-term stability at different temperatures and storage times were studied. Characterization of each strain allowed to confirm its identity and to ensure its traceability at international level. Produced batches were homogeneous and stable at -20±5°C for 30 months. This method of production was adequate to produce homogeneous and stable RFC with phenotypic and genotypic characteristics correctly defined and internationally traceable. Standardized procedures were developed for the production of certified RFC that could be transferred to other microorganisms. Providing RFC that represent regional strains allows laboratories to produce more reliable results with a favorable impact on medical diagnosis, the environment or the food industry.

Organización, mantenimiento y preservación de la Colección de Cultivos Bacterianos del Instituto de Ciencias Biológicas de la Universidad de Ciencias y Artes de Chiapas (UNICACH), México / Organization, maintenance, and preservation of the Bacterial Culture Collection of the Biological Sciences Institute, University of Science and Arts of Chiapas (UNICACH), Mexico

Los ceparios o colecciones de microorganismos son fuentes de recursos genéticos cuyo propósito es la preservación de la diversidad biológica, garantizando su disponibilidad para actividades de docencia, investigación y comerciales. En este trabajo se verificó la viabilidad, pureza y características biológicas de las bacterias que conforman el cepario del Instituto de Ciencias Biológicas de la Universidad de Ciencias y Artes de Chiapas, y se organizó y estructuró la información obtenida en un portal virtual, para propiciar la cooperación académica. El cepario cuenta con 33 microorganismos, la mayoría del género Streptococcus y Escherichia (45,1 y 21,2%, respectivamente). Del primer género, se confirmó la identificación de S. pyogenes (40%), exhibiendo la mayoría genes que codifican para DNAsas. Con respecto al segundo género, un 58,3% de las bacterias fueron confirmadas taxonómicamente como E. coli. De esta especie, la colección cuenta con las cepas prototipo causantes de diarrea y que han preservado sus rasgos genéticos por más de cinco años. Dicho acervo ha impulsado actividades de docencia e investigación, a nivel local e internacional. Es importante que los ceparios sean fuentes sustentables de recursos biológicos, para la adquisición y suministro de especies bacterianas, con la finalidad de fomentar la interacción con la comunidad académica.

Strain collections or bacterial culture collections are genetic resources whose purpose is the preservation of biological diversity, ensuring their availability for teaching, research and trade activities. In this work viability, purity and biological characteristics of bacteria from the bacterial collection of the Institute of Biological Sciences, University of Science and Arts of Chiapas were studied. Information was structured and organized in a virtual site, to promote academic cooperation. The strain bank includes 33 microorganisms, most of the genus Streptococcus and Escherichia (45.1 and 21.2%, respectively). For Streptococcus, the identification of S. pyogenes (40%) was confirmed, by determination of most DNAses encoding genes. For Escherichia 58.3% were taxonomically confirmed as E. coli. For this species, the collection includes typical strains that produce diarrhea and their genetic traits have been preserved for more than five years. This bacterial culture collection has stimulated teaching and research activities at local and international levels. Strain collections are important sources of biological material which can provide bacterial species, in order to encourage interaction with the academic community.

Micoteca del Instituto Nacional de Higiene “Rafael Rangel”: 60 años preservando la biodiversidad fúngica de interés médico / Fungal collection of the National Institute of Hygiene “Rafael Rangel”: 60 years preserving fungal biodiversity of medical interest in Venezuela

La Micoteca del Instituto Nacional de Higiene “Rafael Rangel” (INHRR) fue creada en el año 1955 y es la colección de hongos microscópicos autóctonos más grande y representativa del país. Cuenta con 2.500 cepas pertenecientes a 77 géneros y 165 especies de hongos y actinomicetos, de importancia médica, epidemiológica, industrial e histórica, preservados por duplicado bajo los métodos de agua por Castellani y aceite mineral. La colección tiene presencia a nivel internacional a través del catálogo y la página web del Centro Venezolano de Colecciones de Microorganismos (CVCM), que a su vez está afiliada a la Federación Mundial de Colecciones de Cultivos (WFCC). Además, a través de su membresía a la Federación Latinoamericana de Colecciones de Cultivos (FELACC), sus datos están disponibles en la página web de la Asociación Argentina de Microbiología (AAM). La conservación de hongos microscópicos es fundamental, debido a su importancia en el funcionamiento de los ecosistemas y a su impacto en la vida del hombre. Esta Micoteca garantiza la preservación ex situ de la biodiversidad fúngica. Sus características la consolidan como una unidad cónsona con las exigencias de los ámbitos científico, tecnológico y docente, para el desarrollo de investigaciones científicas, particularmente en el área de medicina.

The fungal collection (Mycothec) of the National Institute of Hygiene “Rafael Rangel” (INHRR) was created in 1,955 and is the largest and more representative collection of the country’s indigenous microscopic fungi. It has 2,500 strains belonging to 77 genera and 165 species of fungi and actinomycetes retaining medical, epidemiological, industrial and historical importance, preserved by duplicate under water by Castellani and mineral oil methods. The collection has international presence through the catalog and the website of the Venezuelan Center of Microorganism Collections (CVCM), which in turn belongs to the World Federation of Culture Collections (WFCC). In addition, through its membership to the Latin American Federation of Culture Collections (FELACC) the data are accessible on the website of the Argentinian Association of Microbiology (AAM). The conservation of microscopic fungi is essential, due to its importance in the ecosystems functioning and their impact on human life. This Mycothec guarantee the ex situ conservation of fungal biodiversity. Its characteristics consolidate it as a consonant unit with the requirements of scientific, technological, and educational areas for the development of scientific research, particularly in the ​​medicine area.

Estrategia de verificación de calidad de las cepas de Escherichia coli conservadas en la Colección del Centro de Ingeniería Genética y Biotecnología / Strategy to verify quality of Escherichia coli strains kept in the collection of the Center of Genetic Engineering and Biotechnology

La colección de microorganismos de interés biotecnológico del Centro de Ingeniería Genética y Biotecnología incluye diferentes cepas de bacterias y levaduras utilizables en la manipulación de genes mediante el empleo de la ingeniería genética y para la producción de proteínas recombinantes por métodos biotecnológicos. La colección de hospederos de Escherichia coli centraliza todas las cepas que se utilizan en los proyectos de investigación-desarrollo de la institución. Este microorganismo constituye una de las herramientas biológicas imprescindibles para el trabajo en ingeniería genética y la investigación molecular. La fidelidad de los resultados experimentales depende en parte de la calidad de los bancos de estas cepas, que està determinada por las condiciones de almacenamiento y las estrategias de evaluación de los mismos. La complejidad del manejo de esta colección està influida en gran medida por el hecho de que en los medios de propagación pueden crecer un gran número de contaminantes ambientales de difícil identificación. Mientras màs similar es el contaminante a la cepa de interés, màs difícil es lograr bancos puros con una estabilidad confiable para la conservación. En este trabajo se describe cómo se garantiza el control de calidad de los bancos de Escherichia coli. Los métodos y estrategias de verificación que se describen han sido desarrollados en nuestro laboratorio(AU)

The Collection of Biotechnological-Interest Microorganisms of the CIGB includes several bacteria and yeast strains used in gene manipulation by means of genetic engineering and the production of recombinant proteins. The E coli host collection contains all the strains used in the research projects of the institution. This microorganism is an important tool for genetic engineering and molecular research. Accuracy of results depends on the quality of the microorganism banks, which it is determined by the storage conditions and the evaluation strategies of these microorganisms. The complexity of the management of this collection is influenced by the fact that a great number of contaminants may grow in the propagation media and they are difficult to identify. The more similar is the pollutant to the strain of interest, the harder it is to obtain pure banks with reliable stability and conservation. This work describes how quality control is ensured in the E. coli banks. The verification methods and strategies described here have been developed in our laboratory(AU)

Organización y manejo de la colección de cepas de referencia del Instituto Finlay / Organization and management of the collection of the reference strains of Finlay Institute

La Colección de Cultivos Microbianos del Instituto Finlay está constituida por cepas para la producción, la investigación y desarrollo de vacunas, así como de referencia para el control de la calidad de medios de cultivo, desinfectantes e higienizantes, entre otros. Mientras que la metodología para el manejo de los lotes de siembra de referencia de las cepas vacunales se encuentra adecuadamente establecida, en el caso de las cepas de referencia, la colección no se encontraba en óptimas condiciones. Por este motivo se elaboraron nuevos lotes de referencia a partir de cepas obtenidas de colecciones reconocidas y se estableció la documentación adecuada que incluye: expedientes de cada lote, los procedimientos normalizados de operación, los registros de elaboración y control de los lotes, las especificaciones de calidad y los certificados de ensayoAU)

The collection of microbial cultures of Finlay Institute consists of strains for the production, research and development of vaccines and reference strains for the quality control of culture media, and disinfectants and hygienizing products. The methodology for the management of the reference seed lots is adequately established, however the collection of reference strains was not in the same conditions. Considering this, new reference lots were established from well-known collections and the new documentation was established, which include lot files, standard operational procedures, registries of lot control quality specifications and assay certificates(AU)