COVID-19 epidemic in the Brazilian state of Amazonas was driven by long-term persistence of endemic SARS-CoV-2 lineages and the recent emergence of the new variant of concern P.1.

Dentre as 27 Unidades Federativas brasileiras, o estado do Amazonas foi uma das mais afetadas pela presente pandemia do novo coronavírus, com a ocorrência de uma segunda onda ao final de 2020 na qual um grande número de casos graves levou a um colapso no sistema de saúde. Este pre-print, resultado da análise do genoma completo de 250 amostras do SARS-CoV-2 coletadas no Amazonas entre março de 2020 e janeiro de 2021, descreve a dinâmica de sucessões de linhagens dominantes no estado. Mais recentemente, ele foi publicado na revista Nature Medicine, após editoração e a revisão por pesquisadores independentes. A publicação apresenta dados que embasam as hipóteses de que a linhagem responsável pela maioria dos casos no primeiro momento da pandemia (entre março e maio de 2020) foi a B.1.195, de que esta foi suplantada pela B.1.1.28, que tornou-se a linhagem dominante no estado entre maio e dezembro de 2020, e de que em dezembro o surgimento de uma variante da B.1.1.28, denominada P.1 e dotada de maior transmissibilidade, foi responsável pela nova ascensão no número de casos e mortes. Desta forma, a dinâmica local de surgimento de novas genéticas virais foi uma importante força-motriz para a forma com a qual a pandemia avançou sobre o estado do Amazonas, influenciada diretamente pela circulação da população e sua relação com o espalhamento do vírus, que culminou com a substituição da B.1.1.28 pela variante de preocupação P.1 em um processo que acredita-se ter durado apenas dois meses.

Three SARS-CoV-2 reinfection cases by the new Variant of Concern (VOC) P.1/501Y.V3

Neste relatório (pre-print), são apresentados três casos de reinfecção causados pela Variante de Preocupação (VOC) P.1, também conhecida como "cepa de Manaus". As três pacientes eram mulheres adultas, e tiveram a primeira infecção durante a primeira onda da pandemia na primeira metade de 2020. Nos três casos, a linhagem detectada no primeiro diagnóstico molecular era diferente da encontrada posteriormente, evidência da reinfecção. Dois dos casos de reinfecção tiveram apresentação de sintomas leves, enquanto o terceiro foi assintomático, apesar de a quantidade de material genético viral detectado sugerir cargas virais elevadas. As evidências aqui apresentadas sugerem que a imunidade após infecção primária por linhagens anteriores à circulação daquelas contendo a mutação E484K não impede uma nova infecção pela variante P.1, e nem mesmo que pessoas reinfectadas por esta variante espalhem o vírus, embora seja possível que tenha protegido estas três pacientes do desenvolvimento de sintomas graves.

SARS-CoV-2 VOCs immune evasion from previously elicited neutralizing antibodies is mainly driven by lower cross-reactivity due to spike RBD electrostatic surface changes.

O rápido espalhamento das novas variantes do novo coronavírus SARS-CoV-2, como exemplificado pela alta prevalência da variante P.1 ainda nos dois primeiros meses após seu surgimento, junto a relatos de reinfecção causada por estas variantes, levanta para a ciência a questão de quais seriam os mecanismos por trás deste cenário. É de especial interesse para estas pesquisas o estudo das mutações no genoma das variantes ­ em particular, no gene da glicoproteína Spike (proteína S), que promove a entrada nas células humanas a partir da interação com a Enzima Conversora de Angiotensina 2 (hACE2), molécula que atua como receptor do vírus. A capacidade de se ligar à hACE2 pode tornar-se maior ou menor de acordo com as alterações na estrutura da proteína S, que variam entre linhagens do SARS-CoV-2 e cada uma de suas variantes. Essas alterações na estrutura da proteína S podem também resultar em uma menor capacidade de anticorpos gerados em resposta a uma infecção ­ ou, possivelmente, mesmo após a vacinação ­ de se ligarem à proteína S e neutralizar a capacidade do vírus de causar infecção. A presente publicação ­ agora também disponível em sua versão revisada por pares ­ investiga estes dois possíveis efeitos das mutações da proteína S detectadas em variantes como a P.1, variantes da linhagem B.1.351 e a B.1.1.7: a de uma interação "mais forte" com o receptor hACE2 ou a de uma interação "mais fraca" com os anticorpos anti-proteína-S. No link do ChemRxiv ainda em estágio pre-print, antes da revisão por pesquisadores independentes, o artigo descreve uma série de experimentos feitos com modelagem computacional das moléculas envolvidas (hACE2, anticorpos e as diversas "versões" da proteína S, referentes a cada uma das variantes estudadas). Com base na simulação computacional da interação entre as moléculas, foi possível verificar que a alteração da estrutura da proteína S não teve efeitos marcantes na interação com o receptor hACE2. Por outro lado, ao simular a interação dos anticorpos gerados em resposta a linhagens iniciais do SARS-CoV-2 com a proteína S das novas variantes, foi possível ver que há uma diminuição na ligação entre as moléculas, um achado que aponta para um potencial de "escape" da resposta imune. Segundo essa hipótese, as novas variantes seriam mais eficazes em fugir da neutralização proporcionada por anticorpos, e este seria um mecanismo mais relevante para explicar seu rápido espalhamento pela população. É importante ressaltar que, baseados em algumas medidas de afinidade entre variações da proteína S e o receptor hACE2, outros grupos de pesquisa previamente sugeriram que o aumento da transmissibilidade estaria relacionado com uma maior afinidade entre a proteína viral e o receptor humano, em contraste com os resultados do presente estudo. Contudo, estes estudos não exploraram a interação das diferentes proteínas S com os anticorpos neutralizantes. O artigo aponta ainda a nova variante denominada P.3 como uma potencial Variante de Preocupação (VOC), tendo em vista que a maioria dos anticorpos analisados no estudo não foram capazes de se ligar eficientemente à proteína S desta linhagem nas simulações realizadas.

Unusual SARS-CoV-2 intra-host diversity reveals lineages superinfection

Em períodos como o da presente pandemia de SARS-CoV-2, em que diversas linhagens e variantes de um mesmo vírus circulam simultaneamente em uma população, a ocorrência de coinfecções é sempre uma preocupação. Definidas como eventos nos quais uma mesma pessoa ou célula encontra-se infectada por duas ou mais amostras virais de perfil genético distinto, as coinfecções podem representar um risco à saúde coletiva caso tornem possíveis eventos de recombinação, ou seja, novos perfis genéticos virais derivados de uma "mescla" entre as linhagens genéticas que infectam o mesmo paciente. O presente trabalho, desenvolvido por pesquisadores de diversas unidades da Fiocruz vinculados à Rede Genômica e publicado sob a forma de preprint (sem revisão independente por outros pesquisadores), investiga o fenômeno das reinfecções com base em 2.263 amostras de SARS-CoV-2, utilizando métodos de análise com uso de computadores desenvolvidos pela própria Fiocruz. Estes métodos permitiram identificar sinais de alta variabilidade nos dados de sequenciamento do genoma, variabilidade esta associada ao sequenciamento simultâneo de mais de um perfil genético viral.

Aspectos demográficos, socioeconômicos e epidemiológicos da COVID-19 na Região da Sub-Bacia do Canal do Cunha, Rio de Janeiro / Demographic, socioeconomic and epidemiological aspects of COVID-19 in theCunha Canal Sub-Basin Region, Rio de Janeiro

Objetivo desse estudo foi analisar a incidência e mortalidade por COVID-19 em população de área territorial com predominância de bairros com áreas de favelas (aglomerados subnormais), e sua relação com variáveis contextuais. Foram analisados 36 bairros da Sub-bacia do Canal do Cunha que apresentaram 30.008 óbitos por COVID-19 até o dia 05 de fevereiro de 2021. Considerou-se como variáveis dependentes as taxas de incidência acumulada, mortalidade acumulada e letalidade acumulada. Entre as variáveis contextuais, foram incluídas bairro do paciente; proporção de ASN por bairros, percentual de pretos e pardos, faixa etária; razão de renda, e índices de saneamento. As variáveis foram analisadas de forma descritiva, bivariada pela correlação de Spearmane utilizadoa estatística espacial de Moran. Os bairros Complexo do Alemão, Mangueira e Maré foram que apresentaram as maiores proporções de casos e óbitos por COVI-19. O percentual de infecção nas faixas de 20 a 29 anos, 30 a 39 anos e 40 a 49 anos foram de 13,6%, 21.5% e 20,1%, respectivamente. Na faixa etária entre 70 e 79 anos foi 7,3% do total de casos de COVID-19, e 26,7% de óbitos e 34,2% taxa de letalidade. Quando somado os registros de pessoas pretas e parda com os sem registro para cor/raça houve correlaçãomoderada positiva significativa entre a taxa de incidência acumulada e a taxa de mortalidade (rho = 0,383; p=0,048 e rho= 0,3176; p=0,0106). A avaliação estatística espacial global e local de Moran permitiu verificar áreas de prioridade intermediárias e médias que necessitam reforçar o sistema de vigilância e controle da COVID-19. A situação epidemiológica de área com grande percentual de áreas favelas mostrou que a mortalidade por COVID-19 em pessoas pretas e pardas está relacionada a aspectos demográficos e que ocorre baixa notificação de casos e de óbitos atribuídas ao COVID-19 em moradores de áreas com favelas.