Evaluación de una prueba de reacción en cadena de la polimerasa múltiplex anidada para la detección de HTLV-1

El Perú es un área endémica al virus linfotrópico T humano tipo 1 (HTLV-1) y para su confirmación diagnóstica se usa pruebas serológicas que pueden dar resultados no concluyentes. Objetivos: evaluar una prueba de PCR múltiplex anidada para diagnosticar el HTLV-1. Métodos: la validación de la PCR se realizó con primers dirigidos a las regiones Pol y LTR del HTLV-1. Se empleó el gen ß-globina como control endógeno interno y el límite de detección se evaluó con células MT2. Los parámetros de precisión diagnóstica se evaluaron frente a 95 muestras sanguíneas de Referencia. Resultados: la prueba evaluada obtuvo un límite de detección de 0,5 ng/µL de ADN sensibilidad diagnóstica=97,1%, especificidad diagnóstica y analítica=100%, vpn=97,2%, vpp, repetibilidad y reproducibilidad=100%; Kappa, Índice Youden=0,97. Conclusiones: la prueba evaluada presenta un alto rendimiento diagnóstico y debido a su bajo costo se recomienda su implementación en el algoritmo del diagnóstico de HTLV-1 en Perú.

Peru is an endemic area for human T-lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) and for its diagnostic confirmation serological tests are used, which can give inconclusive results. Objectives: to evaluate a nested multiplex PCR test to diagnose HTLV-1. Methods: PCR validation was performed with primers targeting the Pol and LTR regions of HTLV-1. The ß-globin gene was used as an internal endogenous control and the detection limit was evaluated with MT2 cells. Diagnostic accuracy parameters were evaluated against 95 Reference blood samples. Results: the evaluated test obtained a detection limit of 0.5 ng/µL of DNA; diagnostic sensitivity=97.1%, diagnostic and analytical specificity=100%, vpn=97.2%, vpp, repeatability and reproducibility=100%; Kappa, Youden Index=0.97. Conclusions: the evaluated test has a high diagnostic performance and due to its low cost, its implementation in the HTLV-1 diagnosis algorithm in Peru is recommended.

Detección del gen fusión PML-RARα en pacientes colombianos con leucemia mieloide aguda / Detection of the PML-RARα fusion gene in Colombian patients with acute myeloid leukemia

Resumen Introducción: la leucemia promielocítica aguda es un subtipo de leucemia mieloide aguda caracterizada por la presencia de una translocación entre los cromosomas 15 y 17 que provoca la formación de un gen fusión denominado PML/RARα. Determinar la presencia de este gen fusión es crítico para estos pacientes ya que su presencia hace el diagnóstico de la enfermedad, aún sin tener resultados de patología. Con esta investigación se busca ajustar e implementar una prueba altamente sensible y específica para la detección del reordenamiento PML/RARα. Métodos: a partir de sangre periférica se extrajo RNA de pacientes diagnosticados con leucemia mieloide aguda en dos instituciones de Antioquia (Colombia). Se realizó RT-PCR anidada para la detección de PML/RARα, ajustando un protocolo previamente publicado. Resultados: se ajustó y estandarizó un método para detectar mediante RT-PCR el gen fusión PML/RARα. Mediante esta técnica se logró identificar la traslocación en cuatro pacientes (22 %) de la cohorte estudiada. Conclusiones: los resultados están de acuerdo con estudios previos. La detección de esta y otras alteraciones citogenéticas mediante pruebas moleculares permitirá tener información valiosa a nivel de diagnóstico y pronóstico de los pacientes con leucemia mieloide aguda en Antioquia.

Abstract Introduction: acute promyelocytic leukemia is a subtype of acute myeloid leukemia characterized by the presence of a translocation between chromosomes 15 and 17, which causes the formation of a fusion gene called PML/RARα. Determining the presence of this fusion gene is critical for these patients, since their presence makes the diagnosis of the disease, even with no pathology results This research seeks to adjust and implement a highly sensitive and specific test for the diagnosis of this cytogenetic abnormality. Methods: peripheral blood samples from patients diagnosed with acute myelocytic leukemia were collected in two institutions of Antioquia (Colombia), from which RNA was extracted and nested RT-PCR was performed, adjusting a previously published protocol. Results: we adjusted and standardized a method to detect the PML/RARα fusion gene by RT-PCR. Using this technique, translocation was identified in four patients (22%) of the studied cohort. Conclusions: our results agree with previous studies. The detection of this and other cytogenetic alterations by means of molecular tests will allow to have valuable information at the level of diagnosis and prognosis of patients with AML in Antioquia.

Catharanthus roseus (Apocynaceae) naturally infected with diverse phytoplasmas in Costa Rica / Catharanthus roseus (Apocynaceae) naturalmente infectada con diversos fitoplasmas en Costa Rica

Abstract Phytoplasmas (class Mollicutes) are causal agents of plant diseases with an economic impact on crops or threatening local biodiversity. A survey was conducted from 2012 to 2016 on infected Catharanthus roseus plants that exhibited symptoms reminiscent of phytoplasma infection throughout Costa Rica. A total of 73 plants were collected exhibiting symptoms such as virescence, phyllody, axillary proliferation, little leaf, leaf malformation, chlorosis, or yellowing. All samples were tested by nested PCR using phytoplasma universal and specific primer pairs. Phytoplasma infection was detected in 52 (71.2 %) of the plants collected. Phytoplasmas of six subgroups belonging to 16Sr groups I, III, IX, XIII and XV were identified based on sequencing and in silico RFLP analyses. 'Candidatus Phytoplasma asteris' (16SrI) was the predominant group among the positive samples (n = 30) showing variety of symptoms and wide distribution from sea level to ca. 1 400 m.a.s.l. in six of the seven Costa Rican provinces. Group 16SrIII was the second most abundant (14 samples); and the remaining three groups were seldom found in C. roseus (8 samples). Moreover, group 16SrXIII phytoplasma was detected for the first time in the country. To the best of our knowledge, this is the first report of natural infection of C. roseus with phytoplasma subgroups 16SrI-B, 16SrI-P, 16SrIII-F, 16SrIX-F, 16SrXIII-A, and 16SrXV-B in Costa Rica and Central America.

Resumen Los fitoplasmas (clase Mollicutes) son agentes causales de enfermedades de plantas que provocan pérdidas económicas o amenazan la biodiversidad local. Una recolecta de plantas de Catharanthus roseus que mostraban síntomas de posible infección con fitoplasmas se realizó en diferentes lugares de Costa Rica desde 2012 a 2016. Un total de 73 plantas fueron recolectadas con síntomas tales como viriscencia, filodia, brotación axilar múltiple, reducción foliar, deformación foliar, clorosis, y amarillamiento. Todas las muestras fueron evaluadas mediante PCR anidado usando los pares de imprimadores universales y específicos para fitoplasmas. Infección por fitoplasmas se detectó en 52 (71.2 %) de las muestras. Fitoplasmas de seis subgrupos dentro de los grupos 16Sr I, III, IX, XIII y XV fueron identificados basados en secuenciación del ADN y análisis de polimorfismos de restricción (RFLP) in silico. El grupo predominante encontrado en las muestras positivas (n = 30) fue el 16SrI ('CandidatusPhytoplasma asteris'), éste mostró variedad de síntomas y amplia distribución desde el nivel del mar hasta casi los 1 400 m.s.n.m. en seis de las siete provincias de Costa Rica. El grupo 16SrIII fue el segundo más abundante (14 muestras); y los restantes tres grupos se encontraron en pocas muestras de C. roseus (8 muestras). Además, fitoplasmas del grupo 16SrXIII se detectaron por primera vez en el país. De acuerdo a nuestro conocimiento, este es el primer informe de infección natural de C. roseus con fitoplasmas de los subgrupos 16SrI-B, 16SrI-P, 16SrIII-F, 16SrIX-F, 16SrXIII-A y 16SrXV-B en Costa Rica y Centroamérica.

Marcadores serológicos y moleculares de infección por el virus de la hepatitis B en estudiantes universitarios colombianos / Serological and molecular markers for Hepatitis B virus in university students

Introducción: Reportes de la OMS demuestran que la carga de infección por el virus de la hepatitis B (VHB) varía de acuerdo con la región geográfica y el grupo de riesgo. Propósito: Determinar la prevalencia de infección por el VHB y el estatus de vacunación en estudiantes universitarios de Bucaramanga. Metodología: Estudio descriptivo de corte transversal realizado en el 2010. Se incluyeron 1.298 estudiantes de cinco universidades. Se identificaron marcadores serológicos de infección para el VHB por ELISA y el genoma viral se detectó mediante PCR anidado. Resultados: Se estableció infección activa en 0,15%, confirmada por PCR; infección resuelta a 0,60%; 1,1% anti-HBc aislado, 30,2% vacunados y 67,9% susceptibles. No se evidenció hepatitis B oculta. Conclusiones: La baja prevalencia de infección por el virus de la hepatitis B reportada en el presente estudio contrasta con el patrón epidemiológico intermedio descrito en la región. Se encontró una baja cobertura de vacunación y ausencia de hepatitis B oculta en los estudiantes universitarios.

Introduction: Reports from the World Health Organization (WHO) show that the prevalence of hepatitis B virus (HBV) infections varies by geographical region and risk group. Purpose: The purpose of this study was to determine the prevalence of HBV infections, as well as the vaccination status, among university students from Bucaramanga. Methodology: This was a cross sectional study conducted in 2010 which included 1298 students from five universities. Serological markers for HBV infection were detected using ELISA. Viral genomes were detected with nested polymerase chain reaction (PCR). Results: Active infections were established in 0.15% of the study population, and this finding was confirmed by PCR. Resolved infections were identified in 0.60% of the population. Isolated anti-HBc antibodies were found, 30.2% of vaccinated individuals. 67.9% of the study population was susceptible. No occult HBV was detected. Conclusions: The low prevalence of HBV infections reported in this study contrasts with the intermediate epidemiological pattern described in the region. We found poor vaccination coverage and absence of occult hepatitis B among these university students.

Evidence of zoonotic Chlamydophila psittaci transmission in a population at risk in Zulia state, Venezuela / Evidencia de transmisión zoonótica de Chlamydophila psittacci en una población de riesgo del Estado Zulia, Venezuela

Objective This study was aimed at investigating the frequency of infection by Cp. psittaci and determining its genotype in individuals at potential risk of exposure to the bacteria. Methodology The study involved 170 individuals: a risk group (n= 96) and a low-risk control group (n=74). Cp. psittaci was detected and genotyped by single-tube nested PCR and ompA gene sequencing. Results Eight (8.3 %) positive cases were detected in the risk group and 1 (1.4 %) in the control group (p<0.04). Cp. psittaci was found in 16.7 % of pigeons' fecal samples. Cp. psittaci infection with was more frequent in symptomatic (17.7 %) than asymptomatic (6.3 %) individuals in the risk group. Analysing the genomes isolated from human and bird specimens revealed the presence of genotype B. Conclusion The presence of Cp. psittaci genotype B in the population being evaluated could have been attributed to zoonotic transmission from pigeons to humans, an underestimated potential public health problem in Venezuela requiring the health authorities' involvement.

Objetivo El objetivo de este estudio fue investigar la frecuencia de infecciones por Cp. psittaci y determinar su genotipo en individuos con potencial riesgo de exposición a la bacteria. Metodología Se incluyeron 170 individuos, un grupo de riesgo (n=96) y un grupo control (n=74). La detección y genotipificación de Cp. psittaci se llevó a cabo por PCR anidada y secuenciación del gen ompA. Resultados Se detectaron ocho (8,3 %) casos positivos en el grupo de riesgo y 1 (1,35 %) en el grupo control (p<0,04). Cp. psittaci fue detectada en 16,7 % muestras fecales de palomas. En el grupo de riesgo, la frecuencia de infección por Cp. psittaci fue 17,7 % en individuos sintomáticos y 6,3% en asintomáticos. El análisis de los genomas aislados de muestras humanas y aves, revelaron la presencia del genotipo B. Conclusión La presencia de Cp. psittaci genotipo B en la población evaluada podría ser atribuida a transmisión zoonótica de palomas a humanos, un potencial problema de salud pública en nuestra región que requiere la intervención de autoridades sanitarias.