Reverse-Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification and alternative protocols for lower cost, large-scale COVID-19 testing: lessons from an emerging economy / Amplificación isotérmica mediada por bucle de transcripción inversa y protocolos alternativos para pruebas COVID-19 a gran escala y de bajo costo: lecciones de una economía emergente

Abstract Introduction: Most successful cases of COVID-19 pandemic mitigation and handling have relied on extensive reverse-transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). However, many emerging economies have struggled with current molecular testing demands due to economic, technical and technological constraints. Objective: To define a potential diagnostic protocol to increase testing capacity in current and post-pandemic conditions. Methods: We reviewed the literature, patents and commercial applications, for alternatives. Results: We found a good potential in saliva samples, viral inactivation and quick RNA extraction by heating; the use of an isothermal technology such as loop mediated isothermal amplification (LAMP) and naked eye test-result visualization by in-tube colorimetry or turbidity. Conclusions: Saliva samples with quick RNA extraction by heating and colorimetric LAMP are promising options for countries with economic and infrastructure limitations.

Resumen Introducción: La mayoría de los casos exitosos de mitigación y manejo de la pandemia de COVID-19 se han dado mediante pruebas basadas en la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (RT-qPCR por sus siglas en inglés). Sin embargo, muchas economías emergentes han tenido problemas con las demandas actuales de pruebas moleculares debido a limitaciones económicas, técnicas y tecnológicas. Objetivo: Definir un protocolo de diagnóstico potencial para aumentar la capacidad de prueba en las condiciones actuales y posteriores a la pandemia. Métodos: Revisamos la literatura, las patentes y las aplicaciones comerciales, en busca de alternativas. Resultados: Encontramos un buen potencial en muestras de saliva, inactivación viral y extracción rápida de ARN por calentamiento; el uso de una tecnología isotérmica como la amplificación isotérmica mediada por horquillas (LAMP, por sus siglas en inglés) y la visualización del resultado de la prueba a simple vista mediante colorimetría o turbidez en el tubo. Conclusiones: Las muestras de saliva con extracción rápida de ARN por calentamiento y LAMP colorimétrico son opciones prometedoras para países con limitaciones económicas y de infraestructura.

[Molecular technology to optimize the use of biomarkers in the clinic.] / Tecnología molecular para optimizar el uso de biomarcadores en la clínica.

This chapter aims to introduce the moleculartechnologies that have been optimized for theanalysis of biomarkers in recent years and that are currentlybeing applied in clinical practice.The chapter is divided into three blocks, which dealwith the concepts and techniques of molecular biology related to DNA-, RNA- and proteins-based biomarkers.In addition, real case examples in which these moleculartechnologies are used in clinical routine are given.

Este capítulo pretende introducir lastecnologías moleculares que se han ido optimizandopara el análisis de los biomarcadores en los últimosaños y que están siendo aplicadas actualmente en lapráctica clínica.El capítulo está dividido en tres bloques, en los quese tratan los conceptos y técnicas de biología molecularrelacionadas con los biomarcadores basados enDNA, RNA y proteínas. Además, se dan ejemplos de casosreales en los que se utilizan estas tecnologías molecularesen la rutina clínica.

Tecnología molecular para optimizar el uso de biomarcadores en la clínica / Molecular technology to optimize the use of biomarkers in the clinic

Este capítulo pretende introducir lastecnologías moleculares que se han ido optimizandopara el análisis de los biomarcadores en los últimosaños y que están siendo aplicadas actualmente en lapráctica clínica.El capítulo está dividido en tres bloques, en los quese tratan los conceptos y técnicas de biología molecular relacionadas con los biomarcadores basados enDNA, RNA y proteínas. Además, se dan ejemplos de casos reales en los que se utilizan estas tecnologías moleculares en la rutina clínica. (AU)

logies that have been optimized for theanalysis of biomarkers in recent years and that are currently being applied in clinical practice.The chapter is divided into three blocks, which dealwith the concepts and techniques of molecular biology related to DNA-, RNA- and proteins-based biomarkers.In addition, real case examples in which these molecular technologies are used in clinical routine are given. (AU)

Pruebas moleculares para la detección de SARS-CoV-2 / Molecular tests for the detection of SARS-CoV-2

RESUMEN Introducción: Los coronavirus generan enfermedades respiratorias, hepáticas o neurológicas, con gravedad variable en su huésped. La reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa en tiempo real es la metodología de referencia para confirmar la detección del virus SARS-CoV-2. Se realizó una revisión bibliográfica en el periodo de julio a noviembre de 2021, en los recursos disponibles en MEDLINE, SciELO, Pubmed y Elsevier. Del total de consultas se citaron 35 referencias. Objetivo: Describir las pruebas moleculares para la detección de SARS-CoV-2. Desarrollo: Se han diseñado tres tipos de ensayos de rRT-PCR, para la detección de SARS-CoV-2. Las pruebas descritas son específicas para genes ARN (polymerase dependent RNA - RdRp), genes E (upE) y genes Nnes (N). Los Centros para la Prevención y Control de Enfermedades (CDC) de los EE.UU., han desarrollado la rRT-PCR dirigidos a la proteína N de la nucleocápside del material genético SARS-CoV-2, los ensayos genes E (upE) y gen de la proteína 1b (ORF 1b) se pueden complementar para la detección y confirmación. Conclusiones: Las dianas que se emplean para la detección específica del genoma del SARS-CoV-2 por RT-PCR en tiempo real, se encuentran en las regiones ORF1a y 1b, RdRp, N, S y E del ARN viral.

ABSTRACT Introduction: Coronaviruses cause respiratory, hepatic or neurological diseases, with variable severity in their host. Real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction is the reference methodology to confirm the detection of the SARS-CoV-2 virus. A bibliographic review was carried out in the period from July to November 2021, in the resources available in MEDLINE, SciELO, Pubmed and Elsevier. Of the total queries, 35 references were cited. Objective: Describe molecular tests for the detection of SARS-CoV-2. Development: Three types of rRT-PCR assays have been designed for the detection of SARS-CoV-2. The tests described are specific for RNA polymerase dependent RNA (RdRp) genes, E (upE) genes, and Nnes (N) genes. The United States Centers for Disease Control and Prevention (CDC) have developed rRT-PCR directed at the N protein of the nucleocapsid of the SARS-CoV-2 genetic material, the gene E assays (upE) and protein gene 1b (ORF 1b) can be complemented for detection and confirmation. Conclusions: The targets used for the specific detection of the SARS-CoV-2 genome by real-time RT-PCR are found in the ORF1a and 1b, RdRp, N, S and E regions of the viral RNA.

Pasado, presente y futuro en el estudio de los nódulos tiroideos: papel de la citología y las pruebas moleculares / Past, present and future in the study of thyroid nodules: role of cytology and molecular tests

Los nódulos tiroideos siempre han sido considerados problemas comunes en la práctica clínica, y con el fin de estudiarlos se han buscado diferentes técnicas de aproximación y diagnóstico a lo largo de los años [1,2]. Esto ha contribuido al aumento en su incidencia, ya que a mayor número de estudios de imágenes realizados, aumenta la probabilidad de encontrarlos, puesto que tan solo el 50% son detectados por palpación al examen físico [3]. Es importante mencionar que a pesar de que solo el 5% de los nódulos tiroideos finalmente presentan un diagnóstico maligno y requieren manejo quirúrgico, hace algunos años se llevaban a cabo exámenes médicos diagnósticos y manejos quirúrgicos invasivos y exhaustivos que no eran prácticos, necesarios ni costo efectivos [4]. Fue solo hasta hace aproximadamente 40 años que se empezó a difundir el uso de la técnica diagnóstica desarrollada en 1950 por Söderstrom, Einhorn, Franzèn y Zajicek en el Hospital Radiumhelmet, de Estocolmo, Suecia, y considerada actualmente como la prueba de elección para la evaluación de nódulos tiroideos: la aspiración con aguja fina (ACAF), la cual se describe segura, precisa y rentable