Current understanding of an Emerging Coronavirus usingin silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.(AU)

O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.(AU)

Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Current understanding of an Emerging Coronavirus usingin silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely SARS-CoV-2 is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the SARS-CoV-2 although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among SARS-CoV-2 and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that SARS-CoV-2 has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente SARS-CoV-2, foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o SARS-CoV-2, embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre SARS-CoV-2 e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que SARS-CoV-2 tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Alternanthera yellow vein virus (AYVV); a betasatellite independent begomovirus infecting Sonchus palustris in Pakistan / Alternanthera yellow vein virus (AYVV); um begomovírus independente de betassatélites infectando Sonchus palustris L. no Paquistão

Satellites associated begomoviruses are the most diverse group of plant viruses in tropical and subtropical regions. In Pakistan, during field surveys in 2019-2020, Sonchus palustris (a weed plant) was observed showing begomovirus symptoms i.e., vein yellowing and mosaic patterns on leaves. Rolling circle amplification from total isolated DNA of symptomatic leaves was performed to amplify circular viral genomes. Subsequent cloning and sequencing showed that a new strain of Alternanthera yellow vein virus (AlYVV) is associated with vein yellowing disease of S. palustris. The identity percentage analysis through BLAST search and SDT analysis showed that the new strain is 94-98% identical to AlYVV isolates reported from Pakistan, India and China. In phylogenetic tree, it clustered with AlYVV-[PK:E prostrata:15-KX710155], AlYVV-[PK:E prostrata:13]-KX906697] and AlYVV-[PK:E prostrata:11]-KX906694] previously reported from Pakistan. There was no detectable level of betasatellite or any other satellite molecule in the samples studied here. Phylogenetic analysis of Rep and CP genes of AlYVV with corresponding genes of closely related viruses circulating in Southeast Asia showed intra-specific recombination involving both complementary and virion sense region of virus. Relaxed clock and Bayesian Skyline Plot analysis based on CP gene sequences indicated slight higher substitution rates (4.75 x 10-3 substitutions/nucleotide/year). In the Indian subcontinent satellite-associated monopartite begomoviruses predominately infect crops and non-crop plants. But AlYVV is found infecting mostly non-crop plants independent of satellite molecules. We hypothesize here that AlYVV evolved as a true monopartite begomovirus in the Indian sub-continent and could be a great threat to introduced crops under suitable conditions. Such studies are crucial to understand probable future epidemics of begomoviruses in the region.

Os begomovírus associados aos satélites são o grupo mais diversificado de vírus de plantas encontrado em regiões tropicais e subtropicais. No Paquistão, durante pesquisas de campo entre 2019 e 2020, a espécie Sonchus palustris L. (uma planta daninha) foi observada apresentando sintomas de begomovírus, ou seja, amarelecimento das veias e padrões de mosaico nas folhas. A Amplificação em Círculo Rolante (ACR) a partir de DNA isolado total de folhas sintomáticas foi realizada para amplificar genomas virais circulares. A clonagem e sequenciamento subsequentes mostraram que uma nova cepa de Alternanthera yellow vein virus (AlYVV) está associada à doença do amarelecimento das veias de S. palustris. A análise da porcentagem de identidade por meio de pesquisa BLAST e análise SDT mostrou que a nova cepa é 94-98% idêntica aos isolados de AlYVV relatados no Paquistão, Índia e China. Na árvore filogenética, essa cepa se agrupou com AlYVV-[PK:E prostrata:15-KX710155], AlYVV-[PK:E prostrata:13]-KX906697] e AlYVV-[PK:E prostrata:11]-KX906694] relatada anteriormente de Paquistão. Não houve nível detectável de betassatélite ou qualquer outra molécula satélite nas amostras estudadas aqui. A análise filogenética de genes Rep e CP de AlYVV com genes correspondentes de vírus intimamente relacionados que estão circulando no Sudeste Asiático mostrou recombinação intraespecífica envolvendo a região complementar e de sentido viral do vírus. Relógio molecular relaxado e análise de Bayesian Skyline Plot (BSP) com base nas sequências do gene CP indicaram taxas de substituição ligeiramente mais altas (4,75 x 10-3 substituições/nucleotídeo/ano). No subcontinente indiano, os begomovírus monopartidos associados aos satélites infectam predominantemente culturas e plantas não cultivadas. Mas o AlYVV é encontrado infectando principalmente plantas não cultivadas, independentemente de moléculas satélites. Desenvolveu-se a hipótese de que o AlYVV evoluiu como um verdadeiro begomovírus monopartido no subcontinente indiano e pode ser uma grande ameaça às culturas introduzidas em condições adequadas. Tais estudos são cruciais para entender prováveis e ​​futuras epidemias de begomovírus na região.

Estabelecendo recombinação generalizada de relações substantivo-verbo por meio de treino em matriz para crianças com Transtorno do Espectro Autista / Establishing recombinative generalization of noun-verb relations through matrix training for children with Autism Spectrum Disorder

O treino em matriz é um procedimento de ensino que implica na organização dos componentes do repertório a ser ensinado em dois eixos. Ele tem sido utilizado para favorecer a recombinação generalizada de repertórios verbais. No entanto, ainda que pessoas com Transtorno do Espectro Autista (TEA) apresentem geralmente dificuldades na linguagem, verifica-se que poucos estudos investigaram os efeitos do treino em matriz para o estabelecimento de repertórios verbais nessa população. O presente estudo avaliou, a partir de um delineamento de linha de base múltipla entre participantes, o efeito do treino em matriz na indução de recombinação generalizada de relações substantivo-verbo, em português, para duas crianças com TEA. As relações substantivo-verbo de nove figuras foram organizadas em uma matriz 3x3, sendo ensinadas diretamente três relações e testadas as outras seis. Outras nove relações substantivo-verbo foram organizadas em uma segunda matriz 3x3, sendo todas apenas testadas. O procedimento foi eficaz no estabelecimento das relações substantivo-verbo para um dos participantes e ocasionou aumento na emissão de respostas corretas das relações para o outro. Discutem-se a ampliação da validade externa do efeito do treino em matriz para crianças com TEA, questões relativas ao estabelecimento de controle de estímulos e quadros autoclíticos nesse procedimento de ensino.

Matrix training is a teaching procedure that involves the organizing the components of the repertoire to be taught in two axes. It has been used to promote the generalized recombination of verbal repertoires. However, even though people with Autism Spectrum Disorder (ASD) usually present language difficulties, few studies have investigated the effects of matrix training on the establishment of verbal repertoires in this population. The present study evaluated, from a multiple participant multiple baseline design, the effect of matrix training on the induction of generalized recombination of noun-verb relations, in Portuguese, for two children with ASD. The noun-verb relations of nine figures were organized in a 3x3 matrix, with three relations being directly taught and the other six tested. Another nine noun-verb relations were organized in a second 3x3 matrix, all of which were just tested. The procedure was effective in establishing noun-verb relations for one of the participants and produced an increase in the issuance of correct responses of the relations for the other. The expansion of the external validity of the effect of matrix training for children with ASD, issues related to the establishment of stimulus control and autoclitic frames in this teaching procedure are discussed.

Avaliação do silenciamento de BRCA1 por mecanismos epigenéticos e genéticos em câncer de mama triplo-negativo metastático e sua associação com ancestralidade e prognóstico / Evaluation of BRCA1 silencing by epigenetic and genetic mechanisms in metastatic triple-negative breast cancer and its association with ancestry and prognosis

Introdução e contexto: O câncer de mama do subtipo triplo-negativo (TN) representa cerca de 15% de todos os cânceres de mama e é negativo para expressão dos receptores de estrógeno e progesterona e superexpressão/amplificação de HER2. É mais prevalente em mulheres jovens e negras, apresenta maior risco de desenvolvimento de metástases e pior prognóstico. Parte significativa de tumores TN apresentam deficiência na via de reparo de recombinação homóloga (DRH), resultado de mecanismos genéticos, como variantes P/PP germinativas em BRCA1/2, sendo mutação em BRCA1 a mais frequente, e/ou silenciamento epigenético de BRCA1 e RAD51C no tumor. Não há dados sobre o status de mutação germinativa em BRCA1/2 em relação ao padrão metastático dos TN e nem em relação a mecanismos envolvidos na DRH em mulheres brasileiras. Objetivos: Avaliar o status de mutação germinativa nos genes BRCA1 e BRCA2 em mulheres com tumores TN e sua associação com padrão metastático, mecanismos de DRH e ancestralidade. Metodologia: Estudo retrospectivo unicêntrico. A avaliação de BRCA1/2 foi realizada a partir do DNA de leucócito/tecido não tumoral, e quando não disponíveis, tecido tumoral fresco ou emblocado em parafina. O status de metilação de BRCA1 e RAD51C foi determinado por sequenciamento de próxima geração (NGS) de amplicon usando DNA tumoral tratado com bissulfito de sódio; o critério de classificação foi >40% hipermetilado; entre ≥20% à <40% intermediário. A análise de ancestralidade foi realizada por eletroforese capilar com análise de fragmentos ou por genotipagem usando o array PMDA, utilizando DNA de leucócito. Informações clínicas de toda a casuística foram obtidas dos prontuários eletrônicos disponíveis na Instituição. Resultados: Foram incluídos 400 casos de tumores TN, 132 com diagnóstico de metástase e 268 sem metástase. A caracterização genética de BRCA1/2 foi obtida para 399 casos, sendo que 21,6% (86/399) apresentaram variantes patogênicas (P) ou provavelmente patogênicas (PP), onde 81,4% (70/86) das portadoras de variantes P/PP eram portadoras de variante P/PP em BRCA1, correspondento a 17,5% dos casos avaliados (70/399), e 18,6% (16/86) portadoras de variante P/PP em BRCA2, correspondendo a 4,0% dos casos (16/399). A média de idade ao diagnóstico foi menor para portadoras de variantes P/PP em BRCA1 que apresentaram idade de 41,7 anos, sendo que a idade das portadoras de variantes P/PP em BRCA2 e mulheres sem variantes P/PP ou VUS (do inglês, variant of uncertain significance) foi de 47,1 e 47,9 anos, respectivamente. Dos casos metastáticos, 131 tiveram BRCA1/2 testados, sendo 12,2% (16/131) BRCA1-P/PP e 6,1% (8/131) BRCA2-P/PP. Em relação ao padrão metastático dos tumores TN, os sítios mais acometidos em BRCA1-P/PP e sem variantes P/PP foram pulmão (50% e 37%, respectivamente) e SNC (31% e 23%, respectivamente), enquanto que para BRCA2-P/PP, os sítios mais acometidos foram SNC (62%) e ossos (37%). Em análise com modelos de regressão logística multivariada, observou-se que o risco para desenvolver metástase no grupo BRCA2-P/PP foi significativamente maior, chegando a quase 4 vezes mais para desenvolver em SNC (p=0,035) quando comparado com o grupo sem variantes P/PP e perto da significância (p=0,067) para desenvolver em ossos. O grupo BRCA1-P/PP não apresentou risco aumentado quando comparado com o grupo sem variantes P/PP. A análise de metilação nos genes BRCA1/RAD51C foi realizada no tumor primário para 177 casos, apresentando hipermetilação de 55,4% em um dos dois genes, sendo 43,5% (77/177) hipermetilados em BRCA1; e para RAD51C, 11,9% (21/177) hipermetilados. Já a análise de metilação nos tumores metastáticos foi realizada para 25 casos, sendo 32% hipermetilados em um dos dois genes, sendo 20% (5/25) hipermetilados em BRCA1 e 12% (3/25) em RAD51C. A análise de ancestralidade foi realizada para 216 casos, onde a maioria (68%) foi classificada como ancestralidade predominantemente europeia; foi investigada se havia associação entre as ancestralidades e o evento genético ou epigenético subjacente a DRH, porém não ficou evidente nenhuma associação. Conclusões: BRCA1 confirmou ser o gene que mais frequentemente apresenta variantes P/PP em mulheres com CMTN, principalmente em mulheres diagnosticadas em idade jovem. A maioria dos casos cujo DNA tumoral apresentou hipermetilação em um dos dois genes investigados (BRCA1 e RAD51C) foram em mulheres jovens, sendo o gene BRCA1 mais frequentemente metilado. Observou-se que há um risco elevado de até 4 vezes para desenvolver metástase no SNC no grupo de mulheres com BRCA2-PP. Não foi possível estabelecer associação significativa entre os mecanismos genéticos e epigenéticos subjacentes a DRH com ancestralidades europeias ou africanas na população estudada.

Introduction: Triple-negative (TN) subtype breast cancer accounts for about 15% of all breast cancers and is negative for estrogen and progesterone receptor expression and HER2 overexpression/amplification. It is more prevalent in young, black women, has a higher risk of developing metastases and a worse prognosis. A significant part of TN tumors have a deficiency in the homologous recombination repair (HRD) pathway, resulting from genetic mechanisms, such as germline pathogenic mutations in BRCA1/2, with BRCA1 being the most frequent mutation, and/or epigenetic silencing of BRCA1 and RAD51C in the tumor. There are no data regarding BRCA1/2 germline mutation status in relation to the metastatic pattern of TN tumors or about the mechanisms involved in HRD in Brazilian women. Objectives: To evaluate the germline mutation status in BRCA1 and BRCA2 genes in women with TNBC and its association with metastatic pattern, HRD mechanisms and ancestry. Methodology: Single-center retrospective study. BRCA1/2 evaluation was performed from leukocyte/non-tumor tissue DNA, and when not available, fresh tumor tissue or embedded in paraffin. The methylation status of BRCA1 and RAD51C was determined by next-generation amplicon sequencing (NGS) using tumor DNA treated with sodium bisulfite; the classification criteria was >40% hypermethylated; between 20% to <39% intermediate. Ancestry analysis was performed by capillary electrophoresis with fragment analysis using the PMDA array using leukocyte DNA. Clinical information from the entire sample was obtained from electronic medical records available at the institution. Results: 400 cases of TNBC were included, 132 diagnosed with metastasis and 268 without metastasis. The genetic characterization of BRCA1/2 was obtained for 399 cases, and 21.6% (86/399) presented pathogenic (P) or probably pathogenic (PP) variants, where 81.4% (70/86) of the carriers of P/PP variants carried a pathogenic variant in BRCA1, corresponding to 17.5% of the evaluated cases (70/399), and 18.6% (16/86) carried P/PP variants in BRCA2, corresponding to 4, 0% of cases (16/399). The mean age at diagnosis was lower for carriers of P/PP variants in BRCA1, who were 41.7 years old, and the age of carriers of P/PP variants in BRCA2 and women without P/PP or VUS (Variant of Uncertain Significance) was 47.1 and 47.9 years, respectively. In regarding to metastatic cases, 131 had BRCA1/2 tested, with 12.2% (16/131) BRCA1-P/PP and 6.1% (8/131) BRCA2-P/PP. Regarding the metastatic pattern of TN tumors, the most affected sites in BRCA1-P/PP and without P/PP variants were lung (50% and 37%, respectively) and CNS (31% and 23%, respectively), while for BRCA2-P/PP, the most affected sites were the CNS (62%) and bones (37%). In analysis with multivariate logistic regression models, it was observed that the risk of developing metastasis in the BRCA2-P/PP group was significantly higher, reaching almost 4 times more to develop in the CNS (p=0.035) when compared to the group without P/PP variants and close to significance (p=0.067) to develop in bone. The BRCA1-P/PP group was not at increased risk when compared to the group without P/PP variants. The analysis of methylation in the BRCA1/RAD51C genes was performed in the primary tumor for 177 cases, showing 55.4% hypermethylation in one of the two genes, with 43.5% (77/177) being hypermethylated in BRCA1; and for RAD51C, 11.9% (21/177) hypermethylated. The analysis of methylation in metastatic tumors was performed for 25 cases, 32% of which were hypermethylated in one of the two genes, 20% (5/25) hypermethylated in BRCA1 and 12% (3/25) in RAD51C. Ancestry analysis was performed for 216 cases, where the majority (68%) were classified as predominantly European ancestry; it was investigated whether there was an association between ancestry and the genetic or epigenetic event underlying the HRD, but no association was evident. Conclusions: BRCA1 confirmed to be the gene that most frequently presents P/PP variants in women with TNBC, mainly in women diagnosed at a young age. Most cases whose tumor DNA showed hypermethylation in one of the two genes investigated (BRCA1 and RAD51C) were in young women, with the BRCA1 gene being more frequently methylated. It was observed that there is an up to 4-fold increased risk of developing CNS metastasis in the group of women with BRCA2-PP. It was not possible to establish a significant association between the genetic and epigenetic mechanisms underlying HRD with European or African ancestry in the population studied

Identificação de marcadores moleculares no carcinoma inflamatório de mama / Identification of molecular markers in inflammatory breast cancer

O carcinoma inflamatório de mama (CIM) é um tipo raro e agressivo de doença com prognóstico extremamente desfavorável e biologia molecular pouco conhecida. Neste estudo foram avaliadas alterações no número de cópias genômicas (CNA) e perdas de heterozigose de cópia neutra (cnLOH) em 24 casos de CIM. A partir destes dados foram calculados os escores (nTAI, LST e HRD-LOH) preditores da deficiência na via de recombinação homóloga (HR). Em 21 destes casos foram também avaliadas mutações em 105 genes relacionados com o câncer, sendo 13 envolvidos na via de recombinação homóloga (HR) por sequenciamento de alto desempenho (tNGS). A maioria dos CIM analisados apresentou um grande número de CNAs, demonstrando alta instabilidade genômica. Os ganhos genômicos foram mais frequentes que as perdas. As alterações mais frequentes foram ganhos em 1q32 e 8q24 e perdas em 17p13.1. As cnLOHs foram observadas em um grande número de casos, principalmente nos cromossomos 3p e 6q. Nas regiões alteradas foram identificados importantes genes incluindo aqueles envolvidos na resposta imunológica (como CD46, CD55 e CR1), de matriz extracelular, associados a processos metastáticos, entre outros. A análise de enriquecimento de vias biológicas destacou as vias envolvendo os genes MYC, SQLE e MDM4. Foram encontrados amplicons mapeados em 1q32.1 1q32.2 1q32.3, 8p23.1 e 17q12-q21.1, os quais podem estar associados com o fenótipo tumoral. Em adição, as amplificações de CD46 e CD55 podem levar a supressão da resposta imunológica, o que aponta para o potencial desses candidatos como alvos terapêuticos. Foram também identificadas mutações nos genes da via de HR: BRCA2, BRCA1, ATM, PALB2, RAD51B, RAD51D e MUS81. Ao menos um dos três escores de deficiência da via de HR foi alto em 15 dos 21 CIM, sendo 14 casos portadores de mutação em genes dessa via. Estes achados sugerem que os pacientes com CIM podem se beneficiar do tratamento com inibidores de PARP. Altos escores foram associados com menor sobrevida em relação aos casos com baixos valores (p<0,019). As mutações somáticas mais recorrentes ocorreram em TP53 (11 casos) e em BRCA2 (9 casos). Mutações no gene TP53 são frequentemente descritas em carcinomas mamários, incluindo CIM. As mutações em BRCA2 são menos frequentes em literatura do que as descritas em nosso estudo, possivelmente pelo significativo número de pacientes com história de câncer de mama. Este estudo permitiu a identificação de altos escores da via HR e mutações em genes da via de HR, os quais podem ser relevantes para o delineamento de estratégias terapêuticas mais eficazes para estas pacientes. Além disso, foram identificados novos candidatos associados com a resposta imunológica e a características de pior prognóstico, os quais precisam ser avaliados por diferentes estratégias moleculares e num grupo maior de casos de modo a contribuir para o avanço do conhecimento sobre esses raros e agressivos tumores (AU)

Inflammatory breast carcinoma (IBC) is a rare and aggressive disease with poor prognosis and its molecular biology is still poorly explored. In this report we evaluated copy number variations (CNAs) and copy neutral loss of heterozigosity (cnLOH) in 24 IBC samples. From these data, we calculated scores (nTAI, LST e HRD-LOH) predictors of Homologous Recombination Deficiency (HRD). A targeted-next generation sequencing was performed using a panel with 105 cancer-related genes (13 HR genes) in 21 samples. Most of the tumors presented a large number of CNAs showing high level of genomic instability. Genomic gains were more frequent than losses. Gains of 1q32 and 8q24 and losses of 17p13.1 were commonly detected. cnLOH was observed in almost all cases, mainly in chromosomes 3p and 6q. We have identified important genes mapped in these altered regions, including those involved in the immunological response (such as CD46, CD55 and CR1), extracellular matrix, metastatic process and others. An enrichment analysis using revealed pathways encompassing MYC, SQLE and MDM4 genes. We also detected amplicons mapped on 1q32.1 1q32.2 1q32.3, 8p23.1 and 17q12-q21.1, which may be associated with the tumor phenotype. Furthermore, amplification of CD46 and CD55 could promote immunological response suppression, which pointed out their potential as therapeutic targets. Mutations in HR genes were detected: BRCA2, BRCA1, ATM, PALB2, RAD51B, RAD51D and MUS81. At least one of three HR deficiency scores was high in 15 of 21 IBC being 14 HR mutated carriers. These findings suggest that IBC patients could benefit from PARP inhibitors treatment. Cases with high scores were associated with worse survival (p<0,019) compared with those with low scores. The mutational profile showed recurrent somatic mutations in TP53 (11 cases) and BRCA2 (9 cases). TP53 mutations are frequently reported in breast cancer, including IBC. BRCA2 mutations presented higher frequency in our CIM cases compared with the literature data, possibly by the significative number of patients with family history of breast cancer. This study allowed us to identify high scores values of HR pathway and HR gene mutations that could be translated into novel therapeutic strategies for the patients care. In addition, new candidates associated with immunological response and worse prognosis features were found. However, these findings need to be evaluated using different molecular strategies and a larger number of cases, which together has potential to contribute to better understand this rare and aggressive tumor (AU)

Evidence of heterozygosity and recombinant alleles in single cysts of Giardia duodenalis / Evidência de heterozigose e alelos recombinantes em cistos individualizados de Giardia duodenalis

Giardia duodenalis is divided into eight assemblages (named A to H). Isolates of assemblage A are divided into four sub-assemblages (AI, AII, AIII and AIV). While isolates of sub-assemblage AII are almost exclusively detected in human hosts, isolates of assemblage B are encountered in a multitude of animal hosts and humans. Here, we isolated single cysts of G. duodenalis from a human stool sample and found that one of them had overlaps of assemblage AII and B alleles and an unexpectedly high number of variants of the beta-giardin (Bg) and GLORF-C4 (OrfC4) alleles. In addition, one of the Bg alleles of that cyst had a fragment of sub-assemblage AII interspersed with fragments of assemblage B, thus indicating that this allele may be a recombinant between sequences A and B. Our results are unprecedented and put a check on the statement that different assemblages of G. duodenalis represent species with different host specificities.(AU)

A espécie Giardia duodenalis é dividida em oito grupos (nomeados de A a H). Isolados do grupo A são divididos em quatro subgrupos (AI, AII, AIII and AIV). Enquanto isolados do subgrupo AII são detectados quase exclusivamente em hospedeiros humanos, isolados do subgrupo B são encontrados em uma grande variedade de hospedeiros entre animais e humanos. Neste trabalho, foi constatado que, dentre diversos cistos individualizados de G. duodenalis provenientes de fezes de origem humana, um cisto continha os alelos AII e B e um número inesperado de variantes de alelos codificadores de beta giardina e GLORF-C4. Ainda, um dos alelos beta giardina desse cisto possuía fragmentos AII intercalando um fragmento B, indicando que esse alelo pode ser um recombinante entre alelos AII e B. Os resultados aqui apresentados são inéditos e colocam em dúvida o conceito atual de que os diferentes grupos de G. duodenalis representam espécies distintas com diferentes graus de especificidade por hospedeiros.(AU)

Evidence of heterozygosity and recombinant alleles in single cysts of Giardia duodenalis / Evidência de heterozigose e alelos recombinantes em cistos individualizados de Giardia duodenalis

Abstract Giardia duodenalis is divided into eight assemblages (named A to H). Isolates of assemblage A are divided into four sub-assemblages (AI, AII, AIII and AIV). While isolates of sub-assemblage AII are almost exclusively detected in human hosts, isolates of assemblage B are encountered in a multitude of animal hosts and humans. Here, we isolated single cysts of G. duodenalis from a human stool sample and found that one of them had overlaps of assemblage AII and B alleles and an unexpectedly high number of variants of the beta-giardin (Bg) and GLORF-C4 (OrfC4) alleles. In addition, one of the Bg alleles of that cyst had a fragment of sub-assemblage AII interspersed with fragments of assemblage B, thus indicating that this allele may be a recombinant between sequences A and B. Our results are unprecedented and put a check on the statement that different assemblages of G. duodenalis represent species with different host specificities.

Resumo A espécie Giardia duodenalis é dividida em oito grupos (nomeados de A a H). Isolados do grupo A são divididos em quatro subgrupos (AI, AII, AIII and AIV). Enquanto isolados do subgrupo AII são detectados quase exclusivamente em hospedeiros humanos, isolados do subgrupo B são encontrados em uma grande variedade de hospedeiros entre animais e humanos. Neste trabalho, foi constatado que, dentre diversos cistos individualizados de G. duodenalis provenientes de fezes de origem humana, um cisto continha os alelos AII e B e um número inesperado de variantes de alelos codificadores de beta giardina e GLORF-C4. Ainda, um dos alelos beta giardina desse cisto possuía fragmentos AII intercalando um fragmento B, indicando que esse alelo pode ser um recombinante entre alelos AII e B. Os resultados aqui apresentados são inéditos e colocam em dúvida o conceito atual de que os diferentes grupos de G. duodenalis representam espécies distintas com diferentes graus de especificidade por hospedeiros.

Instalando pré-requisitos de leitura para dois alunos com deficiência intelectual / Reading prerequisite installation in two students with intellectual deficiencies / Al instalar los requisitos previos para la lectura de dos alumnos con discapacidad intelectual

A recombinação silábica para formar novas palavras tem se mostrado uma alternativa promissora no ensino de leitura generalizada para indivíduos com desenvolvimento atípico. No entanto, organizar as letras que constituem as palavras é um conceito básico indispensável para que se instalem os rudimentos da leitura, ainda que sejam palavras simples compostas por uma ou duas sílabas. O presente estudo teve por objetivo instalar os pré-requisitos do comportamento de ordenação dos símbolos gráficos do alfabeto romano para indivíduos com deficiência intelectual. Participaram do estudo dois alunos matriculados na escola da Apae. Formas não representacionais apresentadas em quatro tamanhos foram inicialmente utilizadas, e a resposta requerida foi selecioná-las para formar três sequências. Seguindo o mesmo procedimento, foram utilizadas letras como estímulos para formar palavras dissílabas. Os resultados mostraram que os alunos foram capazes de ordenar as letras formando as palavras após aprenderem a organizar os estímulos não representacionais, utilizados como pré-requisito.

The syllable recombination to form new words has been shown as a promising alternative to teach generalized reading to individuals with atypical development. However, letter organization to form words is a basic concept necessary to install the rudiments of reading, even if the words are simple with one or two syllable. The present study had the goal of installing the pre-requisites behavioral of graphic symbol ordination of the Roman alphabet in individuals with intellectual deficiencies. Two students from Apae School participated of the study. Non-representational shapes presented in four sizes were initially used and the required response was to select them to form three sequences. Using the same procedure, letters were used as stimuli to form two-syllable words. The results showed that the students were capable of ordering the letters to form words after learning to organize the non-representational stimuli as a prerequisite.

La recombinación silábica para formar nuevas palabras se ha mostrado como una alternativa prometedora en la enseñanza de lectura generalizada en los individuos con desarrollo atípico. Sin embargo, organizar las letras que constituyen las palabras es un concepto básico esencial para instalar los rudimentos de la lectura, aunque sean palabras sencillas de una o dos sílabas. El propósito de este estudio fue instalar los requisitos previos para el comportamiento de la coordinación de símbolos gráficos del alfabeto romano para las personas con discapacidad intelectual. Participaron en el estudio, dos estudiantes matriculados en la escuela de Apae. Formas no representacionales presentadas en cuatro tamaños fueron originalmente utilizadas y la respuesta necesaria fue seleccionarlas para formar tres secuencias. Siguiendo el mismo procedimiento se utilizaron las letras como palabras bisilábicas. Los resultados mostraron que los estudiantes fueron capaces de ordenar las letras que forman las palabras después de aprender a organizar los estímulos no representacionales, utilizados como un requisito previo.

Correlación genotipo-fenotipo y análisis molecular en pacientes con síndrome Down / Correlation genotype-phenotype and molecular analysis in patients with Down syndrome / Correlação genótipo-fenótipo e análise molecular em pacientes com síndrome de Down

El síndrome Down (SD) es la trisomía más común en humanos, presentándose en 1 de cada 745 nacidos vivos y es la causa más frecuente de retardo mental. El origen más observado de la trisomía es una no disyunción meiótica (95%), la cual generalmente es de origen materno, mientras un 5% se debe a errores post-cigóticos mitóticos. Objetivo: identificar el origen parental del cromosoma 21 extra, el momento del error no disyuncional y establecer una correlación entre estos eventos y las manifestaciones fenotípicas de los pacientes afectados. Materiales y métodos: se estudiaron cincuenta familias con un hijo con SD mediante el uso de cinco short tandem repeats (STR) a lo largo de 21q, se construyeron los haplotipos de cada paciente y sus padres, determinando el origen parental y el momento en que surgió el error no disyuncional. Resultados: en 80% de las familias el error fue en meiosis I y 20% en la meiosis II; 98% de los cromosomas adicionales fue de origen materno y 2% paterno. Se encontró correlación genotipo-fenotipo en ocho características estudiadas: cuello corto y ancho, tercera fontanela, labio inferior prominente, paladar estrecho y corto, raíz del hélix cruzando la concha, alopecia, pliegue único palmar y otras anomalías como nevus y xeroderma y eventos de recombinación en 24,5% de las familias analizadas. Conclusiones: la edad materna y la variación en el número de recombinaciones está asociada con no disyunciones meióticas I y II; se encontró correlación entre el momento del error no disyuncional y algunas variables clínicas.

Down Syndrome (DS) is the most common trisomy in human beings. Its incidence is estimated in one of 745 live births. On a global scale, it is the most frequent cause of mental retardation. The origin of this trisomy is due to a meiotic non-disjunction in about 95% of cases and is usually maternal, especially in women above 35 years of age. The remaining 5% is due to errors in post-zygotic mitosis. Objective: identify the parental origin of the extra chromosome 21, when the error is not disyuncional and establish a correlation between these events and phenotypic manifestations of the patients affected. Materials and methods: we studied fifty families with a child with DS, using 5 STRs markers along 21q which allowed identification of the origin of chromosome 21 additional parents, the time when the error occurred and recombination presents. The statistical analysis was done using the package SPSS version 15.0 for Windows. Results: in 80% of households in the error was meiosis I and 20% in meiosis II, 98% of the additional chromosomes was home maternal and paternal 2% similar to those reported by other authors, correlation was found genotype-phenotype characteristics studied at 8, neck short and wide, third fontanel, prominent lower lip, palate narrow and short, crossing hélix root of the shell, alopecia, single palm crease and other anomalies as nevi and xeroderma and recombination events in 24,5% of the families tested. Conclusions: the maternal age and variation in the number of recombination is not associated with disjunctions meiotics I and II genotype phenotype correlation was found, but the sample size should be expanded in order to establish with certainty that the correlations.

O síndrome de Down (SD) é a trissomia mais comum em humanos, apresentando-se em 1 de cada 745 nascidos vivos e é a causa mais frequentes de retardo mental. A origem mais observada da trissomia é uma não-disjunção meiótica (95%), a qual geralmente é de origem materna, enquanto um 5% se deve a erros pós-zigoticos mitóticos. Objetivo: identificar a origem parental do cromossoma 21 extra, o momento do erro não-disjuncional e estabelecer uma correlação entre estes eventos e as manifestações fenotípicas dos pacientes afetados. Materiais e métodos: se estudaram cinquenta famíliascom um filho com SD mediante o uso de cinco short tandem repeats (STR) ao longe de 21q, se construíram os haplótipos de cada paciente e seus pais, determinando a origem parental e o momento em que surgiu o erro não-disjuncional. Resultados: em 80% das famílias o erro foi em meiose I e 20% na meiose II; 98% dos cromossomas adicionais foi de origem materno e 2% paterno. Encontrou-se correlação genótipo-fenótipo em oito características estudadas: pescoço curto e amplo, terceira fontanela, lábio inferior proeminente, paladar apertado e curto, raiz da hélix a través da concha, alopecia, prega palmar única e outras anomalias como nevus e xeroderma e eventos de recombinação em 24,5% das famílias analisadas. Conclusões:a idade materna e a variação no número de recombinações está associada com não-disjunções meióticas I e II; encontrou-se correlação entre o momento do erro não disjuncional e algumas variáveis clínicas.

Pérdida de heterocigocidad e identificación de portadoras de distrofia muscular de Duchenne: un caso familiar con evento de recombinación / Loss of heterozygosity and carrier identification in Duchenne muscular dystrophy: a familiar case with recombination event / Perda de heterozigosidade e identificação de portadoras de distrofia muscular de Duchenne: um caso familiar com evento de recombinação

La distrofia muscular de Duchenne y Becker (DMD/DMB) es una entidad de herencia recesiva ligada al cromosoma X que se presenta con debilidad muscular y es causada por mutaciones en el gen de la distrofina. La pérdida de heterocigocidad permite identificar a las mujeres portadoras de deleción en el gen de la distrofina mediante haplotipos. Objetivo: identificar mujeres portadoras en una familia con un paciente afectado por DMD mediante análisis de pérdida de heterocigocidad. Materiales y métodos: se analizaron nueve miembros de una familia con un afectado de DMD. Se hizo extracción de ADN y amplificación de diez STR del gen de la distrofina; se construyeron haplotipos, y se determinó el estado de portadora de deleción en dos de las seis mujeres analizadas, quienes mostraron pérdida de heterocigocidad de tres STR. Se establecieron algunos eventos de recombinación. Resultados: dos de las seis mujeres analizadas, mostraron pérdida de heterocigocidad en tres de los diez STR genotipificados, indicando su estado de portadora de deleción en este fragmento del gen de la distrofina. Con la segregación familiar de los haplotipos se establecieron eventos de recombinación. Conclusiones: mediante pérdida de heterocigocidad es posible establecer el estado de portadora de deleción en el gen de la distrofina con un 100% de certeza. La construcción de haplotipos identifica el cromosoma X portador de la deleción en familiares del caso índice. Se evidenció un evento de recombinación en una de las hermanas del afectado, lo que hace indeterminado su estado de portadora.

Duchenne/Becker Muscular Dystrophy (DMD/BMD) is an X-linked recessive disease characterized by muscular weakness. It is caused by mutations on the dystrophin gen. Loss of heterozygosity allows us to identify female carriers of deletions on the dystrophin gen. Objective: identify female carriers in a family with a patient affected by DMD. Material and methods: nine family members and the affected child were analyzed using DNA extraction and posterior amplification of ten STRs on the dystrophin gen. Haplotypes were constructed and the carrier status determined in two of the six women analyzed due to loss of heterozygosity in three STRs. Additionally, we observed a recombination event. Conclusions: loss of heterozygosity allows us to establish with a certainty of 100% the carrier status of females with deletions on the dystrophin gen. By the construction of haplotypes we were able to identify the X chromosome with the deletion in two of the six women analyzed. We also determined a recombination event in one of the sisters of the affected child. These are described with a high frequency (12%). A possible origin for the mutation is a gonadal mosaicism in the maternal grandfather or in the mother of the affected child in a very early stage in embryogensis. This can be concluded using the analysis of haplotypes.

A distrofia muscular de Duchenne e Becker (DMD/DMB) é uma entidade de herança recessiva ligada ao cromossoma X que se apresenta com debilidade muscular e é causada por mutações no gene da distrofia. A perda de heterozigosidade permite identificar às mulheres portadoras de deleção no gene da distrofina mediante haplótipos. Objetivo: identificar mulheres portadoras em uma família com um paciente afetado de DMD mediante análises de perda de heterozigosidade. Materiais e métodos: se analisaram nove membros de uma família com um afetado de DMD. De fez extração de ADN e amplificação de dez STR do gene da distrofina; construíram-se haplótipos, e determinou-se o estado de portadora de deleção em duas das seis mulheres analisadas, as quais mostraram perda de heterozigosidade de três STR. Estabeleceram-se alguns eventos de recombinação. Resultados: duas das seis mulheres analisadas mostraram perda de heterozigosidade em três dos dez STR genotipados, indicando seu estado de portadora de deleção neste fragmento do gene da distrofina. Com a segregação familiar dos haplótipos se estabeleceram eventos de recombinação. Conclusões: mediante perda de heterozigosidade é possível estabelecer o estado de portadora de deleção no gene da distrofina com um 100% de certeza. A construção de haplótipos identifica o cromossoma X portador da deleção em familiares do caso índice. Evidenciou-se um evento de recombinação em uma das irmãs do afetado, o que faz indeterminado seu estado de portadora.

Desenvolvimento de micobacteriófago recombinante para detecção rápida de bacilos da tuberculose / Development of recombinant micobacteriophage for rapid detection of tubercle bacillus

O diagnóstico da tuberculose por métodos tradicionais é lento e laborioso. Por outro lado, os testes moleculares são rápidos, mas com custo elevado para países em desenvolvimento. Este projeto teve o objetivo de inserir no micobacteriófago D29 o gene que codifica a proteína verde fluorescente (eGFP) e estudar o fago recombinante na detecção rápida de bacilos da tuberculose. Para tanto, foi inserido o cassete Hsp60- eGFP no genoma do fago D29 por recombinação. Micobacteriófagos recombinantes purificados foram utilizados para infectar M. smegmatis mc2 155 e M. tuberculosis H37Rv durante um período de 1- 6h nas temperaturas de 30°C, 37°C e 42°C. Bactérias fluorescentes foram observadas em um período de 2h, mas em número reduzido, indicando que o micobacteriófago lisou às células rapidamente, dificultando a expressão da eGFP e visualização em microscópio de fluorescência. A deleção do gene LysA, foi efetuada a fim de aumentar o período de latência do fago. Não foi possível a purificação de fagos recombinantes, devido à baixa quantidade de recombinantes nos halos de inibição. Será necessário a redução da atividade o gene LysA e, provavelmente, de outros genes associados a lise celular a fim de aumentar a concentração de eGFP no interior da célula.

Classical biochemical methods for Mycobacterium tuberculosis identification are lengthy and time-consuming. On the other hand, molecular assays are rapid but expensive for developing countries. This project aimed to insert into the mycobacteriophage D29, the gene coding for the green fluorescent protein (eGFP) and use the recombineered phage to detect Mycobacterium tuberculosis rapidly and less costly. For that, the Hsp-eGFP cassette was inserted into D29 genome. Recombineered mycobacteriophages was purified and used to infect M. smegmatis mc2 155 and M. tuberculosis H37Rv from 1-6 hs at 30°C, 37°C and 42°C. Observation of fluorescent bacteria was difficult and only a small number of them were seen at 2 hs of infection. This indicated that recombineered bacteriophages were lysing cells rapidly. Deletion of LysA gene, was carried out to increase the time needed for bacterial lysing. it was not possible to purify mutant mycobacteriophages due to the low concentration of recombinant phages. We conclude that might be necessary the deletion of other genes such as LysB, a gene also involved in cell lysis and reduction LysA activity to increase the concentration of eGFP inside cells.

Caso para diagnóstico / Case for diagnosis

O termo cútis tricolor descreve a presença de máculas cutâneas hiper e ipocrômicas, adjacentes e congênitas, e é manifestação de mosaicismo cutâneo explicada pelo mecanismo de twin spotting alélico. Esse fenômeno consiste em forma particular de recombinação somática, com perda da heterozigose, que ocorre durante a mitose no embrião em formação. Apresenta-se caso de paciente masculino, 16 anos, com máculas hiper e hipocrômicas adjacentes no tronco, presentes desde o nascimento, assintomáticas. Não se detectaram outras anomalias.

The term cutis tricolor describes the presence of congenital hyper and hypopigmented skin macules and is a manifestation of skin mosaicism, explained by the allelic twin spotting mechanism. This phenomenon consists of a peculiar type of somatic recombination, with loss of heterozygosity, which occurs during mitosis in the forming embryo. We present the case of a male patient, aged 16, with congenital asymptomatic adjacent hyper and hypopigmented macules on the trunk. No other anomalies could be detected.

Genotoxicity of the cyclo-oxygenase-inhibitor sulindac sulfide in the filamentous fungus Aspergillus nidulans

Sulindac sulfide is a non-steroidal anti-inflammatory drug (NSAID) with chemopreventive effect on human cancer cells. Due to the involvement of the somatic recombination in the carcinogenic process, sulindac sulfide's recombinogenic potential was evaluated by the Homozygotization Index (HI) in the filamentous fungus Aspergillus nidulans. The drug's recombinogenic potential was evaluated by its capacity to induce homozygosis of recessive genes from heterozygous diploid cells. Sulindac sulfide at 175 and 350 µM concentrations induced mitotic recombination in A. nidulans diploid cells, with HI values for genetic markers higher than 2.0, and significantly different from control HI values. The recombinogenic effect of NSAID was related to the induction of DNA strand breaks and cell cycle alterations. Sulindac sulfide's carcinogenic potential was also discussed.

Sulfeto de sulindaco é um antiinflamatório não-esteroidal com efeitos quimiopreventivos em cânceres humanos. O presente estudo teve como objetivo avaliar o potencial recombinagênico do sulfeto de sulindaco em células diplóides de Aspergillus nidulans. O efeito recombinagênico da droga foi demonstrado através da homozigotização de genes recessivos, previamente presentes em heterozigose. Os valores de HI (Índice de Homozigotização) para diferentes marcadores genéticos apresentaram-se maiores do que 2,0 e significativamente diferentes dos valores obtidos em sulfeto de sulindaco ausência da droga (controle). O potencial recombinagênico do sulfeto de sulindaco foi associado à indução de quebras na molécula do DNA e a alterações no ciclo celular. O potencial carcinogênico do sulfeto de sulindaco foi discutido no presente trabalho.

Genetic characterization of somatic recombination in Trichoderma pseudokoningii

Crossing experiments via hyphal anastomosis between two strains contrasting for auxotrophic markers of Trichoderma pseudokoningii were conducted to characterize the somatic recombination process in this specie. Four crossings were made and a total of 1052 colonies obtained from conidial suspensions of the heterokaryotic colonies were analyzed. Sixty-eight recombinant colonies, from four growing generations, were analyzed for the auxotrophic markers. Of the 68 colonies analyzed, 58 were stable after four generations and the remainders were unstable, reverting to one of the parentals. Most of the recombinant colonies were unstable through subculture and after four growing generations they showed the leu ino met markers (auxotrophic for leucin, inositol and metionin respectively). The unstable recombinant colonies showed irregular growing borders, sparse sporulation and frequent sector formation. The results suggest the occurrence of recombination mechanisms in the heterokaryon (somatic recombination), different from those described for the parasexual cycle or parameiosis. Therefore, we proposed the ocurrence of nuclei degradation from one parental (non prevalent parental) in the heterokaryon and that the resulting chromosomal fragments may be incorporated into whole nuclei of the another parental (prevalent parental). However the parameiosis as originally described cannot be excluded.

Com o objetivo de se caracterizar o processo de recombinação somática em Trichoderma pseudokoningii, foram realizados cruzamentos via anastomose de hifas entre duas linhagens desta espécie, contrastantes para os marcadores de auxotrofia. Foram realizados quatro cruzamentos, sendo analisadas um total de 1052 colônias obtidas a partir de suspensões de conídios provenientes das colônias heterocarióticas. Foram analisadas sessenta e oito colônias recombinantes em quatro gerações de crescimento, sendo verificados os marcadores de auxotrofia. Das 68 colônias, 58 se mostraram estáveis após quatro gerações de crescimento e as colônias restantes permaneceram instáveis, revertendo para as marcas de uma das linhagens parentais. A maioria das colônias se mostrou instável através das gerações de subcultivo, e após quatro gerações de crescimento estas apresentaram as marcas de auxotrofia leu ino met (auxotrofia para leucina, inositol e metionina, respectivamente). As colônias recombinantes instáveis apresentaram bordas irregulares de crescimento, esporulação esparsa e a freqüente formação de setores. Os resultados sugerem a ocorrência de mecanismos de recombinação no heterocário (recombinação somática), diferente daqueles descritos para o ciclo parassexual ou parameiose, sendo proposto a ocorrência da degradação no heterocário de núcleos provenientes de uma das linhagens parentais (parental não prevalente) e a incorporação de fragmentos cromossômicos nos núcleos íntegros da outra linhagem parental (parental prevalente). No entanto a parameiose, como originalmente descrita, não pode ser excluída.

Avaliação do potencial recombinogênico do antibiótico danofloxacina em células diplóides de Apergillus nidulans / Evaluation of the recombinogenic activity of danofloxacin in diploid cells of Aspergillus nidulans

Estudou-se o potencial recombinogênico da danofloxacina, novo antimicrobiano pertencente ao grupo das 4-fluoroquinolonas e de uso exclusivo em medicina veterinária, no fungo filamentoso Aspergillus nidulans. A linhagem mestra UTl96 e o mutante Z1 foram utilizados para formar o diplóide Z1/UT196. Conídios desse diplóide foram inoculados em placas de Petri contendo meio mínimo suplementado com 2,5, 5,0 e 10,0 µg/ml de danofloxacina. As placas foram incubadas por cinco dias a 37§C. Segregantes mitóticos foram isolados das colônias tratadas com o antimicrobiano e as análises de seus fenótipos evidenciaram o efeito recombinogênico da danofloxacin na dose de 10,0 µg/ml. Recombinantes para vários intervalos dos cromossomos I e II foram identificados entre os segregantes analisados (AU)

The aim of this work was to demonstrate the recombinogenic effect of danofloxacin, a new 4-fluoroquinolone antimicrobial used only in veterinary medicine, in the filamentous fungi Aspergillus nidulans. The UT196 master strain and the Z1 mutant were used to produce the Z1//UT196 diploid strain. Conidia of this diploid strain were inoculated in Petri dishes containing selective medium supplemented with 2.5, 5.0 or 10.0 mg/ml danofloxacin. The plates were incubated for five days at 37 ºC. Mitotic segregants were isolated from the diploid colonies and phenotypes of the segregants were analyzed. Inoculation of 10.0 mg/ml danofloxacin was shown to be positive in inducing somatic crossing-over in diploid cells of A. nidulans. An increase in the mitotic recombination frequencies was observed in several linkage-intervals of chromosomes I and II from Z1//UT196 diploid strain. (AU)