Utilidad diagnóstica de los tiempos de positividad de hemocultivos para distinguir verdaderas bacteriemias de contaminantes en base a un sistema automatizado / Diagnostic performance of the time to positivity of blood cultures to distinguish true bacteremia from contaminants based on an automated system

RESUMEN Objetivo. Determinar la utilidad diagnóstica de los tiempos de positividad de hemocultivos para distinguir verdaderas bacteriemias de contaminantes en el sistema automatizado «BACT/ALERT®¼. Materiales y métodos. Se realizó un estudio transversal de tipo pruebas diagnósticas, a partir de una base de datos de muestras de hemocultivos procesadas entre enero del 2016 y agosto del 2021. Se incluyeron todas las muestras de hemocultivos de pacientes con sospecha de bacteriemia, las muestras de hemocultivos fueron ingresadas al sistema «BACT/ALERT®¼ para diferenciar verdaderas bacteriemias de contaminantes. Resultados. Se analizó un total de 33 951 frascos de hemocultivos y se obtuvieron 3875 frascos positivos. El 75,2% (n=2913) del total de hemocultivos positivos fueron verdaderas bacteriemias y 24,8% (n=962) fueron contaminantes. La mediana de tiempo de positividad en los hemocultivos con verdaderas bacteriemias fue significativamente menor (16,3 horas; RIC: 11,2 - 24,9) que la mediana de tiempo de positividad de hemocultivos con contaminantes (22,5 horas; RIC: 18,4 - 31,8; p<0,001). El tiempo de positividad demostró capacidad discriminante para diferenciar verdaderas bacteriemias de contaminantes, con un AUC-ROC de 0,73 (IC95%: 0,71 - 0,75), con 85% y 63% de sensibilidad y especificidad respectivamente para el diagnóstico de contaminantes cuando el tiempo de positividad supera las 16,5 horas. La administración de antibióticos previos a la toma retrasó el tiempo de positividad, en cambio, haber presentado fiebre antes de la toma de muestra acortó el tiempo de positividad. Conclusiones. Nuestros resultados muestran un buen desempeño de los tiempos de positividad de hemocultivos para diferenciar verdaderas bacteriemias de contaminantes utilizando el sistema «BACT/ALERT®¼ cuando el tiempo de positividad fue superior a 16,5 horas.

ABSTRACT Objective. To determine the diagnostic performance of blood culture positivity times for distinguishing true bacteremia from contaminants in the automated "BACT/ALERT®" system. Materials and methods. A cross-sectional, diagnostic test-type study was conducted from a database of blood culture samples processed between January 2016 and August 2021. All blood culture samples from patients with suspected bacteremia were included; blood culture samples were entered into the "BACT/ALERT®" system to differentiate true bacteremia from contaminants. Results. We obtained 33,951 blood cultures samples, of which 3875 were positive. Of the total number of positive blood cultures, 75.2% (n=2913) were true bacteremia and 24.8% (n=962) were contaminants. The median time to positivity in blood cultures with true bacteremia was significantly shorter (16.3 hours; IQR: 11.2 - 24.9) than the median time to positivity of blood cultures with contaminants (22.5 hours; IQR: 18.4 - 31.8; p<0.001). The positivity time showed the capacity to differentiate true bacteremia from contaminants, with an AUC-ROC of 0.73 (95%CI: 0.71 - 0.75), with 85% and 63% sensitivity and specificity respectively for the diagnosis of contaminants when the positivity time exceeds 16.5 hours. The use of antibiotics prior to sampling delayed the time to positivity, while having fever before sampling shortened the time to positivity. Conclusions. Our results show good diagnostic performance of blood culture positivity times to differentiate true bacteremia from contaminants using the "BACT/ALERT®" system when the positivity time was longer than 16.5 hours.

Conteo de bacterias y levaduras en imágenes digitales

RESUMEN Fundamento: en los laboratorios de microbiología, la identificación y conteo de microorganismos es un procedimiento habitual. Aunque existen en el mercado equipos que posibilitan su realización de manera automática o semiautomática, son muy costosos, por lo cual esta tarea, difícil e irritante para los ojos, la siguen realizando los expertos de manera tradicional mediante la observación de las muestras en los microscopios, con la consiguiente variabilidad entre ellos. Objetivo: proponer un nuevo método para el conteo de bacterias y levaduras en imágenes digitales, bajo diferentes magnificaciones, tomadas a bioproductos de origen microbiano obtenidos por fermentación. Métodos: el sensor empleado para la toma de imágenes de las muestras fue una cámara digital modelo HDCE-X, con un sensor CMOS de ½", con una resolución de 2592 píxeles por 1944 píxeles (5 Mp). Se emplearon dos tipos de magnificaciones: magnificación 40x (PL40, 0.65 apertura numérica and 0.17 de distancia de trabajo) y magnificación 100x (HI plan 100/1.25 con inmersión de aceite). El método propuesto se basa en técnicas de procesamiento digital de imágenes, utilizando herramientas como la detección de contornos, operaciones morfológicas y análisis estadístico, y fue desarrollado en lenguaje Python con empleo de la biblioteca OpenCV. Resultados: la detección y conteo de bacterias se logró con una exactitud y precisión aceptable, en ambos casos por encima de 0,95; no en el caso de las levaduras cuya exactitud y precisión fueron menores, alrededor de 0,78 y 0,86 respectivamente. Se proponen flujos de trabajo basados en técnicas de procesamiento digital de imágenes, fundamentalmente en detección de contornos, operaciones morfológicas y análisis estadístico. Conclusiones: el método posee una efectividad aceptable para el contexto y depende de las características que presenten las imágenes.

ABSTRACT Background: In microbiology laboratories, the identification and counting of microorganisms is a common procedure; and although there is a variety of equipment on the market that possibility to carry out these processes automatically or semi-automatically, it is usually expensive to many laboratories. These are some of the reasons why this arduous and difficult task is still performed in many laboratories by experts in the traditional way, through the observation of samples in microscope, consuming a great time and having variations in the results between experts. Objective: The present work aims to propose a new method for counting bacteria and yeasts in digital images, taken under different magnifications, of microbial bioproducts obtained by fermentation. Methods: The sensor used to take images of the samples was a digital camera model HDCE-X, with a ½" CMOS sensor, with a resolution of 2592 pixels by 1944 pixels (5 Mp). Two types of magnifications were used: 40x magnification (PL40, 0.65 numerical aperture and 0.17 working distance) and 100x magnification (HI plan 100/1.25 with oil immersion). The proposed method is based on digital image processing technics, using tools as contour detection, morphological operations and statistical analysis, and was developed in Python language using the OpenCV library. The work also presents a comparison with the results obtained using ImageJ software for the same purpose. Results: the detection and count of bacteria was achieved with an acceptable accuracy and precision, in both cases above 0.95; not in the case of yeasts whose accuracy and precision was lower, around 0.78 for accuracy and 0.86 for precision. Workflows based on digital image processing techniques are proposed, using tools as contour detection, morphological operations and statistical analysis. Conclusions: the method has an acceptable effectiveness for the context and depends on the characteristics presented by the images.

Qualidade microbiológica do leite humano pasteurizado de um Banco de Leite Paulista / Calidad microbiológica de la leche humana pasteurizada de un banco de leche paulista / Microbiological quality of pasteurized human milk from a Milk Bank of São Paulo

Resumo Objetivo Avaliar a qualidade microbiológica do leite humano pasteurizado proveniente de um Banco de Leite Humano do Estado de São Paulo. Métodos Estudo descritivo conduzido com 29 amostras de leite humano ordenhado pasteurizado (LHOP) obtidas entre julho de 2015 a março de 2016 por meio da avaliação dos registros da acidez titulável bem como da quantificação da microbiota heterotrófica (mesófilos, psicrófilos, termófilos), coliformes totais e termotolerantes, fungos filamentosos e leveduriformes e Staphylococcus spp. Realizou-se a avaliação dos parâmetros físico-químicos por meio do potencial hidrogeniônico-pH, teor energético-K e acidez Dornic-ºD. Análises estatísticas descritivas e bivariadas foram conduzidas. Resultados Evidenciou-se nas amostras a presença de psicrófilos (17,24%), termófilos (27,59%), mesófilos (55,17%), fungos filamentosos e leveduriformes (41,38%) e ausência de Staphylococcus spp. Detectou-se a presença de 82,76% de coliformes no teste presuntivo. Já no teste confirmativo VB constatou-se a presença de 54,16% de coliformes totais e no teste EC 33,33% de coliformes termotolerantes. Os valores de pH e de K não apresentaram oscilações, enquanto que, na expressão da acidez entre 3º a 15°D detectou-se crescimento microbiano. O microrganismo mesófilo, apresentou correlação positiva com variável da acidez Dornic (r=0.44;p=0.01). Conclusão A partir da avaliação da qualidade microbiológica das amostras de LHOP descartado e consideradas impróprias para consumo no referido BLH, especificamente com relação aos indicadores microbiológicos das condições de higiene, sugere que a inviabilidade das amostras possam estar associadas às boas práticas de manipulação do alimento.

Resumen Objetivo Evaluar la calidad microbiológica de la leche humana pasteurizada proveniente de un banco de leche humana del estado de São Paulo. Métodos Estudio descriptivo realizado con 29 muestras de leche humana ordeñada pasteurizada (LHOP) obtenidas entre julio de 2015 y marzo de 2016 por medio de la evaluación de los registros de acidez titulable, así como de la cuantificación de la microbiota heterótrofa (mesófilos, psicrófilos, termófilos), coliformes totales y termotolerantes, hongos filamentosos y levaduriformes y Staphylococcus spp. Se realizó la evaluación de los parámetros físico-químicos mediante el potencial de hidrógeno (pH), valor energético (K) y acidez Dornic-ºD. Se llevaron a cabo análisis descriptivos y bivariados. Resultados Se observó en las muestras la presencia de psicrófilos (17,24 %), termófilos (27,59 %), mesófilos (55,17 %), hongos filamentosos y levaduriformes (41,38 %) y ausencia de Staphylococcus spp. Se detectó la presencia del 82,76 % de coliformes en la prueba presuntiva. Por otro lado, en la prueba confirmativa VB se confirmó la presencia del 54,16 % de coliformes totales, y en la prueba EC se verificó el 33,33 % de coliformes termotolerantes. Los valores de pH y de K no presentaron oscilaciones, mientras que se detectó crecimiento microbiano en la expresión de la acidez entre 3 y 15°D. El microrganismo mesófilo presentó correlación positiva con variable de la acidez Dornic (r=0.44; p=0.01). Conclusión A partir de la evaluación de calidad microbiológica de las muestras de LHOP descartadas y consideradas inapropiadas para consumo en el BLH mencionado, especialmente respecto a los indicadores microbiológicos de las condiciones de higiene, se sugiere que la inviabilidad de las muestras pueda estar asociada con las buenas prácticas de manipulación del alimento.

Abstract Objective To assess the microbiological quality of pasteurized human milk from a Human Milk Bank in the State of São Paulo. Methods This is a descriptive study conducted with 29 pasteurized expressed human milk (PEHM) samples obtained between July 2015 and March 2016 by assessing titratable acidity records as well as quantifying heterotrophic microbiota (mesophiles, psychrophiles, thermophiles), total and thermotolerant coliforms, filamentous and yeast-like fungi and Staphylococcus spp. The physical-chemical parameters were assessed via hydrogen-pH potential, K-energy content and Dornic-ºD acidity. Descriptive and bivariate statistical analyzes were conducted. Results The presence of psychrophiles (17.24%), thermophiles (27.59%), mesophiles (55.17%), filamentous and yeast-like fungi (41.38%) and absence of Staphylococcus spp were evidenced in the sample. The presence of 82.76% of coliforms was detected in the presumptive test. In the confirmatory VB test, the presence of 54.16% of total coliforms was found and, in the EC test, we verified 33.33% of thermotolerant coliforms. The pH and K values did not show oscillations, whereas, in the expression of acidity between 3º and 15°D, microbial growth was detected. The mesophilic microorganism showed a positive correlation with the Dornic acidity variable (r=0.44; p=0.01). Conclusion Based on the microbiological quality assessment of the HMB samples discarded and considered unfit for consumption in the HMB, specifically regarding the microbiological indicators of hygiene conditions, it suggests that the infeasibility of the samples may be associated with good food handling practices.

Diagnóstico microbiológico de artritis séptica en niños usando botellas de hemocultivos como un método alternativo / Microbiological diagnosis of septic arthritis in children using blood culture bottles as an alternative method

Introducción: La artritis séptica (AS) se define como la infección del espacio articular que afecta cualquier articulación, es más frecuente en niños menores de 5 años y su principal causa es la diseminación hematógena. El diagnóstico etiológico es difícil en niños, logrando aislamiento en menos de la mitad de los casos. Se evaluó el rendimiento diagnóstico de la botella de hemocultivo (BHC) como medio alternativo para la siembra del líquido sinovial comparado con los medios convencionales (MC). Metodología: Estudio de cohorte prospectivo realizado en centro de tercer nivel de 2011-2016, niños de 0 a 12 años con diagnóstico clínico de artritis séptica y disponibilidad de las dos muestras tomadas en cirugía. Resultados: Ingresaron 60 pacientes, masculinos 56%, mediana de edad 48 meses y tiempo de síntomas 58 horas (48-192); 33,3% con antecedente de trauma; 30% recibieron antibióticos previos. Articulaciones afectadas: cadera 44%, rodilla 28% y tobillo 18%. En 39 pacientes (65%) se tomaron hemocultivos; de estos 19 (49%) fueron positivos, todos para S. aureus. Se obtuvo confirmación en líquido sinovial por cualquier método en 27 pacientes (45%), positivos en ambos 21,6%, en MC 13,3% y en BHC 10%, los microorganismos más frecuentes SAMS 21,6%, SAMR 8,3%, S. pyogenes 3,3%, SEMR 3,3%, S. pneumoniae 1,6%, N. meningitidis 1,6%, no se aisló K. kingae. El tratamiento antibiótico más utilizado fueron los betalactamicos, mediana de estancia 18(12-25,5) días, mortalidad del 3,3%. Conclusión: Las BHC son un complemento al medio sólido convencional y aumentaron la confirmación etiológica de artritis séptica del 35% al 45%.

Introduction: Septic arthritis (SA) is defined as the infection of any joint space; it is more common in children under 5 years and its main cause is hematogenous dissemination. The etiological diagnosis is difficult in children, achieving isolation in less than half of the cases. The diagnostic performance of the blood culture bottle (BCB) was evaluated as an alternative medium for seeding synovial fluid compared to conventional media (CM). Methods: A prospective cohort survey was conducted in a third-level center from 2011-2016, in children aged 0 to 12 years with a clinical diagnosis of septic arthritis and availability of the two samples taken in surgery. Results: 60 patients were admitted, being 56% male, with a median age of 48 months and symptom time of 58 hours (48-192); 33.3% had a history of trauma; 30% received previous antibiotics. Affected joints: hip (44%), knee (28%), and ankle (18%). Blood cultures were taken in 39 patients (65%); of these, 19 (49%) were positive, all for S. aureus. Confirmation in synovial fluid was obtained by any method in 27 subjects (45%), positive in both: 21.6%, 13.3% in CM, and 10% in BCB. The most frequent microorganisms were: MSSA (21.6%), MRSA (8.3%), S. pyogenes (3.3%), MRSE (3.3%), S. pneumoniae (1.6%), N. meningitidis (1.6%). K. kingae was not isolated. The most commonly used antibiotic treatment was beta-lactams. The median of stay was 18 days (12-25.5), with a mortality of 3.3%. Conclusion: BCB are a complement to the conventional solid medium and increased the etiological confirmation of septic arthritis from 35 to 45%.

Análise microbiológica de escovas de dente usadas por adultos do município de Sumaré-SP / Muicrobiological analysis of toothbrushes used by adults of Sumaré-SP

Objetivo ­ Realizar análise microbiológica de escovas dentais utilizadas por moradores da cidade de Sumaré e ainda analisar seus hábitos de higiene e cuidados com a escova de dente. Métodos ­ Foram selecionados 100 voluntários aleatoriamente, com idade a partir de 18 anos para responder um questionário sobre hábitos de higiene e cuidados com as suas escovas dentais e desses voluntários 20 escovas foram coletadas de forma aleatória para análise microbiológica e de desgaste das cerdas, no laboratório de análises clínicas da Universidade Paulista. Resultados ­ Verificou-se que a maioria (56%) escovam os dentes duas vezes ao dia, que 44% (44/100) trocam as escovas no período de 2 a 3 meses, porém a maior parte não apresentava conhecimento em relação aos métodos de desinfecção para escova de dentes. Com relação a análise de desgastes das cerdas, 50% apresentavam a maioria dos tufos das cerdas divergentes, com tufos cobrindo outros tufos. Quanto a análise microbiológica 85% (17/20) das escovas de dentes apresentou crescimento microbiano, no qual a maior parte (75%) compreendia em Staphylococcus spp., seguido por 30% de enterobactérias, 5% de bacilo gram-positivo,15% Streptococcus spp. e 10% diplococos gram-negativo. Conclusão ­ Nesta perspectiva percebe-se que existe uma necessidade de conscientizar a população em relação à manutenção adequada das escovas de dentes. Quanto a contaminação nas escovas, observamos que não está necessariamente relacionada ao tempo de uso e desgaste das cerdas da escova dental.

Objective ­ The objective of this study is to verify the presence of bacteria in the toothbrush and to evaluate the knowledge of the residents of the Sumaré city about toothbrush care. Methods ­ Were selected 100 volunteers randomly, aged 18 years and older to answer a questionnaire, and of theses 20 brushes were randomly collected for microbiological and bristle wear analyzes in the toothbrush at the clinical analyzes laboratory of Universidade Paulista. Results ­ Most (56%) brush their teeth twice a day, 44% (44/100) changes their brushes within 2 to 3 months, but most respondents do not know disinfection methods for toothbrush. In relation the toothbrush bristle wear analysis, 50% presented the majority of divergent bristle, with tufts, covering other tufts. Regarding the microbiological analysis, 85% (17/20) of the toothbrushes showed a microbial growth, where the most (75%) comprised of Staphylococcus spp., followed by 30% enterobacteria, 5% bacilli gram positive, 15% Streptococcus spp. and 10% diplococci gram negative. Conclusion ­ In this perspective, it is observed that there is a need to make the population aware of the maintenance of toothbrushes. About contamination in the brushes, we observed that not necessarily it is associate to time of use and wear of toothbrush bristles.

Quality of the aetiological diagnosis of ventilator-associated pneumonia in Spain in the opinion of intensive care specialists and microbiologists.

INTRODUCTION: Current guidelines for the microbiological diagnosis of ventilator-associated pneumonia (VAP) are imprecise. Based on data provided by intensive care specialists (ICS) and microbiologists, this study defines the clinical practices and microbiological techniques currently used for an aetiological diagnosis of VAP and pinpoints deficiencies. METHODS: Eighty hospitals in the national health network with intensive care and microbiology departments were sent two questionnaires, one for each department, in order to collect data on VAP diagnosis for the previous year. RESULTS: Out of the 80 hospitals, 35 (43.8%) hospitals participated. These included 673 ICU beds, 32,020 ICU admissions, 173,820 ICU days stay, and generated 27,048 lower respiratory tract specimens in the year. A third of the hospitals (35%) had a microbiology department available 24/7. Most samples (83%) were tracheal aspirates. Gram stain results were immediately reported in around half (47%) of the hospitals. Quantification was made in 75% of hospitals. Molecular techniques and direct susceptibility testing were performed in 12% and one institution, respectively. Mean turnaround time for a microbiological report was 1.7 (SD; 0.7), and 2.2 (SD; 0.6) days for a negative and positive result, respectively. Telephone/in-person information was offered by 65% of the hospitals. Most (89%) ICS considered microbiological information as very useful. No written procedures were available in half the ICUs. CONCLUSIONS: Both ICS and microbiologists agreed that present guidelines for the diagnosis of VAP could be much improved, and that a new set of consensus guidelines is urgently required. A need for guidelines to be more effectively implemented was also identified in order to improve outcomes in patients with VAP.

Avaliação de métodos de manutenção da esterilidade do órgão dental humano extraído para armazenamento em banco de dentes / Evaluation of methods for maintaining sterility of the extracted human dental organ during storage in a tooth bank

A importância de um banco de dentes humanos em uma instituição de se justifica e se mostra vantajosa, uma vez que permite a máxima aproximação da realidade ao se trabalhar com o órgão extraído. Este estudo teve o propósito de avaliar métodos de manutenção da esterilidade do órgão dental humano extraído armazenado. Foram utilizados 72 dentes incisivos humanos extraídos, obtidos em clínicas de graduação e de pós-graduação da Universidade Positivo, Curitiba, PR, Brasil. Os elementos dentários foram cedidos pelos pacientes, por meio de termo de doação devidamente assinado. Após os procedimentos de limpeza e de desinfecção, 36 dentes foram esterilizados em autoclave e 36 foram somente limpos. Os dentes foram, então, armazenados em recipientes contendo o método (autoclavagem ou limpeza) ou a solução de escolha, por um período de 15 e 120 dias. Testes microbiológicos foram realizados a fim de determinar qual método ou solução de armazenamento promove a manutenção da esterilidade no tempo determinado. Melhores desempenhos foram observados quando as amostras foram armazenadas em Incidin Extra N®, formol e álcool, mesmo para os dentes não autoclavados. As substâncias em análise nos períodos propostos se mostraram capazes de impedir o crescimento microbiano. Este experimento poderá auxiliar o desenvolvimento de um protocolo de processamento e de administração do órgão dental humano extraído em um banco de dentes (AU).

The importance of a human teeth bank in an institution is justified and it is advantageous, since it allows the maximum approximation of reality when working with the extracted organ. This study aimed to evaluate methods for maintaining the sterility of extracted human teeth during storage. A total of 72 human incisors extracted in the undergraduate and graduate clinics of Universidade Positivo (Curitiba, PR, Brazil) were used in this study. The teeth were provided by patients, who signed a donation form. After all teeth were subjected to cleaning and disinfection procedures, 36 teeth were autoclaved as well. Teeth were then stored in various solutions for periods of 15 and 120 days. Microbiological tests were conducted to determine which method or storage promoted maintenance of sterility. Better results were obtained for teeth - including autoclaved teeth - stored in Incidin Extra N®, formaldehyde, and alcohol. The solutions analyzed over the proposed time periods have been shown to prevent microbial growth. Results of this study will aid in developing a protocol of processing for extracted human dental teeth to be stored in a tooth bank (AU).

Gram y ureasa para el diagnóstico de helicobacter pylori en muestras gastroduodenales / Gram and urease for the diagnosis of helicobacter pylori in gastroduodenal samples

Fundamento: la afección gastroduodenal y el cáncer gástrico, son enfermedades cada día más frecuentes, donde el helicobacter pylori es el microorganismo responsable del número mayor de casos. Objetivo: determinar la presencia del helicobacter pylori en muestras de biopsias gastroduodenales a partir de la aplicación de las técnicas microbiológicas, prueba de ureasa y coloración de Gram. Métodos: se realizó un estudio descriptivo, transversal para determinar la presencia del helicobacter pylori en muestras de biopsias gastroduodenales, mediante técnicas microbiológicas en el Laboratorio de Microbiología del Hospital Clínico Quirúrgico Docente Saturnino Lora en la Provincia de Santiago de Cuba, en el año 2012. Resultados: del total de pacientes estudiados se encontró un predominio de 98 mujeres para un 66,6 %, dentro de los hábitos tóxicos evaluados el de mayor porcentaje fue el consumo de café 132 casos, 89,8 %, el síntoma más relevante encontrado fue la epigastralgia. Al aplicar las pruebas referidas en el estudio (prueba de ureasa y técnica coloración de Gram), se obtuvo un 66,7 % de muestras positivas con la prueba de ureasa y un 79,6 % por la coloración de Gram. Conclusiones: la morbilidad predominó en el sexo femenino en las edades comprendidas de 31 a 45 años, la coloración de Gram es más sensible que la prueba de ureasa, los pacientes con gastritis crónicas mostraron mayor positividad a helicobacter pylori.

Background: gastroduodenal affection and gastric cancer are diseases which are more frequent every day. Helicobacter pylori is the responsible microorganism for the largest number of cases. Objective: to determine the presence of helicobacter pylori in grastroduodenal biopsy samples from the application of microbiological techniques: urease test and Gram staining. Methods: in 2012 a cross-sectional descriptive study was conducted to determine the presence of helicobacter pylori in gastroduodenal biopsy samples through microbiological techniques in the microbiology laboratory of Saturnino Lora hospital in Santiago de Cuba. Results: from the whole group of patients studied a predominance of 98 women that account for 66,6 % was found. From the bad habits assessed the one with the highest percentage was coffee consumption, with 132 cases which represent 89.8 %. The most notable symptom found was epigastralgia. After undergoing the referred tests of the study (urease test and Gram staining), 66,7 % of positive samples with urease test and 79,6 % with Gram staining were obtained. Conclusions: morbidity prevailed in female sex in the 31 to 45 age group. Gram staining is more sensitive than urease test. Patients with chronic gastritis showed gram-positive results to helicobacter pylori.

Aspectos microbiológicos en el diagnóstico de infecciones del tracto urinario / Microbiological aspects in the diagnosis of urinary tract infections

Introducción: Las infecciones del tracto urinario (ITU) se encuentran entre las causas de consulta ambulatoria y de urgencias más frecuentes. La ausencia de pautas y consenso para el diagnóstico dadas por el laboratorio de microbiología puede dificultar la obtención de datos relevantes y confiables sobre los hallazgos microbiológicos y retrasar la toma de conductas clínicas apropiadas. Objetivo: Elaborar un algoritmo de decisión en ITU basado en la evidencia actual para el procesamiento de la muestra de orina, que incluye desde la recolección, el transporte y almacenamiento hasta su cultivo, con el fin de generar una directriz desde el laboratorio para la correcta toma de decisiones del médico. Metodología: Se lleva a cabo una búsqueda en la literatura y el concepto de expertos en Microbiología e Infectología basada en la revisión de las referencias bibliográficas disponibles en los términos de búsqueda relacionados, haciendo énfasis en estudios locales. Resultados: Se generaron recomendaciones para el diagnóstico por el laboratorio de las ITU en Colombia, que incluyen recolección, almacenamiento y transporte, siembra y pruebas de susceptibilidad antimicrobiana.

Background: Urinary tract infections (UTI) are one of the most frequent reasons for consultation in outpatient and emergency settings. The absence of guidelines and consensus from the microbiology laboratory for the diagnosis of UTI may affect the relevance and reliability of the results and delay the physician's treatment determination. Objective: To creat e an algorithm for the laboratory diagnosis of UTI in Colombia based on current evidence, in order to provide recommendations regarding sample collection, storage, transport and processing and to provide guidance for physicians' decision making. Methods: We reviewed the current standards and guidelines for the diagnosis of UTI and considered comments from microbiology and infectious disease experts based on a literature search using relevant search terms and emphasizing local studies. Results: We generated recommendations for collecting samples, storage, transport, culture and susceptibility testing for the reliable diagnosis of UTI in patients in Colombia.

Folleto de protozoología y técnicas parasitológicas / A Protozoology and parasitological techniques brochure

Las parasitosis constituye un problema de salud a nivel mundial, su control es un objetivo priorizado de la Organización Mundial de la Salud por lo que se hace necesario que los estudiantes, técnicos y profesionales de microbiología se actualicen en los procedimientos técnicos parasitológicos, que se encuentran de forma dispersa en varios textos, pero no están incluidos en la literatura básica. Se hace necesaria su recopilación en un texto único que permita la búsqueda activa de la información complementaria. El objetivo de este folleto es ofrecer un sistema de técnicas y procedimientos que faciliten la identificación y el diagnóstico de las parasitosis humanas en los laboratorios de la atención primaria y secundaria de salud. Aborda conceptos y procedimientos dentro del tema de estudio, contiene un esquema de contenido, que resume la esencia de estos. Los contenidos teóricos relacionados en este folleto, fueron elaborados en respuesta a los contenidos del programa de la asignatura de agentes biológicos, incorporado al nuevo plan de estudio del licenciado en tecnología de la Salud, licenciado en bionálisis clínico y del resto de las carreras de las ciencias médicas(AU)

Parasites are a health problem worldwide. Thier control is a prime target of the World Health Organization so that it becomes necessary for students, technicians and professionals in microbiology to be updated in parasitological technical procedures, which are scattered in several sources but not included in the basic literature. It becomes necessary to compile them all into a single text that allows the active search of information. The aim of this brochure is to provide a system of techniques and procedures to facilitate the identification and diagnosis of human parasitic diseases in the laboratories of primary and secondary health. Concepts and procedures within the field of study are included and it contains also a contents outline which summarizes their essence. The theoretical contents listed in this brochure were developed in response to the contents included in the program for biological agents incorporated to the new curriculum of bachelors in Health Technology, bachelors in clinical bio-analysis and the rest of the studies in the field of medical sciences(AU)

Eficácia da irrigação ultrassônica passiva na limpeza e eliminação de Enterococcus faecalis dos canais radiculares / Efficacy of passive ultrasonic irrigation in cleaning and elimination of Enterococcus faecalis from root canals

O objetivo deste estudo foi avaliar a eficácia da Irrigação Ultrassônica Passiva (IUP) na limpeza e eliminação Enterococcus faecalis de canais radiculares, em comparação à Irrigação Manual Convencional (IMC). O estudo foi dividido em dois capítulos. No capítulo I, foram utilizadas raízes de 75 dentes unirradiculados humanos extraídos. Após o preparo biomecânico, os espécimes foram divididos em cinco microplacas de cultura e esterilizados em óxido de etileno. Os canais radiculares foram contaminados com Enterococcus faecalis (ATCC 29212) e incubados a 37ºC durante 21 dias. As microplacas com os espécimes foram divididas em cinco grupos de acordo com o protocolo de irrigação utilizado (n=15): G1- IUP com solução salina; G2- IUP com NaOCl 1%; G3- IMC com solução salina; G4- IMC com NaOCl 1%; G5- controle (sem irrigação). Foram realizadas três coletas microbiológicas: inicial (após 21 dias de contaminação do canal), imediatamente após irrigação e final (após 7 dias dos tratamentos realizados). Após diluições decimais seriadas e semeadura, foi determinado o número de unidades formadoras de colônia por mililitro de solução (UFC/mL). No capítulo II, foram utilizadas raízes de dentes artificiais unirradiculados. Após o preparo dos canais radiculares, foram realizados quatro canais laterais nos terços apical e médio da raiz, nas superfícies vestibular e lingual. Posteriormente, os canais foram preenchidos com uma solução de contraste radiológico. Os espécimes foram divididos aleatoriamente em três grupos de acordo com o protocolo de irrigação (n=08): GI- IMC com agulha 30G, GII- IUP1 com fluxo intermitente, GIII- IUP2 com fluxo contínuo. Antes e após irrigação, os dentes foram radiografados no sentido proximal utilizando um sistema radiográfico digital. As áreas do canal radicular e canais laterais simulados antes (preenchido pelo contraste) e após irrigação (remanescente do contraste) foram mensuradas por meio do programa Image Tool 3.0. Os dados obtidos nos dois experimentos foram analisados por meio dos testes ANOVA e Tukey, com nível de significância de 5%. Na avaliação antimicrobiana, a coleta pós-irrigação não mostrou diferença estatisticamente significante entre G1 e G3 nem entre G2 e G4 (p>0,05), mas G2 e G4 mostraram uma contagem inferior de UFC/mL comparado aos demais grupos (p<0,05). Houve diferença estatisticamente significante entre a coleta inicial e pós-preparo e entre pós-preparo e a final (p<0,05) em todos os grupos, exceto no grupo controle. Na coleta final, todos os grupos apresentaram valores similares aos da coleta final. No teste avaliando a capacidade de limpeza, não houve diferença significante entre os grupos na remoção da solução de contraste do canal radicular principal mostrando porcentagem de limpeza similar (p>0,05). Nos canais laterais simulados, os resultados não mostraram diferenças significativas entre os grupos no terço médio (p>0,05). No terço apical, o grupo IUP1 mostrou-se superior, obtendo maior porcentagem de limpeza quando comparado ao grupo de IMC com diferença significante (p<0,05). Conforme as metodologias empregadas, pode-se concluir que a IUP e IMC associada à NaOCl a 1% contribui para diminuição da contaminação sem eliminar completamente de E. faecalis do sistema de canais radiculares. Quanto à remoção da solução de contraste dos canais radiculares e canais laterais simulados, a IUP com fluxo intermitente promoveu maior limpeza de canais laterais simulados no terço apical comparada à IMC

The aim of this study was to evaluate the cleaning efficacy and elimination of Enterococcus faecalis from the root canal provided by passive ultrasonic irrigation (PUI) compared with conventional needle irrigation (CNI). The study was divided into two chapters. In chapter I, seventy-five extracted human singlerooted teeth were used. After root canal instrumentation, specimens were randomly divided into cell culture microplates. The microplates containing the specimens were wrapped and sterilized by ethylene oxide. Root canals were inoculated with Enterococcus faecalis (ATCC 29212) and incubated at 37ºC for 21 days. The microplates containing the roots were randomly divided in five groups, according to the irrigation method: G1- PUI with saline solution, G2- PUI with 1% NaOCl, G3- CNI with saline solution, G4- CNI with 1% NaOCl, G5- control (no irrigation). Microbiological samples were collected at three time points: initial (21 days after inoculation), post-irrigation (immediately after irrigation), and final (7 days after irrigation). After serial decimal dilutions, the inocula were seeded and was determined the number of CFU/mL. In chapter II, single-rooted artificial teeth were used. After root canal instrumentation, four lateral canals were performed in the middle and apical thirds. After, the root canals were filled with a contrast solution. The roots were randomly divided into three groups, according to the irrigation technique (n=8): GI- IMC with 30-gauge needle, GII- IUP1 with intermittent flow and GIII- IUP2 with continuous flow. Before and after irrigation, the roots were radiographed using a digital radiographic system. The areas of the root canal and lateral canals simulated before (filled by contrast) and after irrigation (remainder of contrast) were measured using Image Tool 3.0 software. Data obtained from the two experiments were subjected to ANOVA and Tukey tests (5%). In antimicrobial test, the post-irrigation samples did not demonstrate statistically significant difference between G1 and G3 nor between G2 and G4 (p>0,05), but G2 and G4 showed a lower CFU/mL than the other groups (p<0,05). Statistically significant difference was observed between the initial and post-irrigation samples and between the post-irrigation and final samples (p<0,05) in all groups, except in the control. The final samples of all groups presented bacterial counts similar to the initial samples. In the ability cleaning test, there was no statistically significant difference between all groups in the removal of contrast solution of the root canal. In lateral canal simulated, the results showed no significant differences between all groups in the middle third. In the apical third, PUI1 (intermittent flow) was better, resulting greater percentage of cleaning when compared to group I (CNI) with significant differences. According with the methodologies employed, it can be concluded that PUI or CNI with 1% NaOCl contribute to the reduction of contamination without complete removal of E. faecalis from the RCS. Concerning the removal of the contrast solution of root canals and lateral canals simulated, PUI with intermittent flow was significantly effective in cleaning the lateral canals in the apical third in comparison with NCI

Comparison of three methods based on endoscopic gastric biopsies for diagnosis of Helicobacter pylori active infection in a clinical setting / Comparação de três métodos baseados em biopsias gástricas endoscópicas para o diagnóstico da infecção ativa pelo Helicobacter pylori em um ambiente clínico

CONTEXT: The correct diagnosis and effective treatment of Helicobacter pylori gastric infection are essential in controlling this infection. OBJECTIVE: To compare the diagnostic value of three tests based in endoscopic gastric biopsies histopathological evaluation with hematoxylin-eosin (H-E) staining, urease rapid test and microbiological culture for detecting Helicobacter pylori active infection, in order to make recommendations for daily clinical practice. METHODS: Gastric biopsies from 115 adult patients (85 female/30 male) were obtained by upper gastrointestinal endoscopy and studied by histopathological evaluation with H-E (antrum-corpus), urease test in 2 hours (antrum) and microbiological culture (antrum). RESULTS: Helicobacter pylori active infection was diagnosed in 67 percent of patients. Helicobacter pylori active infection was detected by histopathological evaluation with H-E, urease test and microbiological culture in 87 percent, 79 percent and 70 percent of the positive cases, respectively. There were significant differences when histopathological evaluation with H-E and urease test rapid test when compared with microbiological test (P<0.01). There was no significant difference between histopathological evaluation with H-E and urease test (P = 0.7). The kappa index of agreement for histopathological evaluation with H-E/urease test was 0.56, histopathological evaluation with H-E/microbiological culture 0.6, and urease test/microbiological culture 0.64. CONCLUSIONS: In a hospital setting like the one studied, histopathological evaluation with H-E and urease test are the most recommended tests for diagnosis of Helicobacter pylori active infection based in endoscopic biopsies. If pathological information of gastric lesions will be required, histopathological evaluation with H-E is essential. Urease test is mandatory if a prompt diagnosis is necessary. Microbiological culture can be used in cases of persistent or complicated infection, which may require studies on Helicobacter virulence or antimicrobial susceptibility. Selected cases might demand a combination of several tests. The three tests exhibit a good concordance level for Helicobacter pylori active infection diagnosis.

CONTEXTO: O diagnóstico correto e o tratamento eficaz da infecção pelo Helicobacter pylori são essenciais no controle desta infecção. OBJETIVO: Comparar o valor de três testes de diagnóstico baseado em biopsias gástricas endoscópicas: avaliação histopatológica com hematoxilina-eosina (H-E), teste da urease e cultura microbiológica para a detecção da infecção ativa pelo H. pylori, com a finalidade de recomendações para a clínica diária prática. MÉTODOS: Biopsias gástricas de 115 pacientes (85 mulheres e 30 homens) foram obtidas por endoscopia digestiva alta e estudadas por avaliação histopatológica com H-E (antro-corpo), teste de urease em 2 horas (antro) e cultura microbiológica (antro). RESULTADOS: Infecção ativa pelo H. pylori foi diagnosticada em 67 por cento dos pacientes e detectada pela avaliação histopatológica com H-E, pelo teste de urease e pela cultura microbiológica em 87 por cento, 79 por cento e 70 por cento dos casos positivos, respectivamente. Houve diferenças significativas quando a avaliação histopatológica com H-E e o teste rápido de urease quando comparadas com a cultura microbiológica (P<0,01). Não houve diferença significativa entre a avaliação histopatológica com H-E e o teste de urease (P = 0,7). O índice kappa para avaliação histopatológica com H-E/teste de urease foi de 0,56, avaliação histopatológica com H-E/cultura microbiológica 0,6, e teste de urease/cultura microbiológica 0,64. CONCLUSÕES: Em condições similares ao estudado, avaliação histopatológica com H-E e teste de urease são os testes mais recomendados para o diagnóstico de infecção ativa pelo H. pylori com base em biopsias endoscópicas. A avaliação histopatológica com H-E é essencial quando exigido o estudo de lesões gástricas. O teste de urease é obrigatório no caso de diagnóstico precoce rápido. A cultura microbiológica pode ser usada em casos de infecção persistente ou complicada, que podem exigir estudos sobre a virulência ou susceptibilidade do Helicobacter aos antimicrobianos. Os casos selecionados podem exigir a combinação de vários testes. Os três testes apresentam bom nível de concordância para o diagnóstico da infecção ativa pelo H. pylori.

Isolamento das bactérias causadoras de infecções urinárias e seu perfil de resistência aos antimicrobianos / Isolation of bacteria causing urinary tract infections and antimicrobial resistance profile your / Aislamiento de las bacterias que causan infecciones del tracto urinario y Perfil de resistencia antimicrobiana a su

A infecção do trato urinário (ITU) é uma das causas que frequentemente leva homens e mulheres a procurarem tratamento nas unidades municipais de saúde. O presente trabalho tem por objetivo identificar quais os microorganismos responsáveis por esta infecção e seu perfil de resistência aos antimicrobianos mais utilizados na rede municipal. Foram coletadas 120 amostras de urina de pacientes com suspeita clínica de ITU e processados pelo sistema de laminocultura nos meios CLED, MacConkey e EC cromogênico, no laboratório de microbiologia I do Centro Universitário Positivo (UNICENP). As amostras positivas foram identificadas e submetidas ao antibiograma, sendo 63,64% das infecções presentes causadas por Escherichia coli e 18,18% por Staphylococcus aureus. A faixa etária de 12 aos 33 anos é responsável por mais de 60% das infecções. Foi encontrado um alto índice de amostras contaminadas, mostrando uma dificuldade no entendimento das orientações para a coleta. Outro dado relevante é que dentro do total das amostras analisadas, 35,8% foram de gestantes. Os antimicrobianos de maior sensibilidade para os microorganismos responsáveis pelo ITU foram, em sua maioria, aqueles não disponibilizados pelo SUS. A maioria das bactérias E. coli e 100% dos S. aureus isoladas, porém, apresentaram sensibilidade aos medicamentos Nitrofurantoína e Sulfametoxazol-trimetropim, disponíveis gratuitamente nas unidades de saúde. Com um quadro clínico compatível, o tratamento empírico com as drogas referidas seria adequado, sendo o ideal que se faça um exame de controle pós tratamento para evitar o surgimento de cepas resistentes na comunidade.

Urinary tract infection (UTI) is one of the causes that often leads men and women to seek treatment in municipal health units. The present work aims to identify which the microorganisms responsible for this infection and antimicrobial resistance profile your most used in the municipal network. 120 urine samples were collected from patients with clinical suspicion of UTI and processed by the laminocultura system in HAZY, MacConkey chromogenic and EC in the Microbiology Laboratory (I) Positive University Center (UNICENP). The positive samples were identified and subjected to the antibiogram, 63.64% of infections being present caused by Escherichia coli and 18.18% by Staphylococcus aureus. The age range of 12 to 33 years is responsible for more than 60% of infections. Was found a high rate of contaminated samples, showing a difficulty in understanding the guidelines to the collection. Another fact is that within the total of samples analysed, 35.8% of pregnant women. Antimicrobials of greatest sensitivity to the microorganisms responsible for the ITU were, in your most, those not provided by SUS. Most of the bacteria e. coli and 100% of s. aureus isolated, however, showed sensitivity to medications Nitrofurantoin and trimethoprim-trimetropim, available for free at health units. With a clinical picture compatible, empirical treatment with the drugs listed would be suitable, being ideal to do a control test post treatment to prevent the emergence of drug-resistant strains in the community.

Infección del tracto urinario (ITU) es una de las causas que lleva a menudo a hombres y mujeres a buscar tratamiento en unidades de salud municipales. El presente trabajo pretende identificar que los microorganismos responsables de este perfil de resistencia a infecciones y antimicrobianos más utilizados en la red municipal. 120 muestras de orina fueron recogidas de pacientes con sospecha clínica de infección urinaria y procesan por el sistema de laminocultura en HAZY, MacConkey cromogénico y CE en el laboratorio de Microbiología (I) Centro Universitario positivo (UNICENP). Las muestras positivas fueron identificadas y sometidas al antibiograma, 63,64% de las infecciones presentes causados por Escherichia coli y el 18.18% por Staphylococcus aureus. El rango de edad de 12 a 33 años es responsable de más del 60% de las infecciones. Se encontró una alta tasa de muestras contaminadas, mostrando una dificultad en la comprensión de las pautas para la colección. Otro hecho es en el total de muestras analizadas, 35.8% de las mujeres embarazadas. Antimicrobianos de mayor sensibilidad a los microorganismos responsables de la UIT fueron, en su mayoría, los no previstos por SUS. La mayoría de las bacterias e. coli y el 100% de s. aureus aislados, sin embargo, mostraron sensibilidad a medicamentos nitrofurantoína y trimetoprim-trimetropim, disponible gratuitamente en las unidades de salud. Con un cuadro clínico compatible, tratamiento empírico con drogas mencionadas aquí sería conveniente, siendo ideal para hacer un tratamiento de post de prueba de control para evitar la aparición de cepas resistentes a drogas en la comunidad.

Estabilidad y toxicología preclínica del sulfato de tobramicina inyectable producido en Cuba

Se estudió la estabilidad y la toxicología preclínica del sulfato de tobramicina inyectable (40 mg/mL), producido en Cuba, y se compararon nuestros resultados con el inyectable de importación. Este medicamento es un antibiótico bactericida cuyo uso con fines terapéuticos se indica en el tratamiento de diferentes enfermedades infecciosas, como son: septicemia, meningitis, enfermedades del sistema nervioso central y otras infecciones causadas por gérmenes sensibles. Los estudios indican una estabilidad satisfactoria para el medicamento; no se encontró diferencia significativa entre el de producción nacional y el de importación desde el punto de vista de toxicidad aguda.

Estabilidad y toxicología preclínica de la anfotericina B inyectable, liofilizado producido en Cuba

Se estudió la estabilidad y la toxicología preclínica de la anfotericina B inyectable, liofilizado (50 mg/bbo) producido en Cuba, y se compararon nuestros resultados con el inyectable de importación. Este medicamento es un antibiótico antifúngico activo contra una gran variedad de infecciones micóticas profundas o diseminadas, tales como: histoplasmosis, coccidiomicosis, blastomicosis, moniliasis sistémica, pleural y peritoneal septicémica. La formulación de anfotericina B tiene una estabilidad satisfactoria durante el período estudiado y no se encontró diferencia significativa entre la formulación de producción nacional y el similar comercial desde el punto de vista de toxicidad aguda, pues la letalidad y su DL50 se comportan de forma muy similar en ambos casos.

Utilidad del exámen microscópico para el diagnóstico de gonorrea / Usefulness of the microscopical examination for the diagnosis of gonorrhea

Se realizó un estudio en 325 pacientes masculinos que acudieron con síntomas de uretritis al Centro de Salud "Dr. Manuel Domíngues" de la Secretaría de Salud entre mayo de 1985 y marzo de 1986; se diagnosticó gonorrea en 123 de ellos (37.8% del total). Con las pruebas bioquímicas practicadas a los aislamientos identificaron 122 cepas de Neisseria gonorrhoear y una de N. meningitidis. En este caso el cuadro clínico fue indistinguible del causado por los gonococos. Al examinar bajo el microscopio los frotis de secrección uretral teñidos por Gram, se encontró una sensibilidad de 96,7% y una especificidad de 97.5%, comparadas con los resultados del cultivo. En consecuencia, la probabilidad de gonorrea en presencia de un frotis positivo es mayor de 0.95, mientras que la probabilidad con un fortis negativo es menor de 0.02. Asimismo, en este trabajo se analizan las principales variables que influyen en una correcta observación microscópica. Los resultados obtenidos muestran la utilidad del frotis de la secrección uretral teñida por Gram para el dignóstico de gonorrea en población masculina sintomática cuando se sigue una metodologia que permite un examen acucidoso por parte de un observador experimentado