Your browser doesn't support javascript.
loading
Show: 20 | 50 | 100
Results 1 - 10 de 10
Filter
Add more filters











Publication year range
1.
Ci. Rural ; 48(8)2018.
Article in English | VETINDEX | ID: vti-737368

ABSTRACT

ABSTRACT: We aimed to apply genomic information based on SNP (single nucleotide polymorphism) markers for the genetic evaluation of the traits stay-green (SG), plant architecture (PA), grain aspect (GA) and grain yield (GY) in common bean through Bayesian models. These models were compared in terms of prediction accuracy and ability for heritability estimation for each one of the mentioned traits. A total of 80 cultivars were genotyped for 377 SNP markers, whose effects were estimated by five different Bayesian models: Bayes A (BA), B (BB), C (BC), LASSO (BL) e Ridge regression (BRR). Although, prediction accuracies calculated by means of cross-validation have been similar within each trait, the BB model stood out for the trait SG, whereas the BRR was indicated for the remaining traits. The heritability estimates for the traits SG, PA, GA and GY were 0.61, 0.28, 0.32 and 0.29, respectively. In summary, the Bayesian methods applied here were effective and ease to be implemented. The used SNP markers can help in the early selection of promising genotypes, since incorporating genomic information increase the prediction accuracy of the estimated genetic merit.


RESUMO: Objetivou-se incorporar informações genômicas de marcadores SNP (single nucleotide polymorphism) na avaliação genética das características stay-green (SG), arquitetura de planta (AP), aspecto de grãos (AG) e produtividade de grãos (PG) em feijoeiro-comum via modelos Bayesianos. Estes modelos foram comparados quanto a acurácia de predição e habilidade de estimação da herdabilidade para cada característica. Utilizaram-se informações de 80 cultivares genotipadas para 377 marcadores SNP, cujos efeitos de substituição alélica foram estimados por meio de cinco diferentes modelos Bayesianos: Bayes A (BA), B (BB), C (BC), LASSO (BL) e regressão ridge (BRR). Embora as acurácias de predição calculadas por meio de análise de validação cruzada tenham sido similares dentro de cada característica, o modelo BB se destacou para a característica SG, enquanto o modelo BRR foi indicado para as demais. As herdabilidades estimadas para SG, AP, AG e PG foram, respectivamente, 0,61, 0,28, 0,32 e 0,29. Em resumo, os métodos contemplados mostraram-se efetivos e de fácil implementação. O conjunto de marcadores utilizado pode auxiliar na seleção precoce de genótipos promissores, uma vez que a incorporação de informações genômicas aumenta a acurácia de predição do mérito genético estimado.

2.
Ci. Rural ; 48(8): e20170497, 2018. tab, ilus
Article in English | VETINDEX | ID: vti-736480

ABSTRACT

We aimed to apply genomic information based on SNP (single nucleotide polymorphism) markers for the genetic evaluation of the traits stay-green (SG), plant architecture (PA), grain aspect (GA) and grain yield (GY) in common bean through Bayesian models. These models were compared in terms of prediction accuracy and ability for heritability estimation for each one of the mentioned traits. A total of 80 cultivars were genotyped for 377 SNP markers, whose effects were estimated by five different Bayesian models: Bayes A (BA), B (BB), C (BC), LASSO (BL) e Ridge regression (BRR). Although, prediction accuracies calculated by means of cross-validation have been similar within each trait, the BB model stood out for the trait SG, whereas the BRR was indicated for the remaining traits. The heritability estimates for the traits SG, PA, GA and GY were 0.61, 0.28, 0.32 and 0.29, respectively. In summary, the Bayesian methods applied here were effective and ease to be implemented. The used SNP markers can help in the early selection of promising genotypes, since incorporating genomic information increase the prediction accuracy of the estimated genetic merit.(AU)


Objetivou-se incorporar informações genômicas de marcadores SNP (single nucleotide polymorphism) na avaliação genética das características stay-green (SG), arquitetura de planta (AP), aspecto de grãos (AG) e produtividade de grãos (PG) em feijoeiro-comum via modelos Bayesianos. Estes modelos foram comparados quanto a acurácia de predição e habilidade de estimação da herdabilidade para cada característica. Utilizaram-se informações de 80 cultivares genotipadas para 377 marcadores SNP, cujos efeitos de substituição alélica foram estimados por meio de cinco diferentes modelos Bayesianos: Bayes A (BA), B (BB), C (BC), LASSO (BL) e regressão ridge (BRR). Embora as acurácias de predição calculadas por meio de análise de validação cruzada tenham sido similares dentro de cada característica, o modelo BB se destacou para a característica SG, enquanto o modelo BRR foi indicado para as demais. As herdabilidades estimadas para SG, AP, AG e PG foram, respectivamente, 0,61, 0,28, 0,32 e 0,29. Em resumo, os métodos contemplados mostraram-se efetivos e de fácil implementação. O conjunto de marcadores utilizado pode auxiliar na seleção precoce de genótipos promissores, uma vez que a incorporação de informações genômicas aumenta a acurácia de predição do mérito genético estimado.(AU)


Subject(s)
Phaseolus/growth & development , Phaseolus/genetics , Polymorphism, Single Nucleotide , Genome , Bayes Theorem
3.
Ciênc. rural (Online) ; 48(8): e20170497, 2018. tab, graf
Article in English | LILACS | ID: biblio-1045189

ABSTRACT

ABSTRACT: We aimed to apply genomic information based on SNP (single nucleotide polymorphism) markers for the genetic evaluation of the traits "stay-green" (SG), plant architecture (PA), grain aspect (GA) and grain yield (GY) in common bean through Bayesian models. These models were compared in terms of prediction accuracy and ability for heritability estimation for each one of the mentioned traits. A total of 80 cultivars were genotyped for 377 SNP markers, whose effects were estimated by five different Bayesian models: Bayes A (BA), B (BB), C (BC), LASSO (BL) e Ridge regression (BRR). Although, prediction accuracies calculated by means of cross-validation have been similar within each trait, the BB model stood out for the trait SG, whereas the BRR was indicated for the remaining traits. The heritability estimates for the traits SG, PA, GA and GY were 0.61, 0.28, 0.32 and 0.29, respectively. In summary, the Bayesian methods applied here were effective and ease to be implemented. The used SNP markers can help in the early selection of promising genotypes, since incorporating genomic information increase the prediction accuracy of the estimated genetic merit.


RESUMO: Objetivou-se incorporar informações genômicas de marcadores SNP ("single nucleotide polymorphism") na avaliação genética das características "stay-green" (SG), arquitetura de planta (AP), aspecto de grãos (AG) e produtividade de grãos (PG) em feijoeiro-comum via modelos Bayesianos. Estes modelos foram comparados quanto a acurácia de predição e habilidade de estimação da herdabilidade para cada característica. Utilizaram-se informações de 80 cultivares genotipadas para 377 marcadores SNP, cujos efeitos de substituição alélica foram estimados por meio de cinco diferentes modelos Bayesianos: Bayes A (BA), B (BB), C (BC), LASSO (BL) e regressão "ridge" (BRR). Embora as acurácias de predição calculadas por meio de análise de validação cruzada tenham sido similares dentro de cada característica, o modelo BB se destacou para a característica SG, enquanto o modelo BRR foi indicado para as demais. As herdabilidades estimadas para SG, AP, AG e PG foram, respectivamente, 0,61, 0,28, 0,32 e 0,29. Em resumo, os métodos contemplados mostraram-se efetivos e de fácil implementação. O conjunto de marcadores utilizado pode auxiliar na seleção precoce de genótipos promissores, uma vez que a incorporação de informações genômicas aumenta a acurácia de predição do mérito genético estimado.

4.
Rev. colomb. psicol ; 22(1): 151-161, ene.-jun. 2013. ilus, tab
Article in English | LILACS | ID: lil-678070

ABSTRACT

Confirmatory factor analysis conducted in a sample of 706 children 7 to 16 years of age, 354 girls and 352 boys, revealed a 5-factor solution (Rejection, Corporal Punishment, Support, Responsiveness, Warmth). Results supported the measurement model of the Parental Practices Scale for Children, which evaluates children's perception of parental practices associated to offspring emotional adjustment. This finding was replicated in a second study (N=233, 126 girls and 107 boys). The measure demonstrated good internal consistency, and was further supported by convergent validity with an instrument built with a similar objective. The measurement model supported by results of both studies is consistent with previous findings.


El análisis factorial confirmatorio realizado en una muestra de 706 niños entre 7 y 16 años, 354 niñas y 352 niños, reveló una solución de 5 factores (Rechazo, Castigo Corporal, Apoyo, Receptividad y Calidez). Los resultados apoyaron el modelo de medida de la Escala de Prácticas Parentales para Niños que evalúa su percepción respecto a dichas prácticas asociadas con el ajuste emocional infantil. Este hallazgo se repitió en un segundo estudio (N=233, 126 niñas y 107 niños). La medida mostró buena coherencia interna, así como validez convergente con un instrumento construido para un objetivo similar. El modelo de medida, apoyado por los resultados de ambos estudios, es coherente con hallazgos previos.


A análise fatorial confirmatória realizada em uma amostra de 706 crianças entre 7 e 16 anos (354 meninas e 352 meninos) revelou uma solução de 5 fatores (Recusa, Castigo Corporal, Apoio, Receptividade e Calidez). Os resultados apoiaram o modelo de medida da Escala de Práticas Parentais para Crianças que avalia sua percepção a respeito dessas práticas associadas ao ajuste emocional infantil. Esta descoberta se repetiu em um segundo estudo (N=233, 126 meninas e 107 meninos). A medida mostrou boa coerência interna, assim como validade convergente com um instrumento construído para um objetivo similar. O modelo de medida, apoiado pelos resultados de ambos os estudos é coerente com descobertas prévias.


Subject(s)
Humans , Practice, Psychological , Affect
5.
Campo digit ; 8(1)2013.
Article in Portuguese | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1471735

ABSTRACT

Este estudo teve por objetivo investigar a utilização de técnicas geoestatísticas no estudo da variabilidade espacial de dados pluviométricos para Estado de Alagoas, mediante análise da dependência espacial, variograma, técnica de krigagem ordinária e da validação cruzada. Para tanto, nesta pesquisa utilizou-se o total anual médio da precipitação de 63 estações pluviométricas no período de 1965 a 1980. A utilização da geoestatística mostrou que as características estruturais da precipitação estão correlacionadas e apresentaram forte dependência espacial. A distribuição espacial da precipitação apresentou variabilidade espacial, com totais pluviométricos que variaram de 500 mm/ano na região do sertão e 2.000 mm/ano no litoral. Palavras chaves: geoestatística, krigagem, validação cruzada, variograma.

6.
Campo digit. ; 8(1)2013.
Article in Portuguese | VETINDEX | ID: vti-714979

ABSTRACT

Este estudo teve por objetivo investigar a utilização de técnicas geoestatísticas no estudo da variabilidade espacial de dados pluviométricos para Estado de Alagoas, mediante análise da dependência espacial, variograma, técnica de krigagem ordinária e da validação cruzada. Para tanto, nesta pesquisa utilizou-se o total anual médio da precipitação de 63 estações pluviométricas no período de 1965 a 1980. A utilização da geoestatística mostrou que as características estruturais da precipitação estão correlacionadas e apresentaram forte dependência espacial. A distribuição espacial da precipitação apresentou variabilidade espacial, com totais pluviométricos que variaram de 500 mm/ano na região do sertão e 2.000 mm/ano no litoral. Palavras chaves: geoestatística, krigagem, validação cruzada, variograma.

7.
Sci. agric. ; 68(3)2011.
Article in English | VETINDEX | ID: vti-440594

ABSTRACT

The importance of understanding spatial variability of soils is connected to crop management planning. This understanding makes it possible to treat soil not as a uniform, but a variable entity, and it enables site-specific management to increase production efficiency, which is the target of precision agriculture. Questions remain as the optimum soil sampling interval needed to make site-specific fertilizer recommendations in Brazil. The objectives of this study were: i) to evaluate the spatial variability of the main attributes that influence fertilization recommendations, using georeferenced soil samples arranged in grid patterns of different resolutions; ii) to compare the spatial maps generated with those obtained with the standard sampling of 1 sample ha-1, in order to verify the appropriateness of the spatial resolution. The attributes evaluated were phosphorus (P), potassium (K), organic matter (OM), base saturation (V%) and clay. Soil samples were collected in a 100 × 100 m georeferenced grid. Thinning was performed in order to create a grid with one sample every 2.07, 2.88, 3.75 and 7.20 ha. Geostatistical techniques, such as semivariogram and interpolation using kriging, were used to analyze the attributes at the different grid resolutions. This analysis was performed with the Vesper software package. The maps created by this method were compared using the kappa statistics. Additionally, correlation graphs were drawn by plotting the observed values against the estimated values using cross-validation. P, K and V%, a finer sampling resolution than the one using 1 sample ha-1 is required, while for OM and clay coarser resolutions of one sample every two and three hectares, respectively, may be acceptable.


A importância de compreender a variabilidade espacial do solo está conectada ao planejamento do manejo das culturas. Este entendimento faz com que seja possível tratar o solo não como uma entidade uniforme, mas variável, e permite o gerenciamento de sítios específicos para aumentar a eficiência de produção, que é o objetivo da agricultura de precisão. Questões relacionadas com a otimização do intervalo de amostragem do solo se faz necessário para a realização das recomendações de adubações no Brasil. Os objetivos deste estudo foram: i) avaliar a variabilidade espacial dos principais atributos que influenciam as recomendações de adubação, usando amostras de solos georreferenciadas dispostas em padrões de grades de diferentes resoluções; ii) comparar os mapas espaciais gerados com o mapa padrão obtido com amostragem de 1 amostra ha-1, a fim de verificar a adequação da resolução espacial. Os atributos avaliados foram fósforo (P), potássio (K), matéria orgânica (MO), saturação por bases (V%) e argila. As amostras de solos foram coletadas numa grade de 100 × 100 m e georreferenciadas. Um desbaste foi realizado, criando-se uma grade com 1 amostra a cada 2,07, 2,88, 3,75 e 7,20 ha. Técnicas de geoestatística, como semivariograma e interpolação usando krigagem, foram utilizadas para analisar os atributos nas grades com diferentes resoluções. Esta análise foi realizada com o programa computacional Vesper. Os mapas criados por este método foram comparados utilizando-se a estatística kappa. Além disso, gráficos de correlação foram construídos plotando-se os valores observados pelos valores estimados utilizando-se a validação cruzada. Para P, K e V%, uma amostragem de resolução mais fina do que aquela usando 1 amostra ha-1 foi necessária, enquanto que para MO e argila, resoluções mais grosseiras de uma amostra ou dois em dois e três hectares, respectivamente, pode ser aceitável.

8.
Sci. agric ; 68(3)2011.
Article in English | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1497199

ABSTRACT

The importance of understanding spatial variability of soils is connected to crop management planning. This understanding makes it possible to treat soil not as a uniform, but a variable entity, and it enables site-specific management to increase production efficiency, which is the target of precision agriculture. Questions remain as the optimum soil sampling interval needed to make site-specific fertilizer recommendations in Brazil. The objectives of this study were: i) to evaluate the spatial variability of the main attributes that influence fertilization recommendations, using georeferenced soil samples arranged in grid patterns of different resolutions; ii) to compare the spatial maps generated with those obtained with the standard sampling of 1 sample ha-1, in order to verify the appropriateness of the spatial resolution. The attributes evaluated were phosphorus (P), potassium (K), organic matter (OM), base saturation (V%) and clay. Soil samples were collected in a 100 × 100 m georeferenced grid. Thinning was performed in order to create a grid with one sample every 2.07, 2.88, 3.75 and 7.20 ha. Geostatistical techniques, such as semivariogram and interpolation using kriging, were used to analyze the attributes at the different grid resolutions. This analysis was performed with the Vesper software package. The maps created by this method were compared using the kappa statistics. Additionally, correlation graphs were drawn by plotting the observed values against the estimated values using cross-validation. P, K and V%, a finer sampling resolution than the one using 1 sample ha-1 is required, while for OM and clay coarser resolutions of one sample every two and three hectares, respectively, may be acceptable.


A importância de compreender a variabilidade espacial do solo está conectada ao planejamento do manejo das culturas. Este entendimento faz com que seja possível tratar o solo não como uma entidade uniforme, mas variável, e permite o gerenciamento de sítios específicos para aumentar a eficiência de produção, que é o objetivo da agricultura de precisão. Questões relacionadas com a otimização do intervalo de amostragem do solo se faz necessário para a realização das recomendações de adubações no Brasil. Os objetivos deste estudo foram: i) avaliar a variabilidade espacial dos principais atributos que influenciam as recomendações de adubação, usando amostras de solos georreferenciadas dispostas em padrões de grades de diferentes resoluções; ii) comparar os mapas espaciais gerados com o mapa padrão obtido com amostragem de 1 amostra ha-1, a fim de verificar a adequação da resolução espacial. Os atributos avaliados foram fósforo (P), potássio (K), matéria orgânica (MO), saturação por bases (V%) e argila. As amostras de solos foram coletadas numa grade de 100 × 100 m e georreferenciadas. Um desbaste foi realizado, criando-se uma grade com 1 amostra a cada 2,07, 2,88, 3,75 e 7,20 ha. Técnicas de geoestatística, como semivariograma e interpolação usando krigagem, foram utilizadas para analisar os atributos nas grades com diferentes resoluções. Esta análise foi realizada com o programa computacional Vesper. Os mapas criados por este método foram comparados utilizando-se a estatística kappa. Além disso, gráficos de correlação foram construídos plotando-se os valores observados pelos valores estimados utilizando-se a validação cruzada. Para P, K e V%, uma amostragem de resolução mais fina do que aquela usando 1 amostra ha-1 foi necessária, enquanto que para MO e argila, resoluções mais grosseiras de uma amostra ou dois em dois e três hectares, respectivamente, pode ser aceitável.

9.
Rev. bras. med. esporte ; Rev. bras. med. esporte;14(4): 376-380, jul.-ago. 2008. graf, tab
Article in Portuguese | LILACS | ID: lil-493160

ABSTRACT

Diferentes equações antropométricas têm sido desenvolvidas e validadas para uso em populações distintas, a partir de modelos multicompartimentais. A absortometria radiológica de dupla energia (DEXA) é uma alternativa multicompartimental de avaliação da composição corporal, ainda pouco utilizada no Brasil para validação e desenvolvimento de equações antropométricas, sobretudo para predição da massa muscular (MM). Assim, o objetivo deste estudo foi validar equações antropométricas para estimativa da MM a partir da DEXA, em universitários brasileiros do sexo masculino. Para tanto, 131 adultos entre 18 e 36 anos (73,9 ± 9,7kg; 177,6 ± 6,4cm; MM = 32,1 ± 3,6kg) foram avaliados por meio da DEXA e de medidas antropométricas (massa corporal, estatura, circunferências e espessura de dobras cutâneas), e analisados mediante utilização de quatro equações preditivas da MM. Foram utilizadas as seguintes análises: estatística descritiva, procedimentos de validação cruzada e análise de concordância (CCI e Bland e Altman). A equação 3 [MM (kg) = E.(0,00744.CBrC² + 0,00088.CCxC² + 0,00441.CPantC²) + 2,4.S - 0,048.Id + R + 7,8] de Lee et al. (Am J Clin Nutr 2000;72:796-803) apresentou validade concorrente, para a avaliação da MM (t = 1,13; r = 0,83; EPE = 2,08; diferença média [d] = 0,21). Além desta, a equação 4, dos mesmos autores [MM (kg) = 0,244.MC + 7,8.E + 6,6.S - 0,098.Id + R - 3,3], com baixos valores de EPE (2,20), erro constante (- 0,72), erro total (2,72) e d (- 0,77) e boas concordâncias (moderada a alta) foi sugerida para utilização na amostra estudada. Novos estudos de validação são sugeridos em amostras diferentes, mediante o uso de DEXA como método de referência. Da mesma forma, sugere-se maior utilização de equações antropométricas para avaliação da MM, sobretudo para o monitoramento das alterações na massa muscular em relação aos processos de crescimento, desenvolvimento e envelhecimento e na avaliação do treinamento físico e esportivo.


Different anthropometric equations have been developed and cross-validated for its use in distinct populations through multicompartimentals models. Dual energy X-ray absorptiometry (DEXA) is a multicompartimental alternative for body composition assessment, however, in Brazil, this model still is not often used, especially for the analysis of the muscle mass (MM). Thus, the purpose of this study was to cross-validate anthropometric equations to estimate relative body fat and MM from DEXA, in young male Brazilian college students. For this, 131 young adults between 18 and 36 years (73,9 ± 9,7 kg; 177,6 ± 6,4 cm; MM = 32,1 ± 3,6 kg) had been evaluated by means of DEXA and anthropometric measures (body mass, stature, circumferences and skinfold thicknesses), been analyzed four equations for the calculation of the MM. The following analysis were applied: descriptive statistics, procedures of cross-validation and analysis of agreement (ICC and Bland and Altman). Equation 3 [MM (kg) = E.(0,00744.CBrC² + 0,00088.CC x C² + 0,00441.CPantC²) + 2,4.S - 0,048.Id + R + 7,8] of Lee et al. (Am J Clin Nutr 2000;72:796-803) was validated, for the evaluation of the MM (t = 1,13; r = 0,83; EPE = 2,08; d = 0,21). Beyond this, equation 4, from the same researchers [MM (kg) = 0,244.MC + 7,8.E + 6,6.S - 0,098.Id + R - 3,3] were suggested for its use in the studied sample, in view of the low values presented of EPE (2,20), EC (-0,72), ET (2,72) and d (-0,77) and the good agreements fond (from moderate to high). New cross-validation studies are suggested in different samples, using DEXA as the reference method, as well is suggested a greater utilization of anthropometric equations for the assessment of MM, for the following of MM changes in relation to the growth, development and aging process, and in the evaluation of the physical and sports training.

10.
Ciênc. agrotec., (Impr.) ; 32(3): 914-922, maio-jun. 2008. ilus, tab
Article in Portuguese | LILACS | ID: lil-487964

ABSTRACT

O conhecimento da estrutura de continuidade espacial dos atributos fisico-hídricos de solos é uma importante ferramenta para o manejo solo em sub-bacias hidrográficas. No entanto, o mapeamento produzido não pode apresentar-se enviesado, com tendências, como acontece com aqueles puramente geométricos. Desta forma, neste trabalho, objetivou-se avaliar modelos de semivariogramas, bem como, métodos de ajuste, para volume total de poros (VTP), condutividade hidráulica do solo saturado (k o), porosidade drenável (m), umidade volumétrica na capacidade de campo (qcc), umidade volumétrica no ponto de murcha permanente (qpmp) e capacidade total de armazenamento de água (CTA), em uma sub-bacia hidrográfica na cabeceira do Rio Grande, na Serra da Mantiqueira. Para isto, foram feitas amostragens em 198 pontos na camada de 0-0,15m em grids de 300m x 300m, 60m x 60m e 20m x 20m. Foram ajustados os modelos de semivariogramas esférico, exponencial e gaussiano ao semivariograma experimental, pelos métodos dos mínimos quadrados ponderados (MQP) e máxima verossimilhança (MV). A análise variográfica mostrou que todos os atributos estudados apresentaram-se estruturados espacialmente. A maioria dos atributos apresentou melhor ajuste pela metodologia dos MQP, exceção feita aos atributos porosidade drenável e qpmp. Não houve predominância de nenhum modelo específico de semivariogramas para os atributos avaliados.


The knowledge of spatial continuity of soil physical-hydric attributes is an important tool for soil management on watersheds. However, the mapping cannot present bias as produced by essential geometric interpolator. This work aims to evaluate semi-variogram models and respective methods of adjustment for total porosity (VTP), hydraulic conductivity saturated (k o), drainable porosity (m), soil moisture in field capacity (qcc), soil moisture in permanent wilt point (qpmp) and soil water storage capacity (CTA) on headwater watershed, in Mantiqueira Mountain region. For that, samples were collected at layer of 0-0.15 m, in 198 points, following the grids of 300m x 300m, 60m x 60m and 20m x 20m. Weighted minimum squared (MQP) and Maximum Likelihood (MV) methods were used to adjust spherical, exponential and gaussian semi-variogram models. Cross validation showed that all attributes studied presented spatial continuity. Most of soil attributes presented better adjustments through MQP methodology, except drainable porosity and qpmp. It was not possible to determine only one semi-variogram model to all soil attributes evaluated.

SELECTION OF CITATIONS
SEARCH DETAIL