Microbiological etiology and current resistance patterns in acute calculous cholecystitis.

INTRODUCTION: The current treatment for acute calculous cholecystitis (ACC) is early laparoscopic cholecystectomy, in association with appropriate empiric antibiotic therapy. In our country, the evolution of the prevalence of the germs involved and their resistance patterns have been scarcely described. The aim of the study was to analyze the bacterial etiology and the antibiotic resistance patterns in ACC. METHODS: We conducted a single-center, retrospective, observational study of consecutive patients diagnosed with ACC between 01/2012 and 09/2019. Patients with a concomitant diagnosis of pancreatitis, cholangitis, postoperative cholecystitis, histology of chronic cholecystitis or carcinoma were excluded. Demographic, clinical, therapeutic and microbiological variables were collected, including preoperative blood cultures, bile and peritoneal fluid cultures. RESULTS: A total of 1104 ACC were identified, and samples were taken from 830 patients: bile in 89%, peritoneal fluid and/or blood cultures in 25%. Half of the bile cultures and less than one-third of the blood and/or peritoneum samples were positive. Escherichia coli (36%), Enterococcus spp (25%), Klebsiella spp (21%), Streptococcus spp (17%), Enterobacter spp (14%) and Citrobacter spp (7%) were isolated. Anaerobes were identified in 7% of patients and Candida spp in 1%. Nearly 37% of patients received inadequate empirical antibiotic therapy. Resistance patterns were scrutinized for each bacterial species. The main causes of inappropriateness were extended-spectrum beta-lactamase-producing bacteria (34%) and Enterococcus spp (45%), especially in patients older than 80 years. CONCLUSIONS: Updated knowledge of microbiology and resistance patterns in our setting is essential to readjust empirical antibiotic therapy and ACC treatment protocols.

El problema de la multi-resistencia en bacilos gram-negativos en las unidades de cuidados intensivos: estrategias de tratamiento y prevención / The problem of multi-resistance in gram-negative bacilli in intensive care units: Treatment and prevention strategies

El aumento global de infecciones causadas por bacilos gram-negativos multi-resistentes (BGN-MR), lo cual incluye a los carbapenemes, supone uno de los grandes retos actuales en materia de sanidad. Esto incluye Enterobacterales productores de β-lactamasas de espectro extendido, productoras de AmpC desreprimida o Enterobacterales productores de carbapenemasas, así como BGN-MR no fermentadores como Pseudomonas aeruginosa o Acinetobacter baumannii. En Pseudomonas aeruginosa predominan otros mecanismos de resistencias diferentes a las β-lactamasas tales como bombas de expulsión o pérdida de porinas. A. baumannii presenta con frecuencia varios de estos mecanismos de resistencia. La mortalidad es elevada especialmente si el tratamiento empírico es inadecuado. En este capítulo se revisan las estrategias de tratamiento haciendo hincapié en las herramientas para identificar los pacientes en los que estaría justificado tratamiento antibiótico empírico para cubrir BGN-MR, la importancia de la optimización de la administración de estos antibióticos, así como las estrategias de prevención para evitar su diseminación desde pacientes colonizados o infectados por un BGN-MR (AU)

The rise of infections caused by multi-resistant gram-negative bacilli (MR-GNB), which includes carbapenems, represents one of the major current challenges worldwide. These MR-GNB include extended spectrum β-lactamase-producing Enterobacterales, derepressed AmpC-producing or carbapenemase-producing Enterobacterales as well as non-fermenting Gram-negative bacilli such as Pseudomonas aeruginosa or Acinetobacter baumannii. P. aeruginosa predominantly exhibits other resistance mechanisms different to β-lactamases such as expulsion pumps or loss of porins. A. baumannii frequently presents several of these resistance mechanisms. Mortality is high especially if empirical treatment is inadequate. In this review, treatment strategies are revised, describing the tools available to identify patients in whom empirical antibiotic treatment would be justified to cover MR-GNB, the importance of optimizing the administration of these antibiotics, as well as prevention strategies to avoid its spread from patients colonized or infected by a MR-GNB (AU)

Evaluation of a lateral flow immunoassay to detectCTX-M extended-spectrum B-lactamases (ESBL)directly from positive blood cultures for its potentialuse in Antimicrobial Stewardship programs / Evaluación de una inmunocromatografía paradetectar beta-lactamasas de espectro extendidoCTX-M directamente de hemocultivos positivospara su potencial uso en programas deoptimización de antibioterapia

Background. Bloodstream infections (BSI) caused by extended-spectrum beta-lactamases Enterobacteriaceae (ESBL-E) are associated with high rates of treatment failure andincreased mortality, especially when appropriate antimicrobialtherapy is delayed. Our aim was to evaluate the anticipationof ESBLs detection and the potential improvement of the timeresponse of the Vitek 2 System (BioMérieux; France).Methods. We compared this lateral flow immunoassaywhen used directly on fluid from positive blood cultures to theVITEK2 AST system. We evaluated 80 isolates, 61 tested directlyon fluid from positive blood cultures and 19 tested on fluidfrom blood cultures spiked with known ESBL positive and negative organisms.Results. The concordance between the CTX-LFIA and thereference method (Vitek 2) had a Cohen´s Kappa coefficient of0.97, indicating a particularly good correlation between bothcompared methods.Conclusion. This lateral flow immunoassay can be morerapid than the Vitek 2 for earlier presumptive identification ofCTX- M ESBLs and can be useful to anticipate results and theadjustment of antimicrobial therapy. (AU)

Antecedentes. Las bacteriemias causadas por Enterobacteriaceae productoras beta-lactamasas de espectro extendido(BLEE) están asociadas con altas tasas de fallo de tratamientoy mortalidad, especialmente cuando se retrasa el tratamientoapropiado. Nuestro objetivo ha sido evaluar la anticipación dela detección de estas BLEE y la potencial mejora en el tiempode respuesta respecto al VITEK2 System (Biomerieux; Francia).Métodos. Se comparó una inmunocromatografía para sudetección con el VITEK2 AST system directamente del hemocultivo. Se evaluaton 80 aislados, 61 evaluados directamentede hemocultivos positivos y 19 de la misma manera pero inoculados con microorganismos productores y no productores deBLEE.Resultados. La concordancia entre la inmunocromatografía y el VITEK2 AST mostró un coeficiente Kappa de 0,97,indicando una buena correlación entre ambas técnicas.Conclusión. Esta inmunocromatografía puede ser másrápida que el VITEK2 para una identificación de BLEE tipo CTXM y puede ser útil para anticipar resultados y ajustar la terapiaantimicrobiana. (AU)

The problem of multi-resistance in gram-negative bacilli in intensive care units: Treatment and prevention strategies.

The rise of infections caused by multi-resistant gram-negative bacilli (MR-GNB), which includes carbapenems, represents one of the major current challenges worldwide. These MR-GNB include extended spectrum ß-lactamase-producing Enterobacterales, derepressed AmpC-producing or carbapenemase-producing Enterobacterales as well as non-fermenting Gram-negative bacilli such as Pseudomonas aeruginosa or Acinetobacter baumannii. P. aeruginosa predominantly exhibits other resistance mechanisms different to ß-lactamases such as expulsion pumps or loss of porins. A. baumannii frequently presents several of these resistance mechanisms. Mortality is high especially if empirical treatment is inadequate. In this review, treatment strategies are revised, describing the tools available to identify patients in whom empirical antibiotic treatment would be justified to cover MR-GNB, the importance of optimizing the administration of these antibiotics, as well as prevention strategies to avoid its spread from patients colonized or infected by a MR-GNB.

Reconstrucción ancestral de una beta-lactamasa y comparativa con sus homólogos actuales / Ancestral reconstruction of a beta-lactamase and comparison with its extant proteins

Las β-lactamasas son proteínas de origen bacteriano que se caracterizan por hidrolizar los antibióticos β-lactámicos, confiriendo resistencia microbiana ante estos. Son una familia heterogénea de proteínas muy relevantes desde el punto de vista sanitario debido a la facilidad que presentan para adquirir resistencia a nuevos fármacos por su alta capacidad de evolución. La evolución in vitro de estas proteínas ha servido, no solo para desarrollar su caracterización y mejorar su conocimiento, sino como una nueva línea de investigación que permite identificar de manera predictiva residuos implicados en la adquisición de resistencia frente antibióticos. Al mismo tiempo, el método de reconstrucción ancestral de proteínas se ha revelado como una herramienta novedosa y útil para comprender la evolución de las β- lactamasas y entender algunas de sus características como es su promiscuidad. En este trabajo, se ha realizado un estudio de β-lactamasas ancestrales reconstruidas a partir de la filogenia de β-lactamasas existentes de clase A. De las cuatro proteínas ancestrales estudiadas, se ha obtenido una que es funcional y se ha comparado su actividad hidrolítica con la de cuatro de sus homólogos actuales frente a ocho fármacos β-lactámicos. Se ha comprobado que esta proteína ancestral tiene una actividad frente a antibióticos más generalista que cualquier de las proteínas actuales estudiadas. Además, la proteína ancestral activa mostró más resistencia frente a uno de los fármacos utilizados que el resto de β-lactamasas existentes. Finalmente se han discutido estos resultados y a partir de ellos se argumenta por qué las secuencias ancestrales reconstruidas pueden ser un punto de partida muy atractivo a la hora de realizar evolución dirigida de proteínas para la obtención de proteínas de interés biotecnológico.(AU)

The β-lactamases are proteins of bacterial origin that are characterized by hydrolyzing antibiotics β-lactams, conferring microbial resistance against them. They are a heterogeneous family of proteins very relevant from a health point of view due to the ease they present to acquire resistance to new drugs due to their high capacity for evolution. The in vitro evolution of these proteins has served not only to develop their characterization and improve their knowledge, but as a new line of research that allows to predictively identify residues involved in the acquisition of antibiotic resistance. At the same time, the method of ancestral protein reconstruction has been revealed as a novel and useful tool to understand the evolution of β-lactamases and understand some of their characteristics such as their promiscuity. In this work, a study of ancestral β-lactamases reconstructed from the phylogeny of existing class A β-lactamases has been carried out. Of the four ancestral proteins studied, one has been obtained that is functional and has compared its hydrolytic activity with that of four of its current counterparts against eight β-lactam drugs. This ancestral protein has been shown to have a more generalistic antibiotic activity than any of the current proteins studied. In addition, the active ancestral protein showed more resistance to one of the drugs used than the rest of β-lactamases existing. Finally these results have been discussed and from them it is argued why reconstructed ancestral sequences can be a very attractive starting point when it comes to direct evolution of proteins for obtaining proteins of biotechnological interest.(AU)

Biliary tract infections and their Microbiological Spectrum- A study from coastal region of Southern India / Infecciones de vías biliares y su espectro microbiologico- Un estudio en región de la costa del sur de la India

Objective: Biliary tract infections include cholangitis and cholecystitis. They are associated with high morbidity and mortality in elderly patients with co-morbid disease. The present study was undertaken to determine the microbial aetiology causing biliary tract infections and also to study their antimicrobial resistance profile. Materials & methods: A retrospective study was conducted from January 2011 to December 2016 at the Enteric Diseases Division, Kasturba Medical College Hospital, Manipal. Patients with biliary tract infections admitted in tertiary referral health care hospital, Manipal were included for the study. Aerobic and anaerobic bacteriological and fungal aetiology of biliary tract infections were recorded along with their antimicrobial resistance profile. Results: Out of 307 bile samples sent for aerobic culture and susceptibly testing 187 (60.91%) were positive for culture, of which Escherichia coli (44.4%) was the predominant aetiology followed by Klebsiella pneumoniae (27.3%). Among the 14 samples sent for anaerobic culture, 5 (35.75%) specimens showed growth, of which Bacteroides fragilis group was found to be the predominant anaerobe. Among the 201 bacterial pathogens tested for their antimicrobial susceptibility, 108 (53.73%) isolates were resistant, out of which 9 were PDR Enterobacteriaceae with 12 ESBL strains. All the Candida species were susceptible to fluconazole with the exception of C. glabrata and C. krusei. All the anaerobic isolates were found to be susceptible to Metronidazole. Conclusions: The high rate of bacterial infection particularly gram-negative bacteria was recorded. It is necessary that antimicrobial therapy be initiated when culture or the clinical conditions reports caution. Routine aerobic and anaerobic culturing of bile samples with biliary tract infections are imperatively necessary. With the emergence of multidrug resistant pathogens and change in the microbiological spectrum of biliary tract infections, there is a need for the empirical antimicrobial therapy in every clinical setting.

Objectivo: Las infecciones del tracto biliar incluyen colangitis y colecistitis. Se asocian a gran mortalidad y morbildiad en pacientes ancianos y con comorbilidad. El presente studio se hizo para detemrianr la etiologia microbiana que produce infecciones biliares y para estudiar su perfil de resistencia antimicrobiana. Materiales & metodos: Se hizo un studio retrospectivo entre los meses de Enero 2011 a Diciembre de 2016 en la "Enteric Diseases Division, Kasturba Medical College Hospital, Manipal" en India. Los pacientes con infección de vías biliares admitidos al centro de atención de tercer nivel se incluyeron en el estudio. Se buscaron bacterias aerobicas y anaerobicas y etiologia fungica y se analizó su perfil de resistencia antibiotica. Resultados: De 307 muestras de bilis enviadas para cultivo aerobico y antibiograma, 187 (60.91%) crecieron en el medio de cultivo, predominando Escherichia coli (44.4%) seguida por Klebsiella pneumoniae (27.3%). Entre las 14 muestras analizadas en medio anaerobio, 5 (35.75%) mostraron crecimiento de Bacteroides fragilis. Entre 201 bacterias probadas por antibiograma, 108 (53.73%) tuvieron perfil de resistencia, de los cuales 9 fueron PDR Enterobacteriaceae con 12 cepas ESBL. Todas las especies de Candida fueron susceptibles al fluconazol con la excepción de C. glabrata y C. krusei. Todos los aislados anaerobios fueron susceptibles al Metronidazol. Conclusiones: Se encontró una alta tasa de infección bacteriana con predominio de gram-negativos. Se hace necesario iniciar terapia antimicrobiana cuando lo sugieren las condiciones clínicas o el resultado del cultivo. El cultivo rutinario de bilis es imperioso. Dado el aumento de patógenos multirresistentes se requiere inicio empírico inmediato

Detección de Betalactamasas de espectro extendido en Enterobacteriaceae en un Centro de Salud de Maracaibo, Venezuela / Detection of Extended-Spectrum ß-lactamase-producing Enterobacteriaceae in a Healthcare Center from Maracaibo city, Venezuela

La alta incidencia de las enfermedades infecciosas y el aumento de la resistencia a los antibióticos se han convertido en la actualidad en un problema de salud pública, siendo las enterobacterias productoras de Betalactamasas de Espectro Extendido (BLEE) un ejemplo de este fenómeno. En el presente estudio se determinó la producción de BLEE en aislados clínicos de la familia Enterobacteriaceae procedentes de una institución de salud de la ciudad de Maracaibo, durante el periodo septiembre de 2014 a febrero de 2015. Para la detección de BLEE se utilizó como método preliminar el de Kirby-Baüer, siguiendo los lineamientos del CLSI; adicionalmente se utilizó como prueba confirmatoria fenotípica el método de sinergia del doble disco y como prueba confirmatoria genotípica la detección de los genes blaCTX-M, blaTEM y blaSHV mediante PCR. Se analizaron 55 enterobacterias productoras de BLEE, distribuidas de la siguiente manera: Escherichia coli 56,36%, Klebsiella pneumoniae 21,82%, Enterobacter cloacae 7,27%, Proteus mirabilis y Serratia marcescens 5,45% para cada especie, por último, Salmonella spp. y Morganella morganii 1,82% respectivamente. En cuanto al tipo de BLEE detectado mediante PCR, se observó que el 83,63% de los aislados presentó el tipo TEM, seguido de CTX-M (23,63%) y SHV (21,81%), mientras que el 27,27% de los aislados produjo dos o tres BLEE de manera simultánea. Los resultados de este estudio confirman la alta diseminación de este mecanismo de resistencia entre las enterobacterias productoras de infecciones en nuestras instituciones públicas de salud, por lo que deben aplicarse medidas de control que permitan controlar y disminuir su incidencia.

The high incidence of the infectious diseases and the antimicrobial resistance arise represent a public health threat today. The extended-spectrum ß-lactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae are an example of this phenomenon. We determined the ESBL-production in Enterobacteriaceae isolates from a Healthcare Center in Maracaibo, during September 2014 to February 2015. The Kirby-Baüer method was perform to preliminary phenotypic detection of ESBL, according to CLSI guidelines. ESBL-production was confirmed by a double-disk synergy test according to the CLSI standards. To genotypic confirmation, the genes blaCTX-M, blaTEM and blaSHV were amplified by PCR. Fifty-five (n=55) strains were analyzed distributed in Escherichia coli (56.36 %), Klebsiella pneumoniae (21.82 %), Enterobacter cloacae (7.27 %), Proteus mirabilis and Serratia marcescens (5.45 % each one), Salmonella spp. and Morganella morganii (1.82 % each one). The major encoded ESBL was the blaTEM gene (83.63 %); followed by 23.63% of the blaCTX-M gene, and 21.81 % encoded the blaSHV gene. 27.27 % of the isolates produced two or three ESBL simultaneously. These results confirmed the high spread of this resistant mechanism among Enterobacteriaceae-producing infections in our public health institutions, therefore control measures should applied to control and reduce its incidence.

Colonización rectal por bacilos gram negativos multirresistentes: importancia de la detección precoz durante la hospitalización / Rectal colonisation by multiresistant gram-negative bacilli: relevance of early detection in the course of hospitalization / Colonização retal por bacilos gram negativos multirresistentes: importância da identificação precoce durante a hospitalização

Las infecciones asociadas con el cuidado de la salud son consideradas un problema epidémico, controlable pero difícilmente erradicable. La detección precoz de pacientes colonizados por microorganismos multirresistentes, a través de cultivos de vigilancia epidemiológica y la implementación de medidas preventivas pueden reducir su incidencia. El objetivo del trabajo fue establecer los momentos adecuados durante la hospitalización para realizar estudios de colonización y decidir los microorganismos a estudiar según el lugar de procedencia del paciente. Se analizaron hisopados rectales de pacientes internados en la Unidad de Terapia Intensiva, obtenidos al ingreso, a las 72 h y al sexto día de internación. Se investigó Acinetobacter spp multirresistente (AMR), enterobacterias productoras de BLEE (EB-BLEE) y de KPC (EB-KPC). Los resultados mostraron 15,2% de pacientes de la comunidad y 16,7% de geriátricos colonizados con EB-BLEE al ingreso. Dicho porcentaje fue mayor (28,6%) en pacientes previamente institucionalizados y, además, 2,6% colonizados con EB-KPC y 3,4% con AMR. Los controles posteriores mostraron porcentajes crecientes de portación con el transcurso de la internación. Por lo tanto, es importante la detección de estos microorganismos al ingreso hospitalario y continuar con vigilancia activa, para poder implementar medidas precoces tendientes a evitar las consecuencias de la rápida transmisión horizontal.

Healthcare associated infections are considered an epidemic problem; manageable but difficult to eradicate. The early detection of patients infected with antimicrobial multiresistant microorganisms by means of epidemiological surveillance cultures and the execution of prophylactic measures, are key to reduce their incidence. The aim of this work was to assess a suitable schedule in the course of hospitalisation to perform colonisation studies and to decide which microorganisms to analyse according to the provenance of the patient. Rectal swabs from patients admitted at the Intensive Care Unit obtained at the time of admission, 72 h and six days later were analysed. Multiresistant Acinetobacter spp.(MRA), ESBL- and KPC- producing Enterobacteriaceae (ESBL-EB and KPC-EB, respectively) were investigated. Results showed that 15.2% of patients without previous hospitalisation and 16.7% of patients coming from geriatric institutions were colonised by ESBL-EB at the moment of admission. This percentage was greater (28.6%) in previously hospitalised patients, of whom 2.6% were found to be colonized by KPC-EB and 3.4% by MRA. Subsequent monitoring showed increasing colonisation percentages with the course of hospitalisation. Therefore, detection of these microorganisms at the time of admission and constant active surveillance are crucial to implement early measures aiming to avoid the consequences of rapid horizontal dissemination.

As infecções relacionadas ao cuidado da saúde são consideradas um problema epidêmico controlável, mas dificilmente erradicável. A identificação precoce em pacientes colonizados por microorganismos multirresistentes, através de culturas de vigilância epidemiológica e a implementação de medidas preventivas, podem diminuir sua incidência. O objetivo do trabalho foi estabelecer os momentos adequados durante a hospitalização para realizar testes de colonização e decidir quais os microorganismos que serão estudados de acordo com o lugar de procedência do paciente. Foram testados Swabs retais de pacientes internados na Unidade de Terapia Intensiva (UTI), coletados ao serem admitidos, nas 72h e no sexto dia de internação. Foram analisados Acinetobacter spp. multirresistente (AMR), enterobactérias produtoras de BLEE (EB-BLEE) e de KPC (EB-KPC). Os resultados mostraram 15.2% de pacientes da comunidade e 16.7% de geriátricos colonizados com EB-BLEE ao serem admitidos. Ese percentual foi maior (28.6%) em pacientes previamente institucionalizados e, além disso, 2.6% colonizados com EB-KPC e 3.4% com AMR. Os controles posteriores mostraram percentuais crescentes de portação com o decorrer da internação. Portanto, é importante a identificação destes microorganismos no momento da admissão hospitalar e continuar com a vigilância ativa, para poder implementar medidas precoces tendentes a evitar as consequências da rápida transmissão horizontal.

Análisis de perfiles plasmídicos de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae productoras de B-lactamasas de espectro extendido aisladas en urocultivos en el Instituto Nacional de Salud del Niño / Analysis of plasmidic profiles of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae producing of B-lactamase of extended-spectrum isolated from urine cultures at the National Institute of Child Health

Introducción: El aumento progresivo de las tasas de resistencia en bacterias uropatógenas, así como su propagación se ha convertido en un gran problema a nivel mundial, cobrando mayor importancia la diseminación de aislamientos resistentes productores de B-lactamasas de espectro extendido, por lo que son útiles la caracterización molecular de plásmidos y otros elementos genéticos de las bacterias para establecer la relación genética que existe entre ellas y tener datos epidemiológicos relevantes que nos puedan sugerir la dirección de propagación de este tipo de resistencia. Objetivo: Describir los perfiles plasmídicos en aislamientos de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae productoras de B-lactamasas de espectro extendido recuperados de urocultivos en el servicio de Microbiología del Instituto Nacional de Salud del Niño (INSN). Diseño: Estudio descriptivo, observacional de corte transversal. Institución: Centro de Investigación de Bioquímica y Nutrición CIBN-UNMSM; Instituto Nacional de Salud del Niño Participantes: Aislamientos de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae durante Noviembre y Diciembre del 2012 en el servicio de Microbiología del Instituto Nacional de Salud del Niño (INSN). Intervenciones: Extracción de ADN plasmídico de E. coli y de K. pneumoniae, detección de perfiles plasmídicos mediante electroforesis en gel de agarosa al 0.8 por ciento y tinción con bromuro de etidio. Principales medidas de resultados: Análisis de los patrones de huella de los perfiles plasmídicos obtenidos usando el programa NTSYSpc 2.1 y el algoritmo de agrupamiento UPGMA. Resultados: En las muestras analizadas se detectaron diferentes patrones electroforéticos obteniéndose de 1 hasta 7 bandas por muestra y en total 15 bandas de distinto tamaño, las cuales variaron desde 1.5 kb hasta más de 20 kb. Teniendo en cuenta los patrones de similitud, los aislamientos estudiados se distribuyeron en diferentes agrupamientos o ramas. Conclusión: La determinación de los...

Background: The progressive increase in resistance rates in uropathogenic bacteria and their spread have become in a significant worldwide public health, becoming more important the spread of resistant isolates producing of extended spectrum B-lactamases, which are useful the molecular characterization of plasmids and other genetic elements of the bacteria to establish the genetic relationship between them, to have relevant epidemiological data that we can suggest the direction of propagation of this type of resistance. Objective: Determine the plasmid profiles in isolates of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae producing of extended spectrum B-lactamases recovered from urine cultures in the service of Microbiology of National Institute of Child Health (NICH). Design: Descriptive, observational cross-sectional study. Institution: Biochemistry and Nutrition Investigation Center CIBN-UNMSM; National Institute of Child Health. Participants: Isolates of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae during November and December of 2012 in the service of Microbiology of National Institute of Child Health. Interventions: Extraction of plasmid DNA from E. coli and K. pneumoniae, detection of plasmid profiles by electrophoresis gel of 0.8 per cent agarose and staining of DNA fragments was carried out using ethidium bromide and they were visualized by UV-Trans illumination, the analysis of fingerprint patterns of plasmid profiles obtained using the NTSYSpc 2.1 program and the UPGMA clustering algorithm. Results: Were detected different electrophoretic patterns in the samples, obtained from 1-7 bands per sample and a total of 15 bands of different sizes, which varied from 1.5 kb to more than 20 kb. Considering the patterns of similarity, the isolates analyzed were distributed into different clusters or branches. Conclusion: The determination of plasmid profiles proved to be a sensitive and reliable technique for the analysis of genetic diversity isolates of E. coli...

Emergence of extended-spectrum ß-lactamase producing Enterobacter spp. in patients with bacteremia in a tertiary hospital in southern Brazil.

BACKGROUND: Extended-spectrum ß-lactamases (ESBLs) are increasingly prevalent in Enterobacter spp., posing a challenge to the treatment of infections caused by this microorganism. The purpose of this retrospective study was to evaluate the prevalence, risk factors, and clinical outcomes of inpatients with bacteremia caused by ESBL and non ESBL-producing Enterobacter spp. in a tertiary hospital over the period 2004-2008. METHODS: The presence of blaCTX-M, blaTEM, blaSHV, and blaPER genes was detected by polymerase chain reaction (PCR) and nucleotide sequence analysis. Genetic similarity between strains was defined by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). RESULTS: Enterobacter spp. was identified in 205 of 4907 of the patients who had positive blood cultures during hospitalization. Of those cases, 41 (20%) were ESBL-producing Enterobacter spp. Nosocomial pneumonia was the main source of bacteremia caused by ESBL-producing Enterobacter spp. The presence of this microorganism was associated with longer hospital stays. The ESBL genes detected were: CTX-M-2 (23), CTX-M-59 (10), CTX-M-15 (1), SHV-12 (5), and PER-2 (2). While Enterobacter aerogenes strains showed mainly a clonal profile, Enterobacter cloacae strains were polyclonal. CONCLUSION: Although no difference in clinical outcomes was observed between patients with infections by ESBL-producing and non-ESBL-producing strains, the detection of ESBL in Enterobacter spp. resulted in the change of antimicrobials in 75% of cases, having important implications in the decision-making regarding adequate antimicrobial therapy.

Enterobacterias productoras de B-lactamasas de espectro extendido en muestras fecales en el Instituto Nacional de Salud del Niño / Enterobacteriaceae producing B-lactamases of spread spectrum in fecal samples at the National Institute of Child Health

Introducción: Las enterobacterias productoras de 13-lactamasas de espectro extendido (BLEE) se han propagado en el ambiente hospitalario y en la comunidad en forma marcada. Existen pocos estudios de investigación realizados en el país para la búsqueda de resistencia antibiótica en las bacterias de la flora intestinal. Objetivos: Identificar la presencia de enterobacterias productoras de BLEE en muestras fecales con solicitud de coprocultivo en el Laboratorio de Microbiología del Instituto Nacional de Salud del Niño. Diseño: Es un estudio observacional, descriptivo, prospectivo Lugar: Instituto Nacional de Salud del Niño. Participantes: Se analizaron 235 muestras de heces con solicitud de coprocultivos procedentes de emergencia y consultorio externo del INSN. Materiales y Métodos: En el estudio se trabajó con las colonias sospechosas de ser enterobacterias productoras de BLEE que desarrollaron en el agar Karmali que contiene 32 ug/mL de cefoperazona, 20 ug/mL de vancomicina y 10 ug/mL de anfotericina B, se realizó su identificación bioquímica por métodos convencionales y la confirmación del fenotipo BLEE mediante el test de sinergia del doble disco (método de Jarlier) con cefotaxima, cettazidima, cefepime y amoxicilina/ácido clavulánico. También se incluyeron los discos de imipenem, meropenem, cefoxitina, amikacina, gentamicina, ácido nalidixico, ciprofloxacina, cloranfenicol y sulfametoxazol/trimetoprim para evaluar su sensibilidad. Además se utilizó la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para detectar el gen de 13-lactamasa de la familia CTX-M. Resultados: Se aislaron 151 enterobacterias productoras de BLEE de las 235 muestras fecales analizadas, representando un 64,2 por ciento (151/235) del total: Escherichia coli 86,1 por ciento (130/151), Klebsiella pneumoniae 7,9 por ciento (12/151), Salmonella sp. 2,6 por ciento (4/151), Enterobactercloacae 2,0 por ciento (3/151) y Proteusmirabilis 1,3 por ciento (2/151). Además el 89,1 por ciento de las...

Colonización del tracto digestivo en niños después de infección por gérmenes productores de betalactamasas de espectro extendido y tratamiento con carbapenems, estudio prospectivo / Gastrointestinal tract colonization in children after infection by extendedspectrum beta-lactamase producing bacteria and treatment with carbapenems: prospective study

Antecedentes. La colonización del tracto digestivo parece ser un factor de riesgo para presentar infección por microorganismos productores de betalactamasas de espectro extendido (BLEE), que puede persistir por un tiempo aún no determinado luego del tratamiento adecuado. Esta condición no ha sido suficientemente estudiada y su conocimiento es pobre. Objetivo. Determinar la persistencia de bacterias productoras de BLEE en el tracto digestivo después de un tratamiento antibiótico racional. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio prospectivo y descriptivo. En un periodo de 12 meses, se incluyeron todos los pacientes que habían presentado un cultivo positivo en cualquier muestra para Eschericia coli o Klebsiella pneumoniae productores de BLEE y que, además, habían recibido tratamiento con meropenem. Se tomaron coprocultivos de seguimiento a los 7, 14 y 30 días de iniciado el antibiótico. Resultados. De 80 pacientes con cultivo positivo para gérmenes BLEE, 47 tuvieron tratamiento con meropenem. De ellos, 10 (21,3 %) fueron positivos en coprocultivo a los siete días de iniciado el tratamiento, 4 (8,5 %) a los 14 días y ninguno a las cuatro semanas después del tratamiento. El germen más frecuente fue K. pneumoniae (60 %). Conclusiones. El tracto digestivo de los niños se comporta como un reservorio transitorio de gérmenes BLEE, y puede ser el foco de infección y contaminación para el personal asistencial y otros pacientes durante un periodo crítico de, al menos, dos semanas. La tasa de erradicación de la colonización al mes de tratamiento con meropenem, fue de 100 %.

Introduction: Gastrointestinal tract colonization seems to be a risk factor for acquiring an infection by extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) producing bacteria. Time colonization has not been established yet, this condition has not been analyzed enough, and evidence is poor. Objective: The aim of this study was to determine the incidence of gastrointestinal tract colonization after an antibiotic therapy. Patients and methods: This was a one-year prospective descriptive study of patients who had cultures with ESBL-producing enterobacteriaceae (Klebsiella pneumonia or Escherichia coli) and received treatment with meropenem. In order to detect potential reservoirs for ESBL producing bacteria, stool cultures were done on days 7, 14 and 30 after initiating the antibiotic treatment. Results: During the study period, we included 80 cases, of which 47 received meropenem, and stool cultures were performed in these cases. There was gastrointestinal tract colonization by ESBL-producing bacteria in 21.3% (10) on day 7 of treatment, 8.5% (4) on day 14, and none on day 30. K. pneumonia, being the most frequent, was found in 60% of cultures. Conclusions: The gastrointestinal tract in children acts as a temporary reservoir for ESBL-producing bacteria and could be an infection and contamination source to medical staff and other patients during a critical period of at least two weeks. 100% of gastrointestinal tract colonization was eradicated after treatment with meropenem.

Molecular detection and epidemiology of Extended-Spectrum beta-lactamase genes prevalent in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae and E coli from Trinidad and Tobago / Detección molecular y epidemiología de genes de beta-lactamasas de Espectro extendido prevalecientes en los aislados clínicos de Klebsiella pneumoniae y E coli en Trinidad y Tobago

OBJECTIVE: The epidemiology of Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) producing E coli and K pneumoniae is complex and varies among hospitals and countries. This study aimed at describing the molecular detection and epidemiology of ESBL subtypes prevalent in clinical isolates of K pneumonia and E coli in Trinidad and Tobago. METHODS: Over 36-months, isolates of E coli and K pneumoniae from clinical specimens of patients processed at a regional tertiary hospital in the country were identified using standard microbiological methods. MicroScan System (Siemens, USA) was used to determine MIC values while E-test (AB Biodisk, Sweden) assays phenotypically confirmed ESBL production. K pneumoniae (n= 65) and E coli (n = 25) isolates confirmed as ESBL producers were further subjected to multiplex PCR and PFGE tests to determine the ESBL subtypes and clonal relatedness. RESULTS: Female patients (67.8%) and urine samples (65%) yielded most ESBL isolates, with over 90% recovered from the hospital s medicine and surgery facilities. All ESBL isolates including all K pneumoniae producing ESBLs were 100% susceptible to carbapenems and amikacin antimicrobials. Polymerase Chain Reaction detected 100% blaTEM genes, 4.1% blaSHV and 37.5% bla cTX-M genes among E coli isolates. Similarly, 84.3% blaTEM, 34.5% blaSHv and 58.8% bla cTX-M genes were detected in K pneumoniae. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) results showed diverse and unrelated clones. CONCLUSIONS: In this the first report of molecular characterization and epidemiology of ESBL subtypes in E coli and K pneumoniae isolates in Trinidad and Tobago, the CTX-M, mainly phylogenetically group 1 type, was most predominant. Most ESBL isolates were still susceptible to carbapenems and aminoglycosides and their spread appears to be polyclonal and clonally unrelated.

OBJETIVO: La epidemiología de E coli y K pneumoniae productores de beta-lactamasas de espectro extendido (BLEE) es compleja y varía de un hospital o país a otro. Este estudio tiene por objeto describir la detección molecular y la epidemiología de los subtipos de BLEE prevalecientes en aislados clínicos de K pneumonia y E coli en Trinidad y Tobago. MÉTODOS: Por más de 36-meses, se identificaron aislados de E coli y K pneumoniae a partir de especímenes clínicos de pacientes procesados en el hospital universitario regional del país, utilizando métodos microbiológicos estándar. Se utilizó el sistema MicroScan (Siemens, USA) para determinar los valores MIC, en tanto que la prueba del epsilómetro o E-test (biodisco AB, Suecia) confirmó fenotípicamente la producción de BLEE. Los aislados de K pneumoniae (n = 65) y E coli (n = 25) confirmados como productores de BLEE, fueron posteriormente sometidos a pruebas PCR multiplex y PFGE con el propósito de determinar los subtipos BLEE y la relación clonal. RESULTADOS: Las pacientes (67.8%) y las muestras de orinas (65%) arrojaron el mayor número de aislados de BLEE, siendo más del 90% tomados de las instalaciones de medicina y cirugía del hospital. Todos los aislados de BLEE, incluyendo todas las K pneumoniae productoras de BLEE resultaron 100% susceptibles a los agentes antimicrobianos carbapenem y amikacina. La reacción en cadena de la polimerasa detectó 100% de genes blaTEM, 4.1% de genes blaSHV y 37.5% de genes blaCTX-M entre los aislados de E coli. De manera similar, 84.3% de genes blaTEM, 34.5% blaSHV y 58.8% blaCTX-M fueron detectados en K pneumoniae. Los resultados de la electroforesis en gel de campos pulsados (PFGE) mostraron clones diversos y no relacionados. CONCLUSIONES: En este primer reporte de caracterización molecular y epidemiología de subtipos de BLEE en aislados de E coli y K pneumoniae en Trinidad y Tobago, el tipo principalmente filogenéticamente CTX-M grupo 1 fue el de mayor prevalencia. La mayoría de los aislados de BLEE eran todavía susceptibles a los carbapenems y los aminoglucósidos, y su extensión parece ser policlonal y no hallarse clonalmente relacionada.

Identificación por PCR-SSCP de genes de cefotaximasas en aislamientos hospitalarios de Enterobacteriaceae / Identification of genes for cefotaximases in hospital isolates of Enterobacteriaceae by PCR-SSCP

Las cefotaximasas (CTX-M) son las beta-lactamasas de espectro extendido más ampliamente diseminadas entre especies de la familia Enterobacteriaceae, y son la causa principal de resistencia en aislamientos causantes de infección intrahospitalaria. El objetivo del presente trabajo fue identificar variantes de cefotaximasas del grupo CTX-M-1 mediante el análisis del polimorfismo conformacional de cadena sencilla (SSCP) de frag-mentos de restricción provenientes de los productos de la amplificación por PCR de los genes blaCTX-M. Con el procedimiento PCR-SSCP estandarizado, en este trabajo se analizaron 49 aislamientos de enterobacterias recolectados en 8 hospitales de Bogotá, D.C., adscritos a la Secretaría Distrital de Salud. Se detectaron las variantes CTX-M-12, CTX-M-15, CTX-M-12a, y CTX-M-1 y una nueva variante denominada CTX-M-60. Todas las variantes fueron detectadas tanto en aislamientos intrahospitalarios como de la comunidad, lo que indica posible movilidad de estos genes desde y hacia los centros hospitalarios. Esta publicación constituye el primer reporte en Colombia de la variante CTXM-12a y la nueva variante evolutiva CTX-M-60.

CTX-M cefotaximases are the most widely distributed extended-spectrum beta-lactamases among Enterobacteriaceae and they are an important cause of microbial resistance in nosocomial infection-causing isolates. The object of this work was to identify group 1 CTX-M cefotaximase variants from PCR amplified blaCTX-M genes by single-stranded conformational polymorphism of restriction fragments (RF-SSCP). We analysed 49 Enterobacteria isolates using the RF-SSCP procedure standardised in this work; isolates were collected from eight hospitals attached to the Bogota Health Secretariat (Secretaría Distrital de Salud). CTX-M-12, CTX-M-15, CTX-M-12a and CTX-M-1 variants were detected as well as a new one, designated CTX-M-60. All variants were detected in hospital and community isolates thereby indicating these genes’ possible high mobility from and towards hospital centres. This study represents the first report in Colombia of CTXM-12a and of the new evolutionary variant: CTX-M-60.