Leveraging big data of immune checkpoint blockade response identifies novel potential targets.

BACKGROUND: The development of immune checkpoint blockade (ICB) has changed the way we treat various cancers. While ICB produces durable survival benefits in a number of malignancies, a large proportion of treated patients do not derive clinical benefit. Recent clinical profiling studies have shed light on molecular features and mechanisms that modulate response to ICB. Nevertheless, none of these identified molecular features were investigated in large enough cohorts to be of clinical value. MATERIALS AND METHODS: Literature review was carried out to identify relevant studies including clinical dataset of patients treated with ICB [anti-programmed cell death protein 1 (PD-1)/programmed death-ligand 1 (PD-L1), anti-cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 (CTLA-4) or the combination] and available sequencing data. Tumor mutational burden (TMB) and 37 previously reported gene expression (GE) signatures were computed with respect to the original publication. Biomarker association with ICB response (IR) and survival (progression-free survival/overall survival) was investigated separately within each study and combined together for meta-analysis. RESULTS: We carried out a comparative meta-analysis of genomic and transcriptomic biomarkers of IRs in over 3600 patients across 12 tumor types and implemented an open-source web application (predictIO.ca) for exploration. TMB and 21/37 gene signatures were predictive of IRs across tumor types. We next developed a de novo GE signature (PredictIO) from our pan-cancer analysis and demonstrated its superior predictive value over other biomarkers. To identify novel targets, we computed the T-cell dysfunction score for each gene within PredictIO and their ability to predict dual PD-1/CTLA-4 blockade in mice. Two genes, F2RL1 (encoding protease-activated receptor-2) and RBFOX2 (encoding RNA-binding motif protein 9), were concurrently associated with worse ICB clinical outcomes, T-cell dysfunction in ICB-naive patients and resistance to dual PD-1/CTLA-4 blockade in preclinical models. CONCLUSION: Our study highlights the potential of large-scale meta-analyses in identifying novel biomarkers and potential therapeutic targets for cancer immunotherapy.

Risdiplam para o tratamento de atrofia muscular espinhal (AME) tipo I / Risdiplam for or treatment of muscle atrophy spinal (SMA) type I

INTRODUÇÃO: A atrofia muscular espinhal (AME) é uma desordem genética caracterizada pela degeneração de neurônios motores na medula espinhal e tronco encefálico, o que resulta em fraqueza muscular progressiva e atrofia. Em sua forma mais comum, a AME é decorrente de mutações nas cópias do gene SMN1 localizado no cromossomo 5 (forma 5q). A AME tipo I, forma mais grave da doença, corresponde a aproximadamente 58% dos casos de AME 5q incidentes e sua manifestação clínica costuma aparecer antes dos seis meses de idade. Trata-se de uma condição extremamente grave, sendo que crianças diagnosticadas com AME tipo I raramente sobrevivem além dos primeiros anos após o nascimento se a ventilação invasiva não for implementada. O principal alvo das terapias direcionadas ao tratamento da AME é aumentar a presença da proteína SMN regular, seja por expressão exógena do SMN1 ou pela regulação positiva da produção por meio do gene SMN2 (cópia quase idêntica ao SMN1). Em sua versão vigente, o Protocolo Clínico e Diretrizes Terapêuticas (PCDT) da Atrofia Muscular Espinhal 5q Tipo I recomenda o uso do medicamento nusinersena, um oligonucleotídeo que atua permitindo a produção correta da proteína SMN pelo gene SMN2. O risdiplam é um medicamento de administração oral que promove o aumento da síntese da proteína SMN funcional semelhante ao nusinersena. TECNOLOGIA: risdiplam (Evrysdi®). PERGUNTA: O uso de risdiplam é eficaz, seguro e custo-efetivo em pacientes com atrofia muscular espinhal tipo I quando comparado ao tratamento de suporte ou a tratamentos ativos atualmente disponíveis no SUS? EVIDÊNCIAS CLÍNICAS: As evidências disponíveis de efetividade do risdiplam no tratamento de AME tipo I são provenientes do estudo clínico FIREFISH, incluindo crianças com idades de 1 a 7 meses diagnosticadas com AME Tipo I e presença de duas cópias do gene SMN2. O estudo foi organizado em duas Partes, a Parte 1 teve o objetivo de avaliar a segurança, farmacocinética e farmacodinâmica em diferentes regimes de dose de risdiplam. Neste primeiro momento, o estudo incluiu 4 crianças em um regime de dose de 0,08 mg/kg por pelo menos 12 meses e 17 crianças em um regime de dose mais alta de 0,2 mg/kg para crianças abaixo 2 anos de idade. A parte 2 do estudo (em andamento) teve como objetivo avaliar a eficácia do tratamento por um seguimento de até 24 meses. Essa parte incluiu 41 crianças e teve como desfecho primário a capacidade de se sentar sem apoio por pelo menos 5 segundos após 12 meses de tratamento. Na Parte 1, 90,5% (IC95%: 71,9 a 98,4; n = 19/21) dos pacientes estavam livres de evento (morte ou ventilação permanente), estimativa sustentada em 82,3% (IC95%: 59,1 a 95,3; n = 14/17) ao final de 24 meses. Na Parte 2, após 12 meses, 85% (IC95%: 70 a 93; n = 35/41) dos pacientes tratados permaneceram vivos ou sem necessidade de ventilação permanente. No desfecho de sobrevida livre de evento em aproximadamente 12 meses, observaram-se os valores: 61,3% (IC95%: 50,2 a 71,4; n = 49/80) em pacientes tratados com nusinersena; 31,7% (IC95%: 18,9 a 47,0; n = 13/41) em pacientes tratados com injeções sham (placebo) e 26% (IC95%: 8 a 44; n = 6/23) em uma coorte histórica sem tratamento farmacológico específico. Em relação aos desfechos motores, 56% (IC95%: 40 a 72; n = 23/41) atingiram uma pontuação ≥40 na escala CHOP-INTEND; 90% (IC95%: 77 a 97; n = 37/41) e 29% (IC95%: 16 a 46; n = 12/41) foram capazes de se sentar sem apoio por pelo menos 5 segundos. Ao final de 24 meses (Parte 1), 58,8% (IC95%: 35 a 80; n = 10/17 das crianças conseguiam se sentar sem apoio por pelo menos 5 segundos. O tratamento teve um perfil favorável de segurança, tendo como principais eventos graves: pneumonia, 32% (n = 13); bronquiolite, 5% (n = 2); hipotonia, 5% (n = 2) e insuficiência respiratória, 5% (n = 2). Nenhum evento adverso que levasse à descontinuação do tratamento. Os desfechos tiveram a certeza da evidência julgada como baixa no desfecho crítico de efetividade e moderada no desfecho crítico de segurança. AVALIAÇÃO ECONÔMICA: Foi apresentado um modelo para análise de decisão baseado em coorte simulada de Markov para um caso-base de pacientes com AME tipo I e idade de 3 meses para estimar a custo-utilidade incremental entre risdiplam, nusinersena e tratamento de suporte exclusivo. A perspectiva de análise foi a do SUS com ciclos mensais em um horizonte temporal de 10 anos com taxa de desconto de 5%. No preço proposto de risdiplam de R$25.370,00 por unidade de 60mg que pressupõem isenção de imposto, o resultado foi uma dominância estendida sobre o nusinersena (R$159.000,00 por unidade de 12mg). A razão de custo-efetividade incremental (RCEI) entre o risdiplam e o tratamento de suporte exclusivo após a exclusão do nusinersena foi de R$5.094.220,37/QALY. Algumas limitações importantes foram a incoerência entre os dados de utilidade e os estados de transição do modelo, e a mudança de resultado ao desconsiderar a desoneração de preço. ANÁLISE DE IMPACTO ORÇAMENTÁRIO: O estudo considerou a incidência, a prevalência prévia e a prevalência nova (produzida pela incidência do ano anterior) num horizonte de 5 anos com market share que variou para o nusinersena e o risdiplam de maneira complementar de 20% a 45% ao longo dos anos e considerou no último ano que 10% utilizariam cuidado de suporte. O resultado foi uma economia de R$262.395.692,94 nos primeiro 5 anos. Em todos os anos o cenário de economia se manteve, resultado que existiria até o sétimo ano da incorporação. A partir do oitavo ano com o aumento da prevalência de pacientes utilizando a dose máxima de risdiplam dado o aumento de peso, o cenário passa a um impacto de R$14 milhões. MONITORAMENTO DO HORIZONTE TECNOLÓGICO: Foi detectada uma tecnologia, onasemnogene abeparvovec, que é um medicamento de terapia gênica que expressa a proteína do SMN. É constituído por um vetor viral recombinante não replicante modificado para conter o cDNA do gene SMN1 humano. Possui registro na Anvisa, FDA (Estados Unidos) e EMA (União Europeia) para o tratamento de AME em pacientes com idade inferior a dois anos. CONSIDERAÇÕES FINAIS: Os desfechos tiveram a certeza da evidência julgada como baixa no desfecho crítico de efetividade e moderada no desfecho crítico de segurança, sendo os principais motivos de rebaixamento do nível de certeza o fato de que os dados foram provenientes de um único ensaio clínico não randomizado, sem grupo controle e de pequeno tamanho amostral. A RCEI resultante é elevada calculada em R$5.094.220,37/QALY e condizente com o cenário de doenças raras. O impacto orçamentário nos primeiros 5 anos mostrou um resultado de economia para o SUS, cenário que se subverte a partir do oitavo ano. PERSPECTIVA DO PACIENTE: A chamada pública de número 41/2021 foi aberta de 23/06/2021 a 07/07/2021 e uma pessoa se inscreveu. A indicação da representante titular para fazer o relato da experiência foi feita a partir da concordância da única pessoa inscrita em participar. No relato, a participante descreveu a experiência de dois anos de uso de nusinersena por parte do seu filho, que é paciente com AME tipo I. Ela ressaltou como ele teve ganhos significativos quando passou a usar o medicamento. Destacou ainda a questão do acesso ao tratamento para a obtenção de melhorias na qualidade de vida e a importância de se ter mais de uma alternativa terapêutica disponível para o tratamento da AME no SUS. RECOMENDAÇÃO PRELIMINAR DA CONITEC: Diante do exposto, os membros do Plenário da Conitec presentes em sua 102ª reunião ordinária, no dia 06 de outubro de 2021, deliberaram que a matéria fosse disponibilizada em consulta pública com recomendação preliminar favorável à incorporação no SUS do risdiplam para o tratamento da AME tipo I. O Plenário pontuou o fato da evidência de baixa qualidade ser inerente às doenças raras, e que novos dados de qualidade superior provavelmente não surgirão. A magnitude da evidência apresentada foi bastante favorável ao risdiplam, mostrando uma modificação do curso da doença. A análise de impacto orçamentário que mostrou uma economia nos primeiros sete anos de incorporação, também foi um fator decisivo para a recomendação emitida. A matéria foi disponibilizada em consulta pública. CONSULTA PÚBLICA: Foi realizada entre os dias 22/11/2021 e 13/12/2021. Foram recebidas 513 contribuições, sendo 79 pelo formulário para contribuições técnico-científicas e 434 pelo formulário para contribuições sobre experiência ou opinião de pacientes, familiares, amigos ou cuidadores de pacientes, profissionais de saúde ou pessoas interessadas no tema. Após apreciação o Plenário entendeu que não houve argumentação suficiente para mudança de entendimento acerca de sua recomendação preliminar. RECOMENDAÇÃO FINAL DA CONITEC: Pelo exposto, os membros da Conitec, em sua 105ª Reunião Ordinária, no dia 10 de fevereiro de 2022, deliberaram por unanimidade recomendar a incorporação ao SUS do risdiplam para tratamento de pacientes diagnosticados com Atrofia Muscular Espinhal do tipo I. Não foram apresentadas novas evidências ou argumentação que modificassem a recomendação preliminar da Comissão, que considerou como justificativa à recomendação a comodidade posológica da tecnologia, os ganhos em efetividade e a possibilidade de economia de recursos para o SUS num horizonte aceitável. Foi assinado o Registro de Deliberação nº 705/2022. DECISÃO: Incorporar o risdiplam para o tratamento de Atrofia Muscular Espinhal (AME) tipo I, no âmbito do Sistema Único de Saúde ­ SUS, conforme a Portaria nº 19, publicada no Diário Oficial da União nº 49, seção 1, página 95, em 14 de março de 2022.

Risdiplam para o tratamento de atrofia muscular espinhal (AME) tipo II e III / Risdiplam for or treatment of muscle atrophy spinhal (AME) type II and III

INTRODUÇÃO: A atrofia muscular espinhal (AME) é uma desordem genética caracterizada pela degeneração de neurônios motores na medula espinhal e tronco encefálico, o que resulta em fraqueza muscular progressiva e atrofia. Em sua forma mais comum, a AME é decorrente de mutações nas cópias do gene SMN1 localizado no cromossomo 5 (forma 5q). O gene SMN1 produz 100% da proteína de sobrevivência do neurônio motor (do inglês, survival motor neuron ­ SMN). Na ocasião de produções menores da proteína SMN regular, devido a mutações no gene SMN1, observa-se a degeneração e morte dos neurônios motores, o que resulta em atrofia muscular progressiva e afeta a expectativa e qualidade de vida dos indivíduos acometidos. A AME tipo I, forma mais grave da doença, corresponde a aproximadamente 58% dos casos de AME 5q incidentes e sua manifestação clínica costuma aparecer antes dos seis meses de idade. Em relação ao tipo II e III, seu início é tardio, na infância. Nesses subtipos, o alcance de marcos motores é bem distinto, sendo que o tipo II apresenta pior função motora com comprometimento importante e progressivo, onde os pacientes com melhor desenvolvimento conseguem ficar em pé quando apoiados, mas não adquirem a habilidade de an

The splicing factor DHX38/PRP16 is required for ovarian clear cell carcinoma tumorigenesis, as revealed by a CRISPR-Cas9 screen.

Certain cancers, such as ovarian clear cell carcinoma (OCCC), display high levels of genetic variation between patients, making it difficult to develop effective therapies. In order to identify novel genes critical to OCCC growth, we carried out a comprehensive CRISPR-Cas9 knockout screen against cell growth using an OCCC cell line and a normal ovarian surface epithelium cell line. We identified the gene encoding DHX38/PRP16, an ATP-dependent RNA helicase involved in splicing, as critical for the growth and tumorigenesis of OCCC. DHX38/PRP16 knockdown in OCCC cells, but not normal cells, induces apoptosis and impairs OCCC tumorigenesis in a mouse model. Our results suggest that DHX38/PRP16 may play a role in OCCC tumorigenesis and could potentially be a promising therapeutic target.

Interrelationship between miRNA and splicing factors in pancreatic ductal adenocarcinoma.

Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is one of the most lethal cancers because of diagnosis at late stage and inherent/acquired chemoresistance. Recent advances in genomic profiling and biology of this disease have not yet been translated to a relevant improvement in terms of disease management and patient's survival. However, new possibilities for treatment may emerge from studies on key epigenetic factors. Deregulation of microRNA (miRNA) dependent gene expression and mRNA splicing are epigenetic processes that modulate the protein repertoire at the transcriptional level. These processes affect all aspects of PDAC pathogenesis and have great potential to unravel new therapeutic targets and/or biomarkers. Remarkably, several studies showed that they actually interact with each other in influencing PDAC progression. Some splicing factors directly interact with specific miRNAs and either facilitate or inhibit their expression, such as Rbfox2, which cleaves the well-known oncogenic miRNA miR-21. Conversely, miR-15a-5p and miR-25-3p significantly downregulate the splicing factor hnRNPA1 which acts also as a tumour suppressor gene and is involved in processing of miR-18a, which in turn, is a negative regulator of KRAS expression. Therefore, this review describes the interaction between splicing and miRNA, as well as bioinformatic tools to explore the effect of splicing modulation towards miRNA profiles, in order to exploit this interplay for the development of innovative treatments. Targeting aberrant splicing and deregulated miRNA, alone or in combination, may hopefully provide novel therapeutic approaches to fight the complex biology and the common treatment recalcitrance of PDAC.

Molecular Pathways: Understanding and Targeting Mutant Spliceosomal Proteins.

Splicing of precursor messenger RNA is a critical step in regulating gene expression, and major advances are being made in understanding the composition and structure of the enzymatic complex that performs splicing, which is termed the "spliceosome." In parallel, there has been increased appreciation for diverse mechanisms by which alterations in splicing contribute to cancer pathogenesis. Key among these include change-of-function mutations in genes encoding spliceosomal proteins. Such mutations are among the most common genetic alterations in myeloid and lymphoid leukemias, making efforts to therapeutically target cells bearing these mutations critical. To this end, recent studies have clarified that pharmacologic modulation of splicing may be preferentially lethal for cells bearing spliceosomal mutations and may also have a role in the therapy of MYC-driven cancers. This has culminated in the initiation of a clinical trial of a novel oral spliceosome modulatory compound targeting the SF3B complex, and several novel alternative approaches to target splicing are in development as reviewed here. There is now, therefore, a great need to understand the mechanistic basis of altered spliceosomal function in cancers and to study the effects of spliceosomal modulatory compounds in preclinical settings and in well-designed clinical trials. Clin Cancer Res; 23(2); 336-41. ©2016 AACR.