Whole genome sequence analysis of the first reported isolate of Salmonella Agona carrying blaCTX-M-55 gene in Brazil

This study analyzes the genomic findings of the first report of Salmonella isolate carrying the blaCTX-M-55 gene, recovered from a bacteremic patient from Brazil. A bacterial isolate positive for the blaCTX-M-55 gene was submitted to antimicrobial susceptibility testing by disk diffusion and epsilometric test. Whole genome sequencing was performed using Illumina technology. Conjugation assay was performed; plasmid sizes determined by S1-PFGE and plasmid content were investigated by hybrid assembly after MinION long reads sequencing. Isolate 288_18 was identified as sequence type ST13, resistant to ampicillin, cefotaxime, ceftazidime, cefepime, ceftriaxone, and aztreonam. A transferable IncFII plasmid sized approximately 67 kb was found to carry the blaTEM-1 and blaCTX-M-55 in a module consisting of IS26-blaTEM-1B-WbuC-blaCTX-M-55-IS26. In addition, an 117 kb IncI1plasmid was also identified in the 288_18 isolate, but without additional resistance genes. To the best of our knowledge, this is the first report of blaCTX-M-55 in Salmonella isolated from human infection in Brazil. The occurrence of blaCTX-M-55 in the IncFII epidemic plasmid in a relevant clinical human isolate of Salmonella Agona underscores the urgent need for enhanced and effective continuous surveillance for controlling its dissemination.

Salmonella enterica serotypes from human and nonhuman sources in Sao Paulo State, Brazil, 2004-2020.

Salmonellosis ranks among the most frequently reported zoonosis worldwide and is often associated with foodborne outbreaks. Since the 1950s, the distribution of Salmonella serotypes in Sao Paulo State, Brazil, has been documented and periodically reported. In this study, we updated the data on the distribution of Salmonella serotypes received in our reference laboratory, isolated from human infections and nonhuman sources, from 2004 to 2020. In that period, a total of 9,014 Salmonella isolates were analyzed, of which 3,553 (39.4%) were recovered from human samples, mainly of stool (65%) and blood (25.6%), and 5,461 (60.6%) were isolated from nonhuman origins, such as animals (47.2%), food (27.7%) and animal environments (18.6%). In human isolates, a total of 104 serotypes were identified and the most frequent ones were Enteritidis, Typhimurium, S . I. 4,[5],12:i:-, Dublin and Typhi. A consistent reduction of the Enteritidis proportion was observed over the years. Among the 156 serotypes identified in isolates with nonhuman origins, Enteritidis, Mbandaka, Typhimurium, Agona and Anatum were ranked as the top five Salmonella serotypes; in more recent years, S . Heidelberg has increased in frequency. Although with different proportions, the top 10 prevalent serotypes were identified in both human and nonhuman origins, underscoring the role of animals, food products and environment as reservoirs of Salmonella with potential to cause human salmonellosis.

Salmonella enterica serotypes from human and nonhuman sources in Sao Paulo State, Brazil, 2004-2020

ABSTRACT Salmonellosis ranks among the most frequently reported zoonosis worldwide and is often associated with foodborne outbreaks. Since the 1950s, the distribution of Salmonella serotypes in Sao Paulo State, Brazil, has been documented and periodically reported. In this study, we updated the data on the distribution of Salmonella serotypes received in our reference laboratory, isolated from human infections and nonhuman sources, from 2004 to 2020. In that period, a total of 9,014 Salmonella isolates were analyzed, of which 3,553 (39.4%) were recovered from human samples, mainly of stool (65%) and blood (25.6%), and 5,461 (60.6%) were isolated from nonhuman origins, such as animals (47.2%), food (27.7%) and animal environments (18.6%). In human isolates, a total of 104 serotypes were identified and the most frequent ones were Enteritidis, Typhimurium, S . I. 4,[5],12:i:-, Dublin and Typhi. A consistent reduction of the Enteritidis proportion was observed over the years. Among the 156 serotypes identified in isolates with nonhuman origins, Enteritidis, Mbandaka, Typhimurium, Agona and Anatum were ranked as the top five Salmonella serotypes; in more recent years, S . Heidelberg has increased in frequency. Although with different proportions, the top 10 prevalent serotypes were identified in both human and nonhuman origins, underscoring the role of animals, food products and environment as reservoirs of Salmonella with potential to cause human salmonellosis.

Subtyping of plasmid-mediated quinolone resistance among Salmonella serotypes by whole genome sequencing

Most known plasmids are identified by conferring virulence or antimicrobial resistance phenotypes and such characteristics aid in the success of the dispersion of different plasmid types between bacteria from different sources. This study aimed to perform the subtyping of the plasmid-mediated quinolone resistance, detected in Salmonella spp. A total of 34 Salmonella strains non-susceptible to ciprofloxacin were evaluated. Strains were selected based on the presence of PMQR determined by Polymerase Chain Reaction and further submitted to Next Generation Sequencing. Most of the strains presented the qnrB19 in small ColE-like plasmids and qnrB2 gene associated with IncN/ST5 plasmids also detected. Our results indicated the co-occurrence of PMQR and ESBLs in plasmids that are a lineage of epidemic plasmids circulating in Salmonella in which additional resistances were detected, highlighting the potential threat of resistance Salmonella to public health, particularly in infections in which antimicrobial therapy is needed.

Rendimento da cultura de escarro na comparação de um sistema de diagnóstico automatizado com o meio de Lowenstein-Jensen para o diagnóstico da tuberculose pulmonar / Sputum culture yield: comparing an automated diagnostic system to Lõwenstein-Jensen medium in the diagnosis of pulmonary tuberculosis

INTRODUÇÃO: A tuberculose permanece um problema de saúde pública mundial. OBJETIVO: Avaliar um sistema de diagnóstico automatizado de tuberculose, comparando-o com baciloscopia e cultura em meio de Lowenstein-Jensen. MÉTODO: Estudo comparativo entre os resultados obtidos no sistema automatizado, baciloscopia do escarro e em meio de Lowenstein-Jensen, em 844 amostras de escarro de setembro a dezembro de 1999, em centro de referência para tuberculose em São Paulo (SP). RESULTADOS: Das 844 amostras, 27,1 por cento mostraram-se positivas para bacilo álcool-acidorresistente e 72,9 por cento negativas. Nos cultivos em Lowenstein-Jensen, 34,7 por cento foram positivas e 63 por cento negativas; no sistema automatizado, 37,1 por cento foram positivas e 56,9 por cento negativas. Observou-se sensibilidade de 98,1 por cento e 91.9 por cento no sistema automatizado e no Lowenstein-Jensen, respectivamente. A especificidade e o valor preditivo positivo foram de 100 por cento nos dois métodos. O valor preditivo negativo foi de 98,9 por cento no sistema automatizado e de 95,5 por cento no Lowenstein-Jensen. A acurácia foi de 99,3 por cento no sistema automatizado e 97 por cento no Lowenstein-Jensen e o Kappa de 0,99 no sistema automatizado e 0,94 no Lowenstein-Jensen. O tempo médio de detecção das micobactérias no sistema automatizado (10,5 dias) apresentou diferença estatística significativa quando comparado com o método de Lowenstein-Jensen (34,7 dias). CONCLUSÃO: O rendimento da cultura com o sistema automatizado apresentou diferença estatística significativa quando comparado com o meio de Lowenstein-Jensen. O tempo médio de detecção das micobactérias foi significativamente reduzido no sistema automatizado. O rendimento do sistema automatizado justifica sua utilização em unidade de referência ambulatorial para a tuberculose em São Paulo.

Aspectos epidemiológicos da tuberculose multirresistente em serviço de referência na cidade de São Paulo / Epidemiological features of multidrug-resistant tuberculosis in a reference service in São Paulo city

Com o objetivo de estudar algumas características epidemiológicas dos portadores de tuberculose pulmonar multirresistente e suas influências sobre o controle e o tratamento, foi avaliada uma coorte de 4 anos de pacientes selecionados pela recuperaçäo do Mycobacterium tuberculosis no escarro, resistência à rifampicina, isoniazida e mais uma terceira droga usual ou falência do esquema de reserva, matriculados em uma referência na cidade de São Paulo. As variáveis estudadas foram: sexo e idade, tipo de multirresistência, contágio, condições associadas, perfil de resistência às drogas usuais e distribuiçäo das lesöes na radiologia convencional. Revistos 182 pacientes, 112 (61,5 por cento) masculinos, com idade variando entre 16 e 64 anos (35,7±6,8). Com base na história terapêutica foram discriminados os seguintes tipos: MR-primária (com teste de sensibilidade inicial), 11 (6 por cento), MR-pós-primária (irregularidade no tratamento anterior), 134 (74 por cento) e MR-indeterminada (falência após uso regular informado dos esquemas usuais), 37 (20 por cento). Contágio presente em 41 de 170 pacientes, predominando o intradomiciliar sobre o institucional. Identificados 4 surtos familiares e nenhum institucional. O abandono (45 por cento) foi a mais freqüente condiçäo associada, seguido do etilismo (27 por cento), falência seqüencial aos esquemas de retratamento (23 por cento), contágio com multirresistência (15 por cento), reações adversas às drogas (6 por cento), HIV-positivo (4 por cento) e diabetes (3 por cento). Resistência à rifampiina+isoniazida em 100 por cento, 83 por cento à estreptomicina e 47 por cento ao etambutol. Todos com cavidades no Rx de tórax convencional, unilaterais em 35 (19 por cento). Discutem-se os achados e apresentam-se sugestöes

Resistência pós- primária do mycocaterium tuberculosis às drogas antituberculosas segundo os antecedentes terapêuticos em uma unidade de referência na cidade de São Paulo

Foi revisto o perfil da resistência pós-primária (RPP) do Mycobacterium tuberculosis isolado do escarro de 349 pacientes portadores de tuberculose pulmonar, matriculados para retratamento em uma Unidade de Referência na Cidade de São Paulo, em 1995, 1996 e 1997. Os pacientes foram classificados, de acordo com a história de tratamento anterior constante nos prontuários, como RA (retorno após abandono), RC (recidivaapós a cura), F1 (falência ao esquema inicial ou ao retratamento, reforçado ou não com droga adicional) e MR(falência ao esquema de segunda linha). A sensibilidade aos antimicrobianos foi obtida pelo métodos das proporções, por repique, após primo cultivo em meio de Loweinstein Jensen. O perfil da RPP mostrou a taxa total de (sessenta e nove porcento),(trinta e oito porcento) para os RA,(quarenta e um porcento) para os RC,(setenta e nove porcento) para os F1 e (cem porcento) para os MR. A RPP para umantimicrobiano foi de (quinze porcento) e a dois ou mais foi de (cinquenta e quatro porcento). Considerando somente os RA e os RC, a RPP foi de trinta e nove porcento para o total,(vinte e nove porcento) para um fármaco, (dez porcento) para dois ou mais e (seis porcento ) para a dupla rifampicina e isoniazida. A resistÍncia do etambutol foi de (dois porcento) para os RA e RC,(nove porcento) para os F1 e( quarenta e sete porcento )para os MR