Nanopore sequencing of tomato mottle leaf distortion virus, a new bipartite begomovirus infecting tomato in Brazil.

During a survey in a tomato field in Luziânia (Goiás State, Brazil), a single plant with mottling, chlorotic spots, and leaf distortion was found. A new bipartite begomovirus sequence was identified using nanopore sequence technology and confirmed by Sanger sequencing. The highest nucleotide sequence identity match of the DNA-A component (2596 bases) was 81.64% with tomato golden leaf deformation virus (HM357456). Due to the current species demarcation criterion of 91% nucleotide sequence identity for DNA-A, we propose this virus to be a new member of the genus Begomovirus, named "tomato mottle leaf distortion virus".

Development of methodologies for virus detection in soybean and wheat seeds.

Seeds that contain large amounts of oil, starch, fibers and phenols are the most difficult tissues for RNA extraction. Currently, there are some reports of virus detection in seeds using commercial kits for RNA extraction. However, individual seeds were used, which may not be always suitable for analyses that deal with large amounts of seeds. Sangha [1] described a simple, quick and efficient protocol for RNA extraction and downstream applications in a group of seeds of jatropha (Jatropha curcas), mustard (Brassica sp.) and rice (Oryza sativa). We tested this protocol for soybean (Glycine max), maize (Zea mays), wheat (Triticum aestivum) and triticale (×Triticosecale) seeds and further reverse transcription PCR (RT-PCR)/quantitative real-time PCR (qPCR) in order to have a faster and more practical method for virus detection from seeds than the traditional scheme of seed planting and subsequent Elisa/RT-PCR from leaves. The essential points in the method are:•Some modifications in the protocol [1] were done in order to increase performance: Wheat and triticale seeds are incubated with water prior to maceration. An amount of 1.2 g of dry soybean seeds is used to maceration.•RT-PCR is used for detection of Wheat streak mosaic virus from wheat seeds and RT-qPCR for detection of Soybean mosaic virus from soybean seeds.•The method may be tested for other viruses, however, pre-validation will be needed.

Polyphasic growth in fish: a case study with Corydoras paleatus (Siluriformes, Callichthyidae) / Crescimento polifásico em peixes: estudo de caso com Corydoras paleatus (Siluriformes, Callichthyidae)

A weight-length relationship was established for Corydoras paleatus (Jenyns, 1842) (Siluriformes, Callichthyidae) (n=596) from samples taken in November-December 2009 and March-April 2010, in Pinguela Lagoon (29°46'57"S; 50°11'16"W), Rio Grande do Sul, Brazil. The species showed a polyphasic allometric growth pattern, each stanza described by an independent power equation controlled by a switch function: W = a1Lb1 ∙ (1 + eRsc ∙ (L-SCP))-1 + a2Lb2 ∙ [1 - (1 + eRsc ∙ (L-SCP))-1] ; where W is the expected weight for a specific length L, a1 and a2 are the proportionality coefficients for stanzas 1 and 2, b1 and b2 are the allometric coefficients for stanzas 1 and 2, Rsc is the stanza changing rate for the switch function and SCP is the stanza changing point for the switch function. The stanza changing point was estimated as 5.28 cm, corresponding with the length at first maturity for this species Lmat (5.29 cm). Our data suggest that a complex growth pattern can be in nature, and perhaps not often identified because trends are obscured by natural variability.(AU)

Foi estabelecida uma relação peso-comprimento para Corydoras paleatus (Jenyns, 1842) (Siluriformes, Callichthyidae) (n = 596) a partir de amostras obtidas em novembro-dezembro de 2009 e março-abril de 2010, na lagoa da Pinguela (29°46'57"S; 50°11'16"W), Rio Grande do Sul, Brasil. A espécie apresentou um padrão de crescimento alométrico polifásico, cada estágio descrito por uma equação de potência independente e controladas por uma função de interruptora: W = a1Lb1 ∙ (1 + eRsc ∙ (L-SCP))-1 + a2Lb2 ∙ [1 - (1 + eRsc ∙ (L-SCP))-1] ; onde W é o peso esperado para um comprimento L, a1 e a2 são os coeficientes de proporcionalidade para as fases 1 e 2, b1 e b2 são os coeficientes alométricos para as fases 1 e 2, Rsc é a taxa de mudança de fase e SCP é o ponto de mudança de fase. O ponto de mudança fase foi estimado em 5,28 cm, correspondendo com o comprimento de primeira maturação desta espécie (Lmat) (5,29 cm). Nossos dados sugerem que um padrão de crescimento complexo pode ser frequente na natureza, e que talvez muitas vezes não seja identificado porque as tendências são obscurecidas pela variabilidade natural.(AU)

Polyphasic growth in fish: a case study with Corydoras paleatus (Siluriformes, Callichthyidae) / Crescimento polifásico em peixes: estudo de caso com Corydoras paleatus (Siluriformes, Callichthyidae)

A weight-length relationship was established for Corydoras paleatus (Jenyns, 1842) (Siluriformes, Callichthyidae) (n=596) from samples taken in November-December 2009 and March-April 2010, in Pinguela Lagoon (29°46'57"S; 50°11'16"W), Rio Grande do Sul, Brazil. The species showed a polyphasic allometric growth pattern, each stanza described by an independent power equation controlled by a switch function: W = a1Lb1 ∙ (1 + eRsc ∙ (L-SCP))-1 + a2Lb2 ∙ [1 - (1 + eRsc ∙ (L-SCP))-1] ; where W is the expected weight for a specific length L, a1 and a2 are the proportionality coefficients for stanzas 1 and 2, b1 and b2 are the allometric coefficients for stanzas 1 and 2, Rsc is the stanza changing rate for the switch function and SCP is the stanza changing point for the switch function. The stanza changing point was estimated as 5.28 cm, corresponding with the length at first maturity for this species Lmat (5.29 cm). Our data suggest that a complex growth pattern can be in nature, and perhaps not often identified because trends are obscured by natural variability.

Foi estabelecida uma relação peso-comprimento para Corydoras paleatus (Jenyns, 1842) (Siluriformes, Callichthyidae) (n = 596) a partir de amostras obtidas em novembro-dezembro de 2009 e março-abril de 2010, na lagoa da Pinguela (29°46'57"S; 50°11'16"W), Rio Grande do Sul, Brasil. A espécie apresentou um padrão de crescimento alométrico polifásico, cada estágio descrito por uma equação de potência independente e controladas por uma função de interruptora: W = a1Lb1 ∙ (1 + eRsc ∙ (L-SCP))-1 + a2Lb2 ∙ [1 - (1 + eRsc ∙ (L-SCP))-1] ; onde W é o peso esperado para um comprimento L, a1 e a2 são os coeficientes de proporcionalidade para as fases 1 e 2, b1 e b2 são os coeficientes alométricos para as fases 1 e 2, Rsc é a taxa de mudança de fase e SCP é o ponto de mudança de fase. O ponto de mudança fase foi estimado em 5,28 cm, correspondendo com o comprimento de primeira maturação desta espécie (Lmat) (5,29 cm). Nossos dados sugerem que um padrão de crescimento complexo pode ser frequente na natureza, e que talvez muitas vezes não seja identificado porque as tendências são obscurecidas pela variabilidade natural.

Polyphasic growth in fish: a case study with Corydoras paleatus (Siluriformes, Callichthyidae)

ABSTRACT A weight-length relationship was established for Corydoras paleatus (Jenyns, 1842) (Siluriformes, Callichthyidae) (n=596) from samples taken in November-December 2009 and March-April 2010, in Pinguela Lagoon (29°46'57"S; 50°11'16"W), Rio Grande do Sul, Brazil. The species showed a polyphasic allometric growth pattern, each stanza described by an independent power equation controlled by a switch function: W = a1Lb1 (1 + eRsc (L-SCP))-1 + a2Lb2 [1 - (1 + eRsc (L-SCP))-1] ; where W is the expected weight for a specific length L, a1 and a2 are the proportionality coefficients for stanzas 1 and 2, b1 and b2 are the allometric coefficients for stanzas 1 and 2, Rsc is the stanza changing rate for the switch function and SCP is the stanza changing point for the switch function. The stanza changing point was estimated as 5.28 cm, corresponding with the length at first maturity for this species Lmat (5.29 cm). Our data suggest that a complex growth pattern can be in nature, and perhaps not often identified because trends are obscured by natural variability.

RESUMO Foi estabelecida uma relação peso-comprimento para Corydoras paleatus (Jenyns, 1842) (Siluriformes, Callichthyidae) (n = 596) a partir de amostras obtidas em novembro-dezembro de 2009 e março-abril de 2010, na lagoa da Pinguela (29°46'57"S; 50°11'16"W), Rio Grande do Sul, Brasil. A espécie apresentou um padrão de crescimento alométrico polifásico, cada estágio descrito por uma equação de potência independente e controladas por uma função de interruptora: W = a1Lb1 (1 + eRsc (L-SCP))-1 + a2Lb2 [1 - (1 + eRsc (L-SCP))-1] ; onde W é o peso esperado para um comprimento L, a1 e a2 são os coeficientes de proporcionalidade para as fases 1 e 2, b1 e b2 são os coeficientes alométricos para as fases 1 e 2, Rsc é a taxa de mudança de fase e SCP é o ponto de mudança de fase. O ponto de mudança fase foi estimado em 5,28 cm, correspondendo com o comprimento de primeira maturação desta espécie (Lmat) (5,29 cm). Nossos dados sugerem que um padrão de crescimento complexo pode ser frequente na natureza, e que talvez muitas vezes não seja identificado porque as tendências são obscurecidas pela variabilidade natural.