RESUMEN
La comprensión de la COVID-19, provocada por el coronavirus de tipo 2 (SARS-CoV-2) causante de síndrome respiratorio agudo severo, utilizando un enfoque multidisciplinario, es esencial para mejorar la toma de decisiones basadas en evidencia. Se estimó el número reproductivo efectivo (Rt) en Perú a partir de 113 genomas completos generados por el Instituto Nacional de Salud (INS) del Perú almacenados en la base de datos pública GISAID. La tendencia mostrada por el Rt durante marzo y abril del 2020 fue similar a otras estimaciones epidemiológicas. El Rt disminuyó considerablemente durante la primera quincena de marzo, alcanzando su menor valor la semana posterior al inicio de la cuarentena, pero aumentó moderadamente desde la quincena de abril. Se discute las implicancias de las medidas tempranas tomadas para mitigar la transmisión. La vigilancia genómica será una herramienta necesaria para conocer la transmisión y evolución del virus, y complementará la información epidemiológica.
The understanding of COVID-19, caused by the SARS-CoV-2, is essential to improve evidence-based public health policies. The effective reproductive number (Rt) in Peru was estimated using information from 113 complete genomes sequenced by the Instituto Nacional de Salud del Perú (INS), available in the GISAID public database. The Rt trend during March and April of 2020 was found to be similar to results from other epidemiological reports. The Rt decreased during the first two weeks of March. Its lowest value was reported during the week after the quarantine began. The Rt increased moderately after the second week of April. The implication of early decisions taken to mitigate the transmission are discussed. Genomic surveillance will be necessary to understand the transmission and evolution of SARS-CoV-2 in Peru, and will complement the epidemiological information.
Asunto(s)
Epidemiología Molecular , Filogenia , Teorema de Bayes , Modelos EpidemiológicosRESUMEN
Los metabolitos de un actinomiceto de origen marino, identificado como Streptomyces erythrogriseus cepa M10-77, fueron evaluados por su capacidad antimicrobiana y sinérgica con antibióticos convencionales. Las pruebas de antagonismo se realizaron frente a patógenos multidrogorresistentes (MDR) de origen clínico, siendo muy efectivos principalmente frente a especies patógenas de Staphylococcus y Enterococcus. Se determinó la Concentración Mínima Inhibitoria (CMI) de extractos diclorometánicos frente a los patógenos S. aureus 1094, S. epidermidis 1093 y Staphylococcus coagulasa negativo 348, siendo estos valores de 3,9; 15,7 y 1,9 µg/mL respectivamente. Los componentes del extracto diclorometánico fueron fraccionados parcialmente, obteniéndose hasta 4 fracciones orgánicas (I, II, III, IV), las que mostraron actividades inhibitorias de la cepa referencial S. aureus ATCC 43300. Los bioensayos frente a S. aureus meticilino resistente (MRSA) mostraron actividad sinérgica de la fracción II del extracto con antibióticos betalactámicos y aminoglucósidos, resaltando la repotenciación de la actividad de la bencilpenicilina en 128 veces el valor basal; así como de la gentamicina en 8 veces sobre el valor basal. S. erythrogriseus cepa M10-77 resultó ser un productor de metabolitos antibacterianos de alta potencia y con actividad sinérgica con antibióticos de referencia médica.
Metabolites of a marine actinomycete, identified as Streptomyces erythrogriseus M10-77 strain were evaluated for antimicrobial and synergistic activity with conventional antibiotics. Antagonism tests were conducted against multidrug resistant (MDR) pathogens of clinical origin, being very effective mainly against pathogenic Staphylococcus and Enterococcus. Minimum Inhibitory Concentrations (MIC) of dichloromethane extracts were determined against pathogenic S. aureus 1094, S. epidermidis and coagulase-negative Staphylococcus 1093 348, these values being 3.9; 15.7 and 1.9 μg/mL respectively. The components of dichloromethane extracts were fractionated partially yielding four organic fractions (I, II, III, IV), which showed inhibitory activity against the reference strain S. aureus ATCC 43300. The bioassays against S.aureus methicillin-resistant (MRSA ) produced synergistic activity of the extract fraction II with beta-lactams and aminoglycoside antibiotics, highlighting the upgrading of the activity of penicillin at 128 times above the baseline and gentamicin 8-fold above baseline. S. erythrogriseus M10-77 strain proved to be a producer of antibacterial metabolites with high power and synergistic activity with antibiotics of medical use.