Population genetic structure of Santa Inês sheep in Brazil.

This study aimed to describe the population genetic structure and evaluate the state of conservation of the genetic variability of Santa Inês sheep in Brazil. We used pedigree data of the Santa Inês breed available in electronic processing of the Brazilian Association of Sheep Breeders. A file with 20,206 records, which enabled the calculation of the genetic conservation index (GCI), individual inbreeding coefficient (F), change in inbreeding (ΔF), effective population size (Ne), effective number of founders (ƒe), effective number of ancestors (ƒÉ‘), generation interval (L), average relatedness coefficient of each individual (AR), and Wright's F-statistics (F IT, F IS, and F ST). For pedigree analysis and calculation of population parameters, the program ENDOG was used. The average inbreeding coefficient ([Formula: see text]) was 0.97% and the mean average relatedness ([Formula: see text]) 0.49%. The effective numbers of founders and ancestors were, respectively, 199 and 161. The average values of F and AR increased significantly over the years. The effective population size fluctuated over the years concurrently to oscillations in inbreeding rates, wherein N e reached just 68 in the year 2012. The mean average generation interval was 5.3 years. The Santa Inês breed in Brazil is under genetic drift process, with loss of genetic variation. It requires the implementation of a genetic management plan in the herd, for conservation and improvement of the breed.

Estimate of genetic parameters for carcass traits and visual scores inmeat sheep using Bayesian inference via threshold and linear models

ABSTRACT: The aim of this study was to estimate the variance components and genetic parameters for marbling in the ribeye area (MRA) and body condition score (BCS) using Bayesian inference via mixed linear and threshold animal models. Data were obtained from Santa Ines breed sheep reared in the Brazilian Mid-North region. Analyses considering the Monte Carlo methods were performed with Markov chains from 500000 cycles onward. A 200000-cycle initial burn-in was considered with values taken at every 250 cycles, in a total of 1200 samples. The Monte Carlo Error deviations were low for the means heritability in all chains by both linear and threshold models. Additive variances estimated by threshold model were higher than those estimated by the linear model. Marble meat from the ribeye area and body condition score can be used as selection criteria to obtain genetic progress in Santa Inês sheep.

RESUMO: O objetivo deste estudo foi estimar componentes de variância e parâmetros genéticos para marmoreio na área de olho de lombo (MOL) e escore de condição corporal (ECC) usando Inferência Bayesiana por meio dos modelos animais linear misto e de limiar. Os dados foram obtidos em rebanhos de ovinos da raça Santa Inês criados no Meio-Norte do Brasil. As análises, considerando os métodos de Monte Carlo, foram realizadas com cadeias de Markov a partir de 500000 ciclos. Considerou-se burn-in inicial de 200000 ciclos com valores tomados a cada 250 ciclos, obtendo-se 1200 amostras. Os desvios do erro de Monte Carlo foram baixos para as herdabilidades médias em todas as cadeias, tanto pelo modelo linear quanto de limiar. As variâncias aditivas, estimadas pelo modelo de limiar, foram maiores que aquelas obtidas pelo modelo linear. O marmoreio na área de olho de lombo e o escore da condição corporal podem ser usados como critérios de seleção para obter progresso genético em ovinos da raça Santa Inês.

Estrutura de covariância para características de carcaça e tamanho corporal com medidas repetidas em ovinos de diferentes grupos genéticos

SUMMARY The purpose of this study was to evaluate the influence of environmental effects on body measurements, weight and carcass quality traits with structure of repeated measurements over time in sheep from different genetic groups. Collections were carried out from lamb in until 180 days of age, during the years 2012 and 2013, in 92 lambs from three genetic groups 29from Santa Inês breed, 43 crossbred Dorper x Santa Inês, and 20 crossbred Dorper x Morada Nova belonging to two flocks. Loin eye area, loin depth, subcutaneous fat thickness, height at withers, body length, thoracic depth, and body weight were measured. The effects of collection period, type of birth, sex, flock, genetic group, age of the animal at the time of measurement as a covariate in linear and quadratic effects, and interactions between the different effects were considered in the statistical model. Different structures were tested for modeling the residual (co) variance matrix. The structure that best fit the data was the Composed Symmetry. The interaction between genetic group and age as linear and quadratic effect was significantly important for modeling the traits studied. The environmental effects of the flock, type of birth, genetic group, and collection period influenced carcass traits, body measurements and weight. The genetic group originated from the Dorper x Morada Nova cross showed lower body size and better carcass traits.

RESUMO Objetivou-se avaliar a influência de efeitos ambientais sobre medidas corporais, peso e características de qualidade de carcaça, com estrutura de mensurações repetidas no tempo, em ovinos de diferentes grupos genéticos. Foram realizadas coletas do nascimento aos 180 dias de idade, durante os anos de 2012 e 2013, em 92 cordeiros de 3 grupos genéticos, sendo 29 da raça Santa Inês, 43 mestiços Dorper x Santa Inês e 20 mestiços Dorper x Morada Nova, pertencentes a dois rebanhos. Foram mensuradas área e profundidade de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, altura da cernelha, comprimento corporal, profundidade torácica e peso corporal. O modelo estatístico considerou os efeitos de período de coleta, tipo de nascimento, sexo, rebanho, grupo genético, idade do animal no momento da mensuração como covariável, em efeitos linear e quadrático, e as interações entre os diferentes efeitos. Foram testadas diferentes estruturas para modelar a matriz de (co) variância residual. A estrutura que melhor se ajustou aos dados foi a Simetria Composta. A interação entre grupo genético e idade como efeito linear e quadrático foi significativamente importante para modelar as características estudadas. Os efeitos ambientais de propriedade, tipo de nascimento, grupo genético e período da mensuração influenciaram as características de carcaça, medidas corporais e peso. O grupo genético oriundo do cruzamento Dorper x Morada Nova apresentou menor tamanho corporal e melhores características de carcaça.

Estrutura de covariância para características de carcaça e tamanho corporal com medidas repetidas em ovinos de diferentes grupos genéticos

SUMMARY The purpose of this study was to evaluate the influence of environmental effects on body measurements, weight and carcass quality traits with structure of repeated measurements over time in sheep from different genetic groups. Collections were carried out from lamb in until 180 days of age, during the years 2012 and 2013, in 92 lambs from three genetic groups 29from Santa Inês breed, 43 crossbred Dorper x Santa Inês, and 20 crossbred Dorper x Morada Nova belonging to two flocks. Loin eye area, loin depth, subcutaneous fat thickness, height at withers, body length, thoracic depth, and body weight were measured. The effects of collection period, type of birth, sex, flock, genetic group, age of the animal at the time of measurement as a covariate in linear and quadratic effects, and interactions between the different effects were considered in the statistical model. Different structures were tested for modeling the residual (co) variance matrix. The structure that best fit the data was the Composed Symmetry. The interaction between genetic group and age as linear and quadratic effect was significantly important for modeling the traits studied. The environmental effects of the flock, type of birth, genetic group, and collection period influenced carcass traits, body measurements and weight. The genetic group originated from the Dorper x Morada Nova cross showed lower body size and better carcass traits.

RESUMO Objetivou-se avaliar a influência de efeitos ambientais sobre medidas corporais, peso e características de qualidade de carcaça, com estrutura de mensurações repetidas no tempo, em ovinos de diferentes grupos genéticos. Foram realizadas coletas do nascimento aos 180 dias de idade, durante os anos de 2012 e 2013, em 92 cordeiros de 3 grupos genéticos, sendo 29 da raça Santa Inês, 43 mestiços Dorper x Santa Inês e 20 mestiços Dorper x Morada Nova, pertencentes a dois rebanhos. Foram mensuradas área e profundidade de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, altura da cernelha, comprimento corporal, profundidade torácica e peso corporal. O modelo estatístico considerou os efeitos de período de coleta, tipo de nascimento, sexo, rebanho, grupo genético, idade do animal no momento da mensuração como covariável, em efeitos linear e quadrático, e as interações entre os diferentes efeitos. Foram testadas diferentes estruturas para modelar a matriz de (co) variância residual. A estrutura que melhor se ajustou aos dados foi a Simetria Composta. A interação entre grupo genético e idade como efeito linear e quadrático foi significativamente importante para modelar as características estudadas. Os efeitos ambientais de propriedade, tipo de nascimento, grupo genético e período da mensuração influenciaram as características de carcaça, medidas corporais e peso. O grupo genético oriundo do cruzamento Dorper x Morada Nova apresentou menor tamanho corporal e melhores características de carcaça.

Genetic parameters for carcass traits and body size of meat sheep / Parâmetros genéticos para características de carcaça e tamanho corporal em ovinos de corte

The present study aimed to estimate variance components and heritability coefficients (h2) in Santa Inês sheep by single- and two-trait analyses for the traits loin eye area (LEA), length (LEL) and maximum depth (LED), in the longissimus dorsi muscle, subcutaneous fat thickness (SFT), fat thickness over the biceps femoris muscle (FTBF), croup height (CH), thoracic circumference (TC), thoracic depth (TD), body length (BL), and adult live weight (ALW). The restricted maximum likelihood (REML) was used to estimate variance components in an animal model. In both types of analyses, we estimated moderate heritability for all traits, with the exception of SFT, CH, TC, BL, and ALW (all of which yielded low h2 estimates). In two-trait analysis for body size, only TD yielded a lower h2 estimate, when compared to single-trait analysis. On the other hand, CH, TC, and BL yielded higher h2 estimates. Most estimates for variance components and h2 in two-trait analysis were higher than those in single-trait analysis. This finding suggests the possibility of a moderate response to selection for improvement in the carcass of meat sheep using the specific carcass traits evaluated (except SFT), highlighting LEA. The fat thickness over the biceps femoris muscle showed higher potential for response to direct selection for fat deposition than SFT. Thoracic depth showed higher potential for response t

Objetivou-se com esta pesquisa estimar componentes de variância e coeficientes de herdabilidade (h2) por análises uni e bicaracterística para as características área (AOL), comprimento (COL) e profundidade máxima (POL) de olho de lombo, no músculo longissimus dorsi, espessura de gordura subcutânea (EGS), espessura de gordura do músculo biceps femoris (EGBF), altura da garupa (AG), circunferência torácica (CT), profundidade torácica (PT), comprimento corporal (CC) e peso vivo à idade adulta (PA), em ovinos Santa Inês. Foi utilizado modelo animal pela metodologia da máxima verossimilhança restrita (REML). Estimou-se herdabilidade moderada para as características, nos dois tipos de análise, exceto para EGS, AG, CT, CC e PA, para as quais as estimativas foram de baixa magnitude. Nas análises bicaracterísticas para tamanho corporal, apenas PT apresentou menor estimativa de h2, quando comparado com a análise unicaracterística, enquanto que AG, CT e CC apresentaram valores maiores. Nas análises bicaracterísticas, a maioria das estimativas de componentes de variância e h2 foram superiores àquelas obtidas nas análises unicaracterística, o que evidencia a possibilidade de resposta moderada à seleção para melhoria da carcaça em ovinos de corte usando as características de carcaça avaliadas, com exceção de EGS e com destaque para área de olho de lombo. A espessura de gordura do músculo bic

Genetic parameters for carcass traits and body size of meat sheep / Parâmetros genéticos para características de carcaça e tamanho corporal em ovinos de corte

The present study aimed to estimate variance components and heritability coefficients (h2) in Santa Inês sheep by single- and two-trait analyses for the traits loin eye area (LEA), length (LEL) and maximum depth (LED), in the longissimus dorsi muscle, subcutaneous fat thickness (SFT), fat thickness over the biceps femoris muscle (FTBF), croup height (CH), thoracic circumference (TC), thoracic depth (TD), body length (BL), and adult live weight (ALW). The restricted maximum likelihood (REML) was used to estimate variance components in an animal model. In both types of analyses, we estimated moderate heritability for all traits, with the exception of SFT, CH, TC, BL, and ALW (all of which yielded low h2 estimates). In two-trait analysis for body size, only TD yielded a lower h2 estimate, when compared to single-trait analysis. On the other hand, CH, TC, and BL yielded higher h2 estimates. Most estimates for variance components and h2 in two-trait analysis were higher than those in single-trait analysis. This finding suggests the possibility of a moderate response to selection for improvement in the carcass of meat sheep using the specific carcass traits evaluated (except SFT), highlighting LEA. The fat thickness over the biceps femoris muscle showed higher potential for response to direct selection for fat deposition than SFT. Thoracic depth showed higher potential for response t

Objetivou-se com esta pesquisa estimar componentes de variância e coeficientes de herdabilidade (h2) por análises uni e bicaracterística para as características área (AOL), comprimento (COL) e profundidade máxima (POL) de olho de lombo, no músculo longissimus dorsi, espessura de gordura subcutânea (EGS), espessura de gordura do músculo biceps femoris (EGBF), altura da garupa (AG), circunferência torácica (CT), profundidade torácica (PT), comprimento corporal (CC) e peso vivo à idade adulta (PA), em ovinos Santa Inês. Foi utilizado modelo animal pela metodologia da máxima verossimilhança restrita (REML). Estimou-se herdabilidade moderada para as características, nos dois tipos de análise, exceto para EGS, AG, CT, CC e PA, para as quais as estimativas foram de baixa magnitude. Nas análises bicaracterísticas para tamanho corporal, apenas PT apresentou menor estimativa de h2, quando comparado com a análise unicaracterística, enquanto que AG, CT e CC apresentaram valores maiores. Nas análises bicaracterísticas, a maioria das estimativas de componentes de variância e h2 foram superiores àquelas obtidas nas análises unicaracterística, o que evidencia a possibilidade de resposta moderada à seleção para melhoria da carcaça em ovinos de corte usando as características de carcaça avaliadas, com exceção de EGS e com destaque para área de olho de lombo. A espessura de gordura do músculo bic

Estrutura e distribuição geográfica do rebanho de ovinos Santa Inês no estado do Piauí

This study aimed to describe the quantity, distribution and structure of the Santa Inês sheep flock in the Piauí state. We analyzed data of genealogical records of Santa Inês variety, maintained by the Brazilian Association of Breeders Sheep (ARCO), from 1992 to 2012. Descriptive statistical analyzes were performed in order to know how the Santa Inês herd is structured. We classified the herd according to its organizational structure, determined according to the origin and the use of the breeders, using the program ENDOG.v.4.8. The registration of animals of Santa Ines variety, in Piauí, started in 1990, and highest representation was verified in the period from 1993 to 2001. As for the structure of the herds, 56.8% were classified as multiplying livestocks (intermediate stratum of the pyramid) and 43.2% as commercial herds (base of the pyramid), and there was neither nucleus nor isolated herds. The lack of nucleus herds of Santa Inês variety in the state may be one of the causes of the reduction in the number of animals recorded in recent years in Piauí.

Objetivou-se descrever o quantitativo, distribuição e estrutura do rebanho de ovino da raça Santa Inês no estado do Piauí. Foram analisados dados de registros genealógicos da raça Santa Inês, mantidos pela Associação Brasileira de Criadores de Ovinos (ARCO), referentes ao período de 1992 a 2012. Foram realizadas análises estatísticas descritivas de modo a conhecer como o rebanho Santa Inês está estruturado. Foi realizada a classificação do rebanho quanto a sua estrutura organizacional, determinada com base na origem e uso dos reprodutores, utilizando-se o programa ENDOG. v.4.8. O registro dos animais da raça Santa Inês, no Piauí, teve inicio em 1990, e a maior representatividade foi verificada no período de 1993 a 2001. Quanto à estrutura dos rebanhos, 56,8% foram classificados como rebanhos multiplicadores (estrato intermediário da pirâmide) e 43,2% como rebanhos comerciais (base da pirâmide), sendo que não se observou nenhum rebanho núcleo e nem isolado. A falta de rebanhos núcleo da raça no Estado pode ser uma das causas da redução do número de animais registrados nos últimos anos no Piauí.

Efeitos ambientais sobre características reprodutivas em ovinos Santa Inês

In this research we aimed to study environmental effects about litter size and weaning rate in Santa Ines sheep by means of generalized linear models. We used the data from experimental sheep herd of Santa Ines, of the Federal University of Piaui, Campus Professora Cinobelina Elvas, in Bom Jesus-PI, during 2008-2010. The environmental effects studied were: mating year, mating station, birth season, birth type, offspring sex, ewe age at birth, ewe weight at birth and birth weight as covariate. For statistical analysis we used the GENMOD procedure contained in SAS. Mean values for litter size and weaning rates were 1.36 and 68.18% respectively. The effect of ewe weight was significant about the litter size. There was no significant effect of birth season on the weaning rate. Correlations between productive and reproductive traits ranged from negative to positive low magnitude. The effects of ewe weight at birth and birth weight were important sources of variation for litter size and weaning rates, which reflects the need to consider these effects in models of genetic and phenotypic evaluation.

O objetivo com esta pesquisa foi estudar efeitos ambientais sobre a prolificidade e a taxa de desmame em ovinos Santa Inês, por meio de modelos lineares generalizados. Foram utilizados dados do rebanho experimental de ovinos da raça Santa Inês, da Universidade Federal do Piauí, Campus Universitário Professora Cinobelina Elvas, em Bom Jesus-PI, no período de 2008 a 2010. Os efeitos ambientais estudados foram: ano de cobertura, Período de cobertura, Período de nascimento, tipo de nascimento, sexo da cria, idade da mãe ao parto, peso da mãe ao parto e peso ao nascer como covariável. Para análise estatística foi utilizado o procedimento GENMOD contido no programa SAS. Os valores médios de prolificidade e taxa de desmame foram respectivamente 1,36 e 68,18%. O efeito do peso da mãe ao parto foi significativo sobre a prolificidade. Observou-se efeito significativo de Período de nascimento sobre a taxa de desmame. As correlações entre características produtivas e reprodutivas variaram de negativas a positivas de baixa magnitude. Os efeitos de peso da mãe ao parto e peso ao nascer mostraram-se importantes fontes de variação para prolificidade e taxa de desmame, o que reflete a necessidade de considerar estes efeitos em modelos de avaliação genética e fenotípica.