Características de la Diabetes del adulto de inicio juvenil y su diagnóstico en el laboratorio / Characteristics of Maturity Onset Diabetes of the Young and its diagnosis in the laboratory / Características do diabetes adulto de início juvenil e seu diagnóstico laboratorial

La Diabetes del adulto de inicio juvenil, es un subtipo hereditario poco común que se manifiesta a una edad temprana, relacionado con mutaciones en genes específicos que principalmente afectan la función de las células beta pancreática. Un diagnóstico preciso es fundamental para un tratamiento efectivo, aunque puede ser desafiante debido a la variabilidad en sus características clínicas y moleculares. Esta revisión analiza la evidencia disponible sobre estas características y los métodos de diagnóstico utilizados en laboratorio. Se realizó una búsqueda exhaustiva en bases de datos científicas, seleccionando estudios relevantes según criterios específicos. Se analizaron características clínicas, hallazgos moleculares y métodos de diagnóstico, utilizando tablas, gráficos y síntesis narrativas. Se identificaron mutaciones genéticas asociadas con MODY, así como biomarcadores útiles en el laboratorio clínico. Además, se describieron métodos de diagnóstico molecular, incluyendo la secuenciación de próxima generación (NGS). Esta revisión resalta la importancia del diagnóstico preciso de MODY, subrayando la diversidad de sus características biológicas y moleculares, y la necesidad de una investigación más profunda para mejorar su identificación y manejo clínico

Maturity Onset Diabetes of the Young is a rare hereditary subtype that manifests at an early age, related to mutations in specific genes that primarily affect the function of pancreatic beta cells. An accurate diagnosis is crucial for effective treatment, though it can be challenging due to variability in clinical and molecular characteristics. This review examines available evidence on these characteristics and laboratory diagnostic methods. A comprehensive search was conducted in scientific databases, selecting relevant studies based on specific criteria. Clinical features, molecular findings, and diagnostic methods were analyzed using tables, graphs, and narrative synthesis. Genetic mutations associated with MODY were identified, as well as useful biomarkers in clinical laboratory settings. Additionally, molecular diagnostic methods were described, including next-generation sequencing (NGS). This review emphasizes the importance of precise MODY diagnosis, highlighting the diversity of its biological and molecular characteristics, and the need for further research to enhance its identification and clinical management

A diabetes adulto de início juvenil é um subtipo hereditário raro que se manifesta em uma idade precoce, relacionado a mutações em genes específicos que afetam principalmente a função das células beta do pâncreas. Um diagnóstico preciso é fundamental para um tratamento eficaz, embora possa ser desafiador devido à variabilidade em suas características clínicas e moleculares. Esta revisão analisa a evidência disponível sobre essas características e os métodos de diagnóstico utilizados em laboratório. Foi realizada uma busca abrangente em bases de dados científicas, selecionando estudos relevantes com base em critérios específicos. Características clínicas, descobertas moleculares e métodos de diagnóstico foram analisados utilizando tabelas, gráficos e síntese narrativa. Foram identificadas mutações genéticas associadas ao MODY, assim como biomarcadores úteis em laboratório clínico. Além disso, foram descritos métodos de diagnóstico molecular, incluindo a sequenciação de próxima geração (NGS). Esta revisão enfatiza a importância do diagnóstico preciso do MODY, destacando a diversidade de suas características biológicas e moleculares e a necessidade de uma pesquisa mais aprofundada para melhorar sua identificação e manejo clínico

Características de la Diabetes del adulto de inicio juvenil y su diagnóstico en el laboratorio

La Diabetes del adulto de inicio juvenil, es un subtipo hereditario poco común que se manifiesta a una edad temprana, relacionado con mutaciones en genes específicos que principalmente afectan la función de las células beta pancreática. Un diagnóstico preciso es fundamental para un tratamiento efectivo, aunque puede ser desafiante debido a la variabilidad en sus características clínicas y moleculares. Esta revisión analiza la evidencia disponible sobre estas características y los métodos de diagnóstico utilizados en laboratorio. Se realizó una búsqueda exhaustiva en bases de datos científicas, seleccionando estudios relevantes según criterios específicos. Se analizaron características clínicas, hallazgos moleculares y métodos de diagnóstico, utilizando tablas, gráficos y síntesis narrativas. Se identificaron mutaciones genéticas asociadas con MODY, así como biomarcadores útiles en el laboratorio clínico. Además, se describieron métodos de diagnóstico molecular, incluyendo la secuenciación de próxima generación (NGS). Esta revisión resalta la importancia del diagnóstico preciso de MODY, subrayando la diversidad de sus características biológicas y moleculares, y la necesidad de una investigación más profunda para mejorar su identificación y manejo clínico.

Maturity Onset Diabetes of the Young is a rare hereditary subtype that manifests at an early age, related to mutations in specific genes that primarily affect the function of pancreatic beta cells. An accurate diagnosis is crucial for effective treatment, though it can be challenging due to variability in clinical and molecular characteristics. This review examines available evidence on these characteristics and laboratory diagnostic methods. A comprehensive search was conducted in scientific databases, selecting relevant studies based on specific criteria. Clinical features, molecular findings, and diagnostic methods were analyzed using tables, graphs, and narrative synthesis. Genetic mutations associated with MODY were identified, as well as useful biomarkers in clinical laboratory settings. Additionally, molecular diagnostic methods were described, including next-generation sequencing (NGS). This review emphasizes the importance of precise MODY diagnosis, highlighting the diversity of its biological and molecular characteristics, and the need for further research to enhance its identification and clinical management.

A diabetes adulto de início juvenil é um subtipo hereditário raro que se manifesta em uma idade precoce, relacionado a mutações em genes específicos que afetam principalmente a função das células beta do pâncreas. Um diagnóstico preciso é fundamental para um tratamento eficaz, embora possa ser desafiador devido à variabilidade em suas características clínicas e moleculares. Esta revisão analisa a evidência disponível sobre essas características e os métodos de diagnóstico utilizados em laboratório. Foi realizada uma busca abrangente em bases de dados científicas, selecionando estudos relevantes com base em critérios específicos. Características clínicas, descobertas moleculares e métodos de diagnóstico foram analisados utilizando tabelas, gráficos e síntese narrativa. Foram identificadas mutações genéticas associadas ao MODY, assim como biomarcadores úteis em laboratório clínico. Além disso, foram descritos métodos de diagnóstico molecular, incluindo a sequenciação de próxima geração (NGS). Esta revisão enfatiza a importância do diagnóstico preciso do MODY, destacando a diversidade de suas características biológicas e moleculares e a necessidade de uma pesquisa mais aprofundada para melhorar sua identificação e manejo clínico.

Relevance of the correlation between tomography findings and laboratory test results in the accuracy of the diagnosis of pulmonary tuberculosis.

Objective: To evaluate the correlation between multidetector computed tomography (MDCT) findings and laboratory test results in patients with pulmonary tuberculosis (PTB). Materials and Methods: A total of 57 patients were evaluated. Patients with suspected PTB were divided into groups according to the final diagnosis (confirmed or excluded), and the groups were compared in terms of sociodemographic variables, clinical symptoms, tomography findings, and laboratory test results. Results: Among the patients with a confirmed diagnosis of PTB, small pulmonary nodules with a peribronchovascular distribution were significantly more common in the patients with a positive sputum smear microscopy result (47.4% vs. 8.3%; p = 0.046), as were a miliary pattern (36.8% vs. 0.0%; p = 0.026), septal thickening (84.2% vs. 41.7%; p = 0.021), and lymph node enlargement (52.6% vs. 8.3%; p = 0.020). Small pulmonary nodules with a centrilobular distribution were significantly more common among the culture-positive patients (75.0% vs. 35.7%; p = 0.045), as was a tree-in-bud pattern (91.7% vs. 42.9%; p = 0.014). A tree-in-bud pattern, one of the main tomography findings characteristic of PTB, had a sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value of 71.0%, 73.1%, 75.9%, and 67.9%, respectively. Conclusion: MDCT presented reliable predictive values for the main tomography findings in the diagnosis of PTB, being a safe tool for the diagnosis of PTB in patients with clinical suspicion of the disease. It also appears to be a suitable tool for the selection of patients who are candidates for more complex, invasive examinations from among those with high clinical suspicion of PTB and a negative sputum smear microscopy result.

Objetivo: Avaliar a correlação entre os achados na tomografia computadorizada multidetectores (TCMD) comparativamente aos resultados laboratoriais em pacientes com tuberculose pulmonar (TBP). Materiais e Métodos: Amostra de 57 pacientes foi avaliada. Pacientes com suspeita clínica de TBP foram divididos de acordo com a positividade do diagnóstico, e as variáveis sociodemográficas, sintomas clínicos e achados tomográficos e laboratoriais foram comparados. Resultados: Nos pacientes com TBP e baciloscopia positiva, foram verificadas frequências significativas para pequenos nódulos pulmonares com distribuição peribroncovascular (47,4% vs. 8,3%; p = 0,046) e miliar (36,8% vs. 0,0%; p = 0,026), espessamento septal (84,2% vs. 41,7%; p = 0,021) e linfonodomegalias (52,6% vs. 8,3%; p = 0,020). Em relação à cultura, os pequenos nódulos pulmonares com distribuição centrolobular (75,0% vs. 35,7%; p = 0,045) e opacidades em árvore em brotamento (91,7% vs. 42,9%; p = 0,014) apresentaram frequências significativamente superiores. Medidas de sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo para árvore em brotamento, um dos principais achados tomográficos característicos da TBP, foram, respectivamente, 71.0%, 73,1%, 75,9% e 67,9%. Conclusão: A TCMD apresentou medidas preditivas confiáveis para os principais achados tomográficos no diagnóstico de TBP, sendo uma ferramenta segura para o diagnóstico da doença em pacientes com suspeita clínica. Também se mostrou adequada para selecionar os pacientes para exames mais complexos e invasivos entre os com alta suspeita clínica de TBP e baciloscopia negativa.

Utilidad de GeneXpert MTB/RIF en el diagnóstico de tuberculosis frente a la baciloscopia / Utility of GeneXpert MTB/RIF in the Diagnosis of Tuberculosis Compared to Sputum Smear Microscopy

Introducción: La implementación de un método diagnóstico adecuado y eficiente es crucial para la detección temprana de la tuberculosis. Esto no solo permite un control efectivo de la enfermedad para evitar su transmisión y progresión hacia estadios más graves, además previene el desarrollo de resistencia a los fármacos en los pacientes.Objetivo: Evaluar la utilidad de la prueba molecular GeneXpert MTB/RIF en el diag-nóstico de Mycobacterium tuberculosis complex, en comparación con la bacilos-copia, utilizando el cultivo como referencia.Material y Métodos: Se realizó un estudio descriptivo, observacional y no expe-rimental de corte transversal, se incluyeron 253 muestras de pacientes de ambos sexos y de variados rangos de edad, que fueron evaluadas mediante baciloscopia, GeneXpert MTB/RIF y cultivo. El estudio se centró en muestras procesadas en un Hospital público de la ciudad de Quito durante el período de enero de 2021 a mayo de 2022Resultados: La prueba molecular GeneXpert MTB/RIF mostró una sensibilidad del 94,7% y una especificidad del 93,9% para el diagnóstico de Mycobacterium tu-berculosis complex. Además, se identificó un caso de resistencia a la rifampicina.Conclusión: Este estudio confirma la eficacia de la prueba molecular GeneXpert MTB/RIF sobre la baciloscopia para el diagnóstico oportuno de Mycobacterium tu-berculosis complex. Sin embargo, es esencial considerar las diversas condiciones de las muestras y pacientes para optimizar la precisión diagnóstica

Introduction: Implementing an appropriate and efficient diagnostic method is cru-cial for the early detection of tuberculosis. This not only allows for effective control of the disease to prevent its transmission and progression to more severe stages but also prevents the development of drug resistance in patients.Objective: To evaluate the utility of the GeneXpert MTB/RIF molecular test in diag-nosing Mycobacterium tuberculosis complex, compared to sputum smear micros-copy, using culture as the reference. Material and Methods: A descriptive, observational, and non-experimental cross-sectional study was conducted, including 253 samples from patients of both sexes and various age ranges, which were assessed using sputum smear micros-copy, GeneXpert MTB/RIF, and culture. The study focused on samples processed at a Quito ́s Public Hospital during the period from January 2021 to May 2022.Results: The GeneXpert MTB/RIF molecular test showed a sensitivity of 94.7% and a specificity of 93.9% for the diagnosis of Mycobacterium tuberculosis com-plex. Additionally, a case of resistance to rifampicin was identified.Conclusion: This study confirms the effectiveness of the GeneXpert MTB/RIF mo-lecular test over sputum smear microscopy for the timely diagnosis of tuberculosis. However, it is essential to consider the diverse conditions of the samples and pa-tients to optimize diagnostic accuracy

Relevance of the correlation between tomography findings and laboratory test results in the accuracy of the diagnosis of pulmonary tuberculosis / Relevância da correlação entre achados tomográficos e laboratoriais na precisão diagnóstica da tuberculose pulmonar

Abstract Objective: To evaluate the correlation between multidetector computed tomography (MDCT) findings and laboratory test results in patients with pulmonary tuberculosis (PTB). Materials and Methods: A total of 57 patients were evaluated. Patients with suspected PTB were divided into groups according to the final diagnosis (confirmed or excluded), and the groups were compared in terms of sociodemographic variables, clinical symptoms, tomography findings, and laboratory test results. Results: Among the patients with a confirmed diagnosis of PTB, small pulmonary nodules with a peribronchovascular distribution were significantly more common in the patients with a positive sputum smear microscopy result (47.4% vs. 8.3%; p = 0.046), as were a miliary pattern (36.8% vs. 0.0%; p = 0.026), septal thickening (84.2% vs. 41.7%; p = 0.021), and lymph node enlargement (52.6% vs. 8.3%; p = 0.020). Small pulmonary nodules with a centrilobular distribution were significantly more common among the culture-positive patients (75.0% vs. 35.7%; p = 0.045), as was a tree-in-bud pattern (91.7% vs. 42.9%; p = 0.014). A tree-in-bud pattern, one of the main tomography findings characteristic of PTB, had a sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value of 71.0%, 73.1%, 75.9%, and 67.9%, respectively. Conclusion: MDCT presented reliable predictive values for the main tomography findings in the diagnosis of PTB, being a safe tool for the diagnosis of PTB in patients with clinical suspicion of the disease. It also appears to be a suitable tool for the selection of patients who are candidates for more complex, invasive examinations from among those with high clinical suspicion of PTB and a negative sputum smear microscopy result.

Resumo Objetivo: Avaliar a correlação entre os achados na tomografia computadorizada multidetectores (TCMD) comparativamente aos resultados laboratoriais em pacientes com tuberculose pulmonar (TBP). Materiais e Métodos: Amostra de 57 pacientes foi avaliada. Pacientes com suspeita clínica de TBP foram divididos de acordo com a positividade do diagnóstico, e as variáveis sociodemográficas, sintomas clínicos e achados tomográficos e laboratoriais foram comparados. Resultados: Nos pacientes com TBP e baciloscopia positiva, foram verificadas frequências significativas para pequenos nódulos pulmonares com distribuição peribroncovascular (47,4% vs. 8,3%; p = 0,046) e miliar (36,8% vs. 0,0%; p = 0,026), espessamento septal (84,2% vs. 41,7%; p = 0,021) e linfonodomegalias (52,6% vs. 8,3%; p = 0,020). Em relação à cultura, os pequenos nódulos pulmonares com distribuição centrolobular (75,0% vs. 35,7%; p = 0,045) e opacidades em árvore em brotamento (91,7% vs. 42,9%; p = 0,014) apresentaram frequências significativamente superiores. Medidas de sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo para árvore em brotamento, um dos principais achados tomográficos característicos da TBP, foram, respectivamente, 71.0%, 73,1%, 75,9% e 67,9%. Conclusão: A TCMD apresentou medidas preditivas confiáveis para os principais achados tomográficos no diagnóstico de TBP, sendo uma ferramenta segura para o diagnóstico da doença em pacientes com suspeita clínica. Também se mostrou adequada para selecionar os pacientes para exames mais complexos e invasivos entre os com alta suspeita clínica de TBP e baciloscopia negativa.

Use of the rapid molecular test for tuberculosis among people deprived of liberty: a scoping review / Uso de la prueba molecular rápida de tuberculosis en personas privadas de libertad: revisión de alcance / Utilização do teste rápido molecular para tuberculose entre pessoas privadas de liberdade: revisão de escopo

ABSTRACT Objective: to map the repercussions of using the rapid molecular test for diagnosing tuberculosis among people deprived of liberty in the scientific literature. Method: this is a scoping review following the recommendations of the Joanna Briggs Institute and PRISMA for Scoping Reviews. The search was conducted using controlled and free vocabulary in the following databases: EMBASE, Scopus, MEDLINE, Cinahl, Academic Search Premier, LILACS and Web of Science, in the Brazilian Digital Library of Theses and Dissertations and Google Scholar. The materials which answered the review question were selected by two independent reviewers based on reading the titles, abstracts and publications. All types of studies and publications were included. The extracted data was subjected to narrative synthesis and presented graphically. Results: a total of 13 among the 461 publications found were included in the review. The studies pointed out the following repercussions of using the rapid molecular test in the prison population: increase in the diagnosis of cases compared to sputum smear microscopy; reduction in diagnosis time, initiating treatment and isolation; identification of strains resistant to antibiotic therapy; reducing the prevalence and occurrence of tuberculosis; high agreement of test results with culture results; lower cost of the test when carried out in groups of samples or when screening is carried out by radiography. Conclusion: the literature indicated that the rapid molecular test is relevant for combating tuberculosis in prison units, so its use should be considered by authorities and managers as a strategic tool for controlling the disease.

RESUMEN Objetivo: mapear las repercusiones del uso de la prueba molecular rápida para el diagnóstico de tuberculosis en personas privadas de libertad en la literatura científica. Método: scoping review, siguiendo las recomendaciones del Joanna Briggs Institute y PRISMA for Scoping Reviews. La búsqueda se realizó utilizando vocabularios controlados y libres en las siguientes bases de datos: EMBASE, Scopus, MEDLINE, Cinahl, Academic Search Premier, LILACS y Web of Science, en la Biblioteca Digital Brasileña de Tesis y Disertaciones y en Google Scholar. Los materiales que respondieron a la pregunta de revisión fueron seleccionados por dos revisores independientes, basándose en la lectura de títulos, resúmenes y publicaciones. Se incluyeron todo tipo de estudios y publicaciones. Los datos extraídos fueron sometidos a síntesis narrativa y presentados gráficamente. Resultados: entre las 461 publicaciones encontradas, 13 fueron incluidas en la revisión. Los estudios señalaron las siguientes repercusiones del uso de la prueba molecular rápida en la población penitenciaria: aumento del diagnóstico de casos en comparación con la baciloscopia de esputo; reducción del tiempo de diagnóstico, inicio de tratamiento y aislamiento; identificación de cepas resistentes a la terapia con antibióticos; reducir la prevalencia y aparición de la tuberculosis; alta concordancia de los resultados de las pruebas con los resultados del cultivo; menor coste de la prueba cuando se realiza en grupos de muestras o cuando el cribado se realiza mediante radiografía. Conclusión: la literatura indicó que la prueba molecular rápida es relevante para el combate a la tuberculosis en las unidades penitenciarias, por lo que su uso debe ser considerado por autoridades y gestores como una herramienta estratégica para el control de la enfermedad.

RESUMO Objetivo: mapear as repercussões da utilização do teste rápido molecular para o diagnóstico de tuberculose entre as pessoas privadas de liberdade junto à literatura científica. Método: revisão de escopo seguiram-se as recomendações do Joanna Briggs Institute e do PRISMA for Scoping Reviews. A busca foi realizada com vocabulários controlados e livres nas bases de dados: EMBASE, Scopus, MEDLINE, Cinahl, Academic Search Premier, LILACS e Web of Science, na Biblioteca Digital Brasileira de Teses e Dissertações e no Google Scholar. Foram selecionados por dois revisores independentes, os materiais que respondiam à pergunta da revisão, a partir da leitura dos títulos, resumos e publicações. Foram incluídos todos os tipos de estudo e publicações. Os dados extraídos foram submetidos à síntese narrativa e apresentados graficamente. Resultados: entre as 461 publicações encontradas, 13 foram incluídas na revisão. Os estudos apontaram as seguintes repercussões da utilização do teste rápido molecular na população prisional: aumento no diagnóstico de casos comparado à baciloscopia; redução no tempo de diagnóstico, início do tratamento e isolamento; identificação de cepas resistentes à antibioticoterapia; redução da prevalência e ocorrência da tuberculose; alta concordância dos resultados do teste com os da cultura; menor custo do teste quando realizado em grupos de amostras ou quando o rastreamento é realizado por radiografia. Conclusão: a literatura apontou que o teste rápido molecular é relevante para o enfrentamento da tuberculose nas unidades prisionais, de modo que a sua utilização deve ser considerada pelas autoridades e gestores como uma ferramenta estratégica para o controle da doença.

Rede nacional de testes moleculares para detecção de Chlamydia trachomatis e Neisseria gonorrhoeae: experiência de implantação-piloto no Brasil / A national network of molecular tests to detect Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae: a pilot implementation experience in Brazil / Red nacional de pruebas moleculares para la detección de Chlamydia trachomatis y Neisseria gonorrhoeae: experiencia de implantación piloto en Brasil

Resumo: O objetivo deste estudo foi conhecer a opinião dos profissionais participantes da implantação-piloto de testes moleculares para detecção de Chlamydia trachomatis e Neisseria gonorrhoeae no Sistema Único de Saúde (SUS). Determinou-se a taxa de detecção de C. trachomatis e/ou N. gonorrhoeae e os fatores associados à infecção. A estratégia contou com laboratórios pertencentes à rede de carga viral de HIV e hepatites virais. A testagem teve como público-alvo pessoas mais vulnerabilizadas às infecções sexualmente transmissíveis, com coleta de amostras de urina e/ou swabs vaginal, endocervical e/ou uretral masculino. Questionários foram enviados aos gestores estaduais e profissionais de laboratório sobre a implantação-piloto. De maneira geral, as avaliações foram positivas. Entre as fraquezas, citou-se dificuldades na mudança do processo de trabalho, carência de recursos humanos, pouca sensibilidade de profissionais da assistência e ausência de tubo primário de urina, único insumo não fornecido. Como fortaleza, destaca-se aquisição centralizada de testes, compartilhamento de equipamentos e armazenamento de amostras à temperatura ambiente. Das 16.177 pessoas testadas, 1.004 (6,21%) foram positivas para C. trachomatis, 1.036 (6,4%) para N. gonorrhoeae e 239 (1,48%) para C. trachomatis/N. gonorrhoeae. A detecção de infecção ocorreu mais em pessoas jovens (≤ 24 vs. > 24 anos) (aOR = 2,65; IC95%: 2,38-2,96), do sexo masculino (aOR = 1,95; IC95%: 1,72-2,21), pardas/pretas (aOR = 1,06; IC95%: 1,05-1,11), na Região Sudeste (aOR = 1,08; IC95%: 1,02-1,13) e em amostras de secreção uretral (aOR = 1,46; IC95%: 1,41-1,52). Os resultados deste estudo demonstraram a importância da disponibilização da testagem em âmbito nacional, os quais subsidiaram a implantação da rede definitiva para detecção de C. trachomatis/N. gonorrhoeae no SUS.

Abstract: This study aimed to know the opinion of professionals participating in an experiment to implement a pilot for molecular tests to detect Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae at the Brazilian Unified National Health System (SUS). The detection rate of C. trachomatis and/or N. gonorrhoeae and the factors associated with infection were determined. The strategy included laboratories belonging to the HIV and viral hepatitis viral load network. Testing targeted people who are more vulnerable to sexually transmitted infections and collected urine samples and/or vaginal, endocervical, and/or male urethral swabs. Questionnaires were sent to state managers and laboratory professionals about the implementation of the pilot. Reviews were overall positive. Weaknesses included difficulties changing work processes, lack of human resources, poorly sensitized care professionals, and absence of primary urine tubes, the only input not provided. Strengths included the centralized acquisition of tests, sharing of equipment, and storage of samples at room temperature. Of the 16,177 people who were tested, 1,004 (6.21%) were positive for C. trachomatis; 1,036 (6.4%), for N. gonorrhoeae; and 239 (1.48%), for C. trachomatis/N. gonorrhoeae . Detection of any infection occurred more frequently in young people (≤ 24 vs. > 24 years) (adjOR = 2.65; 95%CI: 2.38-2.96), men (adjOR = 1.95; 95%CI: 1.72-2.21), brown/black individuals (adjOR = 1.06; 95%CI: 1.05-1.11), those in Southeastern Brazil (adjOR = 1.08; 95%CI: 1.02-1.13), and in urethral secretion samples (adjOR = 1.46; 95%CI: 1.41-1.52). Results show the importance of making testing available nationwide, which supported the implementation of a definitive network to detection C. trachomatis/N. gonorrhoeae in SUS.

Resumen: El objetivo de este estudio fue conocer la opinión de los profesionales participantes de la implantación piloto de pruebas moleculares para la detección de Chlamydia trachomatis y Neisseria gonorrhoeae en el Sistema Único de Salud brasileño (SUS). Se determinó la tasa de detección de C. trachomatis y/o N. gonorrhoeae y los factores asociados con la infección. En la estrategia participaron laboratorios pertenecientes a la red de carga viral de VIH y hepatitis virales. La prueba tuvo como público objetivo a personas más vulnerables a las infecciones de transmisión sexual, con recolección de muestras de orina y/o swabs vaginal, endocervicales y/o uretral masculino. Se enviaron cuestionarios a los gestores estatales y a los profesionales de laboratorio sobre la implementación piloto. En general, las evaluaciones fueron positivas. Entre las debilidades, se citó las dificultades en el cambio del proceso de trabajo, la falta de recursos humanos, los profesionales de la asistencia poco sensibilizados y la ausencia del contenedor de orina primaria, el único insumo no suministrado. Como fortalezas, se destaca la adquisición centralizada de pruebas, el intercambio de equipos y el almacenamiento de muestras a temperatura ambiente. De las 16.177 personas evaluadas, 1.004 (6,21%) fueron positivas para C. trachomatis, 1.036 (6,4%) para N. gonorrhoeae y 239 (1,48%) para C. trachomatis/N. gonorrhoeae. La detección de alguna infección ocurrió más en personas jóvenes (≤ 24 vs. > 24 años) (aOR = 2,65; IC95%: 2,38-2,96), del sexo masculino (aOR = 1,95; IC95%: 1,72-2,21), parda/negra (aOR = 1,06; IC95%: 1,05-1,11), localizadas en la región Sudeste (aOR = 1,08; IC95%: 1,02-1,13) y en muestras de secreción uretral (aOR = 1,46; IC95%: 1,41-1,52). Los resultados de este estudio demostraron la importancia de la disponibilidad de la prueba a nivel nacional, los cuales subsidiaron la implantación de la red definitiva para detección de C. trachomatis/N. gonorrhoeae en el SUS.

Rendimiento diagnóstico de un sistema molecular de uso en el punto de atención para la detección de SARS-CoV-2 en Perú / Diagnostic performance of a point-of-care molecular system for the detection of SARS-CoV-2 in Peru

RESUMEN En el presente estudio se estimó el rendimiento diagnóstico de la prueba Xpert®Xpress SARS-CoV-2 en comparación con la RT PCR en tiempo real-protocolo Charité, para la detección de SARS-CoV-2 en pacientes peruanos. Se trató de un diseño de prueba diagnóstica que incluyó 100 muestras de hisopado nasal y faríngeo. Se obtuvo una concordancia global de 98,70% (IC95%: 92,98-99,97), con un coeficiente kappa de 0,97 (IC95%: 0,86-1.00); se estimó una sensibilidad y especificad relativa de 100% y 96,15%, respectivamente. Adicionalmente, el porcentaje del área bajo la curva ROC fue 98,08% en ambos casos y se obtuvo una especificidad analítica del 100% para los diferentes virus respiratorios evaluados. En conclusión, la prueba Xpert®Xpress SARS-CoV-2 a partir de muestras de hisopado nasal y faríngeo fue altamente sensible y específica, así mismo el coeficiente kappa mostró una excelente correlación, al compararla con la prueba de referencia.

ABSTRACT The present study assessed the diagnostic performance of the Xpert®Xpress SARS-CoV-2 test in comparison with the Charité protocol real-time RT PCR for the detection of SARS-CoV-2 in Peruvian patients. This was a diagnostic test study that included 100 nasal and pharyngeal swab samples. We obtained an overall concordance of 98.70% (95%CI: 92.98-99.97), with a kappa coefficient of 0.97 (95%CI: 0.86-1.00) and sensitivity and relative specificity rates of 100% and 96.15%, respectively. Additionally, the percentage of the area under the ROC curve was 98.08% in both cases, and an analytical specificity rate of 100% was obtained for the different respiratory viruses evaluated. In conclusion, the Xpert®Xpress SARS-CoV-2 test, by using nasal and pharyngeal swab samples, was highly sensitive and specific, and the kappa coefficient showed an excellent correlation when compared to the reference test.

Mycological diagnosis of paracoccidioidomycosis in a hospital from a nonendemic area: classical and molecular methods / Diagnóstico micológico de paracoccidioidomicosis en un hospital de área no endémica: metodología clásica y molecular

Introduction: Paracoccidioidomycosis is a systemic mycosis endemic in Latin America. Climate change and host migration emphasize the need to optimize this infection diagnosis. Objective: To evaluate the implementation of Paracoccidioides spp. DNA detection in the mycological diagnosis of patients with suspected paracoccidioidomycosis. Materials and methods: It is a retrospective study with laboratory data from patients with clinical suspicion of paracoccidioidomycosis, who consulted a university hospital from a non-endemic area. Results: We analyzed the laboratory results of samples from 19 patients with suspected paracoccidioidomycosis. Seventeen out of 19 patients were born in or had visited an endemic area in Latin America. Fourteen adult male patients were confirmed to have paracoccidioidomycosis by conventional diagnosis: the direct examination was positive in 12 samples while fungal growth was found only in 4. Anti-Paracoccidioides spp. antibodies were detected in 10 patients, 8 of them with proven paracoccidioidomycosis. Nested PCR for Paracoccidioides spp. detection was performed on clinical samples from 14 patients, and positive results were obtained for 9 out of 10 patients with the conventional diagnosis of paracoccidioidomycosis. Conclusions: The incorporation of molecular techniques to detect Paracoccidioides spp. DNA complements the conventional diagnosis of paracoccidioidomycosis. This tool allows the prescription of antifungal treatment in those cases where the fungus is not observed in the clinical samples.

Introducción: La paracoccidioidomicosis es una micosis sistémica y endémica en Latinoamérica. El cambio climático y el movimiento migratorio del huésped enfatizan la necesidad de optimizar el diagnóstico de esta infección. Objetivo: Evaluar la implementación de la detección de ADN de Paracoccidioides spp. al diagnóstico micológico de pacientes con sospecha de paracoccidioidomicosis. Materiales y métodos. Estudio retrospectivo con datos de laboratorio de pacientes con sospecha de paracoccidioidomicosis en un hospital de área no endémica. Resultados: Se analizaron los resultados de las muestras de 19 pacientes con sospecha clínica de paracoccidioidomicosis. El 90 % de los pacientes había nacido o visitado un área endémica de esta micosis en Latinoamérica. En 14 pacientes varones adultos se confirmó paracoccidioidomicosis por diagnóstico convencional. El examen directo fue positivo en 12 pacientes con enfermedad comprobada y en 4 de ellos se obtuvo crecimiento del hongo. Se detectaron anticuerpos contra Paracoccidioides spp. en ocho pacientes con la enfermedad. Se realizó PCR anidada con muestras de 14 pacientes para detectar ADN de Paracoccidioides spp. En 9 de los 10 pacientes con diagnóstico convencional de paracoccidioidomicosis se obtuvo una prueba de PCR positiva. Conclusiones: La implementación de técnicas moleculares para detectar ADN de Paracoccidioides spp. complementa el diagnóstico convencional de paracoccidioidomicosis y permite instaurar el tratamiento antifúngico, sobre todo en los casos clínicos donde no se observa la presencia del hongo en las muestras clínicas. La migración actual de poblaciones humanas dificulta el diagnóstico de paracoccidioidiomicosis y otras infecciones endémicas, por lo que se requiere optimizar el diagnostico micológico en los laboratorios clínicos para tratar pacientes con este tipo micosis desatendida.

Teledentistry and COVID-19 molecular surveillance strategy for a safe clinical environment in Paediatric Dentistry / Teleodontología y estrategia de vigilancia molecular para COVID-19 proporcionando un entorno clínico seguro en Odontología Pediátrica / Teleodontologia e estratégia de vigilância molecular para a COVID-19 proporcionando um ambiente clínico seguro na Odontopediatria

The aim of this manuscript is to describe a hybrid care model to paediatricpatients on a virtual basis for dental treatment before conducting an in-person surveillance by using combined nasal/oral swabbing (NOS).This longitudinal study used a convenience sample of paediatric patients and members of the dental team from an undergraduate paediatric dentistry clinic at the University of São Paulo School of Dentistry during the COVID-19 pandemic. Firstly, parents werecontacted and teledentistry was used for screening children who need dental treatment. Appointments were scheduled once a week for two months, in which a pre-COVID-19 screening was performed. Dental team and children's parents completed a questionnaire addressing COVID-19-related symptoms. Members of the dental team and children were tested for COVID-19 before entering the dental clinic, by NOS and RT-PCR screening.Ninety-three individuals were enrolled and all of them completed the electronic questionnaire on symptoms and had NOS collected weekly, totalising 241 pairs of swabs. No participant reported COVID-19 symptomsbefore entering the clinic for treatment. Only one child tested positive in the third week of sampling. The hybrid care model associated with molecular testing for asymptomatics provided a safe clinical environment regarding the transmission of SARS-CoV-2 (AU).

El propósito de este manuscrito es describir un modelo híbrido de atención odontológica, a través de una plataforma virtual que precede a la realización de vigilancia molecular presencial mediante hisopado nasal/oral combinado, en pacientes pediátricos. Eneste estudio longitudinal se utilizó una muestra de conveniencia de pacientes pediátricos y miembros del equipo odontológico en la clínica de pregrado de la Facultad de Odontología de la Universidade de São Paulo durante la pandemia de COVID-19. En primerlugar, se contactó con los padres y se utilizó la consulta virtual para seleccionar a los niños que requerían tratamiento odontológico. Se programaron citas una vez a la semana durante dos meses, en las que se realizó el cribado previo a COVID-19. El equipo dental y los padres de los niños rellenaron un cuestionario en el que se abordaban los síntomas relacionados con la COVID-19. A continuación, los miembros del equipo dental y los niños fueron sometidos a pruebas de detección de COVID-19 antes de entrar en la clínica para atendimiento mediante cribado con hisopo nasal/oral y RT-PCR. Se inscribieron 93 personas, todas las cuales cumplimentaron el cuestionario electrónico sobre síntomas y se les recogieron muestras semanalmente, con un total de 241 pares dehisopos. Ningún participante declaró síntomas de COVID-19 antes de entrar en la clínica para recibir tratamiento. Sólo un niño dio positivo en la tercera semana de toma de muestras. El modelo de tratamiento híbrido unido a las pruebas moleculares para asintomáticos proporcionó un entorno clínico seguro con respecto a la transmisión del SARS-CoV-2 (AU).

O objetivo deste manuscrito é descrever um modelo de atendimento odontológico híbrido, por meio de uma plataforma virtual anterior a realização de uma vigilância molecular presencial usando esfregaço combinado nasal/oral, em pacientes pediátricos. Este estudo longitudinal utilizou uma amostra de conveniência de pacientes pediátricos e membros da equipe odontológica na clínica de graduação da Faculdade de Odontologia da Universidade de São Paulo durante a pandemia COVID-19. Primeiro, os pais foram contactados e a consulta virtual foi utilizada para o rastreio de crianças que necessitavam de tratamento odontológico. Foram agendadas consultas uma vez por semana durante dois meses, nas quais foi realizado um rastreio pré-COVID-19. A equipe odontológica e os pais das crianças preencheram um questionário que abordava os sintomas relacionados com a COVID-19. Em sequência, os membros da equipe odontológica e as crianças foram testados para o COVID-19 antes de entrarem na clínica para atendimento, através do rastreio com esfregaço nasal/oral e RT-PCR. Noventa e três indivíduos foram inscritos e todos eles preencheram o questionário eletrônico sobre os sintomas e tiveram amostras coletadas semanalmente, totalizando 241 pares de cotonetes. Nenhum participante comunicou sintomas de COVID-19 antes de entrar na clínica para tratamento. Apenas uma criança testou positivo na terceira semana de amostragem. O modelo de tratamento híbrido associado a testes moleculares para assintomática proporcionou um ambiente clínico seguro no que diz respeito à transmissão da SARS-CoV-2 (AU).

Colonization dynamics of subgingival microbiota in recently installed dental implants compared to healthy teeth in the same individual: a 6-month prospective observational study

Abstract Objectives To evaluate the colonization dynamics of subgingival microbiota established over six months around newly installed dental implants in periodontally healthy individuals, compared with their corresponding teeth. Methodology Seventeen healthy individuals assigned to receive single dental implants participated in the study. Subgingival biofilm was sampled from all implant sites and contralateral/ antagonist teeth on days 7, 30, 90, and 180 after implant installation. Microbiological analysis was performed using the Checkerboard DNA-DNA hybridization technique for detection of classical oral taxa and non-oral microorganisms. Significant differences were estimated by Mann-Whitney and Friedman tests, while associations between implants/teeth and target species levels were assessed by linear regression analysis (LRA). Significance level was set at 5%. Results Levels of some species were significantly higher in teeth compared to implants, respectively, at day 7 ( V.parvula , 6 × 10 5 vs 3 × 105 ; Milleri streptococci , 2 × 10 6 vs 6 × 10 5 ; Capnocytophaga spp., 2 × 10 6 vs 9 × 10 5 ; E.corrodens , 2 × 10 6 vs 5 × 10 5 ; N. mucosa , 2 × 10 6 vs 5 × 10 5 ; S.noxia , 2 × 10 6 vs 3 × 10 5 ; T.socranskii , 2 × 10 6 vs 5 × 10 5 ; H.alvei , 4 × 10 5 vs 2 × 10 5 ; and Neisseria spp., 6 × 10 5 vs 4 × 10 4 ), day 30 ( V.parvula , 5 × 10 5 vs 10 5 ; Capnocytophaga spp., 1.3 × 10 6 vs 6.8 × 10 4 ; F.periodonticum , 2 × 10 6 vs 10 6 ; S.noxia , 6 × 10 5 vs 2 × 10 5 ; H.alvei , 8 × 10 5 vs 9 × 10 4 ; and Neisseria spp., 2 × 10 5 vs 10 6 ), day 120 ( V.parvula , 8 × 10 5 vs 3 × 10 5 ; S.noxia , 2 × 10 6 vs 0; and T.socranskii , 3 × 10 5 vs 8 × 10 4 ), and day 180 ( S.enterica subsp. enterica serovar Typhi, 8 × 10 6 vs 2 × 10 6 ) (p<0.05). Implants showed significant increases over time in the levels of F.nucleatum , Gemella spp., H.pylori , P.micra , S.aureus , S.liquefaciens , and T.forsythia (p<0.05). LRA found that dental implants were negatively correlated with high levels of S. noxia and V. parvula (β=-0.5 to -0.3; p<0.05). Conclusions Early submucosal microbiota is diverse and only a few species differ between teeth and implants in the same individual. Only 7 days after implant installation, a rich microbiota can be found in the peri-implant site. After six months of evaluation, teeth and implants show similar prevalence and levels of the target species, including known and new periodontopathic species.

Diagnóstico micológico de paracoccidioidomicosis en un hospital de área no endémica: metodología clásica y molecular / Mycological diagnosis of paracoccidioidomycosis in a hospital from a nonendemic area: classical and molecular methods

Introducción. La paracoccidioidomicosis es una micosis sistémica y endémica en Latinoamérica. El cambio climático y el movimiento migratorio del huésped enfatizan la necesidad de optimizar el diagnóstico de esta infección. Objetivo. Evaluar la implementación de la detección de ADN de Paracoccidioides spp. al diagnóstico micológico de pacientes con sospecha de paracoccidioidomicosis. Materiales y métodos. Estudio retrospectivo con datos de laboratorio de pacientes con sospecha de paracoccidioidomicosis en un hospital de área no endémica. Resultados. Se analizaron los resultados de las muestras de 19 pacientes con sospecha clínica de paracoccidioidomicosis. El 90 % de los pacientes había nacido o visitado un área endémica de esta micosis en Latinoamérica. En 14 pacientes varones adultos se confirmó paracoccidioidomicosis por diagnóstico convencional. El examen directo fue positivo en 12 pacientes con enfermedad comprobada y en 4 de ellos se obtuvo crecimiento del hongo. Se detectaron anticuerpos contra Paracoccidioides spp. en ocho pacientes con la enfermedad. Se realizó PCR anidada con muestras de 14 pacientes para detectar ADN de Paracoccidioides spp. En 9 de los 10 pacientes con diagnóstico convencional de paracoccidioidomicosis se obtuvo una prueba de PCR positiva. Conclusiones. La implementación de técnicas moleculares para detectar ADN de Paracoccidioides spp. complementa el diagnóstico convencional de paracoccidioidomicosis y permite instaurar el tratamiento antifúngico, sobre todo en los casos clínicos donde no se observa la presencia del hongo en las muestras clínicas. La migración actual de poblaciones humanas dificulta el diagnóstico de paracoccidioidiomicosis y otras infecciones endémicas, por lo que se requiere optimizar el diagnostico micológico en los laboratorios clínicos para tratar pacientes con este tipo micosis desatendida.

Introduction. Paracoccidioidomycosis is a systemic mycosis endemic in Latin America. Climate change and host migration emphasize the need to optimize this infection diagnosis. Objective. To evaluate the implementation of Paracoccidioides spp. DNA detection in the mycological diagnosis of patients with suspected paracoccidioidomycosis. Materials and methods. It is a retrospective study with laboratory data from patients with clinical suspicion of paracoccidioidomycosis, who consulted a university hospital from a non-endemic area. Results. We analyzed the laboratory results of samples from 19 patients with suspected paracoccidioidomycosis. Seventeen out of 19 patients were born in or had visited an endemic area in Latin America. Fourteen adult male patients were confirmed to have paracoccidioidomycosis by conventional diagnosis: the direct examination was positive in 12 samples while fungal growth was found only in 4. Anti-Paracoccidioides spp. antibodies were detected in 10 patients, 8 of them with proven paracoccidioidomycosis. Nested PCR for Paracoccidioides spp. detection was performed on clinical samples from 14 patients, and positive results were obtained for 9 out of 10 patients with the conventional diagnosis of paracoccidioidomycosis. Conclusions. The incorporation of molecular techniques to detect Paracoccidioides spp. DNA complements the conventional diagnosis of paracoccidioidomycosis. This tool allows the prescription of antifungal treatment in those cases where the fungus is not observed in the clinical samples. Current human migrations difficult the mycological diagnosis of paracoccidioidomycosis and other fungal infections. For this reason, it is necessary to improve mycological diagnosis in clinical laboratories to adequately treat patients with this neglected mycosis.

[The intensity of PSMA intraprostatic uptake as a predictor of clinically significant prostate cancer]. / La intensidad de la captación intraprostática del PSMA como predictor de cáncer de próstata clínicamente significativo.

INTRODUCTION: Positron emission tomography (PET) with prostate-specific membrane antigen (PSMA) improves prostate cancer staging. Furthermore, the intensity of intraprostatic uptake of PSMA can predict clinically relevant oncologic outcomes. The objective of this study is to evaluate whether the intensity of PSMA uptake is associated with clinically significant prostate cancer and to determine which value of PSMA uptake best discriminates this relationship. METHODS: A cohort study of 40 patients with biopsy-proven prostate cancer prior to external radiotherapy was conducted. The correlation between intraprostatic PSMA uptake intensity and adverse pathological findings in prostate biopsy was evaluated. Which PSMA uptake value better discriminates clinically significant prostate cancer was assessed using ROC curves. RESULTS: Forty percent of the patients had a clinically significant prostate cancer and the maximum standardized uptake value (SUV max) had a mean of 11.5 (SD ± 7). The sample showed a Spearman correlation coefficient of 0.4 (p = 0.007). The area under the curve (AUC) was 0.73 and a SUV max = 9.5 showed a sensitivity of 0.81 and a specificity of 0.71 in the detection of clinically significant prostate cancer. CONCLUSION: Intraprostatic PSMA uptake intensity can be a new diagnostic tool in the detection of clinically significant prostate cancer. An uptake intensity equal or greater than 9.5 is correlated with clinically significant prostate cancer.

Introducción: La tomografía por emisión de positrones (PET) con antígeno de membrana específico de próstata (PSMA) mejora la estadificación del cáncer de próstata. Además, la intensidad de captación intraprostática del PSMA puede predecir resultados oncológicos clínicamente relevantes. Nuestro objetivo fue evaluar si la intensidad de captación de PSMA se asocia con el cáncer de próstata clínicamente significativo y poder conocer qué valor de captación de PSMA discrimina mejor esta relación. Métodos: Se realizó un estudio de cohorte de 40 pacientes con cáncer de próstata comprobado por biopsia previo a la realización de radioterapia externa. Se evaluó correlación entre intensidad de captación del PSMA intraprostático y los resultados patológicos adversos en la biopsia prostática. Se estudió qué valor de captación de PSMA discrimina mejor el cáncer de próstata clínicamente significativo utilizando curvas ROC. Resultados: El 40% de los pacientes tuvieron un cáncer de próstata clínicamente significativo, el maximum standardized uptake value (SUV max) tuvo una media de 11.5 (DE ± 7). La muestra arrojó un coeficiente de correlación Spearman de 0.4 (p = 0.007). El área bajo la curva (AUC) fue de 0.73, mostrando el punto de corte un SUV max = 9.5, sensibilidad 0.81 y especificidad 0.71 en la detección de cáncer de próstata clínicamente significativo. Conclusión: la intensidad de captación del PSMA intraprostático puede ser una nueva herramienta diagnóstica en la detección del cáncer de próstata clínicamente significativo. Una intensidad de captación = 9.5 tuvo una buena correlación con el cáncer de próstata clínicamente significativo.

La intensidad de la captación intraprostática del PSMA como predictor de cáncer de próstata clínicamente significativo / The intensity of PSMA intraprostatic uptake as a predictor of clinically significant prostate cancer

Resumen Introducción: La tomografía por emisión de positrones (PET) con antígeno de membrana específico de próstata (PSMA) mejora la estadificación del cáncer de próstata. Además, la intensidad de captación intraprostática del PSMA puede predecir resultados oncológicos clínicamente relevantes. Nuestro objetivo fue evaluar si la intensidad de captación de PSMA se asocia con el cáncer de próstata clínicamente significativo y poder conocer qué valor de captación de PSMA discrimina mejor esta relación. Métodos: Se realizó un estudio de cohorte de 40 pacientes con cáncer de próstata comprobado por biopsia previo a la realización de radioterapia externa. Se evaluó correlación entre intensidad de captación del PSMA intraprostático y los resulta dos patológicos adversos en la biopsia prostática. Se estudió qué valor de captación de PSMA discrimina mejor el cáncer de próstata clínicamente significativo utilizando curvas ROC. Resultados: El 40% de los pacientes tuvieron un cáncer de próstata clínicamente significativo, el maximum standardized uptake value (SUV max) tuvo una media de 11.5 (DE ± 7). La muestra arrojó un coeficiente de correlación Spearman de 0.4 (p = 0.007). El área bajo la curva (AUC) fue de 0.73, mostrando el punto de corte un SUV max ≥ 9.5, sensibilidad 0.81 y especificidad 0.71 en la detección de cáncer de próstata clínicamente significativo. Conclusión: la intensidad de captación del PSMA intraprostático puede ser una nueva herramienta diagnóstica en la detección del cáncer de próstata clínicamente significativo. Una intensidad de captación ≥ 9.5 tuvo una buena correlación con el cáncer de próstata clínicamente significativo.

Abstract Introduction: Positron emission tomography (PET) with prostate-specific membrane antigen (PSMA) improves prostate cancer staging. Furthermore, the intensity of intraprostatic uptake of PSMA can predict clinically relevant oncologic outcomes. The objective of this study is to evaluate whether the intensity of PSMA uptake is associated with clinically significant prostate cancer and to determine which value of PSMA uptake best dis criminates this relationship. Methods: A cohort study of 40 patients with biopsy-proven prostate cancer prior to external radiotherapy was conducted. The correlation between intraprostatic PSMA uptake intensity and adverse pathological findings in prostate biopsy was evaluated. Which PSMA uptake value better discriminates clinically significant prostate cancer was assessed using ROC curves. Results: Forty percent of the patients had a clinically significant prostate cancer and the maximum standardized uptake value (SUV max) had a mean of 11.5 (SD ± 7). The sample showed a Spearman correlation coefficient of 0.4 (p = 0.007). The area under the curve (AUC) was 0.73 and a SUV max ≥ 9.5 showed a sensitivity of 0.81 and a specificity of 0.71 in the detection of clinically significant prostate cancer. Conclusion: Intraprostatic PSMA uptake intensity can be a new diagnostic tool in the detection of clinically significant prostate cancer. An uptake intensity equal or greater than 9.5 is correlated with clinically significant prostate cancer.

Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2 / Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. OBJETIVO: Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. RESULTADOS: La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). CONCLUSIONES: Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Tick-Borne-Agents Detection in Patients with Acute Febrile Syndrome and Ticks from Magdalena Medio, Colombia.

Acute febrile illness (AFI) is a morbid condition with a sudden onset of fever with at least seven days of evolution, where no signs or symptoms related to an apparent infection have been identified. In Latin America, a high proportion of disease is typically due to malaria and arboviruses. However, among the infectious etiologies, tick-borne diseases (TBDs) should also be considered, especially in areas where people come into direct contact with these arthropods. This study aims to describe the etiology and epidemiology related to tick-borne agents in patients with AFI and the tick's natural infection by agents of TBD in the rural tropical Magdalena Medio region in Colombia, and explore the factors associated with the presence of Coxiella burnetii infection. We conduct a cohort study enrolling 271 patients with AFI to detect the bacteria of the genera Anaplasma, Ehrlichia, Coxiella, Rickettsia, Borrelia, and Francisella through molecular techniques, and additionally evaluate the presence of IgG antibodies with commercially available kits. We also conduct tick collection in the patient's households or workplaces for the molecular screening of the same bacterial genera. Seropositivity to IgG antibodies was obtained for all the bacteria analyzed, with Francisella being the most common at 39.5% (107/271), followed by R. rickettsii at 31.4% (85/271), Ehrlichia at 26.9% (73/271), R. typhi at 15.5% (42/271), Anaplasma at 14.4% (39/271), and Borrelia at 6.6% (18/271). However, these bacteria were not detected by the molecular techniques used. Coxiella burnetii infection was detected in 39.5% of the patients: 49.5% only by phase I and II IgG antibodies, 33.6% only by real-time PCR, and 16.8% had a concordant positive result for both techniques. A total of 191 adult ticks, 111 females and 80 males, were collected and identified as Rhipicephalus sanguineus s.l. and Rhipicephalus microplus. In the 169 adult ticks in which natural infection was evaluated, Ehrlichia spp. was detected in 21.3% (36/169), Coxiella spp. in 11.8% (20/169), and Anaplasma spp. in 4.7% (8/169). In conclusion, we identified the prior exposition to Francisella, Anaplasma, Ehrlichia, Rickettsia, Borrelia, and Coxiella in patients through serological tests. We also detected the infection of C. burnetii using molecular techniques. In the ticks, we identified bacteria of the genera Coxiella, Anaplasma, and Ehrlichia. These results suggest the importance of these zoonotic agents as possible causes of AFI in this region.

Validación clínica de la prueba RT-LAMP para el diagnóstico rápido del SARS-CoV-2 / Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2

Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Introduction: Since the first report in Wuhan (China) in 2019, the SARS-CoV-2 virus has spread throughout the world, with a significant impact in public health. To contain its transmission, the WHO has encouraged the development of rapid, simple, sensitive and specific tests that complement qRT-PCR, as the gold standard. RT-LAMP has shown to be a good alternative to detect SARS-CoV-2 in different fluid samples. Objective: To validate the colorimetric RT-LAMP technique using two sets of primers targeting N gene of SARS-CoV-2 in 117 nasopharyngeal swab samples previously confirmed by RT-qPCR, using the Charité/Berlin protocol. Material and methods: A total of 153 nasopharyngeal swab samples from individuals with suspected COVID-19 were subjected to qRT-PCR and RT-LAMP using a commercial colorimetric kit (NEB, Germany). RT-LAMP was performed using both extracted RNA samples and raw samples without prior RNA extraction, and the result was assessed by a simple color change in the reaction. Results: Sensitivity and specificity for the previously reported RT-LAMP primers (Broughton set) targeting N gene of SARS-CoV-2 were 0.97 (0.85-1.00) and 0.81 (0.65-0.92) respectively, with CI95%. The Lalli primers targeting another region of the N gene used showed a sensitivity value of 0.96 (0.78-1.00) and a specificity of 0.77 (0.55-0.92). Without RNA extraction we found a sensitivity value of 0.95 (0.74, 1.00) and a specificity of 0.88 (0.64, 0.99). A sensitivity value of 0.95 (0.74-1.00) and a specificity 0.88 (0.64-0.99) were found without prior RNA extraction. Conclusion: Taking together, the results showed that RT-LAMP technique could be considered as a rapid diagnostic test, easy to perform, free of sophisticated equipment, sensitive and specific to diagnose SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swabs with and without prior RNA extraction, allowing its implementation in places with scarce resources.

Comparison of two isothermal methods for SARS-COV-2 screening in Callao, Peru

Objective: To compare the isothermal molecular screening techniques CPA and RT-LAMP, against the gold standard test, reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR), and to determine its agreement. Materials and Methods: Paired comparative case-control study. For the evaluation of the CPA method, 70 cases and 130 controls were used, while for RT-LAMP, 30 cases and 70 controls were used. The sensitivity and specificity of both tests were calculated. Subsequently, the bias-corrected Kappa index was calculated by resampling. Results: Both techniques have adequate and equivalent values of sensitivity (RT-LAMP: 82.8%, CPA: 83%) and specificity (RT-LAMP and CPA: 91.5%), as well as a high concordance (88%), and Kappa-index (0.72). Conclusion: Both isothermal molecular screening techniques are suitable for SARS-CoV-2 screening, with a similar sensitivity and specificity.

Objetivo : Comparar las técnicas de cribado molecular isotérmico CPA y RT-LAMP, frente a la prueba de referencia, la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa de transcripción inversa (RT-qPCR), y determinar su concordancia. Materiales y métodos : Estudio comparativo de casos y controles emparejados. Para la evaluación del método CPA se utilizaron 70 casos y 130 controles, mientras que para la RT-LAMP se utilizaron 30 casos y 70 controles. Se calcularon la sensibilidad y la especificidad de ambas pruebas. Posteriormente, se calculó el índice Kappa corregido por sesgo mediante un nuevo muestreo. Resultados: Ambas técnicas presentan valores adecuados y equivalentes de sensibilidad (RT-LAMP: 82,8 %, CPA: 83 %) y especificidad (RT-LAMP y CPA: 91,5 %), así como una alta concordancia (88 %), y un índice Kappa (0,72). Conclusiones: Ambas técnicas de cribado molecular isotérmico son adecuadas para el cribado del SARS-CoV-2, con una sensibilidad y especificidad similares.

Amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis purificado de hisopados nasofaríngeos por un método de bajo costo, rápido (60-segundos) y libre de equipos / Direct amplification of Bordetella pertussis DNA purified from nasopharyngeal swabs by a low-cost, fast (60-second), and equipment-free method

RESUMEN Objetivo. Desarrollar y evaluar un método de bajo costo basado en celulosa para la purificación rápida y amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis de hisopados nasofaríngeos. Materiales y métodos. Se prepararon discos de celulosa y se evaluaron diferentes parámetros (buffers de lisis/lavado, número de discos y elución de ADN). El método se acopló a una amplificación directa por PCR en tiempo real (qPCR) y se estimó el rendimiento utilizando hisopados nasofaríngeos que fueron positivos (n=100) y negativos (n=50) para ADN B. pertussis por qPCR, comparado con el método basado en columnas de sílice. Se calculó el grado de concordancia, sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN). Se evaluó la factibilidad del método rápido para ser acoplado a un ensayo colorimétrico de amplificación isotérmica mediada por lazo (LAMP). Resultados. El método rápido con un disco de celulosa y buffer de lisis y lavado conteniendo PVP-40 y Tween 20, respectivamente, mostró una mayor capacidad para purificar ADN amplificable de B. pertussis. El método tuvo una sensibilidad de 89,0% (IC95%, 80,2%-94,9%) y una especificidad de 98,5% (IC95%, 92,1%-100,0%), con un buen grado de concordancia (Kappa=0,867; IC95% 0,788 - 0,946), respecto al método referencial. Los VPP y VPN fueron 98,6% (IC95%, 92,7,2%-100,0%) y 88,2% (IC95%, 78,7%-94,4%), respectivamente. Se evidenció una amplificación exitosa por LAMP, y se obtuvieron resultados comparables con el método por columnas de sílice. Conclusión. El método desarrollado es simple, de bajo costo y libre de equipos para la obtención rápida (60 segundos) de ADN en el punto de atención, y puede ser implementado en diversas técnicas moleculares orientados al diagnóstico oportuno y al estudio epidemiológico de tos ferina.

ABSTRACT Objective. To develop and evaluate a low-cost cellulose-based method for rapid purification and direct amplification of Bordetella pertussis DNA from nasopharyngeal swabs. Materials and methods. We prepared cellulose discs and evaluated different parameters (lysis/wash buffers, number of discs and DNA elution). The method was coupled to a direct real-time PCR (qPCR) amplification and the performance was estimated using nasopharyngeal swabs that were positive (n=100) and negative (n=50) for B. pertussis DNA by qPCR, compared to the silica column-based method. We calculated sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) and the degree of agreement. The feasibility of the rapid method to be coupled to a loop-mediated isothermal amplification colorimetric assay (LAMP) was evaluated. Results. The rapid method, with a cellulose disk and lysis and wash buffer containing PVP-40 and Tween 20, respectively, showed a greater capacity to purify amplifiable DNA from B. pertussis. The method had a sensitivity of 89.0% (95%CI: 80.2%-94.9%) and a specificity of 98.5% (95%CI: 92.1%-100.0%), with a good degree of agreement (Kappa=0.867; 95%CI: 0.788 - 0.946), compared to the reference method. The PPV and NPV were 98.6% (95%CI: 92.7.2%-100.0%) and 88.2% (95%CI: 78.7%-94.4%), respectively. Successful amplification by LAMP was evident, and comparable results were obtained with the silica column method. Conclusion. The developed method is simple, low-cost and equipment-free for rapid (60 seconds) DNA collection at the point of care, and can be implemented in various molecular techniques aimed at the timely diagnosis and epidemiological study of pertussis.