Remote Sensing and Ecological Variables Related to Influenza A Prevalence and Subtype Diversity in Wild Birds in the Lluta Wetland of Northern Chile.

The Lluta River is the northernmost coastal wetland in Chile, representing a unique ecosystem and an important source of water in the extremely arid Atacama Desert. During peak season, the wetland is home to more than 150 species of wild birds and is the first stopover point for many migratory species that arrive in the country along the Pacific migratory route, thereby representing a priority site for avian influenza virus (AIV) surveillance in Chile. The aim of this study was to determine the prevalence of influenza A virus (IAV) in the Lluta River wetland, identify subtype diversity, and evaluate ecological and environmental factors that drive the prevalence at the study site. The wetland was studied and sampled from September 2015 to October 2020. In each visit, fresh fecal samples of wild birds were collected for IAV detection by real-time RT-PCR. Furthermore, a count of wild birds present at the site was performed and environmental variables, such as temperature, rainfall, vegetation coverage (Normalized Difference Vegetation Index-NDVI), and water body size were determined. A generalized linear mixed model (GLMM) was built to assess the association between AIV prevalence and explanatory variables. Influenza positive samples were sequenced, and the host species was determined by barcoding. Of the 4349 samples screened during the study period, overall prevalence in the wetland was 2.07% (95% CI: 1.68 to 2.55) and monthly prevalence of AIV ranged widely from 0% to 8.6%. Several hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) subtypes were identified, and 10 viruses were isolated and sequenced, including low pathogenic H5, H7, and H9 strains. In addition, several reservoir species were recognized (both migratory and resident birds), including the newly identified host Chilean flamingo (Phoenicopterus chilensis). Regarding environmental variables, prevalence of AIV was positively associated with NDVI (OR = 3.65, p < 0.05) and with the abundance of migratory birds (OR = 3.57, p < 0.05). These results emphasize the importance of the Lluta wetland as a gateway to Chile for viruses that come from the Northern Hemisphere and contribute to the understanding of AIV ecological drivers.

Environmental characterization and soil organic matter prediction for Salto Watershed, Extrema, MG / Caracterização ambiental e predição dos teores de matéria orgânica do solo na Sub-Bacia do Salto, Extrema, MG

Rational management in a watershed requires knowledge of several important parameters regarding the hydrology, including morphometric, vegetation cover and soil organic matter (MOS) amounts. The objectives of this study were to evaluate the morphometric characteristics, identify the existence of vegetation using the normalized difference vegetation index (NDVI) and analyze the spatial variability of the organic matter amount, obtained through combination of landscape properties of the Salto Sub-basin, Extrema, MG, Brazil. Digitalized topographic maps, satellites images and the Inverse Distance Weighted interpolation methods were used to acquire the MOS spatial variability. The Salto Sub-basin has a median tendency for flooding; drainage is efficient and highly branched. Most part of the Sub-basin is occupied by degraded pastures with vegetation with high biomass occurs mainly in headwater areas. The properties set that better estimated the MOS was slope, profile curvature, NDVI and topographic wetness index (TWI). In most of the study area, MOS showed medium amount (2.01 to 4.00 dag kg-1), with higher levels in areas of high altitudes (about 1,600 m) at the headwaters of the Sub-basin.

O manejo racional em uma bacia hidrográfica requer o conhecimento de diversos parâmetros, entre eles a morfometria, a cobertura vegetal e o teor de matéria orgânica do solo (MOS). Os objetivos do trabalho foram avaliar as características morfométricas, a presença de vegetação utilizando o índice de vegetação por diferença normalizada (NDVI), e a distribuição espacial dos teores de matéria orgânica do solo (MOS) obtida a partir da combinação dos atributos da paisagem na Sub-bacia Hidrográfica do Salto, no município de Extrema, MG. Foram utilizados mapas topográficos digitalizados, imagens de satélite e o modelo de regressão linear múltipla relacionando os atributos da paisagem com o teor de MOS para obter a distribuição espacial da MOS. A Sub-bacia do Salto possui tendência mediana a enchentes, a drenagem é eficiente e bastante ramificada. Grande parte da sub-bacia encontra-se ocupada por pastagens degradadas e a vegetação com grande quantidade de biomassa ocorre principalmente nas áreas de cabeceira. O conjunto de atributos que melhor estimou o teor de MOS foi declividade, perfil de curvatura, NDVI e índice topográfico de umidade (TWI). A MOS apresentou teor médio (2,01 a 4,00 dag kg-1) na maior parte da área estudada, situados principalmente em áreas de maior altitude (cerca de 1.600 m) nas cabeceiras da Sub-bacia.

Environmental characterization and soil organic matter prediction for Salto Watershed, Extrema, MG / Caracterização ambiental e predição dos teores de matéria orgânica do solo na Sub-Bacia do Salto, Extrema, MG

Rational management in a watershed requires knowledge of several important parameters regarding the hydrology, including morphometric, vegetation cover and soil organic matter (MOS) amounts. The objectives of this study were to evaluate the morphometric characteristics, identify the existence of vegetation using the normalized difference vegetation index (NDVI) and analyze the spatial variability of the organic matter amount, obtained through combination of landscape properties of the Salto Sub-basin, Extrema, MG, Brazil. Digitalized topographic maps, satellites images and the Inverse Distance Weighted interpolation methods were used to acquire the MOS spatial variability. The Salto Sub-basin has a median tendency for flooding; drainage is efficient and highly branched. Most part of the Sub-basin is occupied by degraded pastures with vegetation with high biomass occurs mainly in headwater areas. The properties set that better estimated the MOS was slope, profile curvature, NDVI and topographic wetness index (TWI). In most of the study area, MOS showed medium amount (2.01 to 4.00 dag kg-1), with higher levels in areas of high altitudes (about 1,600 m) at the headwaters of the Sub-basin.

O manejo racional em uma bacia hidrográfica requer o conhecimento de diversos parâmetros, entre eles a morfometria, a cobertura vegetal e o teor de matéria orgânica do solo (MOS). Os objetivos do trabalho foram avaliar as características morfométricas, a presença de vegetação utilizando o índice de vegetação por diferença normalizada (NDVI), e a distribuição espacial dos teores de matéria orgânica do solo (MOS) obtida a partir da combinação dos atributos da paisagem na Sub-bacia Hidrográfica do Salto, no município de Extrema, MG. Foram utilizados mapas topográficos digitalizados, imagens de satélite e o modelo de regressão linear múltipla relacionando os atributos da paisagem com o teor de MOS para obter a distribuição espacial da MOS. A Sub-bacia do Salto possui tendência mediana a enchentes, a drenagem é eficiente e bastante ramificada. Grande parte da sub-bacia encontra-se ocupada por pastagens degradadas e a vegetação com grande quantidade de biomassa ocorre principalmente nas áreas de cabeceira. O conjunto de atributos que melhor estimou o teor de MOS foi declividade, perfil de curvatura, NDVI e índice topográfico de umidade (TWI). A MOS apresentou teor médio (2,01 a 4,00 dag kg-1) na maior parte da área estudada, situados principalmente em áreas de maior altitude (cerca de 1.600 m) nas cabeceiras da Sub-bacia.

Caracterização espectral multitemporal dos cereais de estação fria em imagens de satélite com média resolução espacial / Multitemporal spectral characterization of cool season cereals in satellite images with moderate spatial resolution

A fim de avaliar os padrões de resposta de áreas cultivadas com cereais de estação fria destinados para pastagens e para produção de grãos em imagens de satélite, foram analisados perfis temporais de índice de vegetação por diferença normalizada (NDVI), adquiridos em 29 áreas cultivadas com trigo e azevém anual, nos Estados do Rio Grande do Sul e Paraná. Para cada área foi informada a espécie cultivada (trigo ou azevém anual) e a coordenada do ponto central da área adquirido por meio do Global Positioning System (GPS). Foram usadas as imagens do sensor MODIS (Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer), com resolução espacial de 250 metros, sobre cada área monitorada, de onde os valores de NDVI foram extraídos. Os perfis temporais de NDVI mostraram que os cultivos de produção de grãos têm um comportamento espectral típico de cultivos agrícolas, enquanto que, nas áreas cultivadas para a produção de pastagem, não foi observado esse mesmo padrão. As diferenças nos padrões temporais observadas se devem a modificações que o pastoreio impõe na fenologia e na morfologia dessas plantas.

In order to evaluate the satellite image patterns between such cool season cereals cultivated areas intended for grazing or grain production, Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) temporal profiles were analyzed. This data was acquired from twenty nine wheat and annual ryegrass cultivated areas in the states of Rio Grande do Sul and Paraná. For each area, the cultivated species (wheat or ryegrass), as well as the respective central point coordinates, acquired via Global Positioning System (GPS) was informed. NDVI values were extracted over each monitored area from MODIS (Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer) sensor images, with spatial resolution of 250 meters. The NDVI temporal profiles showed that grain production areas have a typical agricultural field spectral pattern. The same pattern was not observed for the grazing pasture areas. The differences observed in these temporal patterns are defined by the changes that grazing has imposed on the phenology and morphology of these plants.

Caracterização espectral multitemporal dos cereais de estação fria em imagens de satélite com média resolução espacial

In order to evaluate the satellite image patterns between such cool season cereals cultivated areas intended for grazing or grain production, Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) temporal profiles were analyzed. This data was acquired from twenty nine wheat and annual ryegrass cultivated areas in the states of Rio Grande do Sul and Paraná. For each area, the cultivated species (wheat or ryegrass), as well as the respective central point coordinates, acquired via Global Positioning System (GPS) was informed. NDVI values were extracted over each monitored area from MODIS (Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer) sensor images, with spatial resolution of 250 meters. The NDVI temporal profiles showed that grain production areas have a typical agricultural field spectral pattern. The same pattern was not observed for the grazing pasture areas. The differences observed in these temporal patterns are defined by the changes that grazing has imposed on the phenology and morphology of these plants.

A fim de avaliar os padrões de resposta de áreas cultivadas com cereais de estação fria destinados para pastagens e para produção de grãos em imagens de satélite, foram analisados perfis temporais de índice de vegetação por diferença normalizada (NDVI), adquiridos em 29 áreas cultivadas com trigo e azevém anual, nos Estados do Rio Grande do Sul e Paraná. Para cada área foi informada a espécie cultivada (trigo ou azevém anual) e a coordenada do ponto central da área adquirido por meio do Global Positioning System (GPS). Foram usadas as imagens do sensor MODIS (Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer), com resolução espacial de 250 metros, sobre cada área monitorada, de onde os valores de NDVI foram extraídos. Os perfis temporais de NDVI mostraram que os cultivos de produção de grãos têm um comportamento espectral típico de cultivos agrícolas, enquanto que, nas áreas cultivadas para a produção de pastagem, não foi observado esse mesmo padrão. As diferenças nos padrões temporais observadas se devem a modificações que o pastoreio impõe na fenologia e na morfologia dessas plantas.

Caracterização espectral multitemporal dos cereais de estação fria em imagens de satélite com média resolução espacial

In order to evaluate the satellite image patterns between such cool season cereals cultivated areas intended for grazing or grain production, Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) temporal profiles were analyzed. This data was acquired from twenty nine wheat and annual ryegrass cultivated areas in the states of Rio Grande do Sul and Paraná. For each area, the cultivated species (wheat or ryegrass), as well as the respective central point coordinates, acquired via Global Positioning System (GPS) was informed. NDVI values were extracted over each monitored area from MODIS (Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer) sensor images, with spatial resolution of 250 meters. The NDVI temporal profiles showed that grain production areas have a typical agricultural field spectral pattern. The same pattern was not observed for the grazing pasture areas. The differences observed in these temporal patterns are defined by the changes that grazing has imposed on the phenology and morphology of these plants.

A fim de avaliar os padrões de resposta de áreas cultivadas com cereais de estação fria destinados para pastagens e para produção de grãos em imagens de satélite, foram analisados perfis temporais de índice de vegetação por diferença normalizada (NDVI), adquiridos em 29 áreas cultivadas com trigo e azevém anual, nos Estados do Rio Grande do Sul e Paraná. Para cada área foi informada a espécie cultivada (trigo ou azevém anual) e a coordenada do ponto central da área adquirido por meio do Global Positioning System (GPS). Foram usadas as imagens do sensor MODIS (Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer), com resolução espacial de 250 metros, sobre cada área monitorada, de onde os valores de NDVI foram extraídos. Os perfis temporais de NDVI mostraram que os cultivos de produção de grãos têm um comportamento espectral típico de cultivos agrícolas, enquanto que, nas áreas cultivadas para a produção de pastagem, não foi observado esse mesmo padrão. As diferenças nos padrões temporais observadas se devem a modificações que o pastoreio impõe na fenologia e na morfologia dessas plantas.

Caracterização espectral multitemporal dos cereais de estação fria em imagens de satélite com média resolução espacial

In order to evaluate the satellite image patterns between such cool season cereals cultivated areas intended for grazing or grain production, Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) temporal profiles were analyzed. This data was acquired from twenty nine wheat and annual ryegrass cultivated areas in the states of Rio Grande do Sul and Paraná. For each area, the cultivated species (wheat or ryegrass), as well as the respective central point coordinates, acquired via Global Positioning System (GPS) was informed. NDVI values were extracted over each monitored area from MODIS (Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer) sensor images, with spatial resolution of 250 meters. The NDVI temporal profiles showed that grain production areas have a typical agricultural field spectral pattern. The same pattern was not observed for the grazing pasture areas. The differences observed in these temporal patterns are defined by the changes that grazing has imposed on the phenology and morphology of these plants.

A fim de avaliar os padrões de resposta de áreas cultivadas com cereais de estação fria destinados para pastagens e para produção de grãos em imagens de satélite, foram analisados perfis temporais de índice de vegetação por diferença normalizada (NDVI), adquiridos em 29 áreas cultivadas com trigo e azevém anual, nos Estados do Rio Grande do Sul e Paraná. Para cada área foi informada a espécie cultivada (trigo ou azevém anual) e a coordenada do ponto central da área adquirido por meio do Global Positioning System (GPS). Foram usadas as imagens do sensor MODIS (Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer), com resolução espacial de 250 metros, sobre cada área monitorada, de onde os valores de NDVI foram extraídos. Os perfis temporais de NDVI mostraram que os cultivos de produção de grãos têm um comportamento espectral típico de cultivos agrícolas, enquanto que, nas áreas cultivadas para a produção de pastagem, não foi observado esse mesmo padrão. As diferenças nos padrões temporais observadas se devem a modificações que o pastoreio impõe na fenologia e na morfologia dessas plantas.