MuDoGeR: Multi-Domain Genome recovery from metagenomes made easy.

Several computational frameworks and workflows that recover genomes from prokaryotes, eukaryotes and viruses from metagenomes exist. Yet, it is difficult for scientists with little bioinformatics experience to evaluate quality, annotate genes, dereplicate, assign taxonomy and calculate relative abundance and coverage of genomes belonging to different domains. MuDoGeR is a user-friendly tool tailored for those familiar with Unix command-line environment that makes it easy to recover genomes of prokaryotes, eukaryotes and viruses from metagenomes, either alone or in combination. We tested MuDoGeR using 24 individual-isolated genomes and 574 metagenomes, demonstrating the applicability for a few samples and high throughput. While MuDoGeR can recover eukaryotic viral sequences, its characterization is predominantly skewed towards bacterial and archaeal viruses, reflecting the field's current state. However, acting as a dynamic wrapper, the MuDoGeR is designed to constantly incorporate updates and integrate new tools, ensuring its ongoing relevance in the rapidly evolving field. MuDoGeR is open-source software available at https://github.com/mdsufz/MuDoGeR. Additionally, MuDoGeR is also available as a Singularity container.

OrtSuite: from genomes to prediction of microbial interactions within targeted ecosystem processes.

The high complexity found in microbial communities makes the identification of microbial interactions challenging. To address this challenge, we present OrtSuite, a flexible workflow to predict putative microbial interactions based on genomic content of microbial communities and targeted to specific ecosystem processes. The pipeline is composed of three user-friendly bash commands. OrtSuite combines ortholog clustering with genome annotation strategies limited to user-defined sets of functions allowing for hypothesis-driven data analysis such as assessing microbial interactions in specific ecosystems. OrtSuite matched, on average, 96% of experimentally verified KEGG orthologs involved in benzoate degradation in a known group of benzoate degraders. We evaluated the identification of putative synergistic species interactions using the sequenced genomes of an independent study that had previously proposed potential species interactions in benzoate degradation. OrtSuite is an easy-to-use workflow that allows for rapid functional annotation based on a user-curated database and can easily be extended to ecosystem processes where connections between genes and reactions are known. OrtSuite is an open-source software available at https://github.com/mdsufz/OrtSuite.

Indices of agreement between neurosurgeons and a radiologist in interpreting tomography scans in an emergency department / Índice de concordância entre neurocirurgiões e radiologistas na interpretação de tomografias de crânio na emergência

The power of interpretation in the analysis of cranial computed tomography (CCT) among neurosurgeons and radiologists has rarely been studied. This study aimed to assess the rate of agreement in the interpretation of CCTs between neurosurgeons and a radiologist in an emergency department. Method 227 CCT were independently analyzed by two neurosurgeons (NS1 and NS2) and a radiologist (RAD). The level of agreement in interpreting the examination was studied. Results The Kappa values obtained between NS1 and NS2 and RAD were considered nearly perfect and substantial agreement. The highest levels of agreement when evaluating abnormalities were observed in the identification of tumors, hydrocephalus and intracranial hematomas. The worst levels of agreement were observed for leukoaraiosis and reduced brain volume. Conclusions For diseases in which the emergency room procedure must be determined, agreement in the interpretation of CCTs between the radiologist and neurosurgeons was satisfactory. .

O poder de interpretação na análise de tomografias de crânio (TCC) entre neurocirurgiões e radiologistas tem sido pouco estudada. O objetivo deste estudo é avaliar as taxas de concordância na interpretação de TCCs entre neurocirugiões e radiologista em um departamento de emergência. Método 227 TCCs foram independentemente analizadas por 2 neurocirugiões (NC1 e NC2) e um radiologista(RAD). O índice de concordância nas análises foi estudada posteriormente. Resultados O valor de Kappa obtido entre os NC1 e NC 2 e entre estes e RAD foram quase perfeitos e substancial respectivamente. O maiores índices de concordância quando avaliadas anormalidades foram observados na identificação de tumores, hidrocefalia e hematomas intracranianos. O piores índices foram observados com relação a leucaraiose e redução volumétrica. Conclusão Para doenças apresentadas em um departamento emergência que demandam tratamento mais agressivo o índice de concordância na interpretação de TCCs entre RAD e NC foi satisfatório. .

Indices of agreement between neurosurgeons and a radiologist in interpreting tomography scans in an emergency department.

UNLABELLED: The power of interpretation in the analysis of cranial computed tomography (CCT) among neurosurgeons and radiologists has rarely been studied. This study aimed to assess the rate of agreement in the interpretation of CCTs between neurosurgeons and a radiologist in an emergency department. METHOD: 227 CCT were independently analyzed by two neurosurgeons (NS1 and NS2) and a radiologist (RAD). The level of agreement in interpreting the examination was studied. RESULTS: The Kappa values obtained between NS1 and NS2 and RAD were considered nearly perfect and substantial agreement. The highest levels of agreement when evaluating abnormalities were observed in the identification of tumors, hydrocephalus and intracranial hematomas. The worst levels of agreement were observed for leukoaraiosis and reduced brain volume. CONCLUSIONS: For diseases in which the emergency room procedure must be determined, agreement in the interpretation of CCTs between the radiologist and neurosurgeons was satisfactory.

Avaliaçåo da comunicaçåo médica: um estudo através dos pedidos de consulta à psiquitria / Evaluation of the medical communication: a study based on the referrals sent to the psychiatric

Tratamos neste artigo de fazer um estudo crítico sobre a comunicaçåo médica. O objeto escolhido para análise foram os pedidos de consulta (PCs) enviados à Psiquiatria por julgarmos legítimos representantes da qualidade da comunicaçåo escrita entre os médicos. O estudo realizou-se durante o período compreendido entre fevereiro e dezembro de 1994, estruturado em duas etapas: 1) análise dos PCS (conteúdo e parte formal) e 2) aplicaçåo de um protocolo para os pacientes que compareceram às consultas (dados demográficos e análise clínica). Recebemos 181 PCs, perfazendo uma média mensal de 16,5. Devido à baixa qualidade, 35,4 por cento dos PCs foram devolvidos às clínicas solicitantes (1§ grupo de exclusåo), com orientaçöes para reescreve-los adequadamente. 117 pacientes foram convocados para consulta, sendo que 38 faltaram (2§ grupo de exclusåo). Examinamos efetivamente 79 PCs e os respectivos pacientes. Principais resultados e conclusöes: - A comunicaçåo entre os médicos em nosso serviço é problemática, pois a qualidade dos PCs é baixa (35,4 por cento foram recusados), indicativo de deficiência na complexa área da formaçåo médica; - O serviço de consultoria ambulatorial nåo supre a demanda terapêutica interna do hospital; Um treinamento formal direcionado para a redaçåo de documentos médicos ao nível de residência seria bem vindo; Há uma necessidade de estudos operacionais periódicos para aprimoramento da eficácia do serviço

Avaliacao da comunicacao medica: um estudo atraves dos pedidos de consulta a psiquiatria

Tratamos neste artigo de fazer um estudo critico sobre a comunicacao medica. O objetivo escolhido para analise foram os pedidos de consulta (PCs) enviados a Psiquiatria por julgarmos legitimos representantes da qualidade da comunicacao escrita entre os medicos. O estudo realizou-se durante o periodo compreendido entre fevereiro e dezembro de 1994, estruturado em duas estapas: 1) analise dos PCs (conteudo e parte formal) e 2) aplicacao de um protocolo para os pacientes que compareceram as consultas (dados demograficos e analise clinica). Recebemos 181 PCs, perfazendo uma media de 16,5. Devido a baixa qualidade, 35,4 por cento dos PCs foram devolvidos as clinicas solicitantes (primeiro grupo de exclusao), com orientacao para reescreve-los adequadamente. 117 pacientes foram concocados para consulta, sendo que 38 faltaram (segundo grupo de exclusao). Examinamos efetivamente 79 PCs e os respectivos pacientes. Principais resultados e conclusoes: A comunicacao entre os medicos em nossa servico e problematica, pois a qualidade dos PCs e baixa (35,4 por cento foram recusados), indicativo de deficiencia na complexa area da formacao medica; O servico de consultoria ambulatorial nao supere a demanda terapeutica interna do hospital; Um treinamento formal direcionado para a redacao de documentos medicos ao nivel de residencia seria bem vindo; Ha uma necessidade de estudos operacionais periodicos para aprimoramento da eficacia do servico.