Interacting bosons in a triple well: Preface of many-body quantum chaos.

Systems of interacting bosons in triple-well potentials are of significant theoretical and experimental interest. They are explored in contexts that range from quantum phase transitions and quantum dynamics to semiclassical analysis. Here, we systematically investigate the onset of quantum chaos in a triple-well model that moves away from integrability as its potential gets tilted. Even in its deepest chaotic regime, the system presents features reminiscent of integrability. Our studies are based on level spacing distribution and spectral form factor, structure of the eigenstates, and diagonal and off-diagonal elements of observables in relationship to the eigenstate thermalization hypothesis. With only three sites, the system's eigenstates are at the brink of becoming fully chaotic, so they do not yet exhibit Gaussian distributions, which resonates with the results for the observables.

Effects of Environmental Variables and Habitat Integrity on the Structure of the Aquatic Insect Communities of Streams in the Cerrado-Caatinga Ecotone in Northeastern Brazil.

Alterations in the environmental gradients of streams have a direct influence on the structure of the insect communities of the orders Ephemeroptera, Plecoptera, and Trichoptera (EPT), which are extremely sensitive to changes in habitat. The present study evaluated how habitat integrity in streams influence the composition of EPT genera, by testing three hypotheses: (i) the composition of the EPT genera is modified along the gradient of environmental disturbance; (ii) the composition of the EPT genera is more homogeneous in gradients with a higher degree of anthropogenic disturbance, and (iii) the greatest degree of environmental disturbance along the gradient results in the reduction of the richness and abundance of EPT genera. The study focused on 14 tributaries of the middle Itapecuru River, within an area of ecotone between the Brazilian Cerrado and Caatinga biomes. Data on the structure and physicochemical traits of the streams were collected between September 2014 and July 2015, a period that covers both the dry and rainy seasons in the study region. The results of the present study indicate that the composition of the EPT genera is modified in accordance with the variation in the habitat integrity, although, in contrast with expectations, more impacted areas had a more heterogeneous composition than undisturbed ones. The areas with more integrated landscapes contribute positively to the richness and abundance of EPT genera of the streams of the Cerrado-Caatinga ecotone. Given this, habitat integrity provide an important predictor of EPT diversity in the streams of the Cerrado-Caatinga ecotone.

Epidemiological and virological findings during an outbreak of equine influenza in Uruguay in 2018.

Equine influenza is one of the major respiratory infectious diseases in horses. In 2018, equine influenza virus (EIV) was confirmed as the cause of outbreaks of respiratory disease in horses in Chile and Argentina. In the same year, for the first time in Uruguay, EIV infection was confirmed by isolation and molecular analysis to be the cause of respiratory disease among hundreds of clinically affected thoroughbred horses in training and racing facilities. The virus was detected in nasopharyngeal swabs by a pan-reactive influenza type A realtime reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR). The partial nucleotide sequence of the haemagglutinin 1 (HA1 ) gene (994 base pairs) was determined and analysed phylogenetically using MEGA X software. Amino acid sequence alignments were constructed, and serum samples were tested by haemagglutination inhibition and single radial haemolysis. The diagnosis of EIV was confirmed by rRT-PCR, virus isolation and serological testing. The phylogenetic analysis of the partial HA1 gene sequence of the isolated virus indicated that it belongs to clade 1 of the Florida sub-lineage of the American lineage and is closely related to viruses isolated in the recent past. Study of the HA1 region (331 amino acids) of the virus identified in horses in racing facilities in Uruguay displayed the highest amino acid sequence identity with viruses detected in Argentina, Chile and the United Kingdom in 2018. The surveillance data reported illustrate the international spread of EIVs and support the recommendation of the World Organisation for Animal Health (OIE) Expert Surveillance Panel to include viruses of the Florida sub-lineage in vaccines.

La grippe équine est l'une des principales maladies respiratoires infectieuses affectant les équidés. En 2018, il a été confirmé que des foyers de maladie respiratoire enregistrés chez des chevaux au Chili et en Argentine étaient dus au virus de la grippe équine. Cette même année en Uruguay, pour la première fois dans ce pays, il a été établi par isolement viral et par des méthodes moléculaires que le virus de la grippe équine était l'agent causal d'une maladie respiratoire affectant cliniquement des centaines de chevaux pur-sang dans des centres d'entraînement et des hippodromes. La détection du virus s'est faite à partir d'écouvillons prélevés par voie naso-pharyngée en appliquant une technique d'amplification en chaîne par polymérase couplée à une transcription inverse en temps réel (rRT­PCR) à large spectre pour les virus influenza de type A. Une séquence nucléotidique partielle correspondant au gène de l'hémagglutinine 1 (HA1) (994 paires de bases) a fait l'objet d'une analyse phylogénétique au moyen du programme informatique MEGA X. Il a été procédé à la construction d'une matrice d'alignements de ces séquences d'acides aminés. D'autre part, des prélèvements de sérum issus de chevaux atteints ont été soumis à l'épreuve d'inhibition de l'hémagglutination et à une hémolyse radiale unique. Aussi bien la rRT­PCR que l'isolement viral et l'analyse sérologique ont confirmé le diagnostic de l'infection par le virus de la grippe équine. Il ressort de l'analyse phylogénétique du fragment de séquence du gène HA1 du virus isolé que ce dernier appartient au clade 1 de la sous-lignée Florida de la lignée américaine et qu'il est étroitement apparenté à des virus isolés au cours des dernières années. L'étude de la région HA1 (331 acides aminés) du virus détecté chez des chevaux de course en Uruguay a montré que les virus qui présentaient la plus grande similitude avec cette séquence d'acides aminés étaient ceux détectés en Argentine, au Chili et au Royaume-Uni en 2018. Les données de surveillance rapportées illustrent la propagation à l'échelle internationale des virus de la grippe équine et renforcent la recommandation émise par le Groupe d'experts de l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) chargé de la surveillance de la composition des vaccins contre la grippe équine d'inclure les virus de la sous-lignée Florida dans la composition de ces vaccins.

La gripe equina es una de las principales infecciones respiratorias que afectan al caballo. En 2018 se confirmó que el virus de la gripe equina era la causa de diversos brotes de afección respiratoria que habían afectado a caballos de Chile y Argentina. Ese mismo año, por primera vez en el Uruguay, se confirmó por aislamiento y análisis molecular que el virus de la gripe equina era la causa de una infección respiratoria que, acompañada de manifestaciones clínicas, afectó a cientos de caballos purasangre de hipódromos y centros de adiestramiento. El virus fue detectado en muestras de frotis nasales mediante una técnica de reacción en cadena de la polimerasa acoplada a transcripción inversa en tiempo real (rRT­PCR, por sus siglas en inglés) que reacciona ante todos los virus gripales de tipo A. Tras secuenciar parcialmente el gen de la hemaglutinina 1 (HA1 ) (994 pares de bases), se procedió a su análisis filogenético empleando el programa informático MEGA X. Además de crear una matriz de alineamiento de secuencias de aminoácidos, se sometieron muestras de suero a pruebas de inhibición de la hemaglutinación y hemólisis radial simple. Así, el diagnóstico que apuntaba al virus de la gripe equina fue confirmado por rRT­PCR, aislamiento vírico y análisis serológico. El análisis filogenético de la secuencia parcial del gen HA1 del virus aislado puso de manifiesto que pertenece al clado 1 del sublinaje Florida del linaje americano y guarda estrecho parentesco con otros virus aislados en fechas recientes. El estudio de la región HA1 (331 aminoácidos) del virus detectado en caballos de hipódromos uruguayos reveló que el mayor nivel de concordancia de su secuencia de aminoácidos se daba con virus detectados en Argentina, Chile y el Reino Unido en 2018. Los datos de vigilancia comunicados dan fe de la propagación internacional de los virus de la gripe equina y avalan la recomendación formulada por el Panel de expertos en vigilancia de la composición de las vacunas contra la gripe equina de la Organización Mundial de Sanidad Animal (OIE), que aboga por incluir virus del sublinaje Florida en las vacunas.

Detection and genotyping of equid herpesvirus 1 in Uruguay.

Infection with equid alphaherpesvirus 1 (EHV-1) causes respiratory disease, abortion and neurological disorders in horses. Molecular epidemiology studies have demonstrated that a single nucleotide polymorphism (A2254/G2254) in the genome region of open reading frame 30 which results in an amino acid variation (N752/D752) of the EHV-1 DNA polymerase, is significantly associated with the neuropathogenic potential of naturally occurring strains. In recent years, an increase in the number of cases of equine neurological disease caused by neuropathogenic variants of EHV-1 has been observed in numerous countries. The purpose of this study was to detect the presence of the viral genome of EHV-1 and equid herpesvirus 4 (EHV-4) in the bronchopulmonary lymph nodes of 47 horses from various locations in Uruguay, obtained from a slaughterhouse, and to determine whether the EHV-1 genomes possessed the mutation associated with neuropathogenesis (G2254/D752). The genes encoding glycoprotein H (gH) of EHV-1 and glycoprotein B (gB) of EHV-4 were amplified by a semi-nested polymerase chain reaction. Of the samples analysed, 28% and 6% of lymph nodes contained the genes for gH and gB, respectively. The viral DNA polymerase gene was amplified and sequenced. Twelve of the 13 genomes sequenced presented the nucleotide G2254, while the remaining 1 showed both nucleotides, A2254 and G2254. The results confirm the presence of EHV-1 in Uruguay. Furthermore, there is evidence for the first time of the detection of EHV-4, and high-frequency detection of the neuropathogenic variant (G2254/D752) of EHV-1 in Uruguay. These findings provide new insights into the epidemiological situation of EHV-1 and EHV-4 in that country.

L'infection par l'herpèsvirus équin de type 1 (EHV-1, sous-famille des alpha- Herpesvirinae) provoque chez les chevaux des maladies respiratoires, des avortements et des troubles neurologiques. Des études d'épidémiologie moléculaire ont montré une corrélation significative entre la présence d'un polymorphisme nucléotidique simple (A2254 / G2254) dans la région génomique du cadre de lecture ouvert 30 (ORF30), se traduisant par une variation des acides aminés (N752 / D752) de l'ADN polymérase du virus EHV-1, et la neuropathogénicité potentielle des souches présentes sur le terrain. On constate depuis quelques années dans de nombreux pays une augmentation du nombre de chevaux atteints de troubles neurologiques dus aux variants neuropathogènes de l'EHV-1. Les auteurs présentent les résultats d'une étude visant à détecter la présence du génome viral de l'EHV-1 et de l'herpèsvirus équin de type 4 (EHV-4) dans des échantillons de ganglions lymphatiques broncho-pulmonaires de 47 chevaux provenant de diverses régions d'Uruguay, collectés à l'abattoir, et à déterminer si les génomes de l'EHV-1 présentaient la mutation associée avec cette neuropathogénicité (G2254 / D752). Dans un premier temps, une amplification en chaîne par polymérase semi-nichée a permis d'amplifier les gènes codant pour la glycoprotéine H (gH) de l'EHV-1 et la glycoprotéine B (gB) de l'EHV-4. Les gènes gH et gB étaient présents respectivement dans 28 % et 6 % des échantillons de ganglions lymphatiques analysés. Le gène de l'ADN polymérase virale a été amplifié puis séquencé. Au total, 12 des 13 génomes séquencés contenaient le nucléotide G2254 tandis que le treizième génome présentait à la fois les nucléotides A2254 et G2254. Ces résultats confirment la présence de l'EHV-1 en Uruguay. En outre, il s'agit du premier rapport faisant état de la présence de l'EHV-4 et de la fréquence de détection du variant neuropathogénique (G2254 / D752) de l'EHV-1 en Uruguay. Ces résultats apportent un nouvel éclairage sur la situation épidémiologique de l'EHV-1 et l'EHV-4 dans ce pays.

La infección por alfa-herpesvirus equino 1 (HVE1) causa en el caballo enfermedades respiratorias, abortos y trastornos neurológicos. Los estudios de epidemiología molecular han demostrado la existencia de una correlación significativa entre el potencial neuropatogénico de cepas presentes en la naturaleza y la presencia de un polimorfismo de nucleótido único (A2254/G2254) en la región genómica del marco abierto de lectura 30 (ORF30). Este polimorfismo se traduce en la variación de un aminoácido (N752/D752) en la ADN-polimerasa del HVE1. En los últimos años se ha observado en muchos países un aumento del número de casos de enfermedad neurológica equina causados por variantes neuropatógenas del HVE1. Los autores describen un estudio encaminado a detectar la presencia de genoma vírico del HVE1 y del herpesvirus equino 4 (HVE4) en ganglios linfáticos broncopulmonares de 47 caballos de varias localidades del Uruguay a partir de muestras obtenidas en mataderos, y a dilucidar después si el genoma de esos HVE1 poseía la mutación ligada a la neuropatogénesis (G2254/D752). En primer lugar se empleó una técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) semianidada para amplificar los genes que codifican la glucoproteína H (gH) del HVE1 y la glucoproteína B (gB) del HVE4. De las muestras de ganglios linfáticos analizadas, los genes de la gH y de la gB estaban presentes, respectivamente, en un 28% y un 6%. Se amplificó y secuenció el gen de la ADN-polimerasa vírica. Doce de los trece genomas secuenciados presentaban el nucleótido G2254, mientras que el restante contenía ambos nucleótidos, A2254 y G2254. Los resultados confirman la presencia del HVE1 en el Uruguay. Además, por primera vez, quedó demostrada la presencia del HVE4, así como la elevada frecuencia de la variante neuropatógena (G2254/D752) del HVE1, en el Uruguay. Estos resultados arrojan nueva luz sobre la epidemiología de los virus HVE1 y HVE4 en el país.

Genetic characterization of a pigeon paramyxovirus type 1 isolated from Columba livia in Uruguay.

SUMMARY. The isolation and molecular characterization of pigeon paramyxovirus type 1 (PPMV-1) from a sick racing pigeon in Uruguay is reported for the first time. Hemagglutination inhibition (HI) tests were performed to detect antibodies against avian paramyxovirus serotype 1 (APMV-1), and a HI titer of 1/32 was obtained. Tracheal and cloacal swabs were processed by real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) with the use of the National Veterinary Services Laboratory-U.S. Department of Agriculture validated matrix (M) gene assay and were positive for APMV-1. Viral isolation in embryonated chicken eggs confirmed the molecular detection of the isolate. A fragment corresponding to the 3' region of the fusion (F) protein gene was amplified by RT-PCR, and subsequently sequenced. The deduced amino acid sequence at the F protein cleavage site displayed the motif 112RRQKR/F117. Phylogenetic analysis of this part of the genome allowed the isolated virus to be grouped in the lineage VIb/ 4b, which suggests that it shares the same ecologic niche with other PPMV-1 that were found in the region, and it is not imported as other European or North American viruses.