SemClinBr - a multi-institutional and multi-specialty semantically annotated corpus for Portuguese clinical NLP tasks.

BACKGROUND: The high volume of research focusing on extracting patient information from electronic health records (EHRs) has led to an increase in the demand for annotated corpora, which are a precious resource for both the development and evaluation of natural language processing (NLP) algorithms. The absence of a multipurpose clinical corpus outside the scope of the English language, especially in Brazilian Portuguese, is glaring and severely impacts scientific progress in the biomedical NLP field. METHODS: In this study, a semantically annotated corpus was developed using clinical text from multiple medical specialties, document types, and institutions. In addition, we present, (1) a survey listing common aspects, differences, and lessons learned from previous research, (2) a fine-grained annotation schema that can be replicated to guide other annotation initiatives, (3) a web-based annotation tool focusing on an annotation suggestion feature, and (4) both intrinsic and extrinsic evaluation of the annotations. RESULTS: This study resulted in SemClinBr, a corpus that has 1000 clinical notes, labeled with 65,117 entities and 11,263 relations. In addition, both negation cues and medical abbreviation dictionaries were generated from the annotations. The average annotator agreement score varied from 0.71 (applying strict match) to 0.92 (considering a relaxed match) while accepting partial overlaps and hierarchically related semantic types. The extrinsic evaluation, when applying the corpus to two downstream NLP tasks, demonstrated the reliability and usefulness of annotations, with the systems achieving results that were consistent with the agreement scores. CONCLUSION: The SemClinBr corpus and other resources produced in this work can support clinical NLP studies, providing a common development and evaluation resource for the research community, boosting the utilization of EHRs in both clinical practice and biomedical research. To the best of our knowledge, SemClinBr is the first available Portuguese clinical corpus.

Learning Portuguese Clinical Word Embeddings: A Multi-Specialty and Multi-Institutional Corpus of Clinical Narratives Supporting a Downstream Biomedical Task.

In this paper, we trained a set of Portuguese clinical word embedding models of different granularities from multi-specialty and multi-institutional clinical narrative datasets. Then, we assessed their impact on a downstream biomedical NLP task of Urinary Tract Infection disease identification. Additionally, we intrinsically evaluated our main model using an adapted version of Bio-SimLex for the Portuguese language. Our empirical results showed that the larger, coarse-grained model achieved a slightly better outcome when compared with the small, fine-grained model in the proposed task. Moreover, we obtained satisfactory results with Bio-SimLex intrinsic evaluation.

Exploiting Temporal Constraints of Clinical Guidelines by Applying OpenEHR Archetypes.

Studies describing Computer-Interpretable Clinical Guidelines (CIG) with temporal constrains (TC) generally have not addressed issues related to their integration into Electronic Health Record (EHR) systems. This study aimed to represent TCs contained in clinical guidelines by applying archetypes and Guideline Definition Language (GDL) to incorporate decision support into EHRs. An example of each TC class in the clinical guideline for management of Atrial Fibrillation was represented using archetypes and GDL.

Importância dos cuidados de enfermagem no cateterismo cardíaco / La importancia de los cuidados de enfermeríaen el cateterismo cardíaco / Importance of nursing care in cardiac catheterization

RESUMO O cateterismo cardíaco é um método de diagnóstico invasivo, utilizado no tratamento precoce de pacientes com problemas cardíacos. Objetivou-se nesse estudo verificar as complicações ocorridas e os principais cuidados de enfermagem realizados antes, durante e após o cateterismo cardíaco, além de traçar o perfil dos pacientes submetidos ao procedimento.Trata-se de uma pesquisa retrospectiva, descritiva e com abordagem quantitativa, desenvolvida em um Hospital Filantrópico da cidade de Ponta Grossa/PR, em 2013, por meio de consultas em prontuários. Dos 240 pacientes incluídos no estudo, 131 (54,6%) eram do sexo masculino; a faixa etária predominante estava entre 51 e 60 anos (29,2%). Quanto às doenças preexistentes, salientam-se o diabetes mellitus (76;31,7%) e a hipertensão arterial sistêmica (206;85,8%). Em relação às complicações, as mais frequentes foram:equimose (0,8%), hematoma (0,8%), e hemorragia (0,8%). Sobre os cuidados de enfermagem destaca-se que 99,4% dos pacientes foram assistidos por esta equipe. Espera-se que os resultados apontados por esta pesquisa possam contribuir para a melhoria da assistência ao paciente que realiza cateterismo cardíaco, visto que os serviços de hemodinâmica estão em evolução contínua e são cada vez mais utilizados.

RESUMEN El cateterismo cardíaco (CAT) es un método de diagnóstico invasivo, utilizado en el tratamiento precoz de pacientes con problemas del corazón. Este estudio tuvo como objetivo verificar las complicaciones ocurridas y los principales cuidados de enfermería llevados a cabo antes, durante y después del cateterismo cardíaco, además de trazar el perfil de los pacientes sometidos a este procedimiento. Se trata de una investigación retrospectiva, descriptiva y con enfoque cuantitativo, desarrollada en un Hospital Filantrópico de la ciudad de Ponta Grossa-PR-Brasil, en 2013, a través de consultas en los registros médicos. De los 240 pacientes incluidos en el estudio, 131 (54,6%) eran del sexo masculino, la franja de edad predominante fue entre 51 y 60 años (29,2%). Encuanto a las enfermedades preexistentes, se señalan la diabetes mellitus (76, 31,7%) y la hipertensión arterial sistémica (206, 85,8%). Con respecto a las complicaciones, las más frecuentes fueron: equimosis (0,8%), hematoma (0,8%) y hemorragia (0,8 %). Sobre los cuidados de enfermería se destacan que el 99,4% de los pacientes fueron tratados por este equipo. Se espera que los resultados señalados por esta investigación puedan contribuir para la mejora de la atención al paciente que realiza cateterismo cardíaco, visto que los servicios de hemodinámica están en constante evolución y son cada vez más utilizados.

ABSTRACT Cardiac catheterization is an invasive diagnostic method, used in the early treatment of patients with heart problems. This study aimed to verify the complications occurred and the main nursing care performed before, during and after the cardiac catheterization, plus profiling of patients undergoing the procedure. This is a retrospective study, descriptive and quantitative approach developed in a Charitable Hospital in the city of Ponta Grossa /PR in 2013, through consultations in medical records. Of the 240 patients included in the study, 131 (54.6 %) were male, the predominant age group was between 51-60 years (29.2 %). As for preexisting conditions, it is noted Diabetes Mellitus (76, 31.7 %) and hypertension (206, 85.8 %). Related complications, the most frequent were: ecchymosis (0.8 %), hematoma (0.8 %), and hemorrhage (0.8 %). Related to nursing care high lights that 99.4 % of patients were treated by this team. It is hoped that the results highlighted in this research can contribute to the improvement of patient care that conducts cardiac catheterization, where as hemodynamics services are continually evolving and increasingly used.

Métodos para Avaliação de Sistema de Informação em Saúde / Methods for Evaluation of Information Systems in Healthcare / Métodos para la Evaluación de los Sistemas de Información en Salud

Objetivos: Definir o que é a avaliação de SIS, descrevendo os aspectos considerados e os métodos aplicados. Método: Revisão sistemática na base de dados PubMed no período de janeiro de 2004 a junho de 2014. Resultados: A maioria dos estudos avaliou os aspectos da usabilidade, eficácia e qualidade da informação. Em 29% dos estudos foi encontrada aplicação de métodos combinados com: satisfação e aceitação do usuário; questionários; usabilidade; e entrevista com o grupo. Avaliação da funcionalidade; do impacto; usabilidade e desempenho clínico/diagnóstico são utilizados de forma isolada. Conclusão: É fundamental ter bem claro o que será avaliado no SIS, sendo essencial conhecer os aspectos envolvidos, os métodos existentes e como são aplicados.

Objectives: To define what is the assessment of HIS, describing the aspects considered and the methods applied. Methods: Systematic review in PubMed database from January 2004 to June 2014. Results: Most studies evaluating aspects of usability, efficacy and quality of information. In 29% of studies were applied methods together with: satisfaction and user acceptance; questionnaires; usability; and interview with the group. Reviewed functionality; impact; usability and clinical/diagnostic performance were generally used separated. Conclusion: It is essential to have clear what it will be evaluated in the SIS, and to know the aspects involved, the existing methods and how they are applied.

Objetivos: Definir qué es la evaluación del SIS, describir los aspectos considerados y los métodos aplicados. Métodos: Revisión sistemática de la base de datos PubMed de enero 2004 a junio 2014. Resultados: La mayoría de los estudios evaluaron los aspectos de usabilidad, la eficacia y la calidad de la información. En 29% de los estudios se encontró la aplicación de métodos combinados con: satisfacción y aceptación de los usuarios; cuestionarios; facilidad de uso; y una entrevista con el grupo. La evaluación de  funcionalidad; impacto; usabilidad y el rendimiento clínico / diagnóstico se utilizan de forma aislada. Conclusión: Es esencial tener claro los objetivos de la evaluación del SIS, además es esencial conocer los aspectos involucrados, los métodos existentes y cómo éstos son aplicados.

Arquétipos openEHR para representação de restrições temporais em diretrizes clínicas / OpenEHR archetypes to represent temporal constraints in clinical guidelines

As Restrições Temporais contidas em diretrizes clínicas representam uma parte fundamental de sua descrição relacionada principalmente aos algoritmos terapêuticos, porém, ainda existe a dificuldade de representar as Restrições Temporais complexas e integrá-las em um Registro Eletrônico de Saúde interoperável. Objetivo: explorar a representação de Restrições Temporais baseando-se em arquétipos da openEHR e Guideline Definition Language. MÉTODO: identificação dos principais tipos de Restrições Temporais existentes, identificação de Restrições Temporais nas diretrizes clínicas de doença renal crônica, fibrilação atrial e mieloma múltiplo, e sua representação em arquétipos e Guideline Definition Language. RESULTADOS: tipos de Restrições Temporais encontrados nas diretrizes clínicas: quantitativo e eventos de repetição (doença renal crônica), quantitativo (fibrilação atrial), quantitativo e qualitativo (mieloma múltiplo). Modelados 4 arquétipos e reutilizado 1 arquétipo da openEHR. CONCLUSÃO: Foi possível representar as Restrições Temporais contidas em diretrizes clínicas em suas diversas classes de eventos baseando-se em arquétipos e Guideline Definition Language da openEHR.

The temporal Constraints contained in clinical practice guidelines represent a fundamental part of their description mainly related to therapeutic algorithms, however, there is still the difficulty of representing the complexTemporal Constraints and integrate them into an Electronic Registration Health Interoperable. OBJECTIVES: To explore the representation of Temporal Constraints based on the openEHR archetypes and Guideline Definition Language. METHODS: identification of the main types of Temporal constraints, identification of Temporal Constraints on clinical guidelines for Chronic Kidney Disease, Atrial Fibrillation and Multiple Myeloma, and its representation in archetypesand Guideline Definition Language. RESULTS: Temporal Constraints types found in practice guidelines in the study:quantitative and repeating events (chronic kidney disease), quantitative (atrial fibrillation), qualitative and quantitative(multiple myeloma). Four archetypes were modeled and 1 archetype openEHR reused. CONCLUSION: It was possible torepresent Temporal Constraints contained in clinical practice guidelines in its various event classes based on archetypes and Guideline Definition Language of openEHR.