Análisis de anomalías cromosómicas, desbalances genómicos y variantes de secuencia como causa de cardiopatías congénitas / Analysis of chromosomal abnormalities, genomic imbalances, and sequence variants as cause of congenital heart defects

INTRODUCCIÓN: Las cardiopatías congénitas (CC) son causadas por el desarrollo anómalo del corazón durante el período embriofetal. Abarcan un amplio espectro de anomalías estructurales de las cavidades cardíacas o de los grandes vasos, con una prevalencia mundial de 6 a 9 por 1000 nacimientos. En Argentina constituyen un tercio de las anomalías congénitas (AC) al nacimiento. Si bien su etiología es heterogénea, se ha observado recurrencia familiar acorde con la influencia de factores genéticos. El objetivo del estudio fue evaluar la presencia de anomalías cromosómicas, desbalances genómicos o variantes de secuencias en una muestra de niños afectados con CC en Argentina. MÉTODOS: Se incluyó a 289 pacientes con CC de hasta 16 años. Se realizó un cariotipo para pacientes con otras AC y análisis por amplificación múltiple de sondas dependiente de ligación (MLPA) de regiones genómicas asociadas a CC para aquellos con CC conotroncales. En muestras seleccionadas, se analizaron desbalances genómicos por microarreglos de ADN (array-CGH) o variantes de secuencia en el gen NKX2-5. RESULTADOS: Hubo 9 pacientes que presentaron anomalías cromosómicas, 21 desbalances por MLPA y 8 por array-CGH. No se hallaron variantes patogénicas en NKX2-5 en los casos estudiados. DISCUSIÓN: Se halló la causa de la afección en el 13% de los casos analizados. El estudio de pacientes con CC aisladas o asociadas a otras AC no había sido abordado previamente en Argentina mediante este algoritmo

Implementation of chromosomal microarrays in a cohort of patients with intellectual disability at the Argentinean public health system.

Intellectual disability is a neurodevelopmental disorder in which genetic, epigenetic and environmental factors are involved. In consequence, the determination of its etiology is usually complex. Though many countries have migrated from conventional cytogenetic analysis to chromosomal microarrays as the first-tier genetic test for patients with this condition, this last technique was implemented in our country a few years ago. We report on the results of the implementation of chromosomal microarrays in a cohort of 133 patients with intellectual disability and dysmorphic features, normal karyotype and normal subtelomeric MLPA results in an Argentinean public health institution. Clinically relevant copy number variants were found in 12% of the patients and one or more copy number variants classified as variants of uncertain significance were found in 5.3% of them. Although the diagnostic yield of chromosomal microarrays is greater than conventional cytogenetics for these patients, there are financial limitations to adopt this technique as a first-tier test in our country, especially in the public health system.

Distribution of FMR1 and FMR2 Repeats in Argentinean Patients with Primary Ovarian Insufficiency.

The premutation state of FMR1 (Fragile X Mental Retardation 1) has been associated with primary ovarian insufficiency (POI), and is the most common known genetic cause for 46,XX patients. Nevertheless, very few studies have analyzed its frequency in Latin American populations. Additionally, a relationship between alleles carrying a cryptic microdeletion in the 5'UTR of FMR2 and the onset of POI has only been studied in one population. Our aim was to analyze the incidence of FMR1 premutations and putative microdeletions in exon 1 of FMR2 in a cohort of Argentinean women with POI. We studied 133 patients and 84 controls. Fluorescent PCR was performed, and the FMR2 exon 1 was further sequenced in samples presenting less than 11 repeats. We found the frequency of FMR1 premutations to be 6.7% and 2.9% for familial and sporadic patients, respectively. Among controls, 1/84 women presented a premutation. In addition, although we did not find microdeletions in FMR2, we observed a change (T >C) adjacent to the repeats in two sisters with POI. Given the repetitive nature of the sequence involved, we could not ascertain whether this represents a single nucleotide polymorphism (SNP) or a deletion. Therefore, a relationship between FMR2 and POI could not be established for our population.

Genes de riesgo: implicancias en el desarrollo de defectos de cierre del tubo neural (DCTN)

Los defectos de cierre de tubo neural (DCTN) agrupan a una serie de entidades como la anencefalia, la espina bífida y el encefalocele. Se ha propuesto que algunos polimorfismos en los genes de la vía metabólica de la utilización del ácido fólico estarían asociados con el riesgo de desarrollar DCTN. Estudios preliminares de nuestro grupo de trabajo del tipo caso-control estarían indicando que el genotipo 677TT de MTHFR es un factor de riesgo. Los objetivos del estudio fueron: i) estudiar si la variante MTRR 66A>G constituye un factor de riesgo y ii) analizar la asociación entre la interacción de las variantes estudiadas hasta el presente (MTHFR 677C> T; MTHFR 1298A>C, Ins 68pb CBS y MTRR 66A>G) y el riesgo a desarrollar DCTN. Se estudiaron 100 individuos con DCTN, 109 madres, 95 padres y 181 individuos controles. Las variantes fueron analizadas por PCR y posterior digestión enzimática. Los resultados estarían indicando que la variante MTRR 66A>G no constituye un factor de riesgo (OR= 1,14; IC 95 porciento=0,50-2,60) y no se halló interacción entre las variantes estudiadas. Asimismo se analizó la asociación entre las variantes analizadas y el desarrollo de DCTN mediante un estudio de base familiar. Este análisis mostró que ninguna de las variantes genéticas estudiadas se apartan de las frecuencias esperadas según la segregación mendeliana (p=0,528; p=0,654; p=0,531; p=0,528, respectivamente). Sería necesario, por lo tanto, aumentar el número de familias a analizar a los efectos de establecer si el genotipo MTHFR 677TT constituye un factor de riego en nuestra población

Genes de riesgo: implicancias en el desarrollo de defectos de cierre del tubo neural (DCTN)

Los defectos de cierre de tubo neural (DCTN) agrupan a una serie de entidades como la anencefalia, la espina bífida y el encefalocele. Se ha propuesto que algunos polimorfismos en los genes de la vía metabólica de la utilización del ácido fólico estarían asociados con el riesgo de desarrollar DCTN. Estudios preliminares de nuestro grupo de trabajo del tipo caso-control estarían indicando que el genotipo 677TT de MTHFR es un factor de riesgo. Los objetivos del estudio fueron: i) estudiar si la variante MTRR 66A>G constituye un factor de riesgo y ii) analizar la asociación entre la interacción de las variantes estudiadas hasta el presente (MTHFR 677C> T; MTHFR 1298A>C, Ins 68pb CBS y MTRR 66A>G) y el riesgo a desarrollar DCTN. Se estudiaron 100 individuos con DCTN, 109 madres, 95 padres y 181 individuos controles. Las variantes fueron analizadas por PCR y posterior digestión enzimática. Los resultados estarían indicando que la variante MTRR 66A>G no constituye un factor de riesgo (OR= 1,14; IC 95 porciento=0,50-2,60) y no se halló interacción entre las variantes estudiadas. Asimismo se analizó la asociación entre las variantes analizadas y el desarrollo de DCTN mediante un estudio de base familiar. Este análisis mostró que ninguna de las variantes genéticas estudiadas se apartan de las frecuencias esperadas según la segregación mendeliana (p=0,528; p=0,654; p=0,531; p=0,528, respectivamente). Sería necesario, por lo tanto, aumentar el número de familias a analizar a los efectos de establecer si el genotipo MTHFR 677TT constituye un factor de riego en nuestra población